nitrostarch
nitrostarch

blast+

makeblastdb

makeblastdb -in ar14.fa -dbtype prot -parse_seqids -out ar14

你可能感兴趣的:(blast+)

  • NCBI BLAST+：分析生物内在编码的工具 belldeep 生物信息学Blast生物数据分析
    在生物信息学的广阔领域中，NCBI（NationalCenterforBiotechnologyInformation，美国国立生物技术信息中心）开发的BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool，基本局部比对搜索工具）无疑是一把不可或缺的分析工具。NCBIBLAST+，作为其最新版本2.16.0+，为科研工作者提供了一套强大的序列比对和搜索功能，帮助解析生命现象背后的遗
  • NCBI线下blastn-short比对 嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀
    ncbi的BLAST比我想象中的要强大，用普通blastn貌似不能将basepire数小于50的序列比对到基因组。像我，想将一些15bp的序列比对到基因组上做统计。其实BLAST+中有一些针对小于30bp序列比对(blast-short)的设定参数。选项类型默认值功能word_sizeinteger7Lengthofinitialexactmatch.gapopeninteger5Costtoop
  • blast安装及简单使用 陈年小趴菜 blastlinux生物工程
    一、安装blast1.Ubuntu环境#下载blastwgethttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.9.0/ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz#解压blast压缩包tar-xzvfncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz#测试./bin/blastp-h这里就代表
  • Linux本地化运行NCBI blast+ 谢俊飞
    前言：作为生物科研人员的标配，BLAST知多少？BLAST简介：BLAST是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。blast程序参数：blastpng.png1.下载并安装BLAST+打开下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/#下载安装包xjf@ubuntu:~$wget-cftp://
  • ubuntu(18.04) 安装 blast 并在php中调用 暗夜潜行 ubuntu数据库linuxblast
    1、下载https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/2、解压，配置环境变量tarzvxfncbi-blast-2.14.1+-x64-linux.tar.gz解压后改名为blast配置环境变量，可以不配置使用的时候直接绝对路径使用（本次使用绝对路径）vim~/.bashrc将下面添加道最后,dir是解压文件所在的绝对路径
  • blast本地比对输出结果 xiaoji_hb
    之前写过一篇如何使用blast+套件进行本地blast库的创建及比对，今天跟大家聊聊比对结果的输出格式。比对命令blastn-dbtest-querytest.fa-outfmt0-outtest.o0通过outfmt参数指定输出格式，官方提供的输出格式是19种，以下是具体的介绍。第1种：outfmt0软件默认的输出格式，与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序列等信息，示例如下。Qu
  • 如何计算kaks值和4dtv值 Davey1220
    前期准备不同物种的蛋白和cds序列：os.pep,os.cds,sb.pep,sb.cds依赖程序：blast+,clustalw2,ParaAT,KaKs_Calculator注：所依赖程序需提前安装好，并添加到环境变量中所用脚本：axt2one-line.py,calculate_4DTV_correction.pl获得不同物种之间的同源序列对参考物种的蛋白序列构建索引makeblastdb-
  • blast错误问题 谢京合
    很久没有用过这个软件了。最近有个老师需要我找一个序列的信息。所以想起来使用blast。win下blast，上学那阵子不知道跑了多少遍了。以为信手拈来，木想到安装之后居然翻车了。下载Indexof/blast/executables/blast+/LATEST(nih.gov)安装然后运行报错Novolumeswerecreated.Error:mdb_env_open:什么鬼！！！！！！！！！！！
  • Lecture 11-20 杨亮_SAAS
    本地blast使用下载及安装：curl-Oftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gztarzxvfncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz#添加路径echo'exportPATH=$PATH:~/src/ncbi-blast-2
  • Linux安装blast+及使用 山竹山竹px
    下载解压网址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/选择预编译的linux版本ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gz可以用wget；或者下载后上传服务器解压tar-zxvfncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gz解压后的文件名是ncbi-blast-2.
