进化树

利用MegaX构建系统发育树

对于做实验的小伙伴来说，我们经常需要构建进化树，那么很多人应该都会选择MEGA（MolecularEvolutionaryGeneticAnalysis）这款软件。

杨博士聊生信·2024-02-20 08:44

跟着BMC genomics学作图：R语言ggplot2+ggtree进化树拼接三角热图

image.png有读者在公众号留言问这个图的实现办法，今天的推文介绍一下这个图的R语言实现代码这个图示物种的进化树，热图展示的是kaks的值首先是进化树的数据image.pngnwk格式的树文件还有一个物种的分组文件

小明的数据分析笔记本·2024-02-13 22:30

跟着ISEM学作图：R语言ggtree+ggplot2组合进化树和气泡图

Conservedandreproduciblebacterialcommunitiesassociatewithextraradicalhyphaeofarbuscularmycorrhizalfungiimage.png今天的推文我们来重复一下论文中的Figure2image.png没有找到论文提供的原始数据，这里数据我自己构造一份首先是左侧的进化树文件

小明的数据分析笔记本·2024-02-10 17:59

ggtreeExtra的开发及其在宏基因组上的应用

斗战胜佛oh·2024-02-09 12:52

下载微生物16S rDNA序列并用MEGA-X构建进化树

整理：王采荷一、下载同一种属不同species下的微生物16SrDNA使用NCBI网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/选择nucleotide，搜索框输入"Reckettsia16S"图一网页下拉可以看到不同species的16SribosomalRNAgene，把这些都选上图二将选中的这些序列都导出来，命名为Rickettsia16S，由于导出后是txt文件，将后缀改

Dayueban·2024-02-06 11:28

为什么现在的LLM都是decoder-only架构？

写作动机关注这个问题呢，主要是源于这篇论文HarnessingthePowerofLLMsinPractice:ASurveyonChatGPTandBeyond对我的启发，这篇文章也许你没有听说过，但我想下面这个LLM进化树

zhangbihan999·2024-02-03 12:53

大语言模型（LLM）的进化树，学习LLM看明白这一张图就够了

最近一些学者整理出了ChatGPT等语言模型的发展历程的进化树图，让大家可以对LLM之间的关系一目了然。

才能我浪费·2024-01-30 12:21

GTDB-Tk v2: memory friendly classification with the Genome Taxonomy Database, 物种注释和进化树构建工具使用及介绍

资源介绍：GTDB-Tkv2:memoryfriendlyclassificationwiththegenometaxonomydatabase|Bioinformatics|OxfordAcademic(oup.com)GTDB-GenomeTaxonomyDatabase(ecogenomic.org)大家自己看吧，不在解释了，直接上安装和配置，然后再使用。github地址：GitHub-Ec

小果运维·2024-01-24 07:59

R语言ggtree：将进化树中的序列id改成物种名称

通常我们会使用比对好的fasta文件构建进化树，fasta文件中大于号后的内容就是最终进化树上的文字标签。如果拿到进化树文件后你想替换掉其中的一些内容，那该怎么办呢？

小明的数据分析笔记本·2024-01-24 07:33

答读者问~使用R语言利用SSR数据构建进化树

今天公众号的一位读者留言问有了SSR的数据，如何画树状图？SSR的数据我也是第一次接触，我看了一下他发给我的数据，是csv格式，每行是一个样本，每列是一个位点。位点的取值是0，和1。这种格式好像叫做二进制的格式。就是下面这种image.png第一列是样本名称，后面每一列是一个位点。我搜索了一下相关教程，找到了一个。需要借助ape这个包，如果是第一次使用的话需要先安装install.packages

小明的数据分析笔记本·2024-01-16 14:42

群体结构分析

目的：对群体结构和亲缘关系进行评估以确定使用的统计模型和获得相应的矩阵评估内容（遗传上差异过大应剔除，相似性高的保留其一）Structure是与PCA、进化树相似的方法，就是利用分子标记的基因型信息对一组样本进行分类

滴滴_54f1·2024-01-16 07:10

对人的全面了解(五)

达尔文的进化提出很多生物学研究方面的新领域，首要的问题就是生物进化树问题即所有生物之间的关系问题，其次是生命的起源问题，生命与环境的关系问题，生物的遗传和进化问题…

