进化树第4页

R IN ACTION SELF-TUTORIAL-18 ggtree 和其中geom来绘制、美化进化树 2020-06-10

1、准备工作：ggtree是bioconducter下的包，所以先安装bioconductor,然后安装ggtree:source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite()if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocMa

RashidinAbdu·2021-04-19 11:42

快速从FASTA文件中提取特定序列

最近有个老师在做基于十多个保守基因的进化树分析，需要从几十个基因组中分别提取出特定的基因序列，如果对于每个基因都是“查找基因ID-复制基因序列-粘贴到文档中”这么一个循环，不仅仅是工作量极大，还非常容易出错

xw_欢乐豆·2021-04-18 13:14

用ggtree画进化树

setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\tree")library("ggtree")library("ggplot2")tree<-read.tree("species.tree")ggtree(tree,layout="circular")ggtree(tree,layout="fan",ladderize=FALSE,branch.length="

周运来就是我·2021-04-18 10:08

构建SNPs系统发育树

如果根据SNP或者Indel构建其系统进化树，可以展示群体中不同个体的相互关系，基因变异相似的往往会在同一个树的cluster中，一颗好的树可以给你一个群体大概的分类(你这个群体中有多少个cluster

小光amateur·2021-04-18 08:17

使用ggtree对进化树进行分组美化

最近，小编的老师想要在一张进化树上标出不同来源的材料，平时这种“累活”小编都是使用iTOL、evolview等工具进行手动美化的，但是这次进化树里的样本足足有800多个，想要清楚、准确的标完所有的颜色，

生信小王子·2021-04-18 02:30

什么，热图工具还能快速进行进化树节点分类可视化？

，具体见链接https://mp.weixin.qq.com/s/ZZLeTeWX3TvXuHe5sICgRg同时好色的群体，我一眼就望向其推文中的图片，image.png即，在进化树上，同时展示多种分类数据

生信札记·2021-04-18 02:00

ggtree笔记

进化树的可视化软件非常多，其中R包ggtree功能非常强大，非常灵活，简单记录自己的学习笔记第一步：使用mafft比对氨基酸序列mafft--autoggtree_pra_2.fasta>ggtree_pra_aligned.fasta

小明的数据分析笔记本·2021-04-17 16:40

在线绘制高级进化树，超全功能，附详细教程和示例数据

最近收到不少老师绘制进化树的需求，不少小伙伴反映不适应iTOL和EvolView输入文件格式，因此我们特地推出进化树云工具，助老师绘制漂亮的进化树图。

OmicStudio·2021-04-15 09:28

基于全基因组的基因家族分析（4）：R包ggtree构建SlNramp家族进化树

cherrytomato.jpg继续之前还没有完成的内容。因为最近在学习Y叔的R包--ggtree，所以就顺便拿这个内容来进行展示，作为一个例子来记录。nwk树文件和R代码文件我已经放在github：https://github.com/Lxmic/ggtree_note1.ggtree安装关于这个包，y叔已经写了相当详细的说明，有一个完整的电子书《DataIntegration,Manipula

lxmic·2021-04-15 08:21

R语言的ggtree展示进化树的一些常用操作

ggtree是R语言里对进化树进行可视化展示的一个功能非常强大的R包，ggtree的作者还专门写了一本书对ggtree的用法进行了详细的介绍，相关链接是https://yulab-smu.top/treedata-book

小明的数据分析笔记本·2021-04-15 00:18

R可视化：ggtree进化树

ggtree较为完美展示物种进化树图。更多知识分享请到https://zouhua.top/。

华仔少年·2021-04-13 21:20

跟着Nature学画图~使用R语言的ggtree给进化树添加图片注释

人类的近亲肺鱼基因组被解析，点进去看到里面有一张进化树的图image.png正好自己最近在学习R语言的ggtree，之前也在ggtree的帮助文档看到过类似的图片，所以决定重复一下这张图论文是Giantlungfishgenomeelucidatestheconquestoflandbyvertebratesimage.png

小明的数据分析笔记本·2021-04-13 06:46

ggtreeExtra进化树的圈图

但是进化树并不是基于染色体，基于进化树的圈图，可以添加其他的图层。基于ggtree和ggplot2的进化树圈图包ggtreeExtra可以实现这个功能。Y叔出品，图比较

wo_monic·2021-04-13 05:35

生信学习-系统发育树

基本概念：系统发育树（英文：Phylogenetictree）又称为进化树（Evolutionarytree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间进化关系的树。

素锦时年_1b00·2021-04-12 23:57

跟着Nature microbiology学画图~R语言ggtree展示进化树

今天要模仿的图片来自于论文Coregutmicrobialcommunitiesaremaintainedbybeneficialinteractionsandstrainvariabilityinfish。期刊是Naturemicrobiologyimage.png今天重复的图片是Figure1中的聚类树图image.png论文中写道Hierarchicalclusteringdendrogra

