生物信息学杂谈

033、微调

之——高级炼丹术目录之——高级炼丹术杂谈正文1.标注数据集是很贵的2.微调的思想3.尝试小结杂谈微调（Fine-tuning）是深度学习中的一种常见策略，它通常用于预训练模型在特定任务上的性能提升。
Here we are——wxl·2023-11-19 00:33

035、目标检测-物体和数据集

之——物体检测和数据集目录之——物体检测和数据集杂谈正文1.目标检测2.目标检测数据集3.目标检测和边界框4.目标检测数据集示例杂谈目标检测是计算机视觉中应用最为广泛的，之前所研究的图片分类等都需要基于目标检测完成
Here we are——wxl·2023-11-19 00:33

036、目标检测-锚框

之——对边缘框的简化目录之——对边缘框的简化杂谈正文1.锚框操作2.IoU交并比3.锚框标号4.非极大值抑制5.实现拓展杂谈边缘框这样一个指定roi区域的操作对卷积神经网络实际上是很不友好的，这可能会对网络感受野提出一些特定的要求
Here we are——wxl·2023-11-19 00:33

001、Nvidia Jetson Nano Developer KIT（b01）-系统与登录

之——镜像烧录与远程登录目录之——镜像烧录与远程登录杂谈正文1.开发板系统安装1.1开发板简介1.2JetPack安装2.ubuntu系统安装3.远程连接3.1SSH远程连接3.2可视化连接杂谈NvidiaJetsonNanoDeveloperKIT
Here we are——wxl·2023-11-19 00:03

003、Nvidia Jetson Nano Developer KIT（b01）-深度学习环境配置

之——深度学习环境目录之——深度学习环境杂谈正文1.各种依赖库1.1pytorch的底层依赖库1.2opencv依赖1.3torchvision0.9.0依赖2.安装pytorch3.安装torchvision
Here we are——wxl·2023-11-19 00:03

007、常用的损失函数

之——理解与扩展目录之——理解与扩展杂谈正文扩展杂谈损失函数（LossFunction）在机器学习和深度学习中起着关键作用。它是用来衡量模型预测值与真实值之间的差异的函数。
Here we are——wxl·2023-11-19 00:32

001、torch笔记

之——开始目录之——开始初衷杂谈正文1.大致框架2.数据操作基础2.1数组2.2广播机制2.4不常用的原地内存操作2.5numpy与tensor相互转换所属专栏会不断更新初衷学而时习之，太多东西来得杂乱
Here we are——wxl·2023-11-19 00:02

034、test

之——全纪录目录之——全纪录杂谈正文1.下载处理数据2.数据集概览3.构建自定义dataset4.初始化网络5.训练杂谈综合方法试一下。
Here we are——wxl·2023-11-19 00:25

动态规划c++

1.什么是动态规划动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP），是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法
呼噜吧唧·2023-11-18 22:12

生物信息学和计算生物学中的扩散模型

生物信息学和计算生物学中的扩散模型摘译李升伟1张俊鹏2（1.特趣生物科技有限公司，广东深圳；2.大理大学工学院，云南大理）去噪扩散模型包含一种生成人工智能,可应用于计算机视觉、自然语言处理和生物信息学。
lisw05·2023-11-18 21:34

【国科大——期末复习】生物信息学(陈润生)_期末考试答案（持续更新~）

有遗漏的题，大家在评论区告诉我，我去找细节：计算的题都是整数待更新~一、什么是生物信息学？你如何理解生物信息学的含义？
码农耕地人~go·2023-11-17 12:49

Linux 集群在线扩文件系统,【转载】linux 在线添加硬盘和扩文件系统笔记

【转载】linux在线添加硬盘和扩文件系统笔记(2012-06-1315:37:16)标签：杂谈linux在线添加硬盘和扩文件系统笔记一：将新硬盘插到机器上；二：以root用户运行命令：echo"scsiadd-single-devicexyzu
科学声音·2023-11-17 08:57

软件性能测试学习笔记（LoadRunner）：从零开始

文章目录概述LoadRunner的使用创建编辑脚本（VirtualUserGenerator）集合点思考时间事务检查点关联参数化运行负载测试（Controller）性能测试报告场景设置表格测试指标记录表其他的杂谈内容概述软件的性能测试与软件的功能测试完全不同
北岛寒沫·2023-11-17 04:29