张老大186·2024-01-12 13:40

大模型内容分享(十二)：图解大语言模型：从操作系统的视角

LLM的进化树[1]基于「Transformer」的模型（非灰色颜色）和其中的「仅解码器（DecoderOnly）模型」（蓝色）占明显的优势开源模型（实心块）和闭源模型（空心块）都在迅速发展Google

之乎者也··2024-01-12 09:38

16s—β多样性分析（R画三维PCoA图）

通过计算样本间距离可以获得β多样性计算矩阵，后续一般会利用PCoA、进化树聚类等分析对此数值关系进行图形展示。

walnutoil·2024-01-07 16:23

微生物基因组产品常见问题解答

“系统进化树构建都有哪些方法？““共有和特有基因分析中韦恩图为何与表中统计的数字不一致？”“在功能注释结果中，Identity、Evalue、Score有什么区别？

ee00dc6faab7·2024-01-07 14:41

生物生态学领域构建和分析进化树的常用R工具包介绍和使用

构建进化树的需求在生物生态学领域，构建进化树（也称为系统发生树或谱系树）具有以下几个重要的目的和需求：理解物种间的亲缘关系：进化树揭示了物种之间的演化关系和共同祖先，帮助科学家理解不同物种是如何从共同的祖先分化出来的

小果运维·2023-12-28 16:28

R语言|ggtreeExtra包绘制进化树

R包-ggtreeExtra绘制进化树ggplot2提供的geom_tile图层可以画热图了，ggplot2的geom_point或者ggstar的geom_star可以绘制点图层。

维凡生物·2023-12-28 10:47

MEGA 构建进化树步骤

【转载】分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。研究某个基因的进化，是用它的DNA序列，还是翻译后的蛋白质序列呢？序列的选取要遵循以下原则：1）如果DNA序列的两两间的一致度≥70%，选用DNA序列。因为，如果DNA序列都如此相似，它的蛋白质会相似到看不出区别，这对构建系统发生树是不利的。所以这种情况下应该选用DNA序列，而不选蛋白质序列。2）如果DNA序列的两两间的一致度≤70%，DNA序列和蛋白

小井_8870·2023-12-25 07:48

生物系统学中的进化树构建和分析R工具包V.PhyloMaker2的介绍和详细使用

V.PhyloMaker2是一个R语言的工具包，专门用于构建和分析生物系统学中的进化树（也称为系统发育树或phylogenetictree）。

小果运维·2023-12-24 02:31

种系进化树分析和构建工具R工具包S.phyloMaker的介绍和详细使用方法

S.PhyloMaker介绍先看文章：updatedmegaphylogenyofplants,atoolforgeneratingplantphylogeniesandananalysisofphylogeneticcommunitystructure|JournalofPlantEcology|OxfordAcademic再看仓库：GitHub-jinyizju/S.PhyloMaker:Th

小果运维·2023-12-24 02:31

大语言模型的三种主要架构 Decoder-Only、Encoder-Only、Encoder-Decoder

现代大型语言模型（LLM）的演变进化树，如下图：https://arxiv.org/pdf/2304.13712.pdf基于Transformer模型以非灰色显示：decoder-only模型在蓝色分支

Charles_yy·2023-12-23 06:35

ChatGPT开源系列

目录进化树从GPT-4可以看出未来LLM的哪些趋势？未来的研发方向和优化策略是什么？

MIngo的成长·2023-12-23 01:16

R统计绘图-rgbif包下载GBIF数据及绘制分布图

1基本信息博士退学前，做完斑马鱼的Phylogenomics分析，系统进化树冲突、基因流、ILS和种群历史动态等分析了之后，需要看一下Danio属物种的地理分布，希望能跟Phylogenomics分析结果有所印证

EcoEvoPhylo·2023-12-18 10:48

生信漫谈如何利用MEGA7构建系统进化树

今天我们主要来介绍如何用MEGA7进行进化树。1、下面以MEGA7为例来进行讲解，下面是下载地址，大家根据自己的系统进行下载即可。

生信漫谈·2023-12-17 22:56

比较基因组学常用分析软件和分析方法

OrthoMCLorOrthofinder；（2）多序列比对Muscle/MAFFT/ClustalW/T-coffee，Muscle效果好点（3）调取保守区域，并收尾连接，形成supergeneGblocks（4）进化树

