BLAS

Biopython学习笔记（三）Blast

使用BLAST通常可以分成2个步。这两步都可以用上Biopython。第一步，提交你的查询序列，运行BLAST，并得到输出数据。第二步，用Python解析BLAST的输出，并作进一步分析。
生信start_site·2023-04-01 06:00

TensorFlow DLL文件缺失的解决方案：cudnn64_8.dll not found&cusolver64_10.dll not found

本文目的：解决cublas64_11.dllnotfound，cublasLt64_11.dllnotfound，cufft64_10.dllnotfound，curand64_10.dllnotfound
ACMSunny·2023-03-31 16:06

一文搞懂NCBI Blast本地数据库（NT/NR等）构建

背景介绍blast+：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATESTblastdb：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast
简佐义的博客·2023-03-31 16:13

blast+

makeblastdbmakeblastdb-inar14.fa-dbtypeprot-parse_seqids-outar14
nitrostarch·2023-03-31 00:12

纤维化机制：Myofibroblast的来源和功能

1.简介纤维化是由肌成纤维细胞在慢性炎症反应中过度沉积细胞外基质（ECM）蛋白引起的疤痕和组织硬化。多种有害刺激（包括毒素、传染性病原体、自身免疫反应和机械应激）能够诱导纤维化细胞反应。纤维化会影响身体的所有组织，如果不加以控制，会导致器官衰竭和死亡。目前对调节纤维化发生的关键信号转导通路的研究已经确定了潜在的治疗靶标，以阻止纤维化的进展并恢复细胞功能。MyocardialInterstitial
Hayley笔记·2023-03-30 21:15

《学习小组Day3-Linux环境下软件安装-周晓飞》

1.压缩软件bzip22.conda了解--linux的应用商店（Appstore）3.安装和配置miniconda（wget、blash、source激活）minicoda成功安装：4.使用miniconda
小灰_6edc·2023-03-30 13:07

本地blast

建立比对数据库makeblastdb-inMs.Unigene.fa-dbtypenucl-parse_seqids-outMsrna'##建立比对数据库-in数据来源fasta格式，-dbtype数据库类型
茶思饭·2023-03-30 13:36

关于cublas的一些问题

1.新建一个cuda的项目2.项目-->属性-->输入-->附加依赖项，将cublas.lib添加进去，否则会报一系列cublas函数错误：...无法解析的外部命令，在_main函数中引用。
sunshiner2018·2023-03-30 04:36

基因功能注释

DNA序列，就是nt库Pfam:蛋白结构域注释的分类系统Swiss-Prot:高质量的蛋白数据库，蛋白序列得到实验的验证KEGG:代谢通路注释数据库.GO:基因本体论注释数据库可以通过以下集中方式进行注释blastp
斩毛毛·2023-03-29 20:50

WGDI安装和使用

基因组序列信息文件fasta基因组蛋白序列信息文件fastawgdi需要三种信息，分别是BLAST,基因的位置信息和染色体长度信息，要求格式如下1gffwgdi自己定义的gff，注意提取最长。
徒唤奈何_c5f0·2023-03-29 11:42

linux BLAST序列比对 （nt/nr库）

安装本地blast序列比对软件，我们可以搜索一个查询序列定制数据库，例如想研究一个新测序的基因组，或者感兴趣的一组蛋白质序列。
像鸟一样飞过你的高山·2023-03-29 04:20

文献学习048--[sc]Cross-tissue organization of the fibroblast lineage

成纤维细胞由功能不同的细胞群体组成，这些群体根据其来源的组织和与之相关的疾病而不同。此外，即使在一个组织中，也不是所有的成纤维细胞都是一样的。离散的、不重叠的成纤维细胞亚型驱动着这些细胞的许多生物学功能的不同方面。在一项新的研究中，美国研究人员构建出不同组织中的成纤维细胞基因表达的比较图谱，揭示了同一器官内和不同器官的成纤维细胞谱系的一般组织原则（organizingprinciple）。这项研究
Hayley笔记·2023-03-28 17:51

如何在blast结果中添加详细的物种信息

之前无论是做blastn或者是blastp都是仅仅在blast结果中显示了种属信息，没有添加详细的信息，添加种属信息很简单，只要结果里生成XML格式，之后转化成xls格式就OK：blastn-query16S_seq
谷流觞·2023-03-27 23:49

【Tensorflow】failed to create cublas handle: CUBLAS_STATUS_ALLOC_FAILED

问题描述使用tensorflow的gpu时出现了报错:查找原因发现是显存空间不走所导致的（其实具体原因还是money的问题）解决问题有两个主要原因1、cudnn、cuda的版本与tensorflow不适用，但是我的是按照教程来的，确认好几遍，保证是可以的，这个排除2、gpu的显存不足，可以通过官网上的方法解决：T因为ensorFlow2.0支持两种GPU运算的方式：（1）动态分配显存（2）设置硬性
Next***·2023-03-27 19:54

学会正确选择多序列比对（coding-sequences）软件

前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。
Mr_我爱读文献·2023-03-27 04:40

