转录组比对

利用三代转录本升级基因组注释（gff3）

因为课题需要，我们在前期组装了一个基因组并进行了注释，但是存在两个问题，一个是没有考虑可变剪切，另一个是注释的基因并不准确，三代转录组的广泛普及对于基因研究提供了很大的便利，通过三代转录本比对到基因组，
郝永超M1racle·2024-02-15 01:54

springsecurity6使用

经常使用的，DaoAuthenticationProvider,这个要设置一个UserDetailService,查找数据库，，loadUserByUsername()查找出数据库中的对象，，然后进行比对
waterkid0·2024-02-14 21:36

“高颜值”在线可视化分析利器—NetworkAnalyst！

它不仅可以进行比对、定量、基因表达差异分析和富集分析、蛋白相互作用分析、多个数据集整合分析
ee00dc6faab7·2024-02-14 20:22

对比云集、贝店、好省、粉象生活、蜜源高佣联盟、花生日记之后，我为什么选择做【高省】

还有就是比这些实际上对用户的实际意义不大，我们真正比的，是比对用户最体贴的，帮用户最省钱的。高省APP佣金更高，模式更好，终端用户不流失。【高省】是一个自
日常购物技巧呀·2024-02-14 18:28

五分钟商学院学习笔记_商业篇_消费心理学_03.比例偏见

也就是说人们对比例的感知，比对数值本身的感知更加敏感。应用：运用1：换购对于第一个例子，可以这样做：买1000元的锅，加1块钱可以得到50块的锅。
SeatonLv·2024-02-14 12:37

《如何提高表达能力〉笔记

早上看到简友希亚文章《如何提高表达能力〉的几条，我觉得对我来说很有用，于是就贴了过来，今后不断的比对，主自己进步。1.跟着新闻读，因为新闻逻辑清晰，不拖沓。2.训练自己的逻辑思维。
东方浪涛·2024-02-14 06:22

python基因差异分析包_一个生信素人的上道经验分享-转录组测序（差异分析篇）...

原标题：一个生信素人的上道经验分享-转录组测序(差异分析篇)转录组测序技术(RNA-seq)作为目前二代测序领域最普遍的技术手段，自从转录组测序问世以来，已经开发了数百种分析工具。
weixin_39607873·2024-02-14 06:17

PySCENIC（一）：python版单细胞转录组转录因子分析

关于单细胞转录组转录因子的分析我们之前在单细胞系列讲过R语言版本的，参考：跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录组因子分析，但是R语言分析起来速度非常慢，如果你动辄上万的单细胞可能要运行好几周，这显然不现实
TS的美梦·2024-02-14 06:47

Python转录组学分析框架：Omicverse的安装教程

Python转录组学分析框架：Omicverse的安装教程OmicVerse是用Python进行多组学（包括Bulk和单细胞分析）的基础框架。
Starlitnightly·2024-02-14 06:46

one-hot编码和哑变量编码的区别与联系

而哑变量编码之后生成的新特征数比对应特征的取值个数少1个。One-Hot编码之所以叫One-Hot编码，是因为每个取值对应的编码中有且只有一个是
Cachel wood·2024-02-14 05:06

Week26 — 人类原发性肿瘤的染色质可及性图谱-03

1.ATAC-seq数据预处理和比对ATAC-seq预处理和比对使用的是PEPATACpipe
六六_ryx·2024-02-14 05:32

单细胞数据分析之PCA再认识与ScaleData函数

我们首先再认识一下PCA数据做PCA分析的前提是1、主成分分析认为主元之间彼此正交，样本呈高斯分布；2、主成分分析假设源信号间彼此非相关；那么这里我们需要讨论一下，我们的单细胞或者空间转录组数据是呈现高斯分布的么
单细胞空间交响乐·2024-02-14 04:18

什么地方能买微信投票，请说出来 什么地方能买微信投票，请说出来

微信投票各位在找时免不了会感觉极点纠结，正由于这样主张各位要多找几个团队施行整合比对，像这样才调看出来大多数团队服务态度，在投票途中安全自然而然会有必定保险，也
桃朵app·2024-02-14 04:46

10X空间转录组分析回顾之Giotto

这一篇我们回顾一下10X空间转录组的分析软件----Giotto，文章在Giotto,atoolboxforintegrativeanalysisandvisualizationofspatialexpressiondata
单细胞空间交响乐·2024-02-14 04:30

