BioPython

利用biopython批量下载基因序列

利用biopython可以快速完成。
weixin_30917213·2020-07-12 07:05

Biopython 安装使用

Biopython官网：https://biopython.org/安装Biopythonhttps://biopython.org/wiki/Download可以使用pip进行安装，注意有时需要使用管理员权限
weixin_30776273·2020-07-12 06:56

Biopython SeqIO 读取序列文件，读取信息，写入序列

Biopython1.序列赋值转录（反转录）翻译反向互补2.读取序列文件，识别序列的属性信息。
CGGAO·2020-07-12 06:51

Pymol & BioPython | PDB文件中氨基酸序列的提取

1.Pymol当前目录下有一个PDB文件，利用pymol的命令模式：pymolreceptor.pdb-c-d"savereceptor.fasta"2.BioPythonfromBioimportPDBparser=PDB.PDBParser()structure=parser.get_structure('2FH7','2FH7.pdb')ppb=PDB.PPBuilder()forppinp
qq2648008726·2020-07-12 02:09

生物信息中的Python 04 | 批量下载基因与文献

相信Entrez的强大是有目共睹的，BioPython将它几乎所有操作都封装为方法，使我们可以更加方便的利用这个强悍工具。对于分析比对多个序列文件时的工作量说多了都是泪。
白墨石·2020-07-12 02:16

生物信息中的Python 03 | 自动化操作NCBI

我想你的心情不会和下载一条序列时那么平静，那么，接下来通过BioPython提供的接口来实现快速的自动化序列下载。一、Entrez库1.1Entrez介绍Entrez在线资源检索器
白墨石·2020-07-12 02:15

Biopython 分析序列

数据下载https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000006.12?report=genbank&from=31164337&to=31170682&strand=true1读取常见的序列文件格式（fasta，gb）2浏览fasta序列文件内容fromBioimportSeqIO#读取包含单个序列Fasta格式文件fa_seq=SeqIO.read("res
wangchuang2017·2020-07-12 01:39

Biopython操作DNA,RNA和蛋白质序列

如何将一条DNA编码序列翻译成蛋白质序列，并写入fasta文件读入DNA序列fromBioimportSeqfromBio.AlphabetimportIUPACdna=open("data/hemoglobin-gene.txt").read().strip()dna=Seq.Seq(dna,IUPAC.unambiguous_dna)print(dna)运行结果：ATGGTGCTGTCTCCT
sunchengquan·2020-07-12 00:53

根据氨基酸变化，从NCBI - ClinVar数据库抓取信息（基于python - BeautifulSoup）

biopython提供了访问NCBIEntrez数据库的模块bio.Entrez，中文文档在这里。代码实现需求：在ClinVar数据库中，根据输入的氨基酸变化信息，获取染色体的位置信息。
喵小媛·2020-07-11 23:45

Ubuntu中安装Biopython

转自：https://blog.csdn.net/daemon_2017/article/details/80660372Biopython是Python的计算分子生物学和生物信息学工具包，它使得python
lengedd·2020-07-11 19:17

使用Biopython访问NCBI's Entrez数据库

Biopython使用的是https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov这个网址，并不是标准的NCBI网址。
穿着凉鞋走天下·2020-07-11 17:01

安装生物信息学软件-Biopython

所以这里重新写一份指南，以防下次再装又忘了（魂淡我并不想再装了啊不要立flag）1.安装biopython1.1因为biopython目前支持的是python2，所以我先把python调到21.2安装numpy
dengleize6745·2020-07-11 04:12

windows10 安装pip biopython

@Date:2017-08-2909:37:52安装pip安装biopython参考文献1.安装pip如果环境变量中没有python请自行安装，从官网下载源文件，下载地址为pip,下载压缩文件pip-9.0.1
常玉俊bioinfo·2020-07-11 03:51

利用Bio.Cluster进行聚类

#-*-coding:UTF-8-*-fromBio.Clusterimport*#http://biopython.org/DIST/docs/api#用k-means或k-median进行聚类，K为聚类数
JOY酷酷·2020-07-11 02:16

序列输入// 输出

到http://biopython.org/wiki/SeqIO查看支持的文件格式。这会返回一个给出SeqRecord对象的
XIUXIU179·2020-07-11 00:48

用biopython解析序列

#01读取常见的序列文件格式（fasta，gb）fromBioimportSeqIO#读取包含单个序列Fasta格式文件fa_seq=SeqIO.read("bioandpython练习/sequence01.fasta","fasta")print(fa_seq)print('\n')#逐行读取包含多个序列的fasta格式文件forfainSeqIO.parse("bioandpython练习/
Oliver-nana·2020-07-10 20:59

