BLAS

【向量数据库】相似向量检索Faiss数据库的安装及余弦相似度计算（C++）

目录简介安装方法安装OpenBLAS安装lapack编译Faiss代码示例余弦相似度计算输出ID号而非索引的改进版简介Faiss是一个强大的向量相似度搜索库，具有以下优点：高效的搜索性能：Faiss在处理大规模向量数据时表现出色
颢师傅·2023-09-15 01:41

RepeatModeler2.0安装及使用

RepeatModeler的依赖工具可以conda安装或者手动安装，推荐conda1、RepeatMasker、TRF、RMblast在正式安装RepeatModeler主程序之前，需要提前配置
东风008·2023-09-14 07:34

在windows环境下安装运行NCBI-blast程序

NCBIBLAST程序作为广泛使用的序列比对工具深受大家喜爱，对于一般的生物信息处理过程来讲，网页版的工具已经足够使用，但是若想自己构建自定义的搜索数据库以及对大量序列进行检索，则需要在本地运行。
指尖笑1226·2023-09-13 14:04

10X空间转录组CNV和速率分析的空间图谱

hello，我们今天要继续扩展10X空间转录组的个性化分析，其中主要是CNV分析和速率分析的空间图谱，参考文献在Spatiotemporalheterogeneityofglioblastomaisdictatedbymicroenvironmentalinterference
单细胞空间交响乐·2023-09-13 12:10

Space King shooting game

Meteoriterainhitsyou.Youneedtotakeaspaceshiptodestroythemeteorite,protecttheearth,anduseyourblastwavetodestroythemeteorite.Protectyourselffromthefighterplaneandcometochallenge
JJUSTIN·2023-09-13 02:45

CMake高级用法实例分析（学习paddle官方的CMakeLists）

CMakeListscmake_minimum_required(VERSION3.0)project(PaddleObjectDetectorCXXC)option(WITH_MKL"CompiledemowithMKL/OpenBlassupport
雪回·2023-09-12 14:36

R语言发送邮件丨blastula包使用教程

R语言自动发送邮件今天分享一个小技巧，用R语言脚本实现STMP邮件自动发送功能。生信分析实际操作过程中，可能会偶尔会遇到耗时比较久的计算，比如基因组上游分析GATK标准流程往往耗时几天时间。使用R语言自动发送邮件，在关键节点及时提醒计算状态，能尽可能的避免浪费时间和无效等待，再也不用加班看结果了，系统自动将运算得到的结果汇报至邮箱（文字、表格、图片等文件都支持）。使用方法首先，需要安装Rstudi
生信分析笔记·2023-09-12 08:06

PSSM矩阵的生成（ncbi-blast

PSSM矩阵的生成（ncbi-blast-2.9.0±win64）参考链接：https://blog.csdn.net/sxz940613/article/details/97102046https:/
carebon·2023-09-11 12:56

MySQL 建议【转载】

soar/blob/master/doc/heuristic.md启发式规则建议[toc]建议使用AS关键字显示声明一个别名Item:ALI.001Severity:L0Content:在列或表别名(如"tblASalias
快乐的提千万·2023-09-10 13:17

10X单细胞联合空间转录组技术解析结直肠癌肿瘤微环境

好了，继续我们单细胞空间的研究内容，今天分享的文章在Single-cellandspatialanalysisrevealinteractionofFAP+fibroblastsandSPP1+macrophagesinc
单细胞空间交响乐·2023-09-09 15:08

PETSc介绍

说明备注工具运行选项、调试和性能工具、可视化工具等数学计算矩阵、向量、线性/非线性求解器、优化算法求解器等底层依赖库BLAS、LAPACK、MPI、CUDA、CL等PETSc数值计算库架构说明备注基础数学对象
weixin_42849849·2023-09-09 02:19

CUDA 基础指南(一): 环境配置与基础概念

环境配置CUDA软件生态自顶向下结构大致如下:Applications:CuLibraries:CuBlas,CuDLA,TensorRT等CUDAtoolkit:GPUDriver:GPUdevices
·2023-09-07 12:18