10X单细胞（10X空间转录组）通讯分析之汇总（scSeqComm）

开工第一天，开年红包到手，不知道大家工作的怎么样呢？？这一篇我们来汇总单细胞数据的通讯分析，参考文章在Identify,quantifyandcharacterizecellularcommunicationfromsingle-cellRNAsequencingdatawithscSeqComm，开年了，新的开始，我们来汇总一下细胞通讯2种主要的信号机制anintercellularsignal
单细胞空间交响乐·2024-02-14 02:25

介绍一款单细胞细胞类型注释软件-scibet

作者：童蒙编辑：amethyst引言随着技术的进步，测序成本的降低，单细胞转录组的数据呈指数级的爆发。
生信阿拉丁·2024-02-14 01:55

《合作学习与风险管控》

194.合作学习与风险预判和管控合作学习是一场难度很大的教学变革，它与传统教学相比对老师驾驭教学的能力要求大大提高了，对教师本体性知识和条件性知识的依赖度大大降低，而对经验性知识和综合文化性知识的依赖度大大提高
天涯客旅·2024-02-14 01:17

2022-04-08尽职调查与风险识别

将尽职调查所收集的资料作为证据，从主体、行为、环境三个要素出发，通过分析、比对证据信息和规则要求，以识别出企业所存在的刑、行、民、单方权益丧失和违反法律以外规则的各类风险。3.清单管理。
金矿·2024-02-13 23:19

女人对女人反而是仁慈的

女人虽然经常打闹但对同性之间的容忍度比对异性要高很多。我认为原因有二。其一，对方赢了要假装祝福显示自己的大度；对方输了要假装关心炫耀自己的优越。其二，在男人和女人的博弈中女人和女人是同一战线的。
蒲公英报姐·2024-02-13 22:23

为什么非对称加密比对称加密慢？

这个问题是一个读者面试时遇到的一个问题，准备过面试的人应该都记得，非对称加密与对称加密的区别之一就是非对称加密的速度慢，但是我们做业务开发的时候通常都是直接调用算法，对其原因并没有过多深究，因此如果有面试官问到了这个问题，的确会让人措手不及。正好借着这篇文章来说一说。对称加密与非对称加密首先我们先来说一下到底什么是对称加密，什么是非对称加密，这一节主要是用一些例子来介绍一下对称加密和非对称加密是什
qq_33419925·2024-02-13 21:37

06高通量测序-RPKM,FPKM,and TPM

ReadsPerKilobaseMillion)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)这些均一化的read计数如下:测序仪深度(Million)测序越深，就有越多的read比对到基因上
不到7不改名·2024-02-13 20:56

转录组文章 | 2022《Journal of Hazardous Materials》细胞壁多糖在水稻钒解毒中的作用及其转录组机制

一、导读细胞壁多糖在重金属结合方面起着至关重要的作用，这有助于植物体内重金属的解毒。然而，目前有关于钒（V）与植物根系细胞壁结合的分子机制的研究目前还没有，尤其是有关于对水稻（OryzasativaL.）的研究。本研究以两个不同V耐受程度的水稻品种为研究对象，探究了不同V浓度对V的亚细胞分布的影响，揭示了细胞壁多糖对V暴露的调控机制。结果表明，水稻根系抑制了V的向上迁移，V在根系细胞壁中的积累量达
生信师姐·2024-02-13 19:17

【算法详解】STitch3D：空间转录组数据和单细胞RNA测序数据共同建模的空转数据对齐和整合算法，实现更高分辨率的3D结构重建

目录0参考文献1模型特色2算法解析2.1模型概述2.2获得隐空间表示2.3获得细胞类型比例2.4处理批次效应0参考文献STitch3D原论文：Constructionofa3Dwholeorganismspatialatlasbyjointmodellingofmultiplesliceswithdeepneuralnetworks1模型特色生物体器官具有复杂的三维结构，生理过程的进行也很少在二维
yaoyao255·2024-02-13 18:32

R、python读取空间转录组的8种方式

“空间转录组测序主要包括5个步骤，我们着重下游分析部分：空转数据分析和可视化。
生信小博士·2024-02-13 18:01

pacbio三代扩增子测序序列比对

关于序列比对的问题求助序列比对完之后可视化方法，比如300多条序列有同样的突变或者缺失规律，该怎样用一条序列或其他可视化方法表示出来。图一
小鹿不吃香菜·2024-02-13 18:58