  • linux下载blast软件 μμ豆奶 linuxlinuxubuntu运维
    linux下载blast软件/pub/software/里面下载下载ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz(rpm结尾，红帽操作系统，src文件为源代码，需要准换为二进制格式（称之为编译)。/hwwork/software$wgethttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-bl
  • Blast本地化快速上手教程 爱上生物大数据
    （*图片来自NCBI官网）https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi在线提交地址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi官方文档：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/NCBI使用指南步骤01：下载库文件使用BLAST+自带的update_blastdb.pl脚本下载
  • 2021-03-04 blast+ 比对两个denovo RNAseq序列 hopi_bai
    问题描述：遇到一位同学他的SEQ数据是13年的，illumina双端测序，而且是无参物种，分别是病毒和昆虫拼接好的转录组序列。而且还不是同一批样本。然而我比较熟悉RNAseq这个DENOVo，从来没有做过，不过同学比较着急。他需要两个fasta中的交叉序列。因此我觉得用BLAST应该可以达到他的要求。以下为解决步骤方便以后再遇到类似情况：1.安装blast+sudoaptinstallblast2
  • 一文搞懂NCBI Blast本地数据库（NT/NR等）构建 简佐义的博客 数据库redispythonless软件测试
    背景介绍blast+：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATESTblastdb：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/dbREADME：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README通过查看README，我们知道nt和nr库的内容：nr是蛋白库（非冗余的），nt是核酸库（部
  • blast+ nitrostarch
    makeblastdbmakeblastdb-inar14.fa-dbtypeprot-parse_seqids-outar14
  • 本地化BLAST+详细使用方法 Boer223
    序列相似性搜索是重要的生物信息学研究之一，常常为新测序基因组或序列片段的功能提供参考，而BLAST是这一系列工具中最流行的相似性搜索工具。1989年，美国国家生物技术信息中心（NCBI）首次推出BLAST。自第一版以来，NCBI一直在维护和更新BLAST版本。2009年，NCBI推出了新版本的独立式BLAST应用程序（BLAST+），现在的版本已更新到2.7.1。BLAST+与BLAST相比，有很
  • 2020-08-14软件安装（生信Linux)篇三 c4d82bfede08
    http://www.biotrainee.com/forum.php?mod=viewthread&tid=856&fromuid=9434（生信技能树-生物信息学常见1000个软件的安装代码！）只作为下参考。二进制版本文件，下载下来，放到环境变量就可以使用wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.7.1/ncbi-bla
  • blast本地比对输出结果 xiaoji_hb
    之前写过一篇如何使用blast+套件进行本地blast库的创建及比对，今天跟大家聊聊比对结果的输出格式。比对命令blastn-dbtest-querytest.fa-outfmt0-outtest.o0通过outfmt参数指定输出格式，官方提供的输出格式是19种，以下是具体的介绍。第1种：outfmt0软件默认的输出格式，与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序列等信息，示例如下。Qu
  • 本地BLAST的使用方法及基本操作步骤 你大佬来啦 生信新手分享本地BLASTpythonpythonubuntulinux大数据数据库
    文章目录BLAST+程序下载与安装基因组数据下载制作数据库BLAST叮！BLAST+程序下载与安装BLAST+安装包下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/根据自己的系统选择不同的安装包，若是windows则直接下载win64.exe版本，按常规软件安装步骤安装即可，但是注意安装时要选择将软件路径加到环境变量中
  • blast与blast+使用（参数、输出文件格式） 纵春水东流
    一、BLAST+（NCBI发布于2009年）下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/1、建库makeblastdb-indb.fasta-dbtypeprot-outdbname参数说明-in：待格式化的序列文件-dbtype：数据库类型，prot或nucl-out：数据库名-parse_seqids：解析
  • Windows本地化运行NCBI blast+ 谢俊飞
    一、软件安装：下载软件包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/安装选择指定的路径，如本人的C:\software\NCBI\blast-2.6.0+环境变量设置BLAST环境变量配置(百度教程一大堆）右键点击“我的电脑”－“属性”，然后选择“高级系统设置”标签－“环境变量”，在用户变量下方“Path”随安装过程已自
  • 本地化BLAST+进行目标序列比对 Akoya
    举个栗子：最近对拟南芥中的一个叫做CBF的基因非常感兴趣，现在我想看看这个CBF基因在一个新测序的物种Am基因组上是否存在，Am中有几个CBF基因？这样的查找可以通过本地化的BLAST+来实现。关于BLAST:BLAST软件能够将一个目标蛋白或核苷酸序列(称为查询query)与一个数据库进行比较，并识别某个特定阈值以上的与目标序列相似的库序列。在线的BLAST功能只需要将序列输入，然后BLAST，
  • blast+安装（2018-05-24） 简单点lili
    下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/1.下载wget-cftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.7.1+-x64-linux.tar.gzimage.png2.解压tar-xvfncbi-blast-2.
