进化树

出众的进化树编辑软件Evolview原文地址：

原文地址：http://blog.sina.com.cn/s/blog_6ae9969e01018qfd.html尽管有人推荐过了（http://www.plob.org/2012/07/26/2840.html），我还是得说一说这款好用的软件。软件是在线的，猛击这儿：http://www.evolgenius.info/evolview.html#login。具体操作，完全没什么好说的，因为软件
jiaxiaodong1018·2020-07-29 19:16

生信笔记：系统进化树的分类

原文链接建立系统进化树的意义由于林奈氏分类法出现于进化的概念没有被广泛接受的年代，所以系统发育分析可以用来测试现有的生物分类系统，确定哪些分类与进化历史一致，哪些需要修改。
YangRiriri·2020-07-29 16:55

构建多基因的系统发育树

需求：构建13个物种的13个基因的系统进化树下载需要比对的12个物种将13个物种中13个基因分别分开到单独的文件比对每一个基因拼接比对结果使用mage构建系统发育树一、下载需要比对的12个物种fromBioimportEntrezimportosEntrez.email
技术之虫·2020-07-29 16:21

系统进化树构建及数据分析的简介

2．关于构建进化树的方法的选择例如，“用boostrapNJ得到XX图，请问该怎样理解？能否应用于文章？用boostraptest
SHMILYRINGPULL·2020-07-29 16:32

系统进化树-原理介绍及软件使用

--系统进化树-原理介绍及软件使用--引自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101l3ai.html什么叫系统进化？
weixin_33861800·2020-07-29 14:31

生物信息中的Python 04 | 批量下载基因与文献

比如，老板让你比对自己测定序列与NCBI库中序列，并构建相应的进化树，而这个序列需要大于100条。
白墨石·2020-07-12 02:16

生物信息中的Python 03 | 自动化操作NCBI

比如，老板让你比对自己测定序列与NCBI库中序列，并构建相应的进化树，而这个序列需要大于100条。
白墨石·2020-07-12 02:15

宏基因组分箱后续

宏基因组分箱后续1.分箱流程2.代谢潜能分析2.1代谢通路构建2.2基因簇分析3.进化树构建3.1物种选择3.1.1如何从NCBI批量下载genome数据3.2进化树构建3.2.1序列选择用16SrRNA
ruby912·2020-07-11 22:36

基因结构图-分分钟学会

还可以联合其他数据绘制进化树-基因结构图，展现基因结构与系统进化关系。
组学大讲堂·2020-07-08 11:04

Phylip进化树的使用，偏重于文件格式的获取

Phylip进化树的使用，偏重于文件格式的获取TableofContents1关于这个软件2mix.exe格式3pars.exe4附录：phylip软件子程序说明1关于这个软件这个软件包含的内容很多，里面有许多的程序
gaorongchao1990626·2020-07-07 08:42

QIIME 2教程. 07帕金森小鼠教程Parkinson's Mouse(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.7帕金森小鼠教程本节视频视频教程假设启动QIIME2运行环境元数据数据导入QIIME2序列质量控制和特征表特征表摘要构建多样性分析所需的进化树Alpha稀疏和深度选择多样性分析
刘永鑫Adam·2020-07-06 20:57

iTOL美化进化树实战：标签、枝修饰，分组着色

进化树一文读懂Evolview基础Evolview进阶iTOL美化之前讲了很多进化树的理论，但实战还是有困难。今天来一个树的实战。
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:26

GraPhlAn教程中文版——超炫物种树进化树绘制

文章目录GraPhlAn教程中文版概述Overview介绍Introduction安装Installation方法1.Bioconda快速安装方法2.Mercurial下载方法3.直接下载压缩包脚本Scripts分步示例Step-by-stepexample0绘图Defaultplot(step0)1全局选项Globaloptions(step1)2节点选项Nodeoptions(step2)3标
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:23

Evolview：进化树美化进阶

那先戳这里如何提升系统进化树的颜值？小美教你轻松搞定，今天我们要进阶啦，玩玩它的高级使用，教您如何在进化树中添加柱状图、点图和热图。
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:23

什么是bootstrap?

例如进化树分化节点的自展支持率等。Bootstrap的思想，是生成一系列bootstrap伪样本，每个样本是初始数据有放回抽样。通过对伪样本的计算，获得统计量的分布。
sun_168·2020-07-05 13:55

《进化》游戏说明书

进化游戏背景自然中蕴藏着神秘的双螺旋基因，演绎出生命的进化树。前情提要本游戏适合3-8人玩耍，游戏时长约20分钟。
suhang1596·2020-07-04 16:44

QIIME 2用户文档. 4人体各部位微生物组分析实战Moving Pictures(2018.11)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.4人体各部位微生物组启动QIIME2运行环境样本元数据下载和导入数据拆分样品序列质控和生成特征表方法1.DADA2方法2.Deblur特征表和特征序列汇总构建进化树用于多样性分析
刘永鑫Adam·2020-07-01 06:10