李易峰绯闻女友和王嘉尔互关？同住酒店？真是剪不断理还乱的关系

近几日爆出的胜利事件已经不仅仅影响了整个韩国在国内也引起轩然大波而且被爆出背后有警察局长的支持又扯上了韩国政治问题但在国内也不太平静昨天小编我冒着风险科普了一下李易峰陈柏霖王大陆等明星的黑料今天就在扩展一下细节这位女网红与另一位男星王嘉尔的不可说关系图片发自App图片发自App网红名：胡湾，微博：blase
在家做作坐·2023-03-27 00:13

为什么马斯克那么牛？看完他的3大学习方法你就知道了！

12岁的时候，自己做的游戏Blastar被一
读书方法论·2023-03-26 13:05

【Linux blast比对】fastq转fasta比对到参考序列

/sample-1_L3_2.fasta&比对$virun_blast1.shblastn\-querysample-1_L3_2.fasta\-dbartificial.blast
Geekero·2023-03-26 08:07

HeFESTo

nloptmkdirbuildcdbuildcmake-DNLOPT_OCTAVE=Off-DNLOPT_MATLAB=Off-DNLOPT_GUILE=Off-DNLOPT_SWIG=Off..makeLAPACKBLASalreadyinstalledinmacasAccelerateframeworkCentosModificationofcodeInregread.f
sgzzl·2023-03-26 08:23

本地化BLAST+详细使用方法

序列相似性搜索是重要的生物信息学研究之一，常常为新测序基因组或序列片段的功能提供参考，而BLAST是这一系列工具中最流行的相似性搜索工具。
Boer223·2023-03-26 05:20

【工具安装】Quartus II 安装与驱动

此处安装路径部分建议安装在D盘此处秘钥授权，先选第2项，试用30天，然后处理USBBlaster驱动安装安装了Quartus后，实际上已经包含了驱动文件。如果电脑没有安装驱动，直接手动安装驱动即可
horse_2007s·2023-03-23 19:10

Quartus II与Modelsim软件安装教程

QuartusII与Modelsim软件安装教程一、QuartusII软件安装1、QuartusII安装2、器件安装3、Quartus破解4、USBBlaster驱动安装二、Modelsim软件安装1、
踏浪~·2023-03-23 19:39

2018-06-13 Use rpsblast to search Cdd database

makeprofiledb-titlecdd-inCdd.pn-outcdd-threshold9.82-scale100.0-dbtyperps-indextrueTheparameteraboveisdefault,sothefollowingcommandisOK,too.ThisisthesampleforCdd_NCBI.pninlargecdddatabase.makeprofiled
keaidelele·2023-03-22 20:31

2022-06-05多序列比对教程

1、格式化数据库makeblastdb-ingenome.pep-dbtypeprot2、序列比对(筛选blast最优结果)blastp-queryAP2.fa-dbgenome.pep-outfmt6
麦冬花儿·2023-03-22 09:59

CUDA_cublas_LIBRARY not found

原因：/path/to/cuda-xx/lib64/路径下面找不到libcublas.so为什么找不到呢？因为是我自己安装的cuda，在选择路径的时候，选择了另一个路径。
昵称己存在·2023-03-22 00:35

BlastBufferQueue 运用场景

假设有这样一个场景，一个是应用主窗口，一个是带有内容的SurfaceControl（简称SC），根据输入事件改变View控件以及SC图层的形态。这个问题很简单，先监听事件，在分别设置各自的Geometry：SurfaceControl.TransactionpendingTransaction=newSurfaceControl.Transaction();SurfaceControlsc;Vie
大天使之剑·2023-03-21 22:10

用stable_diffusion_webui遇到CUBLAS_STATUS_INVALID_VALUE when calling cublasGemmStridedBatchedExFix 报错

中手动编译并安装xformers（以上文章作者为B站up主：青空朝颜モー）本机电脑显卡型号：2080TiCUDA版本：11.5问题描述在点击生成图片时发生以下报错：RuntimeError:CUDAerror:CUBLAS_STATUS_INVALID_VA
T_T___T_T·2023-03-21 15:34

黄文琪雅思口语 Part2话题：Party

4haveablast玩得开心Ireallyhadablast,sinceit'squ
Sharon黄文琪·2023-03-21 03:41

单细胞文献10-纵向多组学分析确定巨核细胞，红系细胞和成浆细胞的反应是重症COVID-19的标志

带数据和代码image.pngLongitudinalMulti-omicsAnalysesIdentifyResponsesofMegakaryocytes,ErythroidCells,andPlasmablastsasHallmarksofSevereCOVID
土豆学生信·2023-03-20 00:09

使用busco进行基因组质量评估

软件所需软件及环境：pythonblastmetaeukaugustussepphmmerRscript所使用软件均可通过conda安装。#运行
花生学生信·2023-03-18 00:37

使用blast+samtools view+featurecounts对qpcr的靶序列在高通量结果中定量

思路1、使用blast确定primer比对到的序列，并获得靶序列在基因组/转录组上
一只烟酒僧·2023-03-17 20:28

2021-06-27

今年9月底发表在Aging-US（IF=4.831）上的一篇纯生信分析文章（“Glioblastomacelldifferentiationtrajectorypredictstheimmunotherapyresponseandoverallsurvivalofpatients
村长吃火锅·2023-03-17 18:26

