16s

解读16S扩增子分析表格+代码实现

16s分析结果详解文章目录16s分析结果详解OTU表解读物种柱状图韦恩图稀释曲线Shannon-Winner曲线Rank-Abundance曲线Alpha多样性（样本内多样性）Chao1ShannonAceSimpsonAlpha
Les baleines tombent·2022-11-29 07:08

16s扩增子测序分析及解读报告的制作

我目前通过自学懂得了利用qiime2做出了多样性分析和注释，但是看各大生物公司的16s解读报告上有的东西实在不知道怎么做出来，求问：各路大神有没有16s全套生信分析的教程？希望向各路大神学习学习！！！
生信小白到大神·2022-11-29 07:37

爆款入门 | 第 14 期微生物组-扩增子16S分析和可视化(线上/线下同时开课，2022.4)...

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、转录组的线上/线下同时开课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课。
生信宝典·2022-11-28 18:25

OpenCV基础类型4--cv::Mat详解

“像素”的数据格式----命名规则：基本数据类型+通道数CV_{8U,16S,16U,32S
网络通杀108·2022-11-26 13:07

2022.08.24【R语言】|pheatmap外接函数调用时不能有NA/NaN/Inf(arg10)报错问题及解决方案

今天就把16S里面绘制物种丰度的热图报错进行整理问题描述在已确认脚本没有问题、已经绘制过多个16S物种丰度项目热图的情况下发生报错。Errorinhclust(
穆易青·2022-11-25 01:56

16S多样性ASV分析-低氧区ODZ水层分析

第一节.质控,实验设计,双端序列合并（在Qiime1中进行）此部分内容来自https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/76903998一、初步看下测序质量首先，安装fastqc先把原始数据做fastqc,结果放进multiQC，看原始数据质量如何，有没有adapter#首先安装好fastqc、运行#下载fastqchttp://www.bioi
???514·2022-11-23 01:52

Pytorch算力选卡

(ColabTPU)速度382s/epoch(i58250u)速度320s/epoch(i79700k)速度36s/epoch(GPUMX150)速度36s/epoch(ColabGPU)速度16s/epoch
qinging_44663546·2022-11-22 09:21

宏转录组方法_高级转录组分析和R语言数据可视化第12期 (线上线下同时开课)

“福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课。
weixin_39704314·2022-10-30 18:45

微生物组-扩增子16S分析和可视化(2022.10)

课程改为长直播模式，报名后就可以学习，时间更充裕，练习更充分具体见：易生信培训改为长周期模式福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、转录组的线上
生信宝典·2022-10-30 18:14

Jason自习室导航

(更新中)ggplot2图形艺术(更新中)2.BioScience生信工具箱vcf数据分析系列(已完结)NGS高通量分析管道(更新中)WGS全基因组分析管道GATK4RNA-seq分析管道教程宏基因组16S
Jason数据分析生信教室·2022-10-29 16:34

基于R语言的微生物群落组成多样性分析——α多样性及其可视化

对于许多做微生物的同学来说，基于高通量测序的16S扩增子测序是对细菌群落组成及多样性进行分析的重要手段。
科研那点事儿·2022-07-08 08:36

一文读懂微生物扩增子16s测序

做过16s测序的小伙伴们都知道测完之后会拿到一份结果报告但这并不代表可以开始写文章了看似一大堆数据图表却不知如何下手这是很多人头疼的地方那么怎样给报告中的数据赋予灵魂让它真正成为对你有帮助的分析呢？
谷禾牛博·2022-05-30 07:05

高级转录组分析和R语言数据可视化第十二期 （线上线下同时开课）

“福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课。
生信宝典·2022-04-22 07:11

PICRUST2 16s扩增子群落功能预测 安装和使用

测试系统：WSL2Ubuntu20.04LTS1.照着Github一键安装condacreate-npicrust2-cbioconda-cconda-forgepicrust2=2.4.1-ycondaactivatepicrust2错误可能如下：（1）卡在Solvingenvironment，安装不上去，多半网络问题，多执行几次就好尽管我使用的也是清华源，但是因为前期设置的.condarc没有
leoxiaobei·2022-04-15 22:28

最后一周 | 微生物组-宏基因组分析(线上/线下同时开课，2021.1)

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。
生信宝典·2022-03-03 07:58

微生物组-宏基因组分析第9期(报名直播课免费参加线下2020.10本年最后一期)

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程和转录组的线上直播课。
生信宝典·2022-03-03 07:27

魅族Flyme 8稳定版首批机型更新：全新UI、更快更流畅

第一批机型包括：16sPro、16s、16X、16thPlus、16th、15Plus、
哈哈_a56d·2022-02-22 00:14

黄章揭晓魅族16s发布时间?