杂谈WiFi：一文搞懂多用户MIMO(MU-MIMO)，单用户MIMO(SU-MIMO)

这个是协议层面的一个东西，即多个用户同时使用一套MIMO系统。一般来讲，ROUTER的天线比较多，而用户的天线比较少，但是多对少呢，就不能完全的利用ROUTER的channel资源。为此，设计了一套机制，允许多个用户共用ROUTER的天线资源。这里的用户即指station。比如ROUTER同时发送4路信号给到两个用户，每个用户分别两路。那么各个用户间是不可避免会相互干扰，并且这种干扰是没有办法求解
relis·2023-11-16 15:58

如何下载 Apache + PHP + Mysql 集成安装环境并结合内网穿透工具实现公网访问内网服务

个人主页：聆风吟系列专栏：网络奇遇记、Cpolar杂谈少年有梦不应止于心动，更要付诸行动。
聆风吟_·2023-11-16 12:33

Postgresql杂谈 12—深入学习GIN索引

今天，我们深入学习下Potgresql的GIN索引。GIN索引时GeneralizedInvertedIndex的缩写，意思是广义的倒排索引。GIN索引和Gist索引类似，都是一个通用的索引框架，我们可以基于此框架开发自定义的GIN索引。一、GIN索引的内部结构了解Java内部HashMap结构的应该了解，Java8之后的HashMap内部结构是HashTable+链表或者HashTable+红黑
HymanLiuTS·2023-11-16 00:28

火山图——直观的特征差异可视化

FC值全拼FoldChangevalue，直译为差异的倍数，在生物信息学的分析中主要用于表示
Odd_guy·2023-11-15 22:44

[杂谈] 最近办了件蠢事

戴了五六年的眼镜坏掉了，去一个眼镜店重新配一个。进店，选好镜框之后，开始验光，实测是四百度近视，和五十度的散光。戴上验光师沉甸甸的眼镜感觉非常的清楚。当时脑袋不知怎么热了一下，想没必要看这么远，自我感觉没有必要太清楚，就让他们给调一下，验光师傅直接说去掉散光五十度。接下来是磨镜，试戴。当时在眼镜店走了两圈，感觉还可以，没什么大问题。但是回到家之后，就发现了一个问题：怎么看电脑，手机都不合适，怎么看
mzhan017·2023-11-15 02:39

一个破单机，也要用远程缓存？

大家好，豆小匠终于开始Coding了，这期来聊聊实战相关的杂谈。正文开始！作为编程萌新的时候，总想着把程序做复杂，堆技术栈。但是程序是为场景服务的，比如，我想提高接口的响应速度，应该怎么做呢？
豆小匠Coding·2023-11-15 00:48

ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析
生信宝典·2023-11-14 22:57

【学习笔记】山东大学生物信息学-02 序列比较

课程地址：山东大学生物信息学文章目录二、序列比较2.1认识序列2.2序列相似性2.3替换记分矩阵2.4序列两两比较：打点法2.5序列两两比较：序列比对法（定量）2.6一致性和相似度2.7在线双序列比对工具
taotaotao7777777·2023-11-14 01:43

2022.01.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 上）

学习目标理解使用ClustalW进行多重序列比对（MSA）的三个主要阶段；描述几种其他的多重序列比对（MSA）程序，了解他们的工作原理，比对它们与ClustalW的异同；理解进行基准研究的重要性，并且理解关于MSA的几个基本结论；理解关于基因组区域的MSA的几个问题。6.1引言本章探讨MSA的一般性问题介绍MSA的五种方法；认识用于MSA的数据库，比如Pfam；讨论基因组DNA的多重序列比对。多重
穆易青·2023-11-14 01:43

2021.12.19【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 下）

5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题有相应的算法解决DNA序列之间的小差异，如SNP位点用标准集去评估基因组比对效果时使用序列进化随机模型（ROSE）软件包船舰一个模拟序列集进行测试，可
穆易青·2023-11-14 01:42

2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章第五节 用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA）

5.5用类似于BLAST的比对工具快速搜索基因组DNA需求：随着基因组DNA数据库数量增长，对比对工具要求越来越高能在基因组DNA中找到外显子比对时考虑基因组DNA包含的测序错误有相应的算法解决相关物种的基因组在比对中出现删除、重复、倒置或移位的问题有相应的算法解决DNA序列之间的小差异，如SNP位点用标准集去评估基因组比对效果时使用序列进化随机模型（ROSE）软件包船舰一个模拟序列集进行测试，可
穆易青·2023-11-14 01:12

