进化树

MUSCLE、IQtree 软件及使用简介

本文以4个兰科物种的252个NB-ARCdomian蛋白序列信息为数据集，介绍MUSCLE、IQtree的使用，最后构建出包含246个蛋白的无根进化树（其中6个蛋白没有通过IQtree的chi2检验而被过滤掉了
浓香鸭腿面·2023-01-11 17:23

构建系统发育树(进化树)的相关知识，以及各种进化树适用的情况。

由于之前做过一些进化树的工作，而对进化树的很多概念不是很清楚，本文简单记录一下。文中内容主要来自于由陈铭主编的生物信息学。
你大佬来啦·2022-11-24 09:37

生信小白如何利用MEGA7构建系统进化树

今天我们主要来介绍如何用MEGA7进行进化树。1、下面以MEGA7为例来进行讲解，下面是下载地址，大家根据自己的系统进行下载即可。
生信漫谈·2022-11-20 12:02

进化树加多序列比对结果可视化 | ggtree

首先利用mega进行多序列（clustalw）比对然后用最大似然法建树树文件另存为*.nwkclustalw结果另存为fas结尾的fasta格式文件利用ggtree进行可视化library(ggtree)tree<-read.tree("tree.nwk")#读入树文件p1<-ggtree(tree)+geom_tiplab(size=4)+#加物种名称geom_treescale(fontsiz
kkkkkkang·2022-10-13 14:26

利用空间转录组学揭示良性和恶性组织中的细胞拷贝数变异

10X单细胞（10X空间转录组）肿瘤数据分析之肿瘤进化树时空CNV分析导论10X单细胞个性化分析之CNV篇10X单细胞（10X空间转录组）CNV分析之inferCNVpy10X单细胞（10X空间转录组）
单细胞空间交响乐·2022-10-13 11:04

单拷贝直系同源基因构建物种进化树

最近用Orthofinder做物种进化树，最后出来的物种树的结构跟已发表研究的结果差距较大，在我的印象里Orthofinder软件是用单拷贝直系同源基因进行建树的，然后跟老师请教之后发现不是，这也就解释了为什么我的结果不够准确
郝永超M1racle·2022-09-21 21:57

基因家族分析（3）进化树构建及美化

基因家族树构建最常用的方法是NJ法和ML方法，构建进化树之前，需要进行多序列比对。
Bioinfor生信云·2022-08-07 22:23

基因家族分析（5）绘制基因结构图

还可以联合其他数据绘制进化树-基因结构图，展现基因结构与系统进化关系。首先提取基因家族的gff3文件#这里用到一个perl脚本perl./gff_filter.pl物种的gff
Bioinfor生信云·2022-08-07 22:38

2020.11.9【WGS/GWAS】丨全基因组分析（关联分析）全流程(下)

2021.07.30已更新数据分析部分内容：点我查看目录一.摘要二.SNP检测与注释三.群体SNP过滤四.群体分层分析4.1群体进化树分析4.2群体主成分分析4.3群体遗传结构分析五.连锁不平衡分析六.
穆易青·2022-07-19 22:15

R包ggtreeExtra绘制进化树

目录引言绘图示例1、下载安装ggtreeExtra包2、加载依赖包3、设置工作目录4、数据来源5、获取数据6、绘制树状图7、获取数据集绘制图a、绘制点图层b、绘制热图层c、绘制热图层d、绘制柱状图层引言ggplot2提供的geom_tile图层可以画热图了，ggplot2的geom_point或者ggstar的geom_star可以绘制点图层。为了扩展ggtree在点和布局中的系统发育树的外环上呈
·2022-06-24 12:13

进化树构建之邻接法(Neighbor-Joining)的介绍

进化树构建进化树构建的问题是推断可能产生给定基因序列数据的进化树的拓扑结构和分支长度。推断树中叶节点的数量应等于给定数据中基因序列的数量。
生信技术·2022-05-28 01:23

跟着Nature Plants学作图：R语言ggtree包展示进化树

论文Theflyingspider-monkeytreeferngenomeprovidesinsightsintofernevolutionandarborescencehttps://www.nature.com/articles/s41477-022-01146-6#Sec44数据下载链接https://doi.org/10.6084/m9.figshare.19125641看了论文，提供了
小明的数据分析笔记本·2022-05-12 19:44

R语言|ggtreeExtra包绘制进化树

R包-ggtreeExtra绘制进化树ggplot2提供的geom_tile图层可以画热图了，ggplot2的geom_point或者ggstar的geom_star可以绘制点图层。
作图帮·2022-05-12 07:37

Tbtools画tree+motif+基因结构+功能域

gffreadref.gff3-gref.fa-xref.cdsref.pep注：这里得到的序列ID是mRNA的ID,正是Tbtools画图要用到的ID（2）根据上述pep序列得到我们鉴定的基因家族序列，然后构建进化树
geneonto·2022-05-07 17:42

进化树构建背景资料

一、背景资料进化树（evolutionarytree）又名系统树（phylogenetietree）进化树，用来表示物种间亲缘关系远近的树状结构图。
生信师姐·2022-05-03 16:02

