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通量
高
通量
测序的数据处理与分析(二)-宏基因组2
博客原文宏基因组数据处理方法数据下载wget下载宏基因组的数据主要分布在两个数据库:1.NCBI的SRA数据库,2.ENA。近年来也有许多研究者将数据上传到中国的数据库:NGDC你可以直接通过网页下载数据,或者是通过各个网站提供的下载工具进行批量下载。也可以到sra-exporter这个网站上输入项目号获得样本的下载链接。用wget或者其他下载工具进行下载,示例的命令如下:wget-cftp://
lantary
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2024-03-08 09:58
扩增子质控流程多,专属名词来揭晓
在高
通量
测序王国中,Rawreads(或rawdata)已不陌生,但在扩增子测序的质控数据中还有Rawtags、Cleantags、Effectivetags等一串的专属名词,这些名词代表什么,分析要关注哪些数据
ee00dc6faab7
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2024-02-26 16:53
生信工具 | 测序数据质控与过滤 - fqtrim
fqtrimtrimming&filteringofnext-genreadsfqtrim是一个多功能的独立实用程序,可用于去除高
通量
测序仪产出的测序数据接头,poly-A尾,末端未知碱基(Ns)和低质量
·
2024-02-23 02:36
程序员
转录组结果和qRT-PCR结果又不一致?!
转录组测序(RNA-seq)将细胞内某一类型(或全部)的RNA逆转录成DNA,通过高
通量
测序的方法测定其序列并统计其表达水平的一项技术。是检测基因表达变化的通用方法。
Seurat_
·
2024-02-20 20:22
2022-01-03
CellReports|高
通量
可视化DNA修复细节原创图灵基因图灵基因2022-01-0318:15收录于话题#前沿分子生物学技术来自国家癌症研究中心(CNIO)和马萨诸塞州总医院的研究人员开发了包括机器学习和高
通量
显微镜在内的新方法
图灵基因
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2024-02-20 08:08
转录调控研究数据库推荐 | 你要找的ChIP-seq数据都在这里啦!
染色质免疫沉淀、DNase-I超敏反应和转座酶可及性分析结合高
通量
测序,使染色质动力学、转录因子结合和基因调控的全基因组研究成为可能。
尐尐呅
·
2024-02-15 04:49
Python 资源大全(七)
官网bcbio-nextgen:这个工具箱为全自动高
通量
测序分析提供符
忘了呼吸的那只猫
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2024-02-14 05:46
06高
通量
测序-RPKM,FPKM,and TPM
RPKM,FPKM,andTPMRNA-seq标准我们过去使用RPKM(ReadsPerKilobaseMillion)或FPKM(FragmentsPerKilobaseMillion)这些均一化的read计数如下:测序仪深度(Million)测序越深,就有越多的read比对到基因上。基因长度(kilobase)基因越长,就有越多的read比对到基因上。现在他们想让我们使用TPM——(Trans
不到7不改名
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2024-02-13 20:56
2019-07-15
科研人员通过高
通量
药物筛选将虾青素鉴定为一种新
晓夜子谈
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2024-02-13 05:11
高
通量
测序的前世今生
“高
通量
测序”这词我想大部分人都不会感到陌生,因为现如今它算得上是一个比较热门的领域,但是您又知道多少关于高
通量
的知识呢?接下来小编来聊聊它的前世以及今生,带您走进高
通量
测序的世界。
南博屹生物医学
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2024-02-11 21:53
【电路笔记】-互感
1、概述互感是两个磁耦合线圈之间的电路参数,定义了一个线圈产生的时变磁
通量
被感应到相邻的第二个线圈中的比率。之前我们看到,电感器由于其自身线圈匝周围的磁场变化而产生自感电动势。
视觉&物联智能
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2024-02-10 02:09
嵌入式硬件基础
笔记
电路
电子工程
电路原理
物联网
电感器
模拟电路
腾讯AI大佬详解Apache Kafka实战
该项目的目标是为处理实时数据提供一个统一、高
通量
、低等待的平台。Kafka是一个分布式的、分区的、多复本的日志提交服务。它通过一种独一无二的设计提供了
笑起来真好看LQQ
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2024-02-09 08:53
STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner
SchlesingerF,etal.STAR:ultrafastuniversalRNA-seqaligner[J].Bioinformatics,2012,29(1).ABSTRACTMotivation:高
通量
sunlight_yy
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2024-02-07 14:29