如果可以重来一次， 我不想你再做一个“老好人”

开始今天的唠叨前，先讲一个真实的故事：我最好的朋友慕容哥（化名），在众人眼中是对老婆比对亲妈还好的“国民老公”。在罗志祥事件曝光的前一天，他与另一半结束了8年的婚姻，原因和前者类似。
凯洛格·2024-02-13 12:47

学而思（第四天）

个人觉得，胡老师值得借鉴的做法是，将人教版旧教材和统编教材相同篇目或活动内容放在一起进行细致比对，对两者的异处细细揣摩，在比
叨叨魅·2024-02-13 07:58

经典阅读毛姆《寻欢作乐》：你以为自己道德高尚，人家就不能寻欢作乐了

（序P2）2.我发现，如果一个人打电话找你，发现你不在，于是留言说有一件非常重要的事情，请你一收到消息就给他回电，那么这件事肯定对他比对你更
不凡默默·2024-02-13 06:55

手机赚钱app有哪些？手机赚钱app排行榜前十名

然而大部分都有难以提现的问题，小编我经过各种筛选、测试，去掉其中赚钱慢的，再去掉提现难的,熬夜加班很多天终于筛选出了十款，再进行认真比对之后做了一份榜单，也就是现在的赚钱APP排行榜前几名。
高省APP大九·2024-02-13 02:51

Datax ETL工具源码研究

由于公司数据共享交换产品中需要用到数据交换工具，所以对数据交换工具进行了大量的研究，目前比较流行的数据交换工具有Kittle、Sqoop、KafkaConnect、DataX；以下是个人的一点比对结果：
Spring1985·2024-02-13 01:57

@所有人，社保将迎来3大新变化，这些证明不用再提供

人社部表示，全面清理社会保险领域各类证明事项，把绝大部分现在要求用人单位和劳动者提供的证明事项，明确规定不得要求提供，而改为通过数据比对、信
阳明HR·2024-02-12 19:43

C语言二分查找

通过数组下标对应的值与要查找的数进行比对，中间下标为最前面的0和数组实际长度减一的平均值，如果要查找的值比中间下标对应的值大，low=（中间下标+1），middle=（low+hight)/2；如果要查找的值比初始下标对应的值小
故事腻耳_122·2024-02-12 17:35

2020-4-10晨间日记

习惯养成：早起周目标·完成进度比对目标1、个人学习昨日未进行，今天补上2、练车3、中心设计未进行学习·信息·阅读未进行，听书《你就是孩子最好的礼物》阅读《九宫人格》健康·饮食·锻炼
红太狼的蒙氏理想国·2024-02-12 15:42

2021-03-22

03、测序数据批量比对到参考基因组建立索引：cd/home/ngs/Pipeline/WES/database/gatk/hg38gzip-dHomo_sapiens_assembly38.fasta.gzmkdirindex
Jason_5b5a·2024-02-12 15:46

2022-07-28

2811:47发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：huacishuIF=38.272推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：1、作者分析了来自57个PDAC、22个正常样本的80000个T细胞，并使用单细胞转录组学和
图灵基因·2024-02-12 13:17

10X空间转录组的文献思路简单分析

这一篇我们简单回顾10X空间转录组的分析思路和过程，上一篇说到，ST需要对基因表达、空间位置和组织学信息进行更全面和综合的考虑，所以难度上，比单细胞需要更高，对人的
单细胞空间交响乐·2024-02-12 12:59

应用Cellpose进行细胞核分割

在这个教程中，我们将展示如何应用组织结构的细胞分割算法Cellpose（包含在squidpy.im.segment)进行空间转录组数据图像的细胞核分割。
JUpter_·2024-02-12 10:39

C#，最大公共子序列（LCS，Longest Common Subsequences）的算法与源代码

最大公共子序列算法，常用于犯罪鉴定、亲子鉴定等等的DNA比对。1.1子序列让我们考虑一个序列S=。一个序列Z=在S上被称为S的子序列，当且仅当它可以从某些元素的S删除中派生出来时。
深度混淆·2024-02-12 06:23