哪种编程语言适合后端开发?Java和PHP的区别在哪?

java已经是一门很成熟的语言，曾经看到一篇文章，讲编程语言的进化，其中提到，java语言的进化树太全了，使得其没有发展的空间php是在web繁荣之后兴起的语言，所以语言成熟度没有java高，但PHP有一个非常明显的优点就是语法简洁灵活
Java架构学习者·2022-02-18 09:13

基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（下）

最近刚返校，事情比较多，每天也很忙，之前写的《基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）》也一直没来得及更新，缺少cafe输出结果的解读及后面的可视化。
胡小兵plus·2022-02-16 16:16

进化树美化利器iTOL

下面就跟大家介绍一个美化进化树的利器——iTOl。本文主要向大家展示一下iTOL数据集注释模板（类似配备文件，脚本，导入即出图）的强大功能。如何使用iTOL可以百度搜索，可以找到许多相关文章。
timerkill·2022-02-16 07:14

基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）

一、数据准备首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan.fa；Durio_zibethinus.fa；Prunus_persica.fa；Vitis_vinifera.fa；Citrus_clementina.fa；Citrus_sinensis.fa；Diospyros_olei
胡小兵plus·2022-02-12 06:40

基因家族分析策略

基本分析内容数据库检索与成员鉴定进化树构建保守domain和motif分析基因结构分析转录组或荧光定量表达分析数据库检索与成员鉴定1.数据库检索一般在以下数据库进行检索：Brachypodiumdb:http
Wee_001f·2022-02-08 19:48

多序列比对,进化树分析,motif预测,密码子偏好性分析(1)

多序列比对,进化树分析,motif预测,密码子偏好性分析(2)前言：假如类鼻疽杆菌中发现有一个感兴趣的gene，想查看此gene在各类鼻疽菌株甚至原核生物和真核生物中是否也表达此gene。
Y大宽·2022-02-07 03:40

基因家族分析1 || 基本概念及数据下载

基本分析内容•基因家族概念•数据库检索与成员鉴定•蛋白成员基本特性和基因结构分析•多序列比对和进化树分析•保守结构域和模体分析（motif注释）•染色体定位和共线性分析•Ka/Ks(非同义突变率与同义突变率的比值
溪溪溪溪溪川·2022-02-05 10:53

物种进化树构建

使用单拷贝基因画物种进化树所需软件：#OrthoFinder寻找同源基因condainstallorthofinder#EasySpeciesTreegitclonehttps://github.com
生信小白2018·2022-02-04 23:46

MEGA 构建进化树

网络上关于构建进化树的教程非常多，这里只挑重点部分讲解。
谢俊飞·2022-01-22 14:32

R语言ggtree+msa可视化进化树+多序列比对的结果

Phylogeneticanalysesandvisualizationsusingmitochondrialcytochromebgenesequencesimage.png论文提供了完整的R语言代码和示例数据里面一小部分内容是关于进化树的可视化展示并且关联多序列比对的结果的
小明的数据分析笔记本·2022-01-14 18:13

VCF文件参数解读

后续几乎所有分析内容都是基于此文件，如进化树分析、群体结构分析、PCA分析、GWAS关联分析等。
ytbao·2021-12-22 15:12

如何给热图加两个树 | R

pheatmap出的图可以有上和左两个hclust聚类图，但那是根据矩阵数据聚类的，若是换成了进化树怎么办？左边一个进化树很容易，ggtree的gheatmap一句话就加上了，但还要再加一个对应的呢？
kkkkkkang·2021-12-13 21:39

MEGA构建进化树

如何用MEGA-X构建进化树_生物研究_实用技巧_科研星球(51xxziyuan.com)原文链接通过进化树，我们可以得到一些非常有价值的信息，比如说某几个物种在同一分支上，说明他们有着较近的亲缘关系，
爱吃海椒的妹妹·2021-12-01 18:45

MetaPhlAn1宏基因组物种注释

导读1MetaPhlAn获得宏基因组物种和物种丰度2MetaPhlAn结果合并和可视化3GraPhlAn绘制进化树4LEfSe寻找分类biomarker并可视化5HUMAnN代谢分析bitbucket地址
小白菜学生信·2021-11-24 19:31

微生物基因组学及比较基因组学分析管道PGCGAP的安装及使用详细教程

该管道包含12个模块，可以接受Illumina双端reads、Oxfordreads或PacBioreads作为输入，可以完成基因组组装、基因预测和注释，并可以进行比较基因组学分析，包括构建单拷贝核心蛋白进化树以及单拷贝核心基因
了尘兰若·2021-11-22 09:40

如何使用SPDE进行基因家族分析---蛋白结构域、启动子元件、保守结构域

在进化树建完后，需要对序列的结构进行分析。这里需要区分两个概念，即蛋白结构域与保守结构域，它们两个不是一回事。
许东·2021-10-07 19:07

八. SNP检测和进化分析（Snippy）

一.简介Snippy是一款用于SNP检测的软件，可以通过分析得到核心SNP，进行比对构建进化树。
小飞虎·2021-09-17 17:55

CFVisual绘制Motif+基因结构+结构域+进化树+启动子图的单独或组合图

1.软件简介CFVisual_V2.1软件是一款借助Python语言的matplotlib库和PySide2库进行生物序列结构绘图的数据可视化软件，主要用于生物信息学分析中的基因结构分析，能绘制进化树图
龙star180·2021-08-11 06:35