  • BLAST的简单使用教程 大海龟啦啦啦
    BLAST（Basiclocalalignmentsearchtool），即基于局部比对算法的搜索工具BLAST包括blastn,blastp,blastx,tblastn,tblastx等.使用conda安装即可，亦可使用源码（https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+）。想安装某个特定版本可以使用condainstall-cbio
  • Ubuntu 下Blast+工具的安装与环境配置 Yeyuntian
    NCBI的Blast工具一直是生物信息中重要的序列比对工具，也是很多基因家族鉴定工作中不可或缺的工具之一最近NCBI推出了Blast+的软件工具包因此我们在本文中就试一试在Ubuntu中安装和配置Blast+的环境变量也就是包括三部分：下载、安装与配置环境变量1.Blast+的下载进入NCBI网站ftp网页进行寻找对应的版本存在与ftp中的各种版本的blast软件压缩包采用wget工具进行安装ye
  • 构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb... weixin_33806300
    参考链接：FTPREADME如何下载NCBINRNT数据库？下载blast：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+先了解BLASTDatabases：BLASTFTPSite 如何下载NCBIblast数据库？NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库。脚本使用方法：perlup
  • BLAST+中blastn参数详解 OpenHero 生物信息学alignmentintegersearchdatabasequerystring
    【转】BLAST+中blastn参数详解2012-05-2213:25转载自lidaof最终编辑lidaof与之前的blast相比，新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来，对各个命令的参数定制更加方便个人在使用blastn的过程中总结了一些自认为常用的参数，总结如下：blastn-dbdatabase_name-queryinput_file-outout
  • BLAST+中blastn参数详解 iteye_12837
    【转】BLAST+中blastn参数详解2012-05-2213:25转载自lidaof最终编辑lidaof与之前的blast相比，新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来，对各个命令的参数定制更加方便个人在使用blastn的过程中总结了一些自认为常用的参数，总结如下：blastn-dbdatabase_name-queryinput_file-outout
  • blast+工具頁面 keaidelele
    AutomaticresolutionofsequenceidentifiersTheBLAST+searchapplicationssupportautomaticresolutionofqueryandsubjectsequenceidentifiersspecifiedasGIsoraccessions(seethecookbooksectionforanexample).Thisfeatu
  • 11月7日 本地blast (二） 小郑的学习笔记
    参考http://blog.csdn.net/flyfrommath/article/details/52945586http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/安装blast软件到服务器上1.下载打包好的文件ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/选择一个你需要的2.
  • mondb入手 木zi_鸣 mongodb
    windows 启动mongodb  编写bat文件， mongod --dbpath D:\software\MongoDBDATA mongod --help  查询各种配置 配置在mongob 打开批处理，即可启动，27017原生端口，shell操作监控端口  扩展28017，web端操作端口 启动配置文件配置， 数据更灵活 
  • 大型高并发高负载网站的系统架构 bijian1013 高并发负载均衡
            扩展Web应用程序 一.概念         简单的来说，如果一个系统可扩展，那么你可以通过扩展来提供系统的性能。这代表着系统能够容纳更高的负载、更大的数据集，并且系统是可维护的。扩展和语言、某项具体的技术都是无关的。扩展可以分为两种：         1.
  • DISPLAY变量和xhost(原创) czmmiao display
    DISPLAY 在Linux/Unix类操作系统上, DISPLAY用来设置将图形显示到何处. 直接登陆图形界面或者登陆命令行界面后使用startx启动图形, DISPLAY环境变量将自动设置为:0:0, 此时可以打开终端, 输出图形程序的名称(比如xclock)来启动程序, 图形将显示在本地窗口上, 在终端上输入printenv查看当前环境变量, 输出结果中有如下内容:DISPLAY=:0.0
  • 获取B/S客户端IP 周凡杨 java编程jspWeb浏览器
       最近想写个B/S架构的聊天系统，因为以前做过C/S架构的QQ聊天系统，所以对于Socket通信编程只是一个巩固。对于C/S架构的聊天系统，由于存在客户端Java应用，所以直接在代码中获取客户端的IP，应用的方法为：    String ip = InetAddress.getLocalHost().getHostAddress(); 然而对于WEB
  • 浅谈类和对象 朱辉辉33 编程
        类是对一类事物的总称，对象是描述一个物体的特征，类是对象的抽象。简单来说，类是抽象的，不占用内存，对象是具体的， 占用存储空间。     类是由属性和方法构成的，基本格式是public  class 类名{ //定义属性 private/public 数据类型 属性名； //定义方法 publ
  • android activity与viewpager+fragment的生命周期问题 肆无忌惮_ viewpager
    有一个Activity里面是ViewPager，ViewPager里面放了两个Fragment。 第一次进入这个Activity。开启了服务，并在onResume方法中绑定服务后，对Service进行了一定的初始化，其中调用了Fragment中的一个属性。 super.onResume(); bindService(intent, conn, BIND_AUTO_CREATE);
  • base64Encode对图片进行编码 843977358 base64图片encoder