BioPython的安装和使用

BioPython是一个用来处理序列和生物信息的python包，里面包含了很多的工具，可以用来直接读取fasta格式。
XH生信ML笔记·2020-07-10 19:52

Biopython使用4:PDB结构

Biopython第十一章:走向3D:PDB模块PDBParser和MMCIFParserPDBParser解析器使用p=PDBParser(参数)来构建一个PDB解释器.接收以下参数(常用QUIET=
weixin_34291004·2020-07-10 19:29

Biopython常用功能模块

Biopython项目是旨在减少计算生物学中代码重复的开源项目之一，由国际开发人员协会创建。
weixin_30721899·2020-07-10 19:49

python下如何安装biopython

本来是自学python，后来又了解到有biopython这个包，将想安装下来，结果折腾了我一上午。。。
weixin_30502965·2020-07-10 18:34

BioPython安装与入门

BioPython简介Biopython工程是一个使用Python来开发计算分子生物学工具的国际团体。
qq2648008726·2020-07-10 18:38

生物信息中的Python 02 | 用biopython解析序列

上一篇文章生物信息中的Python01|从零开始处理基因序列自己造轮子实现了序列的基础操作，但是在Python的世界里，一项工作只要重复的次数多了，那么一定就会有大神来开发相应的包来解决，这个包名就是Biopython
白墨石·2020-07-10 18:22

Biopython从NCBI搜索和取回数据库记录

Entrez模块Entrez提供了链向在NCBI服务器的esearch和efetch工具的连接列出Entrez模块的方法和属性#!/usr/bin/envpython#-*-coding:utf-8-*-__author__='sunchengquan'__mail__='[email protected]'fromBioimportEntrezs=dir(Entrez)print(s)运行结果：
sunchengquan·2020-07-10 18:01

BioPython-1

文件解析针对简单地fasta文件的解析：ls_orchid.fasta我们知道fasta文件的一般是以>开头，为一个read，也就是序列的名称，下面是序列，如这样的：>gi|2765658|emb|Z78533.1|CIZ78533C.irapeanum5.8SrRNAgeneandITS1andITS2DNACGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGAT
攻城猿bilibili·2020-07-10 18:11

biopython：2：序列组成

第一章：biopython第二节：序列组成SeqIO同时读取两个文件read1文件和read2文件，利用itertoolsfromBioimportSeqIOimportitertoolsforr1,r2initertools.izip
genome_denovo·2020-07-10 16:07

biopython：1：biopython的安装

第一章：biopython第一节：biopython的安装1，方法来源biopython的方法来源：http://biopyhton.org/wiki/Biopython（biopython官网）文件教程
genome_denovo·2020-07-10 16:36

Ubuntu中安装Biopython

Biopython是Python的计算分子生物学和生物信息学工具包，它使得python在生物学数据处理中变得更加强大和高效，在Windows中安装biopython非常简单，下载之后，双击然后一路点下一步就可以了
XIUXIU179·2020-07-10 16:22

用Biopython解析BLAST结果

这次使用的是biopython中解析blast结果的功能，随着blast版本的不断更新，blast的输出结果的格式也在不断改变，所以这对于biopython解析blast的结果造成了很大影响，所以biopython
SUNpython·2020-07-10 16:04

BioPython（一）

BioPython使用手册https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/index.html#1.1Seq对象Biopython处理序列的机制为Seq
练习时长两年半的生信生·2020-07-10 15:09

Rosalind工具库：使用Biopython处理生物数据

DNA互补链ComplementingaStrandofDNA根据Waston和Crick的双螺旋学说，DNA是存在两条链，并且根据A-T,C-G反向互补。由于DNA存在两条链，因此在分析基因组DNA序列时，我们需要要对这两条链分别处理。处理这个任务的工具有很多种，比如说EMBOSS/revseq.问题：给定FASTA格式的DNA序列，判断在这些序列中，有多少条序列的反向互补链和原来的链是相同的。
徐洲更hoptop·2020-07-07 08:00