CobaltStrike密码爆破、伪造上线以及DDos——csIntruder

ThisprojectincludesCobaltStrikepasswordblasting,fakeonlineandDDosfunctions.Amongthem,fakeonlinesup
土豆.exe·2023-09-06 15:02

CUDA 基础指南(一): 环境配置与基础概念

环境配置CUDA软件生态自顶向下结构大致如下:Applications:CuLibraries:CuBlas,CuDLA,TensorRT等CUDAtoolkit:GPUDriver:GPUdevices
·2023-09-05 18:13

子实体形态相关基因鉴定

即CAZymes蛋白激酶功能注释通过Blastp与Ki
zq_Shen·2023-09-04 22:10

解决DCNv2不能使用高版本pytorch编译的问题

，虽然声称"Nowthemasterbranchisforpytorch1.x"，实际上由于pytorch自1.11版开始发生了很大变化，原来基于C实现的THC封装实现的调用cuda、cudnn和cublas
Arnold-FY-Chen·2023-09-03 18:34

Houdini常用SOP节点

Blast删除。※删除图元、点、边或断点。Add添加。※创建点或多边形，或向输入添加点/多边形。Mountain山。根※据分形噪波沿其法线置换点，形成如山般形状。
_Ak_·2023-09-02 06:08

基因家族分析三把刀：hmmsearch＆blast&orthofinder

我只是个搬运工，侵权请私信，速删方法一：blast数据准备：下载NCBI中相关蛋白序列，将所有的fa序列放在一起成all.pep下载相关基因组的蛋白序列，eg：genome1.fa，genome2.fa
一直想要成为大牛的科研狗·2023-09-01 07:42

Ensembl 简介及其参考基因组

Ensembl工具包括BLAST,BLAT,BioMart和变异效应预测器(VEP)为所有支持的物种。BioMart是强大的RNA在线ID转换工具；BLAST是
花色匆匆·2023-08-31 14:06

生物笔记——暑期学习笔记（三）

生物笔记——暑期学习笔记（三）文章目录前言一、R篇1.数据筛选2.字符串处理3.练习二、生信篇1.blast基因家族鉴定2.hmm鉴定3.理化性质与亚细胞定位4.基因重复类型分析5.家族成员染色体位置分析
星石传说·2023-08-30 21:08

卷积计算代码实现

后者比前者执行速度快许多将卷积运算转化为矩阵乘法，从乘法和加法的运算次数上看，两者没什么差别，但是转化成矩阵后，运算时需要的数据被存在连续的内存上，这样访问速度大大提升（cache），同时，矩阵乘法有很多库提供了高效的实现方法，像BLAS
chenghaoy·2023-08-30 05:31

水稻叶病害识别（图像连续识别和视频识别,python代码，pytorch框架）

（图像连续识别和视频识别,python代码，pytorch框架）_哔哩哔哩_bilibili1.数据集介绍：自然环境下，4种水稻叶片病虫害数据集Bacterialblight（白叶枯病）共1548张，Blast
深度学习的奋斗者·2023-08-29 21:22

【openEuler创新项目探索】一个Java端的向量化BLAS库VectorBLAS

VectorBLAS简介VectorBLAS是一个使用Java语言实现的向量化BLAS高性能库，目前已在openEuler社区开源。
openEuler社区·2023-08-29 07:49

为什么 Biopython 的在线 BLAST 这么慢？

用过网页版本BLAST的童鞋都会发现，提交的序列比对往往在几分钟，甚至几十秒就可以得到比对的结果；而通过调用API却要花费几十分钟或者更长的时间！这到底是为什么呢？
BioIT爱好者·2023-08-28 12:09

【openEuler创新项目探索】一个Java端的向量化BLAS库VectorBLAS

VectorBLAS简介VectorBLAS是一个使用Java语言实现的向量化BLAS高性能库，目前已在openEuler社区开源。
·2023-08-28 11:01

