16s

一篇医学微生物组16S测序文章必备的六张图 | 微生物专题

上期介绍了《一篇医学微生物组16S测序文章必备的五个内容|微生物专题》，接下来我们逐一介绍这些必备内容需要用哪些图片来直观呈现，以及这些图片的含义。
Seurat_Satija·2024-02-10 06:00

Gut Microbes+ Microbiome | 揭示太空环境对微生物的影响

借助16S扩增子、宏基因组、转录组等生物学技术，我们一起来探究在太空环境下，微生物所发生的变化。航天飞行期间，小鼠肠道微生物和宿主代谢的变化[1]肠道微生物通
ee00dc6faab7·2024-02-08 05:16

下载微生物16S rDNA序列并用MEGA-X构建进化树

整理：王采荷一、下载同一种属不同species下的微生物16SrDNA使用NCBI网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/选择nucleotide，搜索框输入"Reckettsia16S"图一网页下拉可以看到不同species的16SribosomalRNAgene，把这些都选上图二将选中的这些序列都导出来，命名为Rickettsia16S，由于导出后是txt文件，将后缀改
Dayueban·2024-02-06 11:28

暂无新品对抗小米9，黄章忍痛再为魅族16降价

当然，商场沉浮此一时彼一时，能活下来就有希望，自从魅族CEO黄章爆料将有一部魅族16系列的新机型16s“重燃战火”，然而要看到这款16s正式亮相，魅友还得多等十几天。转眼已是3月下旬，骁龙85
笔点酷玩·2024-02-01 16:08

OTU的定义与解读----了解笔记

在16S测序中，OTU通常使用97%的identitythreshold。
盲人骑瞎马5555·2024-02-01 12:52

细菌16S rRNA基因测序平台比较

1.细菌16SrRNA基因测序平台介绍1.1Roche454测序平台罗氏454测序系统是454生命科学公司推出的454测序技术，是基于焦磷酸测序法的高通量测序系统，开创了第二代测序技术的先河。该技术是通过合成反应而测序(Seqencing-by-synthesis,SBS)的原理进行测序的。原理：GSFLX(+)系统的测序原理是基于焦磷酸测序法，依靠生物发光对DNA序列进行检测。在DNA聚合酶，A
JarySun·2024-01-14 21:48

YogaPro 16s 安装Ubuntu23.04 教程

一、制作启动盘官网下载Ubuntu23.04镜像，安装rufus软件，按照下图设置相应格式，然后点击开始即可二、磁盘空间分配流程：此电脑右键管理->选择磁盘管理->选中D盘->压缩卷->选择需压缩的内存即可三、安装Ubuntu23.041.进入BIOS（先按shift后点击重启->高级选项->将UEFI移到首位->保存退出）2.简单流程（选择第一个installubuntu->右上角关掉WiFi-
AI_Rancho·2024-01-13 15:04

16s—β多样性分析（R画三维PCoA图）

一、β多样性分析的概念Beta多样性指的是样本间多样性。在肠道菌群分析中，Beta多样性是衡量个体间微生物组成相似性的一个指标。通过计算样本间距离可以获得β多样性计算矩阵，后续一般会利用PCoA、进化树聚类等分析对此数值关系进行图形展示。主要基于OTU的群落比较方法，有欧式距离、braycurtis距离、Jaccard距离，这些方法优势在于算法简单，考虑物种丰度（有无）和均度（相对丰度），但其没有
walnutoil·2024-01-07 16:23

跟着NC学cfDNA全基因组片段化丰度谱分析

继续我们的跟着NC学系列，前面分享的是关于16S扩增子测序和宏基因组数据分析的。
zd200572·2024-01-01 19:54

From 16S rDNA测序 To 宏基因组学研究—应用的策略和主要流程

主要内容1.实验设计和研究目的定制策略2.统计分析内容的事先计划3.样品的采集、保存、提取（良好结果的前提）4.测序平台的选择5.数据的存储、分析、发布——————————————————————————————————1.实验设计和研究目的定制策略1.1一切始于实验设计在某些方面实验设计需要谨慎：宏基因组研究中使用方法特点不同。首先要确立宏基因组学研究的主要目标：要尝试解释怎样的科学问题？根据实
JarySun·2023-12-31 05:19