QIIME 2教程. 04人体微生物组分析Moving Pictures(2020.02)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.4人体各部位微生物组本节视频视频教程启动QIIME2运行环境样本元数据下载和导入数据拆分样品序列质控和生成特征表方法1.DADA2方法2.Deblur特征表和特征序列汇总构建进化树用于多样性分析
刘永鑫Adam·2020-07-01 06:09

生物信息之多序列比对，进化树分析，保守位点分析

序列下载与整理网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene下载fasta格式序列输入你想查找的序列，比如Syp基因可以点击图片来查看高清图进入基因详细信息页面点击Genbank如图所示可以下载到fasta格式的序列，注意这里下载的是基因或者蛋白质的全序列如果你有一定的Python编程基础，可以查看这篇文章来批量下载大量基因序列：生物信息中的Python04|批量下载基因
白墨石·2020-06-27 00:15

ape包01：介绍

ape全称AnalysesofPhylogeneticsandEvolution，主要用于系统进化树分析，包含读写各种格式的Tree及可视化，读取fasta，计算序列的距离，转换氨基酸序列构建居于距离的树
quan575·2020-06-25 03:18

MLAPP————第十四章 核方法

或者是进化树，它的大小和形状都是可变的。解决这类问题的一种方法是为数据定义生成模型，
QQQiZZZ·2020-06-24 13:04

为什么人工智能难以达到儿童语言水平？

它是在进化树上离我们最近的邻居。和大家一样，我也惊叹于它的词汇量。作为一个四岁孩子的妈妈，我当时心中在想，不知道是它认识的词
网易智能·2020-06-20 20:40

从超女到创造营：传统电视业的失落与选秀综艺的造梦奇迹

选秀节目的进化树上，已经挂满了多如繁星的果实，这其中，有的成色不足，有的万丈光芒，它们共同拉长了这一综艺形态的生命周期，影响了一代又一代年轻人。
全媒派·2020-05-22 00:00

mcmctree估算物种分歧时间

通过最大似然法（ML）构建物种进化树以及估算物种分化时间在比较基因组学的研究进展中已经成为了必不可少的“套路”分析方法。
Mr_我爱读文献·2020-04-23 18:08

多个单基因进化树整合成一个进化树

通过单拷贝基因构建物种树，一般有两种方法：1，Concatenation（串联法）：将比对完成的单个单拷贝基因依次串联成一个超级基因（supergene/matrix）构建进化树；2，Coalescence
我想养只猫zhl·2020-04-19 06:15

探秘植物世界（一）

植物进化树植物界最简单的分类就是按照植物体结构的完善程度，分为两大类：低等植物和高等植物。
沐小阳的森林小屋·2020-04-04 15:05

我的2016

年度概念进化路线参考系统和进化的思维|《进化树》高阶模型指关注抽象级别更高的模型，安利于阳老年度方法背单词去年年底开始启动背单词计划，每天记或复习共50个单词。这个项目开始一是源于我诡异的记忆偏好。
TaraChen·2020-03-31 21:20

生物信息中的Python 03 | 自动化操作NCBI

比如，老板让你比对自己测定序列与NCBI库中序列，并构建相应的进化树，而这个序列需要大于100条。
白墨石·2020-03-31 11:38

＃微知识＃生物分类学

这种分类应该反映不同生物体间的进化树关系。分类学把生物划分为不同的
SusanKuang·2020-03-22 17:26

自学生物信息学~进化树的学习（第一天）

首先进入到课题组之后，师兄师姐师弟师妹都是大拿，我从没有见过的的引物设计、blast、进化树、Linux、R、、、、、、，需要开始学起来了。
钟小月·2020-03-20 16:17

梦系列三 美人鱼

我们和您有共同的祖先是进化树上伸向海洋的一支在千百年无尽的生命拼搏下青洛湾成了我们唯一的栖身之地不知为何您向我们伸出了邪恶之手那莫名的声纳把我们搅的子散亲离片刻的空闲已成奢望我们拥挤在小小的沉船漏地也曾想就这么低迷而去可你们的杀戮蜂拥而起对我们挥舞着锋利的砍刀还有机枪里冷冷的狂怒声音那是血一般疯狂的屠戮啊手无寸铁的我们悲惨的死去为什么同一祖先的您变得如此凶残看污染的天空还有成片成片的森林死去不知道
垄上行云·2020-03-19 05:26

OpenMEE

OpenMEE为连续的或者分类的数据提供了更为先进的meta分析和meta回归的方法，如多协变量以及交互变量的meta回归分析、进化树、简单的缺失数据设算
cppcwang·2020-03-18 14:45

chapter65 序列比对算法alignment

1.序列比对的作用大致分为两种：比对两个序列的相似性，比如TA克隆序列和目标序列是否一致；寻找与目标序列最接近的序列，比如生成进化树等比对中最主要的因素：比对算法，包括global,local,semi-local
esroom·2020-03-15 11:09