Seattle Children’s opens first pediatric CAR T-Cell trial dual targeting CD22 and CD19

T-cellimmunotherapytrialintheU.S.forchildrenandyoungadultswithrelapsedorrefractoryCD19-andCD22-positiveacutelymphoblasticleukemia
路经纬Gavin·2023-08-27 07:31

Meta 推出 SeamlessM4T，无缝翻译和转录语音和文本

SeamlessM4T允许跨语音和文本单元进行评估的BLASER2.0进行测试时，与目前最先进的语音到文本任务模型相比，SeamlessM4T模型在语音到文本任务中对抗背景噪声和说话者变化的表现更好Meta
ejinxian·2023-08-26 10:13

大咖培训讲座|高性能计算专场 认识真正的高性能计算，探究如何成为高性能计算工程师 ...

猿代码科技高性能计算讲座原文——OpenBLAS创始人无保留分享我们如何成为一个高性能计算的工程师，或者这种性能优化的这一部分的软件工程师。我其实想了一下，这一部分的入门的基础其实没那么难。
猿代码科技·2023-08-26 05:55

ubuntu中运行ros2节点，共享库libblas.so.3无法加载报错的问题解决

工作中需要调试新的摄像头，安装对应的驱动：cindy@ubuntu:~/Downloads$sudodpkg-iros-foxy-deptrum-ros-driver-stellar400_0.1.1-0focal_arm64.deb[sudo]passwordforcindy:Selectingpreviouslyunselectedpackageros-foxy-deptrum-ros-dri
张江一哥·2023-08-25 14:24

文章拆解:基因组+免疫浸润+干预=6分SCI？

杂志上的一篇文章，“GeneticandImmuneChangesAssociatedwithDiseaseProgressionunderthePressureofOncolyticTherapyinANeuroblastomaOutlierPatient
科研菌·2023-08-25 09:12

blast | diamond 输出结果选择和解析 | 比对

之前的文章：构建NCBI本地BLAST数据库(NRNT等)|blastx/diamond使用方法|blast构建索引|makeblastdb本地运行blast时，需要指定outformat。
weixin_34032792·2023-08-25 07:26

linux比对nt数据库,linux BLAST序列比对 （nt/nr库）

安装本地blast序列比对软件，我们可以搜索一个查询序列定制数据库，例如想研究一个新测序的基因组，或者感兴趣的一组蛋白质序列。
城北增暮寒·2023-08-25 07:56

将NR数据库diamond比对结果做物种注释

需求：环境菌功能基因扩增子测序的OTU序列已经用diamond进行了NR全库的比对（blastx），还需得知其物种信息。P.S.本人是没接触过扩增子比对相关内容，不保证该过程的合理性。
江有枫xx·2023-08-25 07:54

blast命令

蛋白质序列比对蛋白质数据库（blastp）blastp-queryseq.fast-outseq.blast-dbdbname-outfmt6-evalue1e-5-num_descriptions10
Chenhu7·2023-08-25 07:54

Lecture 11-20

本地blast使用下载及安装：curl-Oftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64
杨亮_SAAS·2023-08-25 06:18

四级词汇

1.alterv.改变,改动,变更2.burstvi.,n.突然发生,爆裂3.disposevi.除掉;处置;解决;处理(of)4.blastn.爆炸;气流vi.炸,炸掉5.consumev.消耗,耗尽
奔跑的虫子·2023-08-25 00:20

CUBLAS矩阵乘法

include#include#include#include#include"cuda_runtime.h"#include"device_launch_parameters.h"#include"cublas_v2
给算法爸爸上香·2023-08-23 14:58

Nature 子刊 | 中国航天员科研训练中心李英贤团队揭示骨重塑的力学调控新机制

2022年2月24日，该团队关于骨重塑力学调控机制的研究成果“MechanosensitivelncRNANeat1promotesosteoblastfunctionthroughparaspec
尐尐呅·2023-08-22 06:15