科技成果:AI在智慧农业中的应用科普
1.2精准投喂:采摘完毕后的放置工作2.通道式多用途智能分选机2.1简介2.2主要技术指标2.3市场前景3.高
通量
土壤成分智能检测机器人3.1原创性技术成果3.2技术亮点MyThoughtsReference
猛码Memmat
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2024-02-07 00:34
rob-agent
/
aigc
人工智能
机器视觉
机器人
图像分割
农业
通俗易懂的方式讲解最大流和最小割问题
/article/details/106041181————————————————最大流问题:标号作用:1)圈内的标号,为点的代号,如s,t;2)边上的标号,如3/0:3为容量,表示两个点之间最大流
通量
Selvaggia
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2024-02-06 05:17
#
网络流
网络流
【GAMES101】Lecture 14 15 辐射度量学
目录辐射度量学Radiantflux(光
通量
)intensity(发光强度)irradianceradiance辐射度量学主要讲述了物理学中的Basicradiometry(辐射度量学),就是我们在之前的计算光照中没有用具体的物理单位去衡量和描述这个光照
MaolinYe(叶茂林)
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2024-02-05 14:53
GAMES101
图形渲染
games101
14岁的男孩说想学生信,应该给予哪些指导?
前言随着高
通量
测序技术的发展,越来越多的文章重视湿实验和数据分析结合。
生信宝典
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2024-02-05 06:57
CG-26 土壤热
通量
传感器采用的工作原理
技术参数供电电压:12VDC测量范围:-500~500W/m2测量精度:<5%分辨率:0.1W/m2信号输出:(标记“”为您所购买使用的型号)电流型:4-20mA电压型:0-2VRS485型:MODBUS-RTU响应时间:1min(均匀土壤)防护等级:IP68⊙尺寸、重量外型尺寸:L120W14H4(mm)整机重量:200(g)⊙土壤热流传感器的使用方法(1)土壤中测量方法应该使板面与热流量方向相
焦瑞敏
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2024-02-04 19:55
物联网
天才在左,疯子在右短评
他们有的性格开朗乐观,心地善良;有的精
通量
子力学,天赋异禀。他们的创造力与想象力异于常人。但希望看过此书的人不要对他们的言论太过在意,否则可能陷入思维怪圈中,甚至开始怀疑这个世界图
橙子橙子努力变优秀
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2024-02-04 10:50
99%的通证设计都误解了通胀和通缩
toonaive.一、经济系统设计的误解和建议目前业内在做通证设计的时候,容易陷入以下两个误区:增加流
通量
就是通胀,降低流通就是通缩通缩能够提升投资人收益,才是好设计这是过于简单的看法,容易导致错误的决策
人人通证
·
2024-02-04 05:25
高
通量
测序介绍
高
通量
测序技术(High-throughputsequencing)又称“下一代”测序技术(“Next-generation”sequencing),以能一次并行对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定和一般读长较短等为标志
基因组分析
·
2024-02-03 23:19
2023认证杯小美赛国际赛A题太阳黑子预测Python代码
它们是由抑制对流的磁
通量
浓度引起的表面温度降低的区域。太阳黑子出现在活跃区域内,通常是相反的磁极性对。它们的数量根据大约11年的太阳周期而变化。
Kerry_6
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2024-02-03 11:42
数学建模
python
数据分析
大数据
算法
【交通规划原理】第三章 —— 交通与土地利用
交通与土地利用之间的宏观互动关系2.3城市交通模式与土地利用模式的相互关系2.4城市交通与土地利用的微观互动机理三、城市土地利用与出行生成率模型3.1出行生成率模型基本概念3.2出行生成率模型四、交通基础设施的诱发交
通量
Douglassssssss
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2024-02-03 10:09
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城市交通综合
交通规划原理
土地利用
交通生产率模型
诱发交通量
城市交通与土地利用
病原菌共感染研究思路
随着测序的发展,应用高
通量
转录组测序对于感染多种病原菌的研究也不断深入,今天跟大家分享两篇病原菌共培养研究共感染过程的相互作用,希望能给研究共感染的老师一些样本准备设计的思路的参考
爱基百客
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2024-02-02 15:43
学习
细菌
共感染
使用MAKER进行基因注释(高级篇之GeneMark-ET模型训练)
真核生物基因组预测主要会用到GeneMark-ES/ET,其中GeneMark-ES可用于无监督自训练,也就是只要提供一个基因组序列即可,而GeneMark-ET则是在GeneMark-ES的基础上整合了高
通量
的
xuzhougeng