刘相培在努力学习中·2023-12-05 09:18

使用RAxML构建最大似然进化树

软件下载，安装软件网页：TheExelixisLab(h-its.org)raxml软件使用手册：PDF```wget-chttps://github.91chi.fun/https://github.com//stamatak/standard-RAxML/archive/refs/tags/v8.2.12.tar.gztarzxvfv8.2.12.tar.gzSequentialversion

Cheng_WANG·2023-12-05 06:03

Mega软件操作教程

Mega软件操作教程001-a进化树基本概念知识点讲解（理论讲解）001-b进化树原理和建树方法的选择（理论讲解）001-c进化树结构术语等（理论讲解）001-d分子系统进化分析流程（理论讲解）001-

生信小窝·2023-12-04 17:17

FigTree进化树批量修改ID

教程来源https://www.omicsclass.com/article/675FigTree可以基于系统进化树分析文件nwk进行进化树显示和美化，具体可以参考：https://www.omicsclass.com

惊鸿影·2023-11-25 06:25

相似基因序列问题 ——查找

通过比较不同生物的基因特征及基因组结构，可以大致确定生物之间的亲缘关系，并建立系统进化树。在比较过程中，可能有一些遗

OLDERHARD·2023-11-22 01:42

mega11进化树分析

如何用mega11进行进化树分析1.安装mega11这个比较简单，我就不细说了2.使用步骤2.1：打开mega11后，如果你要做进化树分析，切记，右下角选择ANALYZE2.2选择Edit菜单下的InsertSequenceFromFile

R语言爱好者·2023-11-03 04:53

进化树 + Motifs + 结构域 + 启动子 + 基因结构 + ....

放一张效果图，这些，三四年前的东西，我其实一直懒得说。写在前面“GeneStructureView(Advanced)”这个功能可以说，也是一时兴起写出来的。开发的主要动机，还是发现师弟师妹在做的事情实在是太费时间精力。就这样，四五年过去了。直到现在，我仍然没搞懂，这个功能是怎么被大伙用起来的。我甚至没有花过时间，专门为这个功能写教程。网络上已有的教程，均是用户们自发总结，确实已经讲解得足够清晰明

生信石头·2023-11-01 21:19

UniFrac distance

UniFrac距离是betadiversity的群落比较方法，主要是基于系统发生树比较，利用不同样品中OTU代表序列构建进化树，比较特定的进化谱系中是否有显著的微生物群

咸鱼426·2023-11-01 12:50

生物小工具

关键词：生物信息学工具;绘图工具1、itol用于对系统进化树进行美化的工具（关键词：进化树，系统发育树，可视化，美化，iTOL，EvolView）https://itol.embl.de/另外一个EvolViewhttps

天明豆豆·2023-10-30 22:44

R语言处理基因芯片测序得到的SNP数据的一个简单小例子~进化树和PCA

最终拿到的数据格式如下image.png第一列是探针id第二列是染色体编号第三类是染色体位置第四列是第一个样本的基因型接下来依次是每个样本的基因型相当于是每行是一个位点，每列是一个样本这个数据集下载自链接https://popgen.nescent.org/StartSNP.htmlimage.png今天推文的主要内筒也是参考自这个链接，这个链接的数据集是500多个样本，3000多个位点，我只选取

小明的数据分析笔记本·2023-10-17 06:50

一起来爬聚类树！

我们经常听到：系统发育树、系统进化树、系统发生树，其实都是为了推测物种进化机制

刘小泽·2023-10-16 11:16

基因家族分析(4)ggtree绘制高端进化树

，一般的用户可能只使用MEGA绘图，进阶一点的便会使用iTOL，evolview等2款在线绘图平台，然而这并不是本文所要介绍的重点，本节来介绍如何使用ggtree来绘制系统发育树，自从有了ggtree进化树绘制从未如此简单加载

R语言数据分析指南·2023-10-06 02:25

进化树+蛋白结构域

目标数据准备依然查看help界面的Proteindomains在上传数据的时候我们发现多了按钮，可以从PFAM上上传数据，evolview使用的标签名必须与PFAM的URLAPI是一样的手动上传示例数据KLF9_HUMAN244189,212,zf-H2C2_2,Pfam-A,,,PF13465,5.4e-05,32.80159,186,zf-H2C2_2,Pfam-A,,,PF13465,0.0

周小钊·2023-10-05 09:50

揭秘编码器与解码器语言模型

通过LLM进化树（github.com/Mooler0410/LLMsPracticalGuide）来看，这些语言模型主要分为三类：一是“仅编码器”，该类语言模型擅长文本理解，因为它们允许信息在文本的两个方向上流动

