BLAS

今日英文学习

blastpauseshatteredmarkcatastrophicplungemarchdevastateportdestructiveobserveammoniumnitratetoll
清听漫语·2023-09-28 21:28

安装treemix报错configure: error: could not find GSL BLAS怎么办？

报错：在安装treemix的时候，报错了configure:error:couldnotfindGSLBLAS解决方案installGSLwgethttp://mirrors.ustc.edu.cn/gnu
石博士·2023-09-25 09:15

看完iPhone12的文案中文版，你还觉得“十三香”吗？

1.Blastpastfast.图源网络中国官网：升维大提速。图源网络中国香港官网：速度，突破另一层次。图源网络中国台湾
文案鉴赏集·2023-09-24 14:49

如何计算kaks值和4dtv值

前期准备不同物种的蛋白和cds序列：os.pep,os.cds,sb.pep,sb.cds依赖程序：blast+,clustalw2,ParaAT,KaKs_Calculator注：所依赖程序需提前安装好
Davey1220·2023-09-23 10:49

http代理和socks代理

Socks是个电路级的底层网关，是DavidKoblas在1990
terryhuang·2023-09-21 19:52

OpenBlas在J1900下的编译问题

最近在使用别人提供的离线人脸识别sdk的时候，涉及到了OpenBlas这个开源的矩阵计算库，但是这个库对cpu有特殊要求，本人使用的J1900是赛扬系列的，编译的时候出现了问题：yingbin@yingbin-desktop
搬砖程序员·2023-09-20 04:54

blastall报错之一

[blastall]WARNING:Contig41035:CouldnotcalculateungappedKarlin-Altschulparametersduetoaninvalidquerysequenceoritstranslation.Pleaseverifythequerysequence
溪溪溪溪溪川·2023-09-19 16:16

使用R语言包RIdeogram展示blast双序列比对结果

RIdeogram是用来展示染色体组型（idiogram）的一个R语言包，比如展示snp的密度分布；展示某类基因在染色体上的分布等等。具体介绍可以参考https://www.plob.org/article/16335.html发表的论文是RIdeogram:drawingSVGgraphicstovisualizeandmapgenome-widedataontheidiogramsPeerJ2
小明的数据分析笔记本·2023-09-19 11:32

解决 ChatGLM.CPP+clBlast 编译错误（也适用于SD.CPP）

首先安装OpenCL和clblast：vcpkginstallopenclclblast下载GitHub上的源码：gitclone--recurse-submoduleshttps://github.com
绝不原创的飞龙·2023-09-18 19:29

ubuntu环境下部署PaddleOCR运行慢问题解决

上一篇博客中下载的预测库为：manylinux_cpu_avx_openblas_gcc5.4经过在网上一番查找有人说建议下载mkl版本的预测库即manylinux_cpu_avx_mkl_gcc5.4
xp_fangfei·2023-09-18 12:59

肿瘤免疫治疗怎么开展？来看看大佬们怎么做吧！

导言今天小编分享一篇2021年4月9日发表于Cell的有关免疫治疗的文章——Glioblastomasacquiremyeloid-affiliatedtranscriptionalprogramsviaepigeneticimmunoeditingtoelicitimmuneevasion
博士苑·2023-09-18 10:50

blast错误问题

所以想起来使用blast。win下blast，上学那阵子不知道跑了多少遍了。以为信手拈来，木想到安装之后居然翻车了。
谢京合·2023-09-18 09:14

【向量数据库】相似向量检索Faiss数据库的安装及余弦相似度计算（C++）

目录简介安装方法安装OpenBLAS安装lapack编译Faiss代码示例余弦相似度计算输出ID号而非索引的改进版简介Faiss是一个强大的向量相似度搜索库，具有以下优点：高效的搜索性能：Faiss在处理大规模向量数据时表现出色
颢师傅·2023-09-15 01:41

RepeatModeler2.0安装及使用

RepeatModeler的依赖工具可以conda安装或者手动安装，推荐conda1、RepeatMasker、TRF、RMblast在正式安装RepeatModeler主程序之前，需要提前配置
东风008·2023-09-14 07:34

在windows环境下安装运行NCBI-blast程序

NCBIBLAST程序作为广泛使用的序列比对工具深受大家喜爱，对于一般的生物信息处理过程来讲，网页版的工具已经足够使用，但是若想自己构建自定义的搜索数据库以及对大量序列进行检索，则需要在本地运行。
指尖笑1226·2023-09-13 14:04

10X空间转录组CNV和速率分析的空间图谱

hello，我们今天要继续扩展10X空间转录组的个性化分析，其中主要是CNV分析和速率分析的空间图谱，参考文献在Spatiotemporalheterogeneityofglioblastomaisdictatedbymicroenvironmentalinterference
单细胞空间交响乐·2023-09-13 12:10

Space King shooting game

Meteoriterainhitsyou.Youneedtotakeaspaceshiptodestroythemeteorite,protecttheearth,anduseyourblastwavetodestroythemeteorite.Protectyourselffromthefighterplaneandcometochallenge
JJUSTIN·2023-09-13 02:45