2022.09.17【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十三章 蛋白质结构预测 下）

目录蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)穿线法从头预测（abinitio）基于假设推荐策略精度与方法选择Alphafold2相关信息蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)建模4步骤1.模板选择和确定折叠构象通过blast或delta-blast搜索同源蛋白质序列或结构，识别保守和可变区域。常用查询数据库:PDB数据库：https://www.rcsb.org/CATH：http://ca
穆易青·2023-11-14 01:12

2021.11.22【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章第四节 隐马尔可夫模型）

5.4谱搜索：隐马尔可夫模型（HMMs）谱隐马尔可夫模型在生成用于识别远缘序列相似度的位置特异性打分系统时，比PSSMs更通用，如语音检测，声纳等一系列信号检测问题；在生信领域，HMMs已经被用于各式各样的应用：序列比对、蛋白质结构预测、蛋白质跨膜区域预测、染色体拷贝数变化分析和基因发现算法等；优势：谱HMMs是一个概率模型，它评估在比对中的一个给定位点上发生匹配、错配、插入和确实（空位）的可能性
穆易青·2023-11-14 01:11

2021.11.21【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 中 ）

5.3寻找远缘相关蛋白质：位置特异性迭代BLAST（PSI-BLAST）和DELTA-BLASTPAM250矩阵给探测远缘相关蛋白质提供了一个更好的打分系统，可以改变打分矩阵来检测远缘蛋白质，但仍然有局限性：BLASTP检测到匹配蛋白，但是否同源并不明确。PSI-BLAST更深入地搜索数据库，以发现一个与你感兴趣地蛋白远缘相关的匹配蛋白。比对的5个步骤：使用某个打分矩阵对查询序列在一个目标数据库中
穆易青·2023-11-14 01:11

2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 上）

学习目标学会在NCBI网站上进行BLAST搜索理解BLAST各个参数的用途理解BLAST搜索的三个步骤（整理，扫描/延伸，回溯）;理解BLASTE值和分数的数学关系；阐明BLAST搜索的策略引言基本局部比对搜索工具（BLAST）是NCBI的一个主要工具，可用来将一个蛋白质或者DNA序列与各种数据库中其他序列进行比对。应用：通过蛋白质/核酸序列，寻找一只的直系同源和旁系同源序列通过特定物种，确定其存
穆易青·2023-11-14 01:41

2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 下）

BLAST算法使用局部比对搜索的策略BLAST算法组成部分：列表、扫描、延伸BLASTP算法可以描述为以下3个阶段蛋白质搜索中，BLAST编译一个初步的两两比对序列，称为字段对BLASTP算法编译了一个由查询序列生成的固定长度为w的字段列表。使用比对序列的分数建立一个阈值T。BLASTP字段大小默认为3（BLASTN为11），则20种氨基酸可能字段共有8000个。修改“字段大小”参数可以修改查询时
穆易青·2023-11-14 01:41

2021.03.25【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第五章 高级数据库搜索 上）

学习目标定义位置特异性打分矩阵（PSSM）；解释位置特异性迭代BLAST(PSI-BLAST)和DELTA-BLAST怎样大幅提升蛋白质BLAST蛋白搜索的灵敏度；描述谱隐马尔可夫模型（HMMs）并解释其与BLAST相比在数据库搜索中的优势；解释空位种子的策略怎样提升DNA搜索的灵敏度；描述数以百万计的二代测序是怎样比对到参考基因组上的。引言第四章介绍了BLAST，BLAST搜索可以有很多种用途，
穆易青·2023-11-14 01:41

2020.11.23【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 Dayhoff模型）

Dayhoff模型第一步：可接受点突变（PAM）概念：在蛋白质被自然选择接受的单个氨基酸替换满足情况：基因发生DNA变异，使得基因编码另一种不同氨基酸整个种群都接受这种变化，改变后的蛋白质作为种群内蛋白质的优势形式可被接受的点突变：基于经验统计的保守性替换使用系统发育分析，将它们与推断的共同祖先进行比对。基于经验观察的氨基酸替换结果，描述了任意一对氨基酸对比对在一起的频率。第二步：氨基酸出现的频率
穆易青·2023-11-14 01:40