细菌微生物多样性研究—16S V34 vs V4测序结果大揭秘—土壤篇

微生物群落多样主要包括物种多样性、遗传多样性和功能多样性。在环境、能源、食品与疾病医疗等诸多领域有着广泛的研究与应用。基于16SrRNA(16SribosomalRNA)基因的高通量测序技术克服了自然环境中大部分微生物不可培养的困难，且存在测序通量大，测序准确度高、测序价格低的优势，已经成为微生物群落多样性研究的重要基石。由于二代测序读长限制，无法使用高通量测序技术对16SrRNA整个基因全长进行
诺禾致源·2023-12-25 12:58

2020-11-15

1(Q)大地粉碎冷却时间：16/16/16/16s>>>15/13.5/12/10.5s2(W)野蛮冲撞冷却时间：13/13/13/13s>>>13/12/11/10s3(E)践踏伤害：100/130/
联盟手游中心1·2023-12-02 04:03

忠伟的感悟

昨天我本着一遍少一秒的进度从32s压缩到16s，感觉还行，10s是想都不敢想的！那可是向阳老师的速度！今天继续冲击，后面的压缩越来越难！到14s时觉得特别难了！
雨过天晴love·2023-12-02 01:32

Note9先适配，魅族16s排队以待智能冻结3.0，卡顿不再是问题

手机性能孰强孰弱，其搭载的处理器和运行内存等硬件配置拥有主要决定权，但日常操作是否流畅不卡顿，系统优化的作用同样不可忽视。换句话说，妄图只靠堆硬件来获得优质的操作体验好比痴人说梦，哪个品牌在系统优化方面做得好，哪一家产品就更值得入手。魅族手机的Flyme系统就是目前业内的佼佼者之一，在人性化体验方面口碑不错，十几年来常有独树一帜的创新设计。3月份发布的千元机型魅族Note9就新搭载了一个“智能冻结
笔点酷玩·2023-11-29 16:32

多组学整合，快速定位关键代谢通路，解析分子机制

16s全长扩增子测序可提供细菌构成、基因丰度，可以解决who-有谁以及many-有多少的问题。而代谢组学是研究生物体中代谢产物变化的科学，可以解决whathappened-发生了啥的问题。
SHANGHAILINGEN·2023-11-15 15:31

魅族16s/16s Pro 降级救砖教程（安卓10内测版降级教程）

降级说明1.本教程的线刷方法为9008降级救砖方法，魅族16s与魅族16sPro的降级救砖、内测降级都可参考本文。
默林工作室·2023-11-13 10:53

物奇平台耳机宕机恢复功能实现

,物奇平台耳机宕机恢复功能实现一需求与场景1使能Watchdog功能,开启看门狗定时器，定时器溢出软件复位，喂狗周期30s2放入充电盒关盖后10s后盒子发复位时序使耳机自动重启盒子MCU支持最大时间为16s
周南音频科技教育学院(AI湖湘学派)·2023-11-10 19:13

prokka-原核及病毒基因组高效便捷注释

文章目录简介安装使用下游分析提取16S序列物种注释统计5S/16S/23S/tRNA数量统计基因的数量、位置等信息注意参考简介Prokka:rapidprokaryoticgenomeannotation
Neptuneyut·2023-11-10 03:48

appium-Android 自动化之路

androidx.recyclerview.widget.RecyclerView[@resource-id='id6']/android.view.ViewGroup[3]")).click();执行时间16s
我是一个测试Q·2023-11-10 00:58

魅族五一又搞事，重磅旗舰16s开售，还有福利

几乎每一年魅族发布的旗舰手机都能够获得粉丝的热捧，今年的魅族16s自然也没有例外。
芳菲的如柏·2023-11-06 11:43

java fit 16s,科学网—16s rRNA分析流程和工具的介绍 - 肖斌的博文

“split_libraries.py”和“split_libraries_fastq.py”实现数据拆分和数据过滤的双重目的。Mothur利用“Trim.seqs”。不过QIIME和Mothur都不能直接处理sff文件(454下机产生的数据格式)，不过可各自利用“process_sff.py”和Sffinfo将sff格式转换为FASTA和QUAL文件。数据过滤考虑的参数有：minimumaver
xpf769815576·2023-11-04 12:56

16S和ITS(internal transcribed spacer)

细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。16SrDNA是细菌染色体上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。
小王的学习杂记·2023-11-03 06:56

中颖单片机SH367309全套量产PCM，专用动力电池保护板开发资料

软件方案采用Keil51建立的工程，带蓝牙的版本，支持5~16S电池。硬件方案--MCU主板MCU主板采用的是采用SH79F6441-32主处理器，是一颗51核处理器。
cooldog123pp·2023-10-29 05:37