Phylogeny系统进化树的一键化构建——Perl_pipeline

背景一行命令构建系统进化树。其实这个想法去年的时就开始构思了。
Dawn_WangTP·2020-03-09 10:00

产品经理分享_2017第十周

《人类的荣耀》第一个部分人类生命的基础第一章人的大脑是独一无二的的吗连续性：进化特征的连续性/断开（进化树）神经元无差异、组织方式是重点：神经元本身只是一个通用的加工单元（类比于计算机芯片中的一个元器件
龙猫同学·2020-03-05 07:10

以此开始，交付时间

要不刻下模因要不记住模型模因：发明家不是天才，是可以后天习得的创新是一个系统，分等级模型：创新过程的结构图表信息分析模型STC算子：突破思维定式微型小矮人：创造方法读过《创新算法》第一章、《进化树：技术信息分析及新方案
李广鹤·2020-03-01 12:17

一文读懂进化树

一文读懂进化树系统发育树系统发育树（Phylogenetictree）又称为系统进化树，是用一种类似树状分支的图形来概括各物种之间的亲缘关系，可用来描述物种之间的进化关系。
天明豆豆·2020-02-19 18:39

读书|《如何高效阅读一本书？》整理笔记

通读法几本/读透/进化树读法主题/搜集/列纲/梳理/改进/完成图读法思维导图/PPT/SCQA思维构架框读法秋叶老师的读书框架/快速阅读炼读法逆读法提出观点，进行反驳抄读法仿读法诵读法诗经闲读法哪些阅读方法使我印象最深刻
郭小华·2020-02-14 09:04

新型冠状病毒的信息汇总与分析 (形态，分类，基因组，进化，变异，流行病学)

目录介绍冠状病毒形态分类基因组参考基因组序列蛋白质三维结构基因组流行病学分析基因组变异及进化树介绍新型冠状病毒武汉株01的电镜照片新型冠状病毒，是一类具有包膜、基因组为线性单股正链的RNA病毒，颗粒呈圆形或椭圆形
白墨石·2020-02-12 01:52

没错，我还在用MEGA7

慌不择路，建树来凑，年终总结的时候感觉没什么可讲的就临时起意建了个进化树，哈哈哈哈。。。结果死的可惨了，记得点赞吖吖吖吖，嘿嘿。
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2020-02-06 14:00

进化树的构建·再识——25.3.2018，需要重新进行跑流程/编辑

系统发育树的构建在大学学过并用来做毕设，可是感觉自己在进化树的构建上面仍有一些知识/技能模块的缺失，恰好导师请了一位做进化的好友专门过来给我讲解了进化树的构建，让我能补齐一些知识。
芒果芭乐·2020-02-06 10:15

进化树作图专题:盘点绘树的14款本地软件（转载）

本期，让我们进入最重要的主题：让数据说话，看看高水平专业期刊上发表的论文更青睐哪些软件进行进化树绘图。请注意，本期关注的内容全部是——本地软件！很多朋友也会选用在线工具作图，比如生
Biodata_佰德生物·2020-02-05 23:50

年引用量数千的经典软件MEGA又出新版本啦 18年5月

Originalmontreal生信人2018-05-25风靡全球的系统进化树操作软件MEGA又出新版本啦！
montreal_sxr·2020-02-05 09:39

使用IQ-TREE构建系统进化树

最近投文章，审稿人问了一个关于系统进化树的问题。
你猜我菜不菜·2020-02-02 22:36

不用长记性！

1月初新型冠状病毒的进化树就出来了当时科研医护人员说，“如果不及时控制，就有可能发展成公卫事件”然而医生因为讲真话被指控造谣！紧接着“病毒不会人与人接触传染”等说辞就出来了。
道可道的普京大帝·2020-02-02 21:08

分子进化树构建及数据分析方法介绍

转自：https://www.plob.org/article/994.html方法的选择首先是方法的选择。基于距离的方法有UPGMA、ME（MinimumEvolution，最小进化法）和NJ（Neighbor-Joining，邻接法）等。其他的几种方法包括MP（Maximumparsimony，最大简约法）、ML（Maximumlikelihood，最大似然法）以及贝叶斯（Bayesian）推
oddxix·2020-02-02 21:32

一张图一次性展示进化树-Motif Pattern-基因结构，却不能编辑树？

只是如何触发这个进化树编辑操作，我当时还搞了一个猜中有奖的活动，详细见微信历史推文。一共奖出接近200RMB。
生信石头·2020-01-30 08:27

用Python处理vcf文件的代码

直接用mega构建进化树是不可行的，因为基因组太大，分析不出来。
孤独巡礼_435a·2019-12-31 22:31

地球史植物进化《三》

让我们将会慢慢解读，这颗树的树龄有几十亿年了，树名叫做:植树进化树。它是和动物进化树一样，守候在历史的長河中，有多少亿年了？谁也说不准，动物进化树就更为复杂一些。其难度数备于植物进化。
量子哥·2019-12-30 13:47

基因集合可视化---如何更优雅、快速、方便而全面？

很多时候，一图胜千言，故还是先放一张结果图片进化树与motif以及基因结构同时展示为什么写？写这个工具，主要是为了课题需要...当然主要也是为了方便。
生信札记·2019-12-27 19:39
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