OneFlow深度学习框架·2023-09-29 12:24

绘一棵超酷炫的系统发育树！

系统发育树也称为系统发生树、聚类树或者进化树。它以树状结构表示各个节点的进化和亲缘关系，枝点可以是物种和基因等，在系统发育分析、基因家族和物种进化分析中经常会看到此类图片。像这个还有这个是不是很漂亮？

组学大讲堂·2023-09-27 07:34

高颜值生物信息在线绘图工具

pTHHqxuf0y1MCCCBaZjt9A十一之前，出了一期画图专辑：好色之旅-画图三字经简洁明快地总结了生信宝典推出的一系列画图相关文章，包括多种形式的热图、线图、柱状图、箱线图、泡泡图、韦恩图、进化树

生信宝典·2023-09-26 04:09

基于R做宏基因组进化树+丰度柱状图TreeBar带聚类树的堆叠柱形图

写在前面同之前一样，重分析需要所以自己找了各路代码借鉴学习，详情请参考R语言绘制带聚类树的堆叠柱形图，实操效果如下：步骤表格预处理选取不同样本属水平的物种丰度图（绝对和相对水平都可以，相对画出来是齐的，绝对的bar是不齐的）。Top10丰度外的类群合并为Others。这里注意，用本篇代码时，表格选择csv/txt等格式文件一定要是制表符分隔的，不然会报错重复名或者没有多出的行分组信息代码演示#装包

twocanis·2023-09-24 11:45

10X单细胞（10X空间转录组）分析之将单细胞转录组映射到拷贝数进化树（scatrex）

hello，大家好，今天我们来分享一个很有意思的分析，那就是根据单细胞CNV数据绘制进化树，大家常见的进化树是下面这样的。

单细胞空间交响乐·2023-09-22 13:48

优质绘本介绍之《树木》：关于树木的一切，以及扎根其中的人类文明史

，凡是涉及到树木的内容，从我们能直接想到树木的树干、树叶、树根、种子，到树木的四季变换，到依靠树木生存的各种动物（以树为食或者依树而居），到凭借树木所制造的各种工具、艺术品、乐器，甚至于借用树木形状的进化树和家族树等等

书山指路侠·2023-09-17 01:27

R语言ggplot2作图如何去掉图例中的NA

遇到这个问题是在使用ggtree可视化展示进化树的时候，我想给进化树的枝分组映射颜色第一步是准备进化树文件(((T1:0.4861354076,T2:0.2834595428):0.942360715,

小明的数据分析笔记本·2023-09-15 19:41

使用iTOL美化进化树

小编之前写过一篇使用“ggtree"快速美化进化树的文章（使用ggtree对进化树进行分组美化-），但是有好多同学反映不会使用R语言，很难读懂那些代码。

生信小王子·2023-09-10 22:17

重测序分析（11）群体进化分析之structure分析

Structure分析Structure分析使用了与进化树和PCA截然不同的算法，所以能够解决后两者不能解决的问题。

Bioinfor生信云·2023-09-08 19:22

【比较基因组】从进化树到分化时间

虽然不是学生物或者医学的，但是听了很多生命科学的报告。关于生命的起源、进化——从个体到宇宙，生命是如何从无到有，又如何实现了现在的千姿百态——是生命科学数百年来一直在研究的问题。其实总结来说，无非要抛出常见的三联问：记得以前听一个老师的报告，问过大家一个问题：如果你碰到一个无所不知，文明远远高于我们的外星人，你可以问他一个问题，会问什么？我记得一个深刻的答案是：会问人类是不是人工智能？好像有个科幻

jjjscuedu·2023-09-07 08:59

使用ggtree对进化树进行可视化

###加载所需R包#if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))#install.packages("BiocManager")#BiocManager::install("ggtree",version="3.8")library(ggplot2)library(ggtree)###设置工作路径setwd("/Users/liang/Desk

Davey1220·2023-09-06 19:41

2021-11-16 ggtree包绘制进化树

绘制出的进化树还是很专业美观的！

iColors·2023-09-06 02:11

构建发育树 Bootstrap值

即自展值，可用来检验所计算的进化树分支可信度。Bootstrap几乎是构建系统进化树一个必须的选项。一般Bootstrap的值>70%，则认为构建的进化树较为可靠。

赵会成·2023-08-26 17:58

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