拼图游戏

我没有去淘宝上仔细比对，但是100多元三套的印刷质量还蛮差的，图片和实物的颜色偏差大，印刷模糊，所有的颜色都模模糊糊，朦朦胧胧，增大了难度。
82年的pxx·2024-02-12 05:32

踏入社会才明白的道理

不论你是真的比对方高明，还是仅仅是你自以为比对方高明。2.不要尝试去说服任何人，这里的说就是读“shuo”，shuo服是不管用的，当时服了，很快就变回去了。省下说的时间，用行动和结果碾压最有效。
三生万物A·2024-02-12 03:04

力扣：455. 分发饼干

贪心解法思路：1.先把两个数组按顺序遍历好，之后用最大的饼干来喂最大的胃口，如果最大的饼干不能喂饱最大的胃口，就除去这个最大的胃口，在剩下的为胃口中找最大的胃口来进行比对。
AnDanXingKo·2024-02-12 02:57

偶像的力量

所以，我就认真地比对查找，找到后，里面啰里啰嗦一大堆，只记得一个结论：属牛者，勤劳努力，是个大器晚成者。有了这护身符的加持，我可高兴了。原来这段时间以来，一直改变方法，想提高成绩，
余非鱼非予·2024-02-11 23:47

【OrangePi Zero2 智能家居】阿里云人脸识别方案

一、接入阿里云二、C语言调用阿里云人脸识别接口三、SystemV消息队列和POSIX消息队列一、接入阿里云在之前树莓派的人脸识别方案采用了翔云平台的方案去1V1上传比对两张人脸比对，这种方案是可行，可以继续采用
咖喱年糕·2024-02-11 21:22

2023-04-06

将二代测序短reads比对到参考基因组上，并进行排序和去重复的等处理，用于后续的变异检测。
小谷头·2024-02-11 21:58

UCSC Cell Browser：可视化你的单细胞数据 | 单细胞分析工具

自2010年以来，单细胞转录组文章数量呈指数级增长。这种增长导致了对交互式工具的需求，这些工具让科研人员在与合作者更深入地进行计算分析之前，能够在高水平上探索和理解这些复杂的数据集。
尐尐呅·2024-02-11 17:03

单细胞scRNA-seq学习笔记5-单细胞异质性和批次效应

今天继续搬砖主要学习了一下内容：单细胞转录组学习笔记-5-熟悉文献作者提供的两个表达矩阵-https://www.jianshu.com/p/33a7eb26bd31单细胞转录组学习笔记-6-得到表达矩阵后看内部异质性
天涯清水·2024-02-11 14:47

上亿条数据，如何比对并发现两个表数据差异

https://blog.csdn.net/aijiudu/article/details/89279824selectmd5(concat(cfg_name,cfg_value))asrecord_keyfrombmsql_config;如何快速比较两张表内同是否相同https://blog.csdn.net/pfm685757/article/details/71698152
justsomebody126·2024-02-11 12:52

lncRNA转录组分析泌乳母猪热应激机制

热应激(Heatstress,HS)严重影响母猪泌乳性能，然而，关于HS通过下丘脑-垂体-乳腺轴(HPMA)影响雌性动物泌乳性能的机制，信息有限。长链非编码RNA(Longnon-codingRNAs,lncRNAs)在转录和转录后调控中发挥重要作用。但是，lncRNA在母猪下丘脑-垂体-乳腺轴上表达影响泌乳性能的机制尚不清楚。因此，本研究对热应激和热舒适条件下哺乳母猪的下丘脑、垂体和乳腺组织进行
felix108·2024-02-11 06:37

十大赚钱最快的app(这10个最靠谱的赚钱软件千万别错过)

然而大部分都有难以提现的问题，小编我经过各种筛选、测试，去掉其中赚钱慢的，再去掉提现难的,熬夜加班很多天终于筛选出了十款，再进行认真比对之后做了一份榜单，也就是现在的赚钱APP排行榜前十名。
氧惠超好用·2024-02-11 06:33

Python实现计数排序

对于如果存在使用两个数组成员进行比较的操作，该方法会导致排序算法的时间复杂度会存在一个下界问题，该问题在使用计数排序的时候可以突破这个理论下界，也即是不适用元素比对的操作的算法之一，计数排序。
X Y sawyer·2024-02-11 02:03
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