小明的数据分析笔记本·2021-04-12 19:22

RAxML 构建进化树

1.RAxML简介RAxML(RandomAxeleratedMaximumLikelikhood)能使用多线程或并行化使用最大似然法构建进化树。

DumplingLucky·2021-04-02 17:06

2020-12-07 从叶绿体基因组序列到ASTRAL物种树

背景orthfinder和直系同源基因介绍生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程OrthoFinder寻找同源基因并建树（1）OrthoFinder寻找同源基因并建树（2）物种进化树构建OrthoFinder

云若蓝·2021-03-23 14:22

在线和本地两种方法构建 RAxML 进化树方法和解读

1：在线构建RAxML树1.CIPRES网站：CIPRESScienceGatewayV3.3：https://www.phylo.org/portal2/home.action#上传数据，新建任务2.上传数据，选择RAXMLtools选择工具3.设置参数设置booystrap次数，选择快速bootstrap分析选项-fa2：本地构建RAxML法首先安装Linux版本RAxML$raxmlHPC-

雨林课堂·2021-03-18 15:16

系统进化树简介及构建

系统进化树学习笔记。系统进化树简介系统进化树（Phylogenetictree）：用一种类似树状分支图形来概括各节点之间的进化关系，节点可以是不同物种、同一物种不同样本、不同基因等。

shenghuanjing·2021-02-14 14:43

构建系统发生树之软件集锦（更新于2021.01.22）

1.复杂的网络状进化树splittree（1）programlanguage:C++（2）Reference:10.1093/molbev/msj030(MolecularBiologyandEvolution

花碗碗破打·2021-01-22 12:04

群体结构——系统发育树的构建

通过上一篇文章的介绍，系统发育树的基本概念大家已经了解清楚，那到底怎么获得一棵可信的进化树呢？

EwanH·2021-01-06 10:32

ggtree绘制进化树

绘制进化树的方法有很多，入门的MEGA，iTOL，evolview等，但是没有一个如ggtree这般高效简单，轻轻松松绘制高端进化树，废话不多说，直接看代码喜欢的小伙伴可以关注公众号R语言数据分析指南获得原始数据

R语言数据分析指南·2021-01-03 18:25

用ClustalW进行多序列比对，IQ-tree构建进化树

然后根据距离矩阵计算产生的系统进化树，对关系密切的序列进行加权。然后从最密切的两条序列开始，逐步引入邻近的序列并不断重新构建对比，直到所以序列都被加入。

Devin561·2020-11-27 19:12

微生物多样性qiime2分析流程(4) 训练特征分类器进行16s数据注释

经过前面的分析步骤，我们得到了特征表，代表序列及进化树文件，并更改了其名称；接下来就让我们根据silva138数据库训练特征分类器来对代表序列进行注释:1.导入参考序列数据库timeqiimetoolsimport

R语言数据分析指南·2020-10-31 10:45

利用linux解决的第一个实际问题

要做一个进化树，第一步是要将一个文件里的所有碱基序列翻译成氨基酸序列，去年做进化树时，都是手动一个个翻译的，今天我决定试一下seqkit有没有这个功能。

Wander_180e·2020-10-14 18:39

如何构建SNPs-based phylogenetic tree

如果根据SNP或者Indel构建其系统进化树，可以展示群体中不同个体的相互关系，基因变异相似的往往会在同一个树的cluster中，一颗好的树可以给你一个群体大概的分类(你这个群体中有多少个cluster

lakeseafly·2020-10-11 04:29

vcf文件说明

后续几乎所有的分析内容都是基于此文件，比如进化树分析、群体结构分析、PCA分析、GWAS关联分析等等。官方说明：http://www.internationalgenome

生信师姐·2020-10-08 19:52

Microbiome：高通量测序全面检测生物或环境样本的单细胞真核生物和寄生虫

文章目录高通量测序全面检测生物或环境样本的单细胞真核生物和寄生虫导读摘要主要结果表1.引物的特征和特异性图1.方法流程图表2.生物或环境样本中单细胞真核和寄生虫鉴定的示例图2.重建扩增序列与NCBI中序列的进化树方法

刘永鑫Adam·2020-09-14 16:16

保姆级教程：手把手教你画出内容丰富的基因结构图（进化树+CDD+UTR/CDS）

正文在这：先放成果图哈，这张基因结构图里分为进化树，CDD（保守功能结构域），UTR/CDS（基本基因结构）三大部分。最后的效果图！

种菜的小王·2020-09-07 15:28

跟着视频课学习TBtools热图的绘制，轻轻松松就搞定啦

#热图的构成主要内容就是1.tileplot方块图；2.左侧和上方可加进化树；3.legend图例。#热图的用途一句话总结，通过颜色的变化实现数据的可视化。

种菜的小王·2020-09-07 15:31

【阅读营04】用3棵树解释金字塔原理，教你种下属于自己的逻辑树

一、生物进化树我对金字塔原理的接触不多，作为一个大学专业是生物类的人，我想要把金字塔原理类比成倒立着的生物进化树。生物进化树是从生物起源出发，从下到上，随着时间的演变，物种变得越来越复杂，