    /** * 对图片进行base64encoder编码 * * @author mrZhang * @param path * @return */ public static String encodeImage(String path) { BASE64Encoder encoder = null; byte[] b = null; I
  • Request Header简介 aigo servlet
    当一个客户端(通常是浏览器)向Web服务器发送一个请求是，它要发送一个请求的命令行，一般是GET或POST命令，当发送POST命令时，它还必须向服务器发送一个叫“Content-Length”的请求头(Request   Header)   用以指明请求数据的长度，除了Content-Length之外，它还可以向服务器发送其它一些Headers，如：    
  • HttpClient4.3 创建SSL协议的HttpClient对象 alleni123 httpclient爬虫ssl
    public class HttpClientUtils { public static CloseableHttpClient createSSLClientDefault(CookieStore cookies){ SSLContext sslContext=null; try { sslContext=new SSLContextBuilder().l
  • java取反 -右移-左移-无符号右移的探讨 百合不是茶 位运算符 位移
    取反： 在二进制中第一位，1表示符数，0表示正数 byte a = -1; 原码：10000001 反码：11111110 补码：11111111 //异或: 00000000 byte b = -2; 原码：10000010 反码：11111101 补码：11111110 //异或: 00000001
  • java多线程join的作用与用法 bijian1013 java多线程
            对于JAVA的join，JDK 是这样说的：join public final void join （long millis ）throws InterruptedException Waits at most millis milliseconds for this thread to die. A timeout of 0 means t
  • Java发送http请求(get 与post方法请求) bijian1013 javaspring
    PostRequest.java package com.bijian.study; import java.io.BufferedReader; import java.io.DataOutputStream; import java.io.IOException; import java.io.InputStreamReader; import java.net.HttpURL
  • 【Struts2二】struts.xml中package下的action配置项默认值 bit1129 struts.xml
    在第一部份，定义了struts.xml文件，如下所示：   <!DOCTYPE struts PUBLIC "-//Apache Software Foundation//DTD Struts Configuration 2.3//EN" "http://struts.apache.org/dtds/struts
  • 【Kafka十三】Kafka Simple Consumer bit1129 simple
    代码中关于Host和Port是割裂开的，这会导致单机环境下的伪分布式Kafka集群环境下，这个例子没法运行。 实际情况是需要将host和port绑定到一起，   package kafka.examples.lowlevel; import kafka.api.FetchRequest; import kafka.api.FetchRequestBuilder; impo
  • nodejs学习api ronin47 nodejs api
    NodeJS基础 什么是NodeJS JS是脚本语言，脚本语言都需要一个解析器才能运行。对于写在HTML页面里的JS，浏览器充当了解析器的角色。而对于需要独立运行的JS，NodeJS就是一个解析器。 每一种解析器都是一个运行环境，不但允许JS定义各种数据结构，进行各种计算，还允许JS使用运行环境提供的内置对象和方法做一些事情。例如运行在浏览器中的JS的用途是操作DOM，浏览器就提供了docum
  • java-64.寻找第N个丑数 bylijinnan java
    public class UglyNumber { /** * 64.查找第N个丑数 具体思路可参考 [url] http://zhedahht.blog.163.com/blog/static/2541117420094245366965/[/url] * 题目：我们把只包含因子 2、3和5的数称作丑数（Ugly Number）。例如6、8都是丑数，但14
  • 二维数组（矩阵）对角线输出 bylijinnan 二维数组
    /** 二维数组 对角线输出 两个方向 例如对于数组： { 1, 2, 3, 4 }, { 5, 6, 7, 8 }, { 9, 10, 11, 12 }, { 13, 14, 15, 16 }, slash方向输出： 1 5 2 9 6 3 13 10 7 4 14 11 8 15 12 16 backslash输出： 4 3
  • [JWFD开源工作流设计]工作流跳跃模式开发关键点(今日更新) comsci 工作流
       既然是做开源软件的,我们的宗旨就是给大家分享设计和代码,那么现在我就用很简单扼要的语言来透露这个跳跃模式的设计原理    大家如果用过JWFD的ARC-自动运行控制器,或者看过代码,应该知道在ARC算法模块中有一个函数叫做SAN(),这个函数就是ARC的核心控制器,要实现跳跃模式,在SAN函数中一定要对LN链表数据结构进行操作,首先写一段代码,把
  • redis常见使用 cuityang redis常见使用
    redis 通常被认为是一个数据结构服务器，主要是因为其有着丰富的数据结构 strings、map、 list、sets、 sorted sets 引入jar包 jedis-2.1.0.jar  (本文下方提供下载) package redistest; import redis.clients.jedis.Jedis; public class Listtest
  • 配置多个redis dalan_123 redis
    配置多个redis客户端 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><beans xmlns="http://www.springframework.org/schema/beans"       xmlns:xsi=&quo
  • attrib命令 dcj3sjt126com attr
      attrib指令用于修改文件的属性.文件的常见属性有:只读.存档.隐藏和系统.    只读属性是指文件只可以做读的操作.不能对文件进行写的操作.就是文件的写保护.    存档属性是用来标记文件改动的.即在上一次备份后文件有所改动.一些备份软件在备份的时候会只去备份带有存档属性的文件. 
