生物信息学

在线平台如何做单细胞测序分析全套？有它so easy!

专业生物信息学家也懂大家的痛，这不，单细胞测序数据兴起的时代，大佬们就在推出应对单细胞测序数据的在线工具，方便你我他。来来来，先看看大概长啥样：image.
医科研·2023-09-25 23:24

生物信息学2：VirtualBox & Bio-Linux

前言：上一篇文章讲到了利用Vmware虚拟机加载Bio-Linux，但有的小伙伴表示Vmware无法安装，也未见有效的错误提示，因此推荐第二款常用的老牌虚拟机软件——VirtualBox。1.VirtualBox下载与安装。该软件的安装比较简单，双击后根据提示一步步往下走即可。安装完毕后打开软件。2.导入及配置Bio-Linux（1）依次点击菜单栏的“管理”——“导入虚拟电脑”Figure1导入虚
了尘兰若·2023-09-25 22:39

蛋白与小分子共价连接的dock方法

主要用到的工具是autodock4，如果对这一工具不是很熟悉的同学，可以先去看一下山东大学的生物信息学课程，它会介绍autodock4的图形化界面操作。本教程主要是在Linux系统下的实现方法。由于a
非儒·2023-09-21 23:49

用于化学和生物信息学的开源 Java 库：The Chemistry Development Kit (CDK)

化学开发工具包(CDK)是用于结构化学和生物信息学的免费开源Java库。
六月雨滴·2023-09-21 23:17

【生物信息学】奇异值分解（SVD）

目录一、奇异值分解（SVD）二、Python实现1.调包np.linalg.svd()2.自定义三、SVD实现链路预测一、奇异值分解（SVD）SVD分解核心思想是通过降低矩阵的秩来提取出最重要的信息，实现数据的降维和去噪。ChatGPT:SVD（奇异值分解）是一种常用的矩阵分解方法，它可以将一个矩阵分解为三个矩阵的乘积：U、Σ和V^T。这里，U和V是正交矩阵，Σ是一个对角矩阵。SVD分解的详细过程
QomolangmaH·2023-09-21 20:56

信息时代下的生命科学

生物为重，信息为辅微分基因技术专家李河南老师详细向队员们介绍了什么是生物信息学，以及生物信息学的发展和应用。生物信息学是通过综
眀夏·2023-09-21 13:35

动态规划DP【持续更新】

动态规划  动态规划（英语：Dynamicprogramming，简称DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。  
nirvana · rebirth·2023-09-21 01:00

Java手写隐马尔可夫模型

它可以用于语音识别、自然语言处理、生物信息学、图像识别等领域。在本文中，我们将手写实现隐马尔可夫模型，并介绍其应用拓展案例。
全栈项目讲解·2023-09-20 19:31

【陈巍学基因-3】small RNA-seq

这次介绍：1.smallRNA建库测序方法2.smallRNA的生物信息学分析表达量差异分析聚类分析靶基因的GeneOntology分析(GO分析)靶基因的KEGGPathway分析3.血清、血浆microRNA
oddxix·2023-09-20 14:08

4 篇 NAR | 生物大数据时代，如何做好数据管理和再利用，发IF10+的数据库文章？...

生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览(第一版)系统梳理了常用功能数据库。
生信宝典·2023-09-20 11:46

背靠背 Nature 新方向 - 蛋白质结构家族图谱的“潘多拉魔盒”

NBT-Foldseek快速准确搜索结构相似的蛋白，AlphaFold蛋白质数据库提供了一个快速的搜索工具AlphaFold的极限:高中生揭示人工智能在生物信息学挑战中的缺陷AlphaFold2开源了，
生信宝典·2023-09-20 11:44

字符串相似度算法

适用于处理文本、推荐系统、生物信息学等领域CosineSimilarity余弦相似度用于度量两个向量之间的夹角余弦值，适用于文本相似性、信息检
留白1992·2023-09-19 14:13

观察者笔记——阶段学习总结与未来安排（百日一更）

自学时的笔记1.2.课程笔记三、数据分析3.1.numpy3.2.pandas3.3.matplotlib四、网络爬虫五、人工智能5.1.传统机器学习5.2.深度学习六、数学建模七、数据结构与算法八、生物信息学九
星石传说·2023-09-18 23:46

