E-COM-NET
首页
在线工具
Layui镜像站
SUI文档
联系我们
推荐频道
Java
PHP
C++
C
C#
Python
Ruby
go语言
Scala
Servlet
Vue
MySQL
NoSQL
Redis
CSS
Oracle
SQL Server
DB2
HBase
Http
HTML5
Spring
Ajax
Jquery
JavaScript
Json
XML
NodeJs
mybatis
Hibernate
算法
设计模式
shell
数据结构
大数据
JS
消息中间件
正则表达式
Tomcat
SQL
Nginx
Shiro
Maven
Linux
IGV
《2022年,为何港口自动驾驶能“独善其身”?丨曼孚科技》
自2017年港口自动驾驶探索以来,无人集卡与
IGV
已在13个港口陆续落地。这些自动驾驶卡车主要应用在东南沿海港口,包括上海洋山港、天津港、妈湾港、宁波舟山港、珠海港、厦门港等。
·
2022-12-14 14:27
deeptools | bam to BigWig, 并使用
IGV
可视化峰图差异
直接把bam导入
IGV
看峰图太慢,把bam转为bigWig格式后,文件会小很多,载入也很快了。
生物慕课
·
2022-12-10 10:04
可视化
IGV
linux
中国移动5G智慧港口
IGV
集卡控制
桥吊远程控制装卸作业区中主要业务单元是桥吊,桥吊高度60-70米,电气房高度50米,需要无线网络实现作业区域网络覆盖。桥吊的通信需求分为远程控制和监控两类,远程控制场景下单个桥吊同时回传摄像头数量及以IkV2r/kL:s4(的数倍。同时桥吊的部署相对密集,通常1公里长的港口海岸线会部署8~12台桥吊。-bt<(VI+水平移动速度都高于轮胎吊,远程控制对时延要求也更高。集装箱码头通常采用顺岸式,泊位
m0_74079109
·
2022-10-10 09:17
5g
保存
igv
的信息,igvtools接口的使用:将igvtools查看bam文件的结果保存为txt文件,并提取信息
igvtools算是非常权威的bam文件查看器,市面上就这么一款软件,暂时没发现功能表现类似的。上面的图片通常是你打开bam文件的可视化结果,当你聚焦到某一个位置的时候,igvtools会告诉你这一列有多少A,T,C,G,N。现在你想保存这个信息到txt文件,什么,你想先找找软件有没这个功能?对不起,没有。通常你这里可以截个图就完成任务了。那么如果你想保存信息到txt文件其实是有办法的,不过需要用
生信讲师-老高
·
2022-09-08 04:12
生物信息
python
RNA-seq摸索:2.sra下载数据→fastqc质控→hisat2/bowtie2/STAR/salmon比对→Samtools格式转换→
IGV
可视化结果
参考这些主要根据这篇操作!!!我觉得学RNA-seq必看的文献!!这篇写的特别好:RNAseq-workflowRNA-seq原始数据的下载方法fastq格式大全本科生搞定RNA-seq上游数据分析RNA-seq一般流程转录组入门:序列比对RNA分析简洁版序列比对我觉得这个作者这样的分类特别清晰,值得学new_workflow/│└──annotation/1ls你放fastq数据的路径/sra/
没有猫但是有猫饼
·
2022-02-10 10:22
下载参考基因组及基因注释
1.在UCSC下载hg19参考基因组;2.从gencode数据库下载基因注释文件,并且用
IGV
去查看感兴趣的基因的结构,比如TP53,KRAS,EGFR等等。
莫讠
·
2022-02-10 00:54
全外显子测序(wes)数据分析详细流程(小样本)
相关软件下载与安装并添加环境变量2下载GATK需要的参考基因组文件3wes测序质量的控制3_0_4要理解并会用的几个脚本4测序数据批量比对到参考基因组输出bam文件5一步法找基因变异流程6GATK4完整流程7对比对和变异结果用
IGV
Y大宽
·
2022-02-09 09:26
WES 分析(从下载数据到
IGV
)
1.数据下载SRP077971选取其中三个wes下载cat>list.txtSRR5943131SRR5943132SRR5943133下载sra数据,每个耗时~25mincat>download.shcatlist.txt|whilereadid;do(prefetch${id});donenohupbashdownload.sh&figure1srasra转为fastq.gz(每个耗时~30m
dandanwu90
·
2022-02-09 07:20
17.04
特別是Waseem和Ting.我有預感這一年的
IGV
會是超級棒的一次!