最近，一些网友开始关注魅族下一代旗舰魅族16s。对于这个问题，黄章在魅族社区引起了答案，关心它的朋友可能希望提前知道。s魅族16S什么时候出来？
贺颖技术·2022-02-17 07:03

魅族出演了一部连续剧，主角竟然是胶水？

5月7日晚，魅族Care官微发布了一则公告，对于网上流传的“魅族16s的Soc没有点胶”传闻，回应称采用了新型胶水，并申明“魅族一直秉承品质第一的原则”。
a86a497a86bb·2022-02-16 15:44

实验报告解析及方法论—微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）

1.实验报告的主体框架内容a)封面信息b)项目实施信息c)元基因组DNA提取过程及结果d)PCR扩增过程及结果e)样品是否成功的判定标准a）封面信息主要包含：客、服双方的主要联系人相关信息，样品对接人，实验操作组及实验主要负责人信息，报告生成时间、项目名称及唯一标识号等方面内容。主要目的：用于追溯实验流程过程，客、服双方在实验方面内容的沟通及对接。b）项目实施信息主要包含：样品的详细情况（客户方提
JarySun·2022-02-15 14:50

魅族16s跌至新低价：“不跟风”真的卖不出去？

而魅族今年的开年旗舰机是魅族16s，作为最新旗舰机，其市场反响却有点出人意料。要知道魅族是一家不妥协的市场的手机厂商，就拿外观设计来说
智能手机那点事·2022-02-10 14:45

PICRUSt2安装及对16s数据进行功能预测

1.PICRUSt简介PICRUSt全称为PhylogeneticInvestigationofCommunitiesbyReconstructionofUnobservedStates，由Langille等人于2013年开发，文章发表在NatureBiotechnology上（Langilleetal.2013）。它是最早被开发的基于16SrRNA基因序列预测微生物群落功能的工具，包括在线版（h
大轮寺鸠摩智·2022-02-09 18:07

barrnap:预测基因组上的核糖体RNA

有个科研团队开发了barrnap这款软件，完全开源免费，github链接如下https://github.com/tseemann/barrnap该软件支持以下类型的rRNA的预测bacteria(5S,23S,16S
生信修炼手册·2022-02-05 08:00

数据分析：基于sparcc的co-occurrence网络分析

介绍Sparcc是基于16s或metagenomics数据等计算组成数据之间关联关系的算法。通常使用countmatrix数据。更多知识分享请到https://zouhua.top/。
华仔少年·2021-11-26 14:38

16s—α多样性分析（R画箱线图）

一、α多样性分析的概念α多样性分析是反映生态系统内物种的多样性，包括丰富度和均匀度的综合指标。丰富度：物种类别的多少，越丰富多样性越高。均匀度：不同物种的数目均匀程度，越均匀多样性越高。二、展示α多样性常用的指数【群落丰富度指数】Communityrichness1、Chao指数：是用chao1算法估计群落中含OTU数目的指数，chao1在生态学中常用来估计物种总数，由Chao(1984)最早提出
walnutoil·2021-11-24 09:25

16S测序分析（一）菌属丰度表获取

导读Miseq16SampliconV3V4PE300测序是目前菌群结构谱研究最为常用的测序手段。本文将以此类测序的下机数据为例展示“如何从Miseq测序数据中快速提取出可以用来统计分析的菌属相对丰度表”的工作流程。该丰度表是做菌群研究最为基本的数据，要想发文章还必须做大量的统计分析。以后推出更多方法。一、软件准备Linux环境：1.FastQC用途：质检下机数据软件地址：https://www.
胡童远·2021-10-26 11:00

NCBI|16S原始数据上传

小编这两天为大家演示了宏基因组数据上传的操作，今天为大家演示16S数据上传的操作，供大家参考，而宏基因组和16S数据上传大同小异，最大的不同就是表格的填写，大家要仔细观察哦~第一步申请Biosample
维凡生物·2021-10-25 14:45

ASV和OTU有什么不同？哪个更好？

遇到了一个16S的课题，于是开始认真学习ASV和OTU的差别，顺手整理一下。扩增子测序和鸟枪法测序已经成为微生物组领域最常见的研究手段。
jlyq617·2021-09-02 21:25