生物信息学---蛋白质组学中氨基酸信息编码方式

特征编码：1.基于序列的特征：资料来源：蛋白质序列特征提取方法之——CKSAAP1.1CKSAPP（k空间氨基酸对的组成）：在CKSAAP(Compositonofk-spacedAminoAcidPairs)方法中，利用在蛋白质序列片断中k个间隔距离的残基对(residuepairs)在该序列中的组成比例，建立数学模型，提取出特征向量，从而达到预测泛素(Ubiquitin)的目的。残基：组成多肽
灰太狼家的小鸭子·2023-09-18 12:01

10X空间转录组与卷积神经网络（CNNs）

相信许多做生物信息学的童鞋来说，空间转录组是最近很火的技术，但是不知道大家发现了没有，我们做空间的分析对于空间位置信息利用的很少，大多数情况我们就是把很多单细胞的分析方法映射于空间，从生物学的角度看，当然是没有问题的
单细胞空间交响乐·2023-09-17 10:19

动态规划学习

动态规划学习动态规划（DynamicProgramming,DP）是一种在数学、管理科学、计算机科学、经济学和生物信息学中使用的，通过把原问题分解为相对简单的子问题的方式求解复杂问题的方法。
alive`·2023-09-16 19:32

如何用python把fastq里所有序列的前几个碱基提取出来

本文首发于微信公众号：生物信息学习最近实验室开始用python的越来越多了，看着大家都在进步，哈哈，也是一件蛮有成就感的事情。
gtt儿_生物信息学习·2023-09-15 11:28

如何使用Python的Pyecharts做一个数据可视化的Graph 关系图？

Graph关系图通常用于社交网络分析、网络安全分析和生物信息学科研等等领域，以及其他任何需要探索复杂关系的应用场景。温馨提示：以下是本篇文章的
db_wjj_2079·2023-09-15 02:20

echart 动画 饼图_巧用EChart画动态饼图

生物信息学领域算法对于解决复杂生物学问题非常重要，随着NGS的发展对于算法需求也越来越多，同时也伴随着对数据可视化的需求的增加。
天下事一点通·2023-09-14 23:46

单个基因的生物信息学分析(2)-蛋白质结构域预测

本期的主题仍然属于《单个基因的生物信息学分析》，主要讲解介绍一下单个蛋白质结构域分析。
blue_unique·2023-09-14 13:05

我的生信自学心得分享

当我们在谈论生信的时候，我们实际在谈什么首先，我们要明确生物信息学到底是什么,什么是bioinformatics。不然，我觉得你给
xuzhougeng·2023-09-13 19:20

python笔记——python生物信息学数据管理第一部分

#import语句及模块>>>importos#导入模块>>>dir(os)#模块中呈现的变量和函数的完整列表>>>help(os.chdir)#模块下某个函数的简短解释>>>help(matplotlib.pylab)#运算a**b#a的b次幂a%b#a/b的余数a//b#向下舍入除法#整数运算结果是整数，浮点数运算结果是浮点数>>>4/31>>>4.0/31.3333333333333333#
懒猫古德·2023-09-13 07:59

Linux上安装Tarball软件------以MUMmer为例

下文以一个生物信息学小软件MUMmer为例，说明一下tarball软件的安装流程。
夏夏LJ·2023-09-13 01:32

22-从DNA损伤修复以及分析亚型角度分析膀胱癌中的免疫调节

Hello，大家好，今天小编给大家带来的是有关DNA损伤修复基因以及膀胱癌亚型免疫调节的文章，文章主要挖掘了膀胱癌不同亚型中免疫调节基因并进行了生物信息学分析，内容丰富却也不难理解，于2019年发表在JournalforImmunotherapyofCancer
AAA肿瘤信息学王协·2023-09-12 19:43

linux怎么查看一个bam文件,Linux常规操作笔记

所使用的Linux系统是曾健明的服务器，服务器信息如下：/usr/local/bin/miniconda3/bin路径下面安装了生物信息学软件，可以使用全路径调用它们，或者添加该目录到环境变量。
谢兴豪·2023-09-12 16:50