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2024-02-01 17:40
目标检测开源数据集——道路裂缝
一、道路裂缝检测的意义随着交通运输业的快速发展,道路所承受的交
通量
日益增大,由此引发的一系列道路病害逐渐凸显出来。其中,道路裂缝是最常见的一种,它不仅影响着道路的使用性能,还威胁着交通安全。
钓了猫的鱼儿
·
2024-02-01 06:53
目标检测
数据集
目标检测
道路裂缝
2021-12-27
近年来,随着高
通量
测序技术的发展,人类已经可以从单碱基
图灵基因
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2024-01-31 23:49
群买买写作营输出打卡Day5
阅读书籍《写作7堂课》字数:R:建立知识的框架结构I:
通量
阅读完成知识积累,把知识列一个知识框架,填充进去。当在一个方面完成了知识框架的结构。就可以举一反三,应用在其他领域。
7540770cea05
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2024-01-31 17:27
市值前百加密货币的前世今生——012 恒星币
总量为1000亿,每年增加1%,流
通量
约196亿,流通率18.65%。
比特丘币
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2024-01-31 11:40
外源赤霉素保护高粱幼苗免受精异丙甲草胺药害的机制研究
ThemechanismofexogenousgibberellinA3protectingsorghumshootsfromS-metolachlor Phytotoxicity发表期刊:PestManagementScience影响因子:4.462作者单位:河南农业科学院百趣提供服务:植物激素高
通量
靶标定量
09eb862dd2cf
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2024-01-29 15:52
[基因组学]使用GAMP根据已知CDS序列来进行未知基因组序列的功能注释
后来高
通量
测序时代,又开发了GSNAP支持高
通量
数据比对。软件安装我采用的是利用源代码且在无root权限下进行安装。
巩翔宇Ibrahimovic
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2024-01-29 14:11
RNA 3. SCI 文章中基于T CGA 差异表达基因之 DESeq2
在比较高
通量
测序分析中,一项基本任务是分析计数数据,如RNA-seq中每个基因的Readcount,以获得跨实验条件的系统性变化的证据。离
90066456ace6
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2024-01-29 12:48
DSP CCS12.00 芯片:TMS320F28335 直流电机部分 + TFTLCD 显示部分 + 按键模块
直流电机转速=(电枢端电压-两个电刷上的电压降-电枢绕组电阻上的压降)/(电机常数乘以电机定子磁场的磁
通量
);如果忽略两个电刷上的电压降和电枢绕组电阻上的压降,再不考虑电机常数,那么:转速=电枢端电压/
_She001
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2024-01-28 16:32
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DSP
CCS
的学习
开发语言
dsp
2019-10-22。晴。目标客户
现阶段大部分的喷码机销售公司开展业务都是从电话营销开始的,销售人员一天要打出很多电话出去(一些公司甚至对每天的电话沟
通量
有明确的考核指标),销售人员要和不同的客户不断的重复沟通同一件事情,询问客户有没有采购喷码机的需求
65281dd33741
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2024-01-27 15:56
2001~2022年全球日光诱导叶绿素荧光GOSIF数据分享
SIF是植物在光吸收后几纳秒内重新发射的能量
通量
,与生态系统规模的总初级生产(GPP)表现出很强的线性关系,因此是GPP的有力代理。
GIS遥感数据处理应用
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2024-01-27 01:31
人工智能
arcgis
学习小组DAY7笔记--路超杰
思维导图高
通量
测序二代测序的专业名词flowcell:测序反应的载体/容器,1个flowcell有8个lanelane:测序反应的平行泳道,试剂添加、洗脱等过程的发生位置tile:每次荧光扫描的位置,肉眼是看不到的双端测序
Imimp
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2024-01-27 01:24
前沿综述 | 利用机器学习进行多组学数据分析
随着高
通量
组学平台的发展,生物医学研究大多采取了多组学技术结合的方法,不同组学来源(如遗传学、蛋白质组学和代谢组学)的数据可以通过基于机器学习(MachineLearning,ML)的预测算法进行整合,
尐尐呅
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2024-01-26 20:20
FX110网实地探访交易商Tickmill塞浦路斯办公场所
我们提供直接的ECN流动性,STP和DMA交易执行模式,这意味着100%的交易直接送到流
通量
提供商,我们与客户没有利益冲突。无重新报价,绝对透明的交易过程。
WAIHUI110_HK