生物信息中的Python 03 | 自动化操作NCBI

我想你的心情不会和下载一条序列时那么平静，那么，接下来通过BioPython提供的接口来实现快速的自动化序列下载。一、Entrez库1.1Entrez介绍Entrez在线资源检索器
白墨石·2020-03-31 11:38

urlretrieve下载卡死无法超时的问题

在使用Biopython进行PDB文件下载时,当文件多了,经常性会卡死.这种卡死的问题往往可以通过设置超时timeout值来控制.当连接时间大于超时时间,就会发生超时错误,从而避免卡死的问题.经查源代码
爱折腾的大懒猪·2020-03-29 09:35

用Biopython解析BLAST结果

这次使用的是biopython中解析blast结果的功能，随着blast版本的不断更新，blast的输出结果的格式也在不断改变，所以这对于biopython解析blast的结果造成了很大影响，所以biopython
SunPython·2020-03-24 08:39

【python编程】Biopython工具包集合

BiopythonBiopython官网http://biopython.org/Biopython最新英文教程-2017-10月版http://biopython.org/DIST/docs/tutorial
leadingsci·2020-03-08 20:05

Biopython使用4:PDB结构

Biopython第十一章:走向3D:PDB模块PDBParser和MMCIFParserPDBParser解析器使用p=PDBParser(参数)来构建一个PDB解释器.接收以下参数(常用QUIET=
爱折腾的大懒猪·2020-02-20 22:40

细菌耐药性基因resfinder处理

2020.2.19首先进入我的虚拟环境（因为在我的虚拟环境我配置好了）一、配置环境安装软件1、pipinstallbiopython#biopython安装2、pip3installcgecore#安装
暮色下的烟波澜·2020-02-19 16:36

BioPython学习笔记

BiopythonTutorialandCookbook第一章:介绍,Introduction第二章:快速开始--你能用Biopython做什么?
爱折腾的大懒猪·2020-02-17 08:07

生物信息神奇网站系列（十七）：Bioconductor Workflows

bioconductor是R语言一种重要的项目，是专门利用R处理生物数据，类似于biopython与bioperl等，不过Bioconductor功能更加强大，不只是辅助处理一些生物数据。
基因学苑·2020-01-05 12:40

FastA多序列处理工具

以前处理fasta文件都是使用的python,因为有强大的Biopython。现在发现R也有很多包可以处理序列文件。然后借助这些包，做简单的少量序列比对工具。
quan575·2019-12-07 09:31

Biopython根据关键词在NCBI上查找文献

Biopython是python的一个库，这个库可以解决很多生物上的问题，使大量的生物数据简单化，是个很好用的包。对于数据库上的各种信息，有专门的函数处理，不用按照常规的文本处理方法，写大量的代码。
爱笑的小牙·2019-05-29 09:19

Biopython-Chapter3.生物序列对象

原文连接序列和字母表Bio.Alphabet.IUPAC提供Protein、DNA和RNA的基本定义扩展：Protein——IUPAC.protein基本类；IUPAC.extended_protein常见氨基酸类DNA——IUPAC.unambiguous_dna基本字母；IUPAC.ambiguous_dna歧义字母；IUPAC.extended_dna修饰后的碱基RNA——IUPAC.una
安哥生个信·2018-06-13 22:28

python——k-means聚类（余弦距离，用轮廓系数确定聚类系数K）

用scikit-learn进行k-means聚类，默认使用欧式距离，为了用余弦距离作为度量，找了一个在生物信息学里比较常用的库：Biopython。
chenxjhit·2018-05-14 23:41

anaconda管理环境

管理环境创建并激活一个环境使用”condacreate”命令，后边跟上你希望用来称呼它的任何名字：condacreate--namesnowflakebiopython11这条命令将会给Biopython
goodshot·2017-03-14 17:14

Biopython根据ID或者根据序列去除重复项

from Bio import SeqIOimport argparserecords_new = SeqIO.parse(args.in_raw, "fasta")Pretreated_fa = SeqIO.to_dict(SeqIO.parse(args.input, "fasta" ))result = open(args.out_file, "w")for rec in records_n
qizok·2016-11-04 14:00

Linux 命令ls -l 已经更改权限的命令

几个Linux常用的命令ls-l以及具体的解释ls-ldrwxrwxr-x 5zhangzhang  4096 3月1023:45Biopython-cn-masterls-l会写出所有文件或者文件夹的具体情况
samhuairen·2014-08-18 21:00

BioJava安装入门

和生物信息学沾边的编程语言浩如烟海，BioPHP、BioJava、BioPerl、BioPython、BioRuby等等……据Bioinformatics.org上最新的投票显示（http://www.bioinformatics.org
阿浊I·2009-04-23 09:00
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