幺拐妖怪·2020-08-28 14:33

随手“一片”SCI，Qiime2扩增子处理流程确定不了解一下？

文章目录conda安装qiime2导入数据制作Manifest和Metadata表Import数据查看原始数据质量DADA2去噪、去嵌合体和生成OTU构建进化树绘制稀释曲线计算物种多样性物种组成分析基于

Neptuneyut·2020-08-25 01:55

ggtree美颜进化树-宏基因组扩增子

上周四转载了微生态的《一文读懂进化树》，五天阅读人数已经2500+，而且有还多人留言求美化教程，今天将发放福利第一弹，Y叔创建的R包——ggtree，进化树美化神器。

刘永鑫Adam·2020-08-21 23:14

RAxML进化树构建的新一代——raxml-ng

RAxML进化树构建换代啦（2018.11）RAxML一直是最大似然法（maximumlikelihood）建树的经典工具，其由来自德国海德堡理论科学研究所（HeidelbergInstituteforTheoreticalStudies

montreal_sxr·2020-08-21 15:49

哪种编程语言适合后端开发?Java和PHP的区别在哪?

java已经是一门很成熟的语言，曾经看到一篇文章，讲编程语言的进化，其中提到，java语言的进化树太全了，使得其没有发展的空间php是在web繁荣之后兴起的语言，所以语言成熟度没有java高，但PHP有一个非常明显的优点就是语法简洁灵活

weixin_33989780·2020-08-20 07:55

QIIME 2用户文档. 2插件工作流程概述(2018.11)

文章目录前情提要QIIME2插件工作流程概述零基础上手开始前重要的知识点样本拆分Demultiplexing去噪和聚类去噪聚类特征表物种分类和分类学分析序列分类注释后多序列比对和进化树构建多样性分析玩转特征表译者简介

刘永鑫Adam·2020-08-16 22:30

weixin_30480651·2020-08-09 13:19

NBT：牛瘤胃微生物组的参考基因组集

文章目录牛瘤胃微生物组的参考基因组集热心肠日报摘要主要结果图1.来自牛瘤胃4,941个末培养和Hungate系列基因组的进化树图2.末培养基因组与Hungate和发表数据比较图3.Illumina和nonopare

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:05

GraPhlAn：最美进化树或层级分类树学习笔记

文章目录Graphlan可视化进化树GraPhlAn简介素颜vs美化认识软件参数分支控制，一般不做控制组合命令控制注释阴影的半径一般全局参数节点基本参数节点对应的形状节点注释枝条参数环参数进化树实战构建

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:04

五彩进化树与热图更配-ggtree美颜进化树(宏基因组扩增子)

Y叔创建的R包——ggtree，进化树美化神器。

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:49

QIIME 2教程. 21进化树推断q2-phylogeny(2020.2)

文章目录前情提要使用q2-phylogeny进行系统发育推断序列对齐SequenceAlignment减少对齐的歧义：屏蔽和参考对齐方式Reducingalignmentambiguity:maskingandreferencealignments构建系统发育Constructaphylogeny方法Methodsfasttreeraxml使用raxml执行多次搜索Performmultiples

刘永鑫Adam·2020-08-08 01:11

QIIME 2教程. 10数据导出Exporting data(2020.2)

文章目录前情提要QIIME2用户文档.10数据导出导出特征表导出进化树导出与提取Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要以下是前面几节的微信推送文章：NBT：QIIME2可重复、交互式的微生物组分析平台

刘永鑫Adam·2020-08-01 07:21

QIIME 的 OTU分类

DenovoOTUpickingpick_de_novo_otus.py是DenovoOTU分类方法的主要接口，主要包括：OTU分类，物种注释，序列比对和构建进化树。

ylluX·2020-07-31 19:47

用iTOL网站快速绘制颜值最高的进化树！

文章目录iTOL简介iTOL的基本使用流程：怎么样才算是一颗高颜值的进化树呢？

刘永鑫Adam·2020-07-30 05:46

教你用iTOL轻松绘制高颜值系统进化树

这是一个靠颜值也能吃饭的时代，比如现实生活中的网红脸，炫酷霸气的法拉利赛车都会更轻易地博取观众的眼球。时至今日，科研文章也紧随时代潮流，文章中各种高大上的配图层出不穷。究其原因主要包括两点：一是在科研数据和内容更加丰满而文章发表配图张数受限的情况下组合图更具实用性；二是一幅高颜值的配图不仅能提升文章的档次，也更容易获取编辑的青睐。近两年肠道微生态的研究火的一塌糊涂，我们经常在CNS级别的文章中看到