Android 手机登录和第三方登录

应用主流登录流程对比登录方式登录步骤耗时账号+密码注册和登录分离，登录时需输入账号和规则不尽相同的密码，非常繁琐24s以上手机号码+短验输入手机号码—等待下行短验—切换到短信应用界面记忆验证码—切回应用界面输入短信验证码—点击登录16s
·2021-06-25 20:35

Android 手机登录和第三方登录

应用主流登录流程对比登录方式登录步骤耗时账号+密码注册和登录分离，登录时需输入账号和规则不尽相同的密码，非常繁琐24s以上手机号码+短验输入手机号码—等待下行短验—切换到短信应用界面记忆验证码—切回应用界面输入短信验证码—点击登录16s
·2021-06-25 20:49

微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—差异分析方法描述

一、差异分析内容及意义a)随机森林模型（RandomForest）一种非线性分类器，挖掘变量之间复杂的非线性的相互依赖关系。意义：找到能够区分两组样品间差异的关键OTU。b)交叉验证（Crossvalidation）对随机森林筛选出的关键OTU组成进行遍历。意义：以期用最少的OTU数目组合构建一个错误率最低的高效分类器。c)ROC曲线（接收者操作特征曲线）属于二元分类算法，用来处理只有两种分类的问
JarySun·2021-06-23 09:01

R使用笔记: heatmap.2绘制热图

在我们常见的，使用矩阵作为Input的二维热图中，多为基因表达差异，16s分析中不同分组的物
GPZ_Lab·2021-06-22 10:30

扩增子分析：16s rRNA分析snakemake流程

扩增子测序是分析环境微生物的常见手段，通常使用的是16srRNA片段。16srRNA分析主要有质控、去冗余、聚类OTU、去嵌合体、生成OTU表和物种注释等步骤。更多知识分享请到https://zouhua.top/。出发点最开始听人讲扩增子分析，我是云里雾里完全听不懂的蒙蔽状态。后来有幸认识了一位不辞辛苦或者说对“傻子”友好的技术达人，在他的帮助下了解了扩增子分析内的16srRNA的具体流程等。加
华仔少年·2021-06-21 05:23

扩增子分析

微生太扩增子分析系列第八节：QIIME2+GalaxyPICRUSt进行16S功能预测扩增子测序是一种二代靶向测序技术，它使用PCR技术来生成称为扩增子的DNA序列，它简单、快速、应用广泛。
高锰酸钾配甲醛_ab83·2021-06-20 13:06

iQOO武士黑是否值得购买？这几点同价位中无对手！

比如目前市场上3K档位的手机，小米9、魅族16S、iQOO等，配置基本都是用上了当下最好的配件。但在3K档位也是竞争最为激烈的领域，各厂商使出浑身解数吸引消费者买单。
Future0·2021-06-15 03:24

最近有什么值得关注的手机发布

2.魅族16s系列魅族16s系列将会在四月份登场3.荣耀20荣耀20将会在四月中旬左右发布，外观采取6.1寸水滴屏+玻璃机身设计4.OPPO新机OPPO将会在四月份发布一款旗舰新机，或将搭载骁龙855处理器
威光科技·2021-06-13 18:51

微生物多样性（扩增子/16S rDNA测序）—功能预测分析方法描述

一、代谢、功能预测分析内容及意义根据已知的微生物基因组数据，对菌群组成的测序数据（典型的如16SrRNA基因的测序结果）进行菌群代谢功能的预测，意义：从而把物种的“身份”和它们的“功能”对应起来。根据菌群代谢功能预测结果，我们一方面能一窥菌群功能谱的概貌，发挥菌群多样性组成谱测序性价比高的优势；另一方面也能帮助指导后续宏基因组Denovo鸟枪法测序的实验设计，更合理地筛选用于后续研究的样本。a)P
JarySun·2021-06-11 01:33

Qiime1-16.LEfSe输入文件如何生成？如何使用LEfSe？

今天我们要来介绍在16S分析中经常用到的另一个在线分析工具LEfSe。该工具是由Huttenhower小组开发的，用于通过相对丰度来发现2个或更多个组之间的生物标记。
jlyq617·2021-06-11 01:22