  • Yii使用公共函数 dcj3sjt126com yii
    在网站项目中，没必要把公用的函数写成一个工具类，有时候面向过程其实更方便。 在入口文件index.php里添加 require_once('protected/function.php'); 即可对其引用，成为公用的函数集合。 function.php如下：   <?php /**   * This is the shortcut to D
  • linux 系统资源的查看（free、uname、uptime、netstat） eksliang netstatlinux unamelinux uptimelinux free
    linux 系统资源的查看 转载请出自出处：http://eksliang.iteye.com/blog/2167081   http://eksliang.iteye.com 一、free查看内存的使用情况 语法如下：   free [-b][-k][-m][-g] [-t] 参数含义 -b:直接输入free时，显示的单位是kb我们可以使用b(bytes),m
  • JAVA的位操作符 greemranqq 位运算JAVA位移<<>>>
    最近几种进制，加上各种位操作符，发现都比较模糊，不能完全掌握，这里就再熟悉熟悉。   1.按位操作符 ：    按位操作符是用来操作基本数据类型中的单个bit,即二进制位，会对两个参数执行布尔代数运算，获得结果。    与（&）运算：    1&1 = 1, 1&0 = 0, 0&0 &
  • Web前段学习网站 ihuning Web
      Web前段学习网站 菜鸟学习：http://www.w3cschool.cc/   JQuery中文网：http://www.jquerycn.cn/   内存溢出：http://outofmemory.cn/#csdn.blog   http://www.icoolxue.com/   http://www.jikexue
  • 强强联合：FluxBB 作者加盟 Flarum justjavac r
    原文：FluxBB Joins Forces With Flarum作者：Toby Zerner译文：强强联合：FluxBB 作者加盟 Flarum译者：justjavac FluxBB 是一个快速、轻量级论坛软件，它的开发者是一名德国的 PHP 天才 Franz Liedke。FluxBB 的下一个版本(2.0)将被完全重写，并已经开发了一段时间。FluxBB 看起来非常有前途的，
  • java统计在线人数（session存储信息的） macroli javaWeb
    这篇日志是我写的第三次了 前两次都发布失败！郁闷极了！   由于在web开发中常常用到这一部分所以在此记录一下，呵呵，就到备忘录了！ 我对于登录信息时使用session存储的，所以我这里是通过实现HttpSessionAttributeListener这个接口完成的。 1、实现接口类，在web.xml文件中配置监听类，从而可以使该类完成其工作。 public class Ses
  • bootstrp carousel初体验 快速构建图片播放 qiaolevip 每天进步一点点学习永无止境bootstrap纵观千象
    img{ border: 1px solid white; box-shadow: 2px 2px 12px #333; _width: expression(this.width > 600 ? "600px" : this.width + "px"); _height: expression(this.width &
  • SparkSQL读取HBase数据，通过自定义外部数据源 superlxw1234 sparksparksqlsparksql读取hbasesparksql外部数据源
    关键字：SparkSQL读取HBase、SparkSQL自定义外部数据源     前面文章介绍了SparSQL通过Hive操作HBase表。   SparkSQL从1.2开始支持自定义外部数据源(External DataSource)，这样就可以通过API接口来实现自己的外部数据源。这里基于Spark1.4.0，简单介绍SparkSQL自定义外部数据源，访
  • Spring Boot 1.3.0.M1发布 wiselyman spring boot
        Spring Boot 1.3.0.M1于6.12日发布，现在可以从Spring milestone repository下载。这个版本是基于Spring Framework 4.2.0.RC1,并在Spring Boot 1.2之上提供了大量的新特性improvements and new features。主要包含以下：   1.提供一个新的sprin
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他