2020-11-16 宏基因组中细菌16s rRNA组装分析

exportPHYLOFLASH_DBHOME=/nfs_genome/BioDB/138.1/condaactivatephyloflashforidin`ls/nfs_genome/home/zhaoshanzhong/zs/data/metagenome64/metacleandata/*.filtered.fq1.gz`doid=${id/*\//}id=${id/.filtered.fq
dashan1928·2023-10-28 19:00

宏基因组，代谢组：高分文章中物种与代谢物相关性热图是怎么画的？

微生物多组学贯穿分析策略十分丰富：如常见的16s与宏基因组贯穿分析，可以验证物种的特征、丰富功能的探究；而16s与代谢组的贯穿分析思路同样常见于高分文章中，通过16s探究不同处理/环境下菌群的物种组成变化
Seurat_Satija·2023-10-26 15:49

这有一份“魅族16s”和小哥哥的联合写真集，请查收。

在上一篇华为Mate20pro的写真文章中有提到，今年想试着慢慢把数码产品与人像写真的联合做出一个系列，在科技产品的拍摄中加入生活的气质，前段时间无意中得到了一台魅族今年上半年的旗舰机型——魅族16s的幻影蓝
小柒酱er·2023-10-26 02:46

组间差异分析神器-STAMP | 分析技能

在微生态研究中，当我们做完16S或宏基因组测序等多样性测序后，想找出不同处理组之间差异物种或差异基因，一般常用的组间差异分析metastats（只能用于两组之间的差异比较）、LEfSe、秩和检验等。
斗战胜佛oh·2023-10-23 15:27

16s微生物WGCNA实例学习笔记

WGCNA其译为加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module)，并探索基因网络与关注的表型之间的关联关系，以及网络中的核心基因。适用于复杂的数据模式，推荐5组(或者15个样品)以上的数据，这里我们把OTU替换成基因其实也就不难理解了。基本原理从方法上来讲，WGCNA分为表达量聚类分析和表型关联两部分，主要包括基因之间相关系数计算、基因模块的确定、共表达网络、模块与性状
小三的后一位小四·2023-10-22 07:39

16S 基础知识、分析工具和分析流程详解

16S概念什么是16S？S是什么意思？16S分析是用来干嘛的？能分析什么？16S大致的分析原理是什么？有点生物学基础的会知道16S和核糖体有关
Seurat_Satija·2023-10-15 06:29

产品升级！全球尺度下原核基因组关键基因共进化无标题

微生物是群落型的生存方式，高通量测序时代到来后，掀起了针对微生物群落整体研究的高潮，比如基于功能基因/16S/ITS/扩增子、宏基因组等进行群落多样性分析。
SHANGHAILINGEN·2023-10-14 23:37

开箱报告 : 小米65W GaN 充电器

然而这和贫穷作为立志成为16s钉子户的我并没有直接关系。更吸引我眼球的，是一同发布的65WGaN充电器（下文称其为GaN充电器）。
淀粉月刊·2023-10-12 05:57

基于duilib的虚拟列表实现

通过粗略测试，我们发现，当数据量达到10000封邮件时，仅仅是构造这10000个控件就需要花费16s，也就是说
43ce3d72fadb·2023-10-07 14:38

微生物组学数据分析和可视化工具汇总

包含一些微生物16s的数据，微生物数据分析的工具以及一些可视化的工具。分享给大家。
生信交流平台·2023-09-23 17:09

微生物测序该怎么选，16S or 宏基因组?

细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。16SrDNA是细菌染色体上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。
唯问生物·2023-09-23 07:53

qiita上传和分析16S rRNA数据

qiita（https://qiita.ucsd.edu/）是一个用于微生物组学研究的在线工具和资源库平台。上传数据注册并登陆准备样品序列文件及meta信息和preparation文件样品序列文件：后缀可以为fastq，fastq.gz，fasta，fna，不可以为fq等meta文件：后缀可以为txt和tsv，第一列列名必须为sample_name，后面各列为样品meta信息，列名中不能出现空格（
竹舞清风_忆·2023-09-20 08:28

利用qiime2分析微生物组16S rRNA数据小结

混合双端、V3-V4区域测序，00.RawData已经进行了样本拆分、barcode去除和引物切除。每个样本文件夹里有5个文件，第一个extendedfrags.fastq文件是拼接后的序列，raw_1fq.gz和raw_2.fq.gz是未去barcode和引物的双端序列；最后两文件是去掉引物和barcode后的原始数据。extendedFrags.fastq文件是由flash软件合并双端序列（即
竹舞清风_忆·2023-09-20 08:27