CMake高级用法实例分析（学习paddle官方的CMakeLists）

CMakeListscmake_minimum_required(VERSION3.0)project(PaddleObjectDetectorCXXC)option(WITH_MKL"CompiledemowithMKL/OpenBlassupport
雪回·2023-09-12 14:36

R语言发送邮件丨blastula包使用教程

R语言自动发送邮件今天分享一个小技巧，用R语言脚本实现STMP邮件自动发送功能。生信分析实际操作过程中，可能会偶尔会遇到耗时比较久的计算，比如基因组上游分析GATK标准流程往往耗时几天时间。使用R语言自动发送邮件，在关键节点及时提醒计算状态，能尽可能的避免浪费时间和无效等待，再也不用加班看结果了，系统自动将运算得到的结果汇报至邮箱（文字、表格、图片等文件都支持）。使用方法首先，需要安装Rstudi
生信分析笔记·2023-09-12 08:06

PSSM矩阵的生成（ncbi-blast

PSSM矩阵的生成（ncbi-blast-2.9.0±win64）参考链接：https://blog.csdn.net/sxz940613/article/details/97102046https:/
carebon·2023-09-11 12:56

MySQL 建议【转载】

soar/blob/master/doc/heuristic.md启发式规则建议[toc]建议使用AS关键字显示声明一个别名Item:ALI.001Severity:L0Content:在列或表别名(如"tblASalias
快乐的提千万·2023-09-10 13:17

10X单细胞联合空间转录组技术解析结直肠癌肿瘤微环境

好了，继续我们单细胞空间的研究内容，今天分享的文章在Single-cellandspatialanalysisrevealinteractionofFAP+fibroblastsandSPP1+macrophagesinc
单细胞空间交响乐·2023-09-09 15:08

PETSc介绍

说明备注工具运行选项、调试和性能工具、可视化工具等数学计算矩阵、向量、线性/非线性求解器、优化算法求解器等底层依赖库BLAS、LAPACK、MPI、CUDA、CL等PETSc数值计算库架构说明备注基础数学对象
weixin_42849849·2023-09-09 02:19

CUDA 基础指南(一): 环境配置与基础概念

环境配置CUDA软件生态自顶向下结构大致如下:Applications:CuLibraries:CuBlas,CuDLA,TensorRT等CUDAtoolkit:GPUDriver:GPUdevices
·2023-09-07 12:18

CobaltStrike密码爆破、伪造上线以及DDos——csIntruder

ThisprojectincludesCobaltStrikepasswordblasting,fakeonlineandDDosfunctions.Amongthem,fakeonlinesup
土豆.exe·2023-09-06 15:02

CUDA 基础指南(一): 环境配置与基础概念

环境配置CUDA软件生态自顶向下结构大致如下:Applications:CuLibraries:CuBlas,CuDLA,TensorRT等CUDAtoolkit:GPUDriver:GPUdevices
·2023-09-05 18:13

子实体形态相关基因鉴定

即CAZymes蛋白激酶功能注释通过Blastp与Ki
zq_Shen·2023-09-04 22:10

解决DCNv2不能使用高版本pytorch编译的问题

，虽然声称"Nowthemasterbranchisforpytorch1.x"，实际上由于pytorch自1.11版开始发生了很大变化，原来基于C实现的THC封装实现的调用cuda、cudnn和cublas
Arnold-FY-Chen·2023-09-03 18:34

Houdini常用SOP节点

Blast删除。※删除图元、点、边或断点。Add添加。※创建点或多边形，或向输入添加点/多边形。Mountain山。根※据分形噪波沿其法线置换点，形成如山般形状。
_Ak_·2023-09-02 06:08

基因家族分析三把刀：hmmsearch＆blast&orthofinder

我只是个搬运工，侵权请私信，速删方法一：blast数据准备：下载NCBI中相关蛋白序列，将所有的fa序列放在一起成all.pep下载相关基因组的蛋白序列，eg：genome1.fa，genome2.fa
一直想要成为大牛的科研狗·2023-09-01 07:42

Ensembl 简介及其参考基因组

Ensembl工具包括BLAST,BLAT,BioMart和变异效应预测器(VEP)为所有支持的物种。BioMart是强大的RNA在线ID转换工具；BLAST是
花色匆匆·2023-08-31 14:06

生物笔记——暑期学习笔记（三）

生物笔记——暑期学习笔记（三）文章目录前言一、R篇1.数据筛选2.字符串处理3.练习二、生信篇1.blast基因家族鉴定2.hmm鉴定3.理化性质与亚细胞定位4.基因重复类型分析5.家族成员染色体位置分析
星石传说·2023-08-30 21:08

卷积计算代码实现

后者比前者执行速度快许多将卷积运算转化为矩阵乘法，从乘法和加法的运算次数上看，两者没什么差别，但是转化成矩阵后，运算时需要的数据被存在连续的内存上，这样访问速度大大提升（cache），同时，矩阵乘法有很多库提供了高效的实现方法，像BLAS
chenghaoy·2023-08-30 05:31