快樂很簡單
·
2022-02-04 17:02
生信 |
IGV
Web快速搭建(无需root,无需更改配置文件)
最近需要将ATAC-Seq生成的bw导入
IGV
查看peak的分布情况,但是一个个的将bw文件从服务器上下载到本地再传到
IGV
里面太麻烦了,偶然间就看到了
IGV
官网上有一个叫做【
igv
.js】的东西,这一下让我想到了他可能和
生信卷王
·
2021-12-10 15:39
【2019-04-23】
IGV
打不开的处理办法
IGV
:IntegrativeGenomicsViewerIGV官网http://software.broadinstitute.org/software/
igv
/homeTheIntegrativeGenomicsViewer
猫叽先森
·
2021-06-26 09:44
isoform结构绘图----R包Gviz (
IGV
菀菀类卿)
网页参考(首推):http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/Gviz/inst/doc/Gviz.htmlB站教学视频:https://www.bilibili.com/video/BV1mW411N7mD?p=12&t=3参考网址:https://cloud.tencent.com/developer/article/
日月其除
·
2021-06-17 10:47
我可能是最后一个知道
IGV
也可以overlap Track的
尽管我们可以在发文章的时候,在
IGV
上只放IP,但放上input会显得更加的严谨。
城管大队哈队长
·
2021-06-12 22:39
IGV
导出SVG图片导入到AI里的方法
前言从
IGV
里导出矢量图格式SVG,虽然可以直接用chrome查看,但是用AI打开编辑时会报错,并只剩下框架,没有各个tracks,如下图:image.png有些版本还会报带有Tiny的提示,这里发现要迂回解决一下
547可是贼帅的547
·
2021-06-06 14:51
参考基因组和注释文件
Postedon2018-06-3021:27微凉charles阅读(1240)评论(0)编辑收藏作业要求:在UCSC下载hg19参考基因组,我博客有详细说明,从gencode数据库下载基因注释文件,并且用
IGV
wangchuang2017
·
2021-05-08 14:40
转录组入门(4):了解参考基因组及基因注释
作业要求在UCSC下载hg19参考基因组,群主博客有详细说明,从gencode数据库下载基因注释文件,并且用
IGV
去查看你感兴趣的基因的结构,例如TP53,EGFR等等。
lxmic
·
2021-05-03 17:43
基因组数据可视化(BWA, Minimap2, samtools and
IGV
)
一.简介在基因组数据分析过程中,我们可以将fastq,fasta,ONT等不同格式的数据mapping到参考基因组上,然后通过
IGV
进行可视化,结合GFF3文件手工对感兴趣的区段进行校正,mapping
小飞虎
·
2021-04-30 09:46
取只在intron的序列
改造
igv
问题集中在取序列上:1.取intron内的2.取配对的是先写出各部分的再组装还是改原来取序列的代码conda安装好软件后需要先condaactivate进环境后才能使用。即使计入了p
byejya
·
2021-04-19 03:14
生物信息学分析的常用软件
1)GenomeBrowsersUCSDGenomeBrowser(@youtube@bilibili)
IGV
(@youtube@bilibili)2)DNA-seq(2.1)MappingandQCRemoveadaptor
wangchuang2017
·
2021-02-16 14:44
健康信息学
生物信息学
电脑软件/工具
使用pyGenomeTracks绘制表观展示图
pyGenomeTracks是什么首先在介绍pyGenomeTracks之前,先说几个常用的表观组学数据展示工具,
IGV
,UCSC和WashU。
只看不写_nathan
·
2020-12-28 16:59
从bam/sam 生成可视化
IGV
.tdf 文件;Generating .tdf from bam/sam for
IGV
igv
官网上只说了igvtools里ToTDF支持的格式,没有sam/bam在内,所以在查了一些forum后整理如下。prerequisite:samtools,igvtools.