进化树作图专题1：Newick的前世今生

montreal生信人2018-02-05相信很多朋友在研究中都遇到过有关进化树作图的问题。
montreal_sxr·2021-06-27 09:16

R与进化树（前言）

R与进化树1.problemsandissues进化领域中树这个文件结构是比较复杂的，构建树的过程就是把数据关联到文件格式中便于可视化的过程，这种关联格式主要有：标准格式之一newick标准格式之二nexus
刘小泽·2021-06-27 02:48

如何在Rstudio终端运行table2itol脚本生成itol网站所需的进化树构建注释文件

整理：大月半责编：王采荷图一来一张达尔文的生物进化谱系图构建进化树的软件很多，但是找到一款符合自己三观和符合大众审美的并不那么容易，而且需要操作起来比较人性化，就更屈指可数了。
Dayueban·2021-06-23 06:20

多序列比对,进化树分析,motif预测,密码子偏好性分析(2)

多序列比对,进化树分析,motif预测,密码子偏好性分析(1)进行BopA蛋白序列下载，多序列比对及进化树分析后，这部分进行保守性和密码子偏好性分析。
Y大宽·2021-06-21 16:04

snp数据构建NJtree（phylip软件）

参考链接SNP数据构建系统进化树-https://www.jianshu.com/p/57599b6a71e8https://zhuanlan.zhihu.com/p/85978856https://www.cnblogs.com
铃_0d92·2021-06-21 15:27

进化树作图专题4：在线绘树工具盘点

上期生信人的《进化树作图专题》我们盘点了绘树的本地软件，本期我们继续让数据说话，看看高水平的专业杂志更青睐哪些绘树的在线工具。
montreal_sxr·2021-06-15 10:37

SNP数据构建系统进化树

总结下自己前面用snp构建系统进化树的方法吧。1.构建进化树的算法构建系统进化树的方法主要有以下几类：基于距离矩阵的方法:NJ（邻接法）MP（最大简约法）ML（最大似然法）以及贝叶斯法。
生信要进步·2021-06-14 15:47

一文读懂进化树（图文详解）

一、什么是进化树系统发育进化树(Phylogenetictree)：**一般也叫系统进化树，进化树。它可以利用树状分支图形来表示各物种或基因间的亲缘关系。
白墨石·2021-06-12 00:57

本质主义应该退出历史舞台

进化树本质主义，我曾经称之为“不连续思维的暴行”（tyrannyofthediscontinuousmind），它代表着柏拉图骨子里看待事物的希腊几何学视角，是柏拉图思想的主干。
达郎古德·2021-06-11 15:36

Phylogenetic tree——系统发育树的生成

系统发育树或进化树是一种常用来表示物种宗谱亲缘关系的树状结构图。在分子水平，亲缘关系的远近通常用DNA（或protein）序列的差异来表示。构建发育树的算法非常多，具体参考参考文献中的文章。
咸鱼426·2021-06-11 00:35

系统发育（进化）树绘制小结

1.分析软件很多很多软件，最常用的有：MegaPHYLIP构建进化树一般的步骤是：序列比对，构树（距离法，独立元素法），Booststrap验证。通常如果是fasta序列，选用方法和软件直接构建就好。
bioin·2021-06-07 21:31

新型冠状病毒序列构建进化树

编译：王采荷关于进化树（系统发育进化树，Phylogenetictree），一般也叫作系统进化树它的用途我这里就不在赘述了。
Dayueban·2021-06-07 16:53

MEGA7做系统发育树，如何输出bootstrap值？

Bootstrap，即自展值，是用来检验你所计算的进化树分支可信度的。
bioinfo2011·2021-06-05 11:21

不出Rstudio, 实现从多序列比对到画进化树

本文是对前几天的打脸打脸之处就在于发现了muscle的R包，从此不用再为序列比对东奔西跑——Step1.从基因名拿到序列sub1<-c("HDAC1","HDAC2","HDAC3","HDAC8")sub2<-c("HDAC4","HDAC5","HDAC6","HDAC7","HDAC9","HDAC10")sub3<-paste0("SIRT",1:7)sub4<-"HDAC11"allsy
鬼笔环钛汰太C_137·2021-05-19 03:36

系统发育树入门 笔记

找到一篇进化树科普文章，Phylogenyforthefaintofheart:atutorial作者SandraL.Baldauf英语贼烂看得慢，挑了下重点翻译了一下，还有些术语不知道中文，有些地方可能有错
水母蜇·2021-05-18 16:49

朋友问：女人应该怎么活？

作为进化树上的一个普通分支，“主”
李小钊·2021-05-07 01:11

这个github有很多关于运用dash开发web应用的内容

www.datacamp.com/community/tutorials/learn-build-dash-pythondashuserguidehttps://dash.plotly.com/dash的简单应用可以将进化树展示在网页上
小明的数据分析笔记本·2021-04-21 15:43
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