Opencv+MKL+Cuda+Cudnn+mxnet for win10

需要准备的环境有，MinGW（gcc）、OpenCV、CUDA、CuDnn、MKL/Openblas、mxnet。自己整理的资源：https://download.csdn.net/dow
舟江渔谣·2023-08-21 06:09

专栏五：食管癌Cancer Cell文章生信部分解析

两篇食管癌文章，来自同一课题组，部分共用一套代码：EpithelialcellsactivatefibroblaststopromoteesophagealcancerdevelopmentDissectingesophagealsquamous-cellcarcinomaecosystembysingle-celltranscriptomicanalysis
18kkk·2023-08-20 10:41

无法解析的外部符号cusolverDnCreate

问题：无法解析的外部符号cusolverDnCreate解决方案那么就在启动项目-》属性-》连接器-》输入-》附加依赖项：加：cublas.libcublas_device.libcuda.libcudadevrt.libcudart.libcudart_static.libcufft.libcufftw.libcurand.libcusolver.libcusparse.libnppc.libn
Lsuper11·2023-08-20 09:22

CUDA Bug＜二＞ 无法解析的外部符号 cublasCreate_v2

CUDAcublasBugerror:错误252errorLNK2019:无法解析的外部符号cublasCreate_v2，该符号在函数“void__cdecltrain(bool,floatconst
Lsuper11·2023-08-20 09:51

常用生物信息学在线分析工具汇总(记录中...)

数据库NCBI主站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/拟南芥：https://www.arabidopsis.org/AmiGO2STRINGPham序列比对、寻找同源蛋白、基因BLAST
胜言_·2023-08-19 00:34

OpenBLAS 是否应该放弃对Russia的Elbrus CPU的支持？

偶尔看到一篇标题为“#OpenBLASDecidingWhetherToDropSupportFor#Russia'sElbrusCPUs”原文链接：https://www.phoronix.com/news
深圳王哥·2023-08-18 17:10

简洁 | 优雅地整理 BLAST 比对结果

写在前面用过BLAST进行基因功能注释的朋友应该常常遇到两个问题：BLAST输出格式较多，选择哪一类输出格式更为实用？输出结果信息较多，如果方便下游数据分析？
生信石头·2023-08-18 10:12

文献阅读-亨廷顿患者成纤维细胞转化为年龄相关的纹状体细胞构建

杀杀最近因为课程接触了一些神经生物学以及神经退行性疾病的文献，写个总结，当作课外阅读啦~StriatalneuronsdirectlyconvertedfromHuntington’sdiseasepatientfibroblastsrecapitulateage-associateddiseasephenotypes
不会生信哟·2023-08-18 07:12

对于生物信息的几款软件的深究

NCBI-BLASTSRA-ToolkitHISAT2用来rna-seqbwa用来DNA环境变量：envexport显示变量值：echo$变量名变量名之前一定要有$echo才能讲变量名替换成实际变量值vim
c4d82bfede08·2023-08-18 04:52

windows本地BLAST（二）：操作及应用

以blastn用法为例:1、建索引：makeblastdb-dbtypenucl-inref.fasta注：-dbtype：序列类型，nucl为核酸序列，prot为蛋白序列。
想要学好生信的小白·2023-08-18 02:51

实验篇——基因家族成员鉴定（一)

文章目录前言一、TBtools介绍1.1TBtools能做什么1.2主界面介绍二、基因家族成员鉴定2.1获取序列文件2.2提取出CDS序列2.3将CDS序列翻译为AA序列2.4准备参考序列2.5第一次BLAST
星石传说·2023-08-16 13:13

Cmake链接第三方库的三种方法

本文介绍链接第三方库的3种方法(以OpenBLAS举例。使用的工程名称为Test_lib（可执行文件名字），主程序为library.c。
SofterICer·2023-08-15 19:41
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