2020.11.3【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第二章 序列数据的获取 下）

2.7基因组浏览器三个主流基因组浏览器：Ensemble、UCSC和NCBI基因组组装定义：所获得的一个物种DNA序列按照染色体的形式进行的一种组装。内容：对基因组的注释，如起止位点、外显子、DNA重复元件或其他基因组特征。基因组参照联盟（GRC）维护人类、小鼠和斑马鱼的参考基因组。对基因组组装需要明确几点：每个染色体的起止位置是什么基因组序列中包括多少gap区域，能否被弥补？基因组上的结构变异位
穆易青·2023-11-14 01:10

【学习笔记】生物信息学基础知识+序列比对初步了解（一）

文章目录DNA和RNA的组成基因蛋白质中心法则DNA的复制DNA到mRNA转录蛋白质的剪接蛋白质的折叠突变与多态性组学转录组蛋白质组代谢组组学数据简介表观遗传复杂生物网络影像组主要研究内容介绍多序列比对全局序列比对动态规划算法(DynamicProgrammingAlgorithm)分治法(DivideandConquerMethods)SP方法(SumofPairsMethods)累进方法(Pr
Dumbledore‘s wand·2023-11-14 00:40

《生物信息学》阅读笔记 （三）：序列比对原理

这一章之前在博客中就有过介绍。这里是查漏补缺。运用全局比对的主要优势在于对具有高度同源性的序列进行优化，这在以已知三维结构的同源性序列为基础对未知序列的三维结构进行预测的模型构建中是十分有用的。局部比对适合用于哪些在其全长中具有局部的小同源性片段的序列比较，一般用于特定序列位点、结构域及其他类型重复序列的搜索，同时它在发现数据库中待分析序列的同源序列过程中也有重要意义。相似性（similarity
wxw060709·2023-11-14 00:40

2020.11.14【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第三章 双序列比对 引言）

学习目标理解同源（包括直系和旁系同源）的含义；阐释如PAM（可被接受的点突变）矩阵的生成方法；比较PAM和BLOSUM打分矩阵的用途；理解动态规划定义，并解释全局和局部序列比对算法是如何工作的；在NCBI网页上进行蛋白质或DNA的双序列比对3.1引言当完成对多个物种的基因组测序后，一个重要的工作室找到特定物种内和物种之间的蛋白质在进化上的相关性。序列水平的相关表明两个蛋白质同源具有相似或者相同的功
穆易青·2023-11-14 00:40

2023.11.13【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第六章 多重序列比对 下）

目录6.4多重序列比对数据库6.5基因组区域的多重序列比对6.6展望6.7常见问题总结6.4多重序列比对数据库Pfam：基于谱隐马尔可夫模型构建的蛋白质家族数据库SMART：简易分子构型研究工具，与细胞信号传导、细胞外结构域以及染色质功能相关的蛋白质家族数据库保守结构域数据库（CDD）：基于序列或文本对Pfam和SMART进行查询，鉴别序列中的保守结构域多序列比对数据库整合平台：InterPro和
穆易青·2023-11-14 00:36

Logtail从入门到精通（一）：日志采集杂谈

摘要：目前logtail已承载阿里云全站、所有云产品服务、全球各Region部署、阿里巴巴集团（淘宝、天猫、菜鸟等）上重要服务的数据采集。每天采集接近百万服务器上数PB的实时数据，对接数千个应用与消费者。什么是日志提到日志，很多人的第一印象就是系统打到本地的Log文件，出问题的时候看一下这个Log文件，用来排查问题。更进一步可以根据这个Log文件做实时的监控、第三方审计、入侵检测、行为分析、数据大
阿里云云栖号·2023-11-13 20:12

UseGalaxy.cn生信云平台文本文件操作手册

文本文件是生物信息学中应用非常广泛的文本格式，甚至可以说是最重要的文件格式，比如常见的测序下机数据Fastq、参考基因组保存格式Fasta、比对文件SAM，以及突变列表VCF，它们都是文本文件。
简佐义的博客·2023-11-12 22:32

【杂谈】关于如何用鼠标右键新建Typora文档

如图我们最终的目的就是可以在桌面上，通过鼠标点击右键的方式新建一个Typora文档。在键盘上按下win+R，打开运行，输入regedit.并点击确定。在搜索栏输入计算机\HKEY_CLASSES_ROOT\Directory\Background\shell鼠标右键单击shell文件夹，建立项并命名为Typora鼠标左键单击Typora文件夹，鼠标左键双击默认，将数据改为Typora。在Typor
心意310·2023-11-12 06:22