第二章 微生物组数据的结构和特点

16S序列以依赖于分类学的方式被映射到现有的系统发育树，或是以独立于分类的方式根据相似性聚集到OTU(操作分类单元）。第一种方式使用现有的系统发育树结构来生成微生物组数据集，而第二种方式根据相似性水平
ZMQ要加油呀·2021-05-30 00:21

微生物多样性（扩增子或16S rDNA测序）-数据处理与统计方法描述

一、数据的处理与统计Miseq测序获得的是双端序列数据，根据两端序列的互补区域，进行拼接获得单条完整序列，同时对序列的质量和拼接的效果进行质控过滤，根据序列首尾两端index序列和引物序列区分序列来自于哪一个样品，并获得高质量序列。通过统计汇总表格，可以体现本批次样品数据的相关统计，包括片段的长度、原始数据序列数量、总碱基数、每例样品的测序序列数等。二、数据处理部分在论文中的描述a)关于数据总量的
JarySun·2021-05-19 00:25

卡方与肠道微生态组学

一天都忙了啥，熟悉和整理了16S数据分析流程，现在能做的只有绘制菌落构成图，想挑出一些细菌来看看构成比的变化，看着差异很明显，统计上一直没有意义。忙活了一下午，还是没搞明白，用卡方是否合适。
saganature·2021-05-13 07:40

vue项目有几个接口content Download时间特别长的解决办法

做的可视化地图项目，有几个接口加载比较慢，大概16S左右，第一次加载接近一分钟，这谁能受得了。对比了正式环境和测试环境，这个接口数据量一样，就是在测试服务器比较慢，排除滚动插件及其它的影响。
孙叫兽·2021-05-10 16:22

使用R分析16s扩增子α，β多样性

这部分教程依然来自HappyBellyBioinformatics网站,主要学习一下使用DADA2获得ASVs数据之后的进一步分析。譬如，微生物群落多样性，样品间的微生物群落差异分析以及系统进化等。1.工作环境设置和数据导入>setwd("C:\\Users\\Administrator\\Documents\\R_work\\amplicon_example_workflow\\R_workin
你猜我菜不菜·2021-05-06 07:02

细节之处显实力，魅族16s和小米9的差距到底在哪里

小米和魅族，在手机圈一直都是大家口中的“欢喜冤家”，今年各自推出的两款旗舰机——小米9和魅族16s，自然也是受到了很多网友的关注。
真调皮科技·2021-05-02 21:07

魅族16s发布，还是熟悉黄章式旗舰！网友：在iQOO面前依旧不够看

4月23日，珠海手机厂商魅族发布了新旗舰16s。
威光科技·2021-04-28 08:49

魅族16s还能怎么玩？光是全面屏就吸粉无数，3398元走起

魅族在4月17日正式发布了旗舰手机16s的发布会邀请函，将会在4月23日正式召开，地点就在老地方珠海。对于苦苦等待的魅友来说，魅族16s的发布会时间终于确定下来，确实是一件大事情。
糖宝科技·2021-04-25 01:51

iQOO卖到2019元？拼多多又玩脱！网友：2478买到就超值

所以在这强大性能的加持下，如小米9、三星S10、iQOO、OPPOReno10倍变焦版、魅族16s等等旗舰手机在日常使用以及游戏体验都不错。不过要说最便宜、性价比最高的高通骁龙855手机是谁？
熊喵喵科技说·2021-04-20 21:32

要体验不要噱头，魅族16s"只有"双摄，但有更好用的OIS防抖

最近旗舰手机市场又出现了一些优秀的产品，比如说在4月28日开售的魅族16s，被很多网友称为是"3K价位里最全面的旗舰手机"。
深夜小卖部科技·2021-04-14 06:54

微生物多样性qiime2分析流程(2）使用qiime2和dada2处理16S序列

我不太确定这篇文档里还有没有打错的命令，代码建议参考：一文完不成qiime2微生物多样性分析(2021版上)这篇文档，应该没错误命令了,希望对大家有帮助，喜欢的小伙伴可以关注我的公众号R语言数据分析指南持续分享更多优质资源1.构建样本文件清单sample.txt(注：以制表符分割)sample-idforward-absolute-filepathreverse-absolute-filepath
R语言数据分析指南·2021-02-22 21:00

r语言rank降序_常见排序分析方法及R语言实现

它们对物种(或基因、功能)的分析具有重要作用，因而频频出现在16S测序及宏基因组测序中。以上分析本质上都属于排序分析(Ordinationanalysis)。
HRGO·2021-01-16 08:37
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