16S多样性测序到底选择哪些区域测定

年在AEM杂志发表文章（IntragenomicHeterogeneityof16SrRNAGenesCausesOverestimationofProkaryoticDiversity），研究比较了16S
斗战胜佛oh·2023-09-17 16:16

16S rDNA测序和宏基因组测序区别

16S测序和宏基因组测序区别测序原理不同16SrDNA基因存在于所有细菌的基因组中，具有高度的保守性。
有梦想的阿杨·2023-09-16 22:24

16S rRNA&rDNA测序分析

16SrRNA/rDNA测序分析，qiime操作，linux命令，系统发育树构建，venn图，heatmap热图，主分析RDA（Redundancyanalysis），典范对应分析CCA等R语言作图网易云课堂上有视频讲解。16SrRNA&rDNA测序分析第一节-OTU概述-qiime安装1.116s测序16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。16SrRNA基因
宁生信·2023-09-16 22:23

16S rdna 菌种鉴定

细菌的rRNA包括5S、16S、23S，其中5SrRNA信息量少，不适合分析。23SrRNA尽管分子大，信息量多，但碱基突变速度较快，同样不适用于细菌鉴定。
avareart·2023-09-16 22:53

16S rRNA测序鉴定分析实验

2.PCR扩增：使用通用的16S
avareart·2023-09-16 22:53

微生物测序应该用16S 还是宏基因组？

细菌rRNA（核糖体RNA）按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23SrRNA。16SrDNA是细菌染色体上编码rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中。
科研小行星·2023-09-16 22:53

16s rRNA微生物分析报告如何获得关键和有用分析

16S科研项目是一个完整的闭环，前期的课题项目设计方案、取样和重复实验设置决定了后期分析报告的数据完整性和项目类型。
谷禾牛博·2023-09-16 22:52

什么是16S rRNA，rDNA， 菌群研究为什么用16S测序，细菌如何命名分类？

谷禾健康当谈到肠道菌群研究时，16S测序是一种常用的方法，它在了解微生物组成和多样性方面非常重要且实用。16SrRNA是细菌和古细菌中的一个高度保守的基因片段，同时具有一定的变异性。
谷禾牛博·2023-09-16 22:51

16S测序分析（六）用PICRUSt预测菌群KEGG代谢通路

导读PICRUSt(PhylogeneticInvestigationofCommunitiesbyReconstructionofUnobservedStates)的原理基于已测细菌基因组的16SrRNA全长序列，推断它们的共同祖先的基因（同源基因）功能谱，对Greengenes数据库中其它未测物种的基因功能谱进行推断，构建古菌和细菌域全谱系的基因功能预测谱，最后，将测序得到的菌群组成“映射”到
小白菜学生信·2023-09-16 01:41

【性能优化】聊聊性能优化那些事

目前接口耗时基本在30S左右，争取可以提升到16S内。所以就先了解以下相关的性能优化，其实我理解性能优化，一个是在预防，一个是出现问题后进行解决。二前期主要在架构设计与编码层面，后期是如何找到性能瓶颈
qxlxi·2023-09-12 01:49

如何从SILVA数据库下载16S序列

网址：https://www.arb-silva.de/search/以E.coli为例，进行查询12共有24913条records，全部进行下载3选择FASTA序列，无gap，startexport4此处显示进程，全部输出后，就可以downloadfile了。解压后文件即为核苷酸序列5
scdzzdw·2023-09-07 08:41

qiime2R包整合qiime2和R可视化分析16s数据

背景：qiimeartifact是用于存储qiime2的输入输出以及相关的元数据，并提供结果是如何产生的信息，但是qiime2所产生的artifacts（如.qza，虽然其是一个压缩文件）不能直接作为R的直接输入文件，而是要经过一系列的转化成R可接受的文件，所以qiime2R这个包被用来简化从qiime2artifacts到R中输入文件的步骤，并且尽可能的保留artifacts中的信息，主要通过r
无言_俗人·2023-09-06 02:12

【Leetcode】131.分割回文串

示例1：输入：s=“aab”输出：[[“a”,“a”,“b”],[“aa”,“b”]]示例2：输入：s=“a”输出：[[“a”]]提示：1<=s.length<=16s仅由小写英文字母组成2、基础框架classSolution
明朗晨光·2023-09-02 08:03

NCBI数据上传（二）：转录组测序（RNA-Seq）数据

继“16S扩增子原始数据上传”教程发布之后，为满足大家对转录组数据上传的需求，小编马不停蹄地把转录组原始数据上传流程进行了整理，有需求地赶紧收藏吧!
bioyigene·2023-08-26 12:57
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