华为云原生Kubernetes之运行Volcano高性能作业的深度使用和实践

Volcano是CNCF下首个也是唯一的基于Kubernetes的容器批量计算平台，主要用于高性能计算场景，提供了机器学习、深度学习、生物信息学、基因组学及其他大数据应用所需要而Kubernetes当前缺失的一系列特性
╰つ栺尖篴夢ゞ·2023-11-11 21:27

python解析.hhr文件

HMMER用于生物信息学中的蛋白质和核酸序列比对任务，例如蛋白质家族分类、序列相似性搜索等。HHR文件是HMMER比对结果的一种输出格式，它包含了与序列比对相关的信息。
qq_27390023·2023-11-11 21:17

多序列比对sto格式转a3m

在生物信息学中，有多种文件格式用于存储多序列比对的结果，其中包括Stockholm(.sto)和A3M(.a3m)格式。
qq_27390023·2023-11-11 21:38

生物信息学笔记03 -- 基因组序列分析 方法

相关背景DNA结构DNA分子的一级结构：A,C,G,T四种核苷酸的线性多聚体；DNA分子由两条互相平行的脱氧核苷酸长链盘绕而成；DNA分子中的脱氧核糖和磷酸交替连接，排在外侧，碱基排列在内侧；两条链上的碱基通过氢键想结合，形成碱基对于腺膘呤(A)总是与胸腺嘧啶(T)配对、鸟膘呤(G)总是与胞嘧啶©配对，这说明两条链的碱基顺序是彼此互补的中心法则遗传信息从DNA传递给RNA，再从RNA传递给蛋白质，
JamSlade·2023-11-11 06:11

生物信息学中引入NLP的相关思想

这是鄙人写的第一篇博客，还有许许多多的问题，希望大家多多指正目录生物信息学与NLP是什么？什么是生物信息学？什么是NLP？生物信息学和NLP有何关联？
又三郎丶·2023-11-08 13:21

UART和USART

UART和USART1.杂谈2.什么是UART?2.1概念2.2参数概念2.3特点3.什么是USART？
丸子的蓝口袋·2023-11-07 14:49

安卓虚拟键盘_安卓这些年变化多惊人？那些老玩家才懂的回忆

1安卓曾经的界面你记得吗回顶部[PConline杂谈]新一代安卓系统很快就要正式和大家见面了，目前安卓10的前身安卓Q已经向Pixel设备推送了测试版，而安卓Q之中的“Q”到底会是什么甜品，也成为了大家热议的话题
weixin_39994461·2023-11-07 03:05

生物信息学 | 借助 AI 更高效地开启研究

By超神经生物信息学(Bioinformatics)是指利用应用数学、信息学、统计学和计算机科学的方法，研究生物学问题。
HyperAI超神经·2023-11-06 21:54

9. 《Bioinformatics Data Skills》之Unix Shell

由于UnixShell的2大哲学思想模块化与重定向，其成为生物信息学家常用的工作环境。模块化指的是一个程序只做好一件事情，然后将程序使用管道连接起来。
DataScience·2023-11-06 14:17

一些作者摘录

回答阿里社招面试如何准备，顺便谈谈对于Java程序猿学习当中各个阶段的建议设计模式大杂烩（24种设计模式的总结以及学习设计模式的几点建议）杂谈---第一次真正的高并发编程体验万能的林萧说：我来告诉你，一个草根程序员如何进入
Maker在杭州·2023-11-06 12:37

【个人杂谈】普通人基金投资铁的纪律

正确的做法是，无论是股票型基金，还是混合型基金，所有的基金都有一个铁的规定，即投资的纪律性：止盈止损的纪律性！这个止盈点和止损点就是铁的纪律！那么如何设置自己的止盈点和止损点呢？我个人认为要分为二个部分，一个是牛市，一个是熊市。熊市的时候，赚钱效应不大，那么我们的止盈点要低，我个人认为熊市的时候收益达到10%左右即可落袋。记住铁的纪律，那么收益一达到就赎回。因为涨势到了一定高点，总是要回调的，好多
努力挣钱的小鑫·2023-11-06 09:36
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