SCS【34】单细胞/T细胞/抗体免疫库数据分析(immunarch)

简介immunarch是专为分析T细胞受体(TCR)和B细胞受体(BCR)而设计的R包，主要为医学科学家和生物信息学家量身定制。
桓峰基因·2023-09-10 20:13

Y叔要求职

余光创香港大学生物信息学博士，目前在港大从事博士后工作求职意向：副教授以上地点：主要意向是广州和深圳简历：https://guangchuangyu.github.io/resume/YGC.pdfgooglescholar
Y叔_HKU·2023-09-10 14:45

[DEBUG] springboot+freemarker+shiro控制按钮的出现与隐藏

更多技术文章请访问我的博客园账户：点击这里那边会更新有关生物信息学，javaWeb，统计学理论和一些杂七杂八的记录：）leetcode刷题记录争取日更(github)：点击这里部分敏感信息已打码。
陆书生·2023-09-09 08:04

单细胞数据库整理

celltypeMarker2.SingleCellPortal-BroadInstitute界面不是那么好用，数据应该含有挺多物种的，也包括人和小鼠的3.SingleCellExpressionAtlas-EMBL-EBI欧洲生物信息学中心
Seurat_Satija·2023-09-08 17:32

Duplicate产生原因

Dup背景高通量测序检验流程可分为“实验室操作”（又称为“湿实验”）和“生物信息学分析”（又称“干实验”）两部分。
笺牒九州的怪咖·2023-09-08 10:10

论文笔记_21范数:Efficient and Robust Feature Selection via Joint 2,1-Norms Minimization

Abstract特征选择在机器学习中非常重要，尤其是在生物信息学任务中。本文提出一种新的鲁棒特征选择方法，这一方法核心在于在损失函数核正则化项中联合使用21范数。
Lr_AI·2023-09-08 01:27

捷报 | 求臻医学两地医学检验实验室满分通过此项室间质评

捷报近日，国家卫生健康委临床检验中心（NCCL）公布了2023年全国肿瘤体细胞突变高通量测序检测生物信息学分析室间质评结果，求臻医学北京、杭州两地医学检验实验室再度喜获佳绩，以满分的优异成绩通过本次考核
求小臻·2023-09-03 00:35

关于样本方差为什么除以 n-1

今天上午集训摸鱼看到同学给我发的这个问题感觉挺有意思的感性理解这一部分的内容仅代表本蒟蒻没看严谨证明之前的个人见解，如果您想看严谨的证明，请翻到下一部分还是先把图放上来罢省的有人不知道讲的什么东西呃我知道这是生物竞赛的东西（不过生物信息学都开始教图论了我讲这玩意有什么问题
竹 子·2023-09-02 22:38

lintcode77 · 最长公共子序列【中等 动态规划】

该问题是典型的计算机科学问题，是文件差异比较程序的基础，在生物信息学中也有所应用。https://en.wikipedia.org
赵长辉·2023-09-02 11:19

《TCGA数据下载的终极篇》

NCI,美国国家癌症研究所)和NationalHumanGenomeResearchInstitute(NHGRI,国家人类基因组研究所)合作，在2006年建立的癌症研究项目，旨在运用高通量测序技术和生物信息学分析方法探究癌症
生信学霸·2023-09-01 17:56

XP-CLR分析学习笔记

XP-CLR分析笔记生物信息学和遗传学是相互交织的两个学科，共同致力于解读生物体内复杂的基因信息。这些信息有助于理解物种的演化，疾病的起因，以及个体差异等方面。
生信分析笔记·2023-09-01 10:05

肿瘤科医师狂喜,15分RNA修饰数据挖掘文章

Biomamba荐语与这个系列的前面一些论文类似，这次给大家推荐的是一篇纯生物信息学数据挖掘的文章，换句话说，这又是一篇不需要支出科研经费（白嫖）的论文(当然，生信分析用的服务器还是得掏点费用的)。
Biomamba生信基地·2023-08-30 07:04