《Explosiondialogue - Stickers》技术支持

Explosiondialogue-Stickers》,ifyouusewhatproblemsorhavesomesuggestionforourproducts,pleasefeelfreetocontactme.Blastchat
无敌BB小生·2023-03-17 15:36

序列比对工具 | BLAST、 BLAT、 diamond

比如部分相同或相似的百分比或其他一些合适的度量如：A序列和B序列的相似性是80%同源性（homology）从一些数据中推断出的两个基因或者蛋白序列具有共同祖先的结论，属于质的判断可以说A序列和B序列是同源序列，但不能说同源性80%常用工具BLASTBLAT
生信师姐·2023-03-17 08:58

phylogenetic建树及自动美化

/usr/bin/bash###blastmakeblastdb-ingenome.faa-outgenome-dbtypeprotblastp-queryall.fa-dbgenome-outall_to_genome-outfmt6
一直想要成为大牛的科研狗·2023-03-16 23:30

2020-12-17水稻、小麦GO富集分析

当然如果你对一些新组装出来的基因感兴趣，也可以通过跑blast2go等电子注释方法获取Gene对应GO
bcl_hx·2023-03-16 09:01

图解：如何在NCBI上找到具体一个基因第N个外显子的序列,以EML4基因为例

确定的方法有很多种，比如NCBI、USUC和Blast等。这里我们用NCBI的方法找到一个基因的外显子序列。
花色匆匆·2023-03-15 08:13

mkldnn/onednn/openblas

example目录intel_2020.3.279/mkl/examples/cblas/source/cblas_sgemmx.c这是mkl自带的example，还有cblas_
D_Major·2023-03-14 19:11

基因家族 基于 blast比对 筛选串联重复基因

#定义%identity>70并且aligmentlength>70认为是串联重复基因makeblastdb-inbhlh.cds-dbtypenucl-titlebhlhblastn-num_threads24
夹竹桃的下午·2023-03-14 18:12

Ubuntu配置Tensorflow

ImportError:libcublas.so.9.0:cannotopensharedobjectfile:Nosuchfileordirectorycuda不匹配tensorflow1.6匹配cuda9
VaultHunter·2023-03-12 15:43

基因家族的鉴定-基于Windows系统上的HMMER

基因组的序列提取，详情请看我之前的教程：https://www.jianshu.com/p/211a262aebc4基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast，请看我之前的教程：https
啊辉的科研·2023-03-12 09:46

2022-07-25 GBM 综述

Glioblastomamultiforme(GBM):Anoverviewofcurrenttherapiesandmechanismsofresistance."
森尼啊·2023-03-11 16:51

走进向量计算：制作 OpenBLAS Docker 预构建产物镜像

本篇文章，将聊聊如何在容器中完成支持多CPU架构（x86、ARM）、多种CPU类型（Intel、AMD）的OpenBLAS的Docker镜像，来让包括Milvus在内的，使用OpenBLAS的软件的Docker
soulteary·2023-03-11 11:08

极易出错的500个字（一）

爱带(戴)loveandesteem白晰(皙)white-skinned,fair-skinned爆乱(暴)riot,rebellion报筹(酬)reward,pay,remuneration暴炸(爆)blast
周柯楠·2023-03-11 03:36

PSI-BLAST 输出MSA与fasta

PSI-BLAST(Position-SpecificIterativeBasicLocalAlignmentSearchTool)是blastp的一种，用于发现与查询序列更远距离相关的序列。
气旋_c8b6·2023-03-10 18:28

【科研】本地Blast安装与使用（Win）

4、右键打开我的电脑-属性-高级系统设置-环境变量用户变量中新建，变量名BLASTDB，变量值\path\NCBI
空若·2023-03-10 13:23

1、使用quartus II下载程序

21EDAAlteraCPLD学习板1、安装USB-Blaster驱动在IDE安装目录中的drivers里面2、下载程序
d24b5d9a8312·2023-03-09 12:44

blast以后使用python提取比对上的序列简单小例子

这里我们用到biopythonblast的输出结果需要保存为xml格式-outfmt设置为5首先是blast构建索引makeblastdb-inZjn_sc00188.1.fa-dbtypenucl-parse_seqids-outzjn
小明的数据分析笔记本·2023-03-09 11:39

China blasts Australia

ChinablastsAustralia'sdecisiontocancelBeltandRoaddeal中国强烈抨击澳大利亚撤销“一带一路”合作协议的决定TheAustralianfederalgovernmentscrappedboththememorandumofunderstandingandframeworkagreementsignedbetweenVictoriaandChina's
俗世尘沙·2023-03-08 21:33

ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块。

使用ProcessMonitor监视发现找不到以下文件cufft64_80.dllcurand64_80.dllcublas64_80.dll把这几个文件复制到c:\windows\system
朱百万·2023-02-18 22:38
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