igv
compbiofarmer
·
2020-12-24 14:47
在
IGV
里同时查看多个region/gene
之前使用
IGV
查看ChIP-seq结果的时候,一般就是只看某一个基因附近的peaks,或者同时打开好几个
IGV
界面(sessions)查看多个基因。
生信start_site
·
2020-12-01 06:47
(HISAT2+Samtools+
IGV
)
以小编自己最近在做的HBVmapping为例,前期的环境部署及软件安装找时间再细说,直接进入主题,如下:前期准备:Linux以及Windows操作系统,HISAT2、Samtools以及
IGV
等软件的安装
拾柒Zzz
·
2020-09-04 11:26
10.17
IGV
可视化 snpEFF注释 解压缩命令
一、
IGV
可视化查看bam文件:samtoolsview-hin.bam可以加限制看具体位置第一,把你想查看的那部分区域用samtoolsview提取出来,生成一份小一些的BAM,然后下载下来,在导入到
KK_f2d5
·
2020-08-23 18:43
RNA-seq(4):下载参考基因组及基因注释
1.在UCSC下载hg19参考基因组;2.从gencode数据库下载基因注释文件,并且用
IGV
去查看感兴趣的基因的结构,比如TP53,KRAS,EGFR等等。
Y大宽
·
2020-08-18 23:26
图形化生物软件专题(2):
IGV
IGV
就是这样一款非常有用的基因组可视化工具。tablet只能用来看测序数据,而
IGV
除了能够查看每个位点的测序覆盖情况,同时也可以查看位点的突变情况,功能更加强大。
基因学苑
·
2020-08-13 23:19
笔缀杂谈
通过 Graal VM 提供的 Ideal Graph Visualizer 学习IR
这是GraalVM提供的
IGV
工具,可以对比一下Openjdk提供的
IGV
,我之前的博客也有,可读性天差地别配置
IGV
首先是下载GraalVM提供的
IGV
,请点击这里修改配置文件idealgraphvisualizer
fyf_dev
·
2020-08-05 12:38
JVM
使用 Ideal Graph Visualizer 了解 IR 图
首先请到官网下载-Windows链接修改配置文件请配置JDK6的路径,其他版本的JDK无法打开
IGV
(我尝试了jdk8和11都开不了)代码下面是测试代码,请使用Openjdkfastdebug版本publicclassCompilationTest
fyf_dev
·
2020-08-05 12:38
JVM
MacOS常用软件推荐
1.效率提升神器Alfred可以搜索文件、应用、web搜索、词典等等链接:https://pan.baidu.com/s/1
igv
4tuXkuMFOPT9E6Cc5Jg密码:3o51软件解压密码:xclient.info2
weixin_33892359
·
2020-07-28 18:30
《DOTA2》PGL Major中国区预选赛结束LGD惜败
LGD在宣布新阵容后一直保持了良好的势头,先后击败了
IGV
,VGJ.T,Ehome等队伍。遗憾的是,面对从败者组杀上来的VGJ.T战队,LGD并没有把握住机会痛失名额。
安博电竞
·
2020-07-28 00:43
卫冕冠军FPX身陷囫囵,金贡回归首发!观众表示:“他才是最适合的!”
¨è/10.è11.è12.褧13.ééé¤é騤è±éèèèèè°è褧è訤éé°¨10.15éèè¤é訰¨°è¤éè¤é¤èé°°è¤éè¨2Shy¨¨¤
IGV
5¤èV5訰è§éV5
游戏主播Miss
·
2020-07-21 00:00
IGV
——QR NAVIG
随着工厂自动化、智能化发展,AGV小车在制造业领域运用的炉火纯青,它不仅提高了生产物流的自动化程度,还加快了生产效率,降低了人工成本。随着AGV小车的不断发展,AGV衍生出了电磁导航、磁带导航、惯性导航、激光导航、二维码导航等多种导航方式,其中激光导航及二维码导航优势比较明显。二维码导航属于视觉识别,在铺设、改变路径上也较容易;对声光无干扰,便于控制。而且,无人,这种一听上去就是人工智能的idea
J-A
·
2020-07-16 03:12
无人驾驶
计算机视觉
图像处理
必备可视化Integrative Genomic Viewer(
IGV
)
你会用到的网站:
IGV
官网http://software.broadinstitute.org/software/
igv
/download~Broadinstitute出品Javaversion8下载:
刘小泽
·
2020-07-15 13:21
XGen 苹果IOS神器一键新机改串清理超级全息备份支持IOS789超
IGV
8使用分享(企鹅290093670)
XGen苹果IOS神器一键新机改串清理超级全息备份支持IOS789超IG使用分享(企鹅290093670)1.安装需要IOS系统越狱,打开Cydia切换到【软件源】点右上角【编辑】再点左上角【添加】输入源地址:apt.so/amtech源添加好后进入刚添加的源,找XGen安装上就行默认新机首次安装可以使用24小时哦欢迎进企鹅裙369092153交流讨论2.XGen一键新机使用和效果演示问:XGen
qq_35637379
·
2020-07-11 17:10
XGen正版应用
转录组入门(4):了解参考基因组及基因注释
转录组入门(4):了解参考基因组及基因注释在UCSC下载hg19参考基因组,我博客有详细说明,从gencode数据库下载基因注释文件,并且用
IGV
去查看你感兴趣的基因的结构,比如TP53,KRAS,EGFR
weixin_34221112
·
2020-07-10 08:08
如何在ubuntu服务器上开启图形化界面
我们做reads和基因组比对,有时候需要图形化界面来看比对结果(
IGV
)。整合基因组浏览器(
IGV
)是一种高性能的可视化工具,用来交互式地探索大型综合基因组数据。
bioinfo2011
·
2020-07-05 23:01
bedgraph, wig, bigwig 学习之bedGraphToBigWig 报错(End coordinate......)