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2024-01-26 11:47
业界资讯
大数据
全反式维甲酸(ATAR)诱导白血细胞的染色质构象改变而影响分化进程
高
通量
染色体
d5c9c866171f
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2024-01-24 11:45
GLASS产品植被总初级生产力GPP_avhrr年数据分享
该算法的发展和验证基于全球涡相关
通量
站点的数据,总计155个站点,涵
GIS遥感数据处理应用
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2024-01-24 07:37
arcgis
1月21日,每日信息差
1、今年春运期间,预计城际、市内交
通量
和客运量较上年同期将大幅增长,铁路、民航、省际客运进出京总量预计达4988万人次,日均近125万人次,较2023年上升55%,较2019年上升12%。
信息差Pro
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2024-01-23 11:03
信息差Pro
数据库
mysql
oracle
sql
人工智能
【交通规划原理】第二章 —— 交通调查
文章目录引言一、交
通量
、速度、密度调查1.1交
通量
调查1.2车速调查1.3交通密度调查二、交通延误调查2.1延误的定义及分类2.2路段行车延误调查2.3交叉口延误调查三、OD调查3.1基本术语3.2OD
Douglassssssss
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2024-01-23 11:50
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城市交通综合
交通规划原理
交通调查
车速调查
交通量调查
延误调查
抽样调查
抽样率
第06周-高
通量
药物筛选对Rhabdoid tumors
高
通量
药物筛选对Rhabdoidtumors文章是:High-ThroughputDrugScreeningIdentifiesPazopanibandClofiliumTosylateasPromisingTreatmentsforMalignantRhabdoidTumors
小梦游仙境
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2024-01-23 09:03
3‘aTWAS—3‘adapter-based transcriptome-wide association study
该技术利用高
通量
测序技术,对大量样本进行转录组测序,并通过对测序数据进行分析,识别与特定表型或疾病状态相关的基因和转录本。3'aT
m1chiru
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2024-01-23 09:23
人工智能
生物信息学导论-北大-新一代测序NGS:转录组分析RNA-Seq 1
Real-TimeqRT-PCR基于互补杂交反应(complementaryhybridizationreaction),PCR技术的发展促进了本技术的发展,缺点是:1.低
通量
2.需要有转录本序列的先验知识
陆沙
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2024-01-23 00:50
生物信息学
生物
生物信息
【科研集市】一文带你读懂Hi-C(附高分文献汇总)
High-throughchromosomeconformationcapture)技术源于染色体构象捕获(Chromosomeconformationcapture,3C)技术,以整个细胞核为研究对象,利用高
通量
测序技术
d5c9c866171f
·
2024-01-22 22:29
linux系统下,将.fastq文件统一改为.fq文件
#高
通量
测序获得宏基因组/宏转录组进行后续分析的过程中,常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中,你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。
WDPLA
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2024-01-22 15:47
Linux
生物信息学
linux
运维
服务器
如何从PPI网络进一步挖掘信息
随着各个数据库中信息
通量
的不断提高,基于网络的分析方法越来越受欢迎,比如我们常见的蛋白质相互网络,基因共表达网络,转录因子调控网络,pathway网络等等,为了更好
生信修炼手册
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2024-01-22 13:14
生物信息基础:pysam读写基因组文件
Pysam[1]是一个Python模块,它打包了高
通量
测序库htslib[2]的C-API,可用于读写基因组相关文件,如Fasta/Fastq,SAM/BAM/CRAM,VCF等。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-22 08:37
python
开发语言
2021-05-17 MAGeCK
CRISPR筛选是一种在单一实验中研究多个基因功能的高
通量
技术。在筛选实验中,sgRNA被设计、合成并克隆到一个慢病毒
谢某丶
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2024-01-22 05:08
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