Day3 conda学习笔记——曹婕

内容主要包括生物信息学软件管理工具conda的简介和使用方法conda使用.pngcondapng.png
雪微笑·2023-08-29 01:29

一文搞懂深度信念网络！DBN概念介绍与Pytorch实战

目录一、概述1.1深度信念网络的概述1.2深度信念网络与其他深度学习模型的比较结构层次学习方式训练和优化应用领域1.3应用领域图像识别与处理自然语言处理推荐系统语音识别无监督学习与异常检测药物发现与生物信息学二
TechLead KrisChang·2023-08-28 15:04

免疫生物信息学数据库汇总||Immunoinformatics Databases

通过信息技术的进步而产生的大量生物技术数据，正在促进生物系统知识的扩大。这些创新改变了生物医学研究、开发和应用的方式。临床数据补充了生物数据，能够详细描述各种他健康和疾病的状态，进展和对治疗的反应。表示各种生物状态、过程及其时间依赖性的数据量使得能够研究生物系统EMS在不同层次的组织，从分子到有机体，甚至在种群水平。多种数据来源支持迅速增长的生物医学知识；然而，我们分析和解释这些数据的能力远远落后
周运来就是我·2023-08-28 04:16

学习小组Day7笔记--Danny

image.png转录组数据处理，试一试这个教程测序技术原理及常用数据格式简介生信入门专题|Linux常用命令集生物信息学基本概念及常用数据库介绍
Danny_dddf·2023-08-27 04:50

不好好做图的NSC系列(九):ggplot2重现Nature文章折线图+多图叠加

setwd("F:/生物信息学/NATURE折线图")A<-read.csv("折线图.csv",header=T)ggplot(A,aes(x=Day,y=val
KS科研分享与服务·2023-08-24 09:37

数据科学资源整理

数据科学主要包括两个方面：用数据的方法研究科学和用科学的方法研究数据（好吧，这明显是在玩文字游戏~），前者包括生物信息学、天体信息学、数字地球等领域；后者包括统计学、机器学习、数据挖掘、数据库等领域。
小林梓·2023-08-23 15:50

TCGA数据分析系列（二）：LinkedOmics

欢迎关注公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程：生物信息学教学今天继续我们TCGA在线数据库系列。
生信小课堂·2023-08-23 09:19

信号处理--基于EEG脑电信号的眼睛状态的分析

本实验为生物信息学专题设计小项目。项目目的是通过提供的14导联EEG脑电信号，实现对于人体睁眼和闭眼两个状态的数据分类分析。每个脑电信号的时长大约为117秒。
张哥coder·2023-08-22 22:28

2020-01-11 了解GeneBank格式

GenBank格式是最古老的生物信息学数据格式之一，最初是为了兼顾可读性和计算机处理的有些翱翔。具有所谓的固定宽度格式，其中前10个字符构成用作标识符的列，该行其余是与该标识符相对应的信息。
王子威PtaYoth·2023-08-22 12:55

生物信息学分析实用小技巧 ：蛋白质可视化

PyMOL可视化蛋白质写在前面的上次推文介绍了如何用多种方法批量快速下载高通量测序数据，主要介绍了Aspera的用法和axel用法。这里再额外提一句，Aspera的使用需要足够的学习，学会如何解决报错，如何解决网络协议问题。这次我再介绍一个简单使用的软件——PyMOL的使用，昨天晚上，我的好朋友反馈给我说这个软件教程密密麻麻一堆，不知道如何下手。因为她的任务是做蛋白质结构的一些分析，分析过程中需要
宇宙实验媛·2023-08-22 06:02

2020-09-15

改进和发展分析这些基因组并揭示其效用的方法在许多领域都具有重大意义，如比较和功能基因组学、进化和生物信息学。
Boowean·2023-08-21 11:57

生物学研究中常见的统计检验方法(二：Wilcoxon test)

然而，在生物信息学分析中经常碰到不满足此假设的情况，例如比较两个基因在两组单细胞中的表达水平。
Bio_zouxudong·2023-08-21 01:07

4 篇 NAR | 生物大数据时代，如何做好数据管理和再利用，发IF10+的数据库文章？...

生物信息分析离不开数据资源和数据库，生物信息学数据库分类概览(第一版)系统梳理了常用功能数据库。
生信宝典·2023-08-20 07:45
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