水稻叶病害识别（图像连续识别和视频识别,python代码，pytorch框架）

（图像连续识别和视频识别,python代码，pytorch框架）_哔哩哔哩_bilibili1.数据集介绍：自然环境下，4种水稻叶片病虫害数据集Bacterialblight（白叶枯病）共1548张，Blast
深度学习的奋斗者·2023-08-29 21:22

【openEuler创新项目探索】一个Java端的向量化BLAS库VectorBLAS

VectorBLAS简介VectorBLAS是一个使用Java语言实现的向量化BLAS高性能库，目前已在openEuler社区开源。
openEuler社区·2023-08-29 07:49

为什么 Biopython 的在线 BLAST 这么慢？

用过网页版本BLAST的童鞋都会发现，提交的序列比对往往在几分钟，甚至几十秒就可以得到比对的结果；而通过调用API却要花费几十分钟或者更长的时间！这到底是为什么呢？
BioIT爱好者·2023-08-28 12:09

【openEuler创新项目探索】一个Java端的向量化BLAS库VectorBLAS

VectorBLAS简介VectorBLAS是一个使用Java语言实现的向量化BLAS高性能库，目前已在openEuler社区开源。
·2023-08-28 11:01

Seattle Children’s opens first pediatric CAR T-Cell trial dual targeting CD22 and CD19

T-cellimmunotherapytrialintheU.S.forchildrenandyoungadultswithrelapsedorrefractoryCD19-andCD22-positiveacutelymphoblasticleukemia
路经纬Gavin·2023-08-27 07:31

Meta 推出 SeamlessM4T，无缝翻译和转录语音和文本

SeamlessM4T允许跨语音和文本单元进行评估的BLASER2.0进行测试时，与目前最先进的语音到文本任务模型相比，SeamlessM4T模型在语音到文本任务中对抗背景噪声和说话者变化的表现更好Meta
ejinxian·2023-08-26 10:13

大咖培训讲座|高性能计算专场 认识真正的高性能计算，探究如何成为高性能计算工程师 ...

猿代码科技高性能计算讲座原文——OpenBLAS创始人无保留分享我们如何成为一个高性能计算的工程师，或者这种性能优化的这一部分的软件工程师。我其实想了一下，这一部分的入门的基础其实没那么难。
猿代码科技·2023-08-26 05:55

ubuntu中运行ros2节点，共享库libblas.so.3无法加载报错的问题解决

工作中需要调试新的摄像头，安装对应的驱动：cindy@ubuntu:~/Downloads$sudodpkg-iros-foxy-deptrum-ros-driver-stellar400_0.1.1-0focal_arm64.deb[sudo]passwordforcindy:Selectingpreviouslyunselectedpackageros-foxy-deptrum-ros-dri
张江一哥·2023-08-25 14:24

文章拆解:基因组+免疫浸润+干预=6分SCI？

杂志上的一篇文章，“GeneticandImmuneChangesAssociatedwithDiseaseProgressionunderthePressureofOncolyticTherapyinANeuroblastomaOutlierPatient
科研菌·2023-08-25 09:12

blast | diamond 输出结果选择和解析 | 比对

之前的文章：构建NCBI本地BLAST数据库(NRNT等)|blastx/diamond使用方法|blast构建索引|makeblastdb本地运行blast时，需要指定outformat。
weixin_34032792·2023-08-25 07:26

linux比对nt数据库,linux BLAST序列比对 （nt/nr库）

安装本地blast序列比对软件，我们可以搜索一个查询序列定制数据库，例如想研究一个新测序的基因组，或者感兴趣的一组蛋白质序列。
城北增暮寒·2023-08-25 07:56

将NR数据库diamond比对结果做物种注释

需求：环境菌功能基因扩增子测序的OTU序列已经用diamond进行了NR全库的比对（blastx），还需得知其物种信息。P.S.本人是没接触过扩增子比对相关内容，不保证该过程的合理性。
江有枫xx·2023-08-25 07:54

blast命令

蛋白质序列比对蛋白质数据库（blastp）blastp-queryseq.fast-outseq.blast-dbdbname-outfmt6-evalue1e-5-num_descriptions10
Chenhu7·2023-08-25 07:54

Lecture 11-20

本地blast使用下载及安装：curl-Oftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64
杨亮_SAAS·2023-08-25 06:18

四级词汇

1.alterv.改变,改动,变更2.burstvi.,n.突然发生,爆裂3.disposevi.除掉;处置;解决;处理(of)4.blastn.爆炸;气流vi.炸,炸掉5.consumev.消耗,耗尽
奔跑的虫子·2023-08-25 00:20

CUBLAS矩阵乘法

include#include#include#include#include"cuda_runtime.h"#include"device_launch_parameters.h"#include"cublas_v2
给算法爸爸上香·2023-08-23 14:58

Nature 子刊 | 中国航天员科研训练中心李英贤团队揭示骨重塑的力学调控新机制

2022年2月24日，该团队关于骨重塑力学调控机制的研究成果“MechanosensitivelncRNANeat1promotesosteoblastfunctionthroughparaspec
尐尐呅·2023-08-22 06:15
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