一:前言最近师兄给我布置了一个小任务:把bedgraph文件转成bigwig形式,然后拖到
IGV
里去看看。原因:由于bedgraph的文件比较大,可以转成比较小的文件才方便进行操作。
liu_ll
·
2020-06-28 21:02
转录组入门(5): 序列比对
接着用samtools把它转为bam文件,并且排序(注意N和P两种排序区别)索引好,载入
IGV
,再截图
weixin_34372728
·
2020-06-28 18:49
可视化工具之
IGV
使用方法
整合基因组浏览器(
IGV
)是一种高性能的可视化工具,用来交互式地探索大型综合基因组数据。它支持各种数据类型,包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释。
weixin_34124577
·
2020-06-28 11:40
[Linux]
IGV
使用说明
做完mapping之后,需要知道mappedreads在基因组上的分布,所以尝试在ubuntu系统中使用
IGV
软件,简单记录使用过程,如下:1.下载
IGV
软件去
IGV
官网:http://www.broadinstitute.org
weixin_33804582
·
2020-06-28 05:46
波士顿特锦赛主赛事上半区第一轮前瞻
-中,我已经分析了
IGV
的情况,这样一个残阵的
IGV
白菜_帮子
·
2020-06-27 09:13
安博中亚对抗赛强强来袭,不见不散
安博电竞2月27日讯,由安博电竞冠名的中亚对抗赛将于2月16日正式开赛,这次比赛邀请了东南亚的知名强队如XCTN、CG、AGV,及中国战队EHOME.i、CDEC、
IGV
、ECLIPE、SUN等战队进行线上选拔赛
安博电竞
·
2020-06-25 06:48
转录组入门(5):序列比对
https://www.cnblogs.com/freescience/p/7342895.html转录组入门(5):序列比对任务列表比对软件hisat2的用法下载index文件比对、排序、索引质量控制载入
IGV
Jessie Yang
·
2020-06-23 06:35
宏基因组分析
求 bam文件单个位点碱基比例
IGV
上看碱基分布目的:给你一个bam文件,如何查看一个位点的碱基情况,直接
IGV
就ok,如果需要看多个点,就需要使用软件了。
caokai001
·
2020-04-23 15:18
adobe illustrator 学习笔记
参考:zhihu教程AI面板小工具介绍AI快速入门视频
IGV
导出SVG图片导入到AI里的方法工具:AI2020版缘由:看到文献一张很常见
IGV
图,一直好奇怎么得到的,潜哥提到
IGV
导出为svg,用AI修图的
caokai001
·
2020-04-19 14:54
BBQ(生物信息基础问题30):
IGV
的使用小技巧
pre:各位老铁好~这次对
IGV
的用法进行进一步的学习和实战,这次的学习主要focus在一些使用技巧上面,一起学起来。
liu_ll
·
2020-04-10 00:38
说出来你可能不信,这个位置是战队的节拍器!
1、LGD惨遭
IGV
,LFY淘汰,无缘大赛,之后一波三折顶替XCTN参赛,拿到最后一张门票。(在此感谢V社爹在XCTN签证制造难关;感谢国师Mushi在门票飞来的前一天解散队伍。)
白菜_帮子
·
2020-03-29 12:55
bam文件的可视化(测序深度) |
IGV
之前用
IGV
去看比对情况,直接导入bam文件(一个外显子的比对文件6G左右),结果笔记本就卡顿了,特别不顺。当时因为不着急,也就没想过要去了解变通方案。可以将bam转为tdf文件。
fatlady
·
2020-03-27 12:29
改造
IGV
(八)- 基于RNAseq测序数据 - 人工进行基因结构注释矫正
写在前面课题组目前做一些基因组相关工作。了解基因组的朋友应该明白,基因结构注释错误几乎遍布所有基因组,包括我们目前看到的大多数即使是发表在顶级期刊的工作。生物是复杂的,而算法是存在局限的。所以人工矫正基因结构注释往往是最终选择之一。目前,市面上基本只有一个工具可以做到,那么是一款叫做ApolleBrowser的浏览器。现在已经是第二代【第一代似乎已经无法下载到】,一个常用的网页基因组浏览器JBro
生信札记
·
2020-03-26 23:24
「
IGV
-GSAme」基因结构注释信息-人工矫正-神器
IGV
-GeneStructureAnnotationManualEditor,简称
IGV
-GSAme写在前面
igv
是目前最常用的本地基因组浏览器,与其开发的目标类似,用于整合各种类别的高通量测序数据。
生信札记
·
2020-03-05 13:16
上一页
1
2
3
下一页
按字母分类:
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
其他