E-COM-NET
首页
在线工具
Layui镜像站
SUI文档
联系我们
推荐频道
Java
PHP
C++
C
C#
Python
Ruby
go语言
Scala
Servlet
Vue
MySQL
NoSQL
Redis
CSS
Oracle
SQL Server
DB2
HBase
Http
HTML5
Spring
Ajax
Jquery
JavaScript
Json
XML
NodeJs
mybatis
Hibernate
算法
设计模式
shell
数据结构
大数据
JS
消息中间件
正则表达式
Tomcat
SQL
Nginx
Shiro
Maven
Linux
PacBio
神灯宝典之三代重测序分析实录(二)
作者:云歌审稿:童蒙编辑:angelica引言以
PacBio
公司SMRT技术为代表的第三代单分子荧光测序平台为以测序为基础的科学研究带来了革命性的突破。
生信阿拉丁
·
2021-01-18 23:28
动植物基因组组装要点小结
三代测序平台如
PacBio
、Nanopore,超长读长、无PCR扩增,错误率高,成本高。现在物种的简单基因组基本已完成大多,纯二代组装已经没什么意义,复杂基因组或者高质量基因组基本都是三代测序为主。
生物信息与育种
·
2021-01-13 20:33
PacBio
的异构体测序(Iso-Seq)
在真核生物中,大多数基因可以编码多个蛋白质,这是因为基因经过可变剪接,可产生多个转录异构体,从而大大增加了基因组的蛋白编码潜力。来自同一个基因的可变剪接异构体可能有着明显不同、甚至拮抗的作用。为了研究基因表达,研究人员利用新一代测序方法研究了生物体各个基因的片段,这种方法通常称为RNA测序(RNA-seq)。短读长RNA-seq的原理是将转录本异构体打断成较小的片段,然后利用生物信息学工具将其重新
dingsheng56656
·
2020-09-16 14:44
2020.09.15丨细菌&真菌基因组测序原理
细菌基因组特点:基因组:一般在0.16-13Mb,大部分在5M左右;编码序列:占总长度的90%,基因平均大小为1kb;结构特点:多为一条环状闭合双链DNA,无内含子细菌基因组产品类型、产品列表
Pacbio
穆易青
·
2020-09-15 16:40
细菌
基因组
读书笔记
使用新版Falcon进行三代测序基因组组装
这里的新版指的是
PacBio
公司在2018年9月发布pb-assembly,而这篇文章是在2018年9月30日发的。今年早些时候在参加三代培训时,听说
PacBio
会在今年对Falcon进行一些改变。
weixin_34262482
·
2020-09-13 03:42
生信小工具专题:BBTools/BBMap Suite 的使用 (3)
Illumina和
PacBio
类型的reads都可以使用randomreads这个小工具
lakeseafly
·
2020-08-25 04:05
使用NextDenovo组装Nanopore数据
NextDenovo是武汉未来组胡江博士团队开发的一个三代组装工具,能够用于
PacBio
和Nanopore数据的组装。但是从官方的介绍而言,此工具在组装Nanopore上优势更大一些。
徐洲更hoptop
·
2020-08-23 12:21
基因组
PacBio
Sequel概述
PacBioSequel概述概述近年来,以
PacBio
测序为代表的第三代基因测序技术逐渐兴起。
wangchuang2017
·
2020-08-17 15:28
Tools
第三代测序
技术
如何下载生物数据(四):SRA数据下载
基因学苑Q群:32798724应用场景:如果自己没有测序数据,比如
Pacbio
数据,nanopore数据等,想要测试一些软件,或者想重复文章的内容,就需要从SRA数据库下载数据。
基因学苑
·
2020-08-13 23:48
生物信息软件
Minimap2简介
52645714_810653684.shtmlMinimap2是知名比对工具BWA的开发者LiHeng新开发的比对工具,它能够快速的将DNA或者mRNA序列比对到参考基因组上,使用场景有下面几种:将
PacBio
BaldStrong
·
2020-08-12 01:18
生物信息学
测序发展史,150年的风雨历程 (第二版)
半年前发布第一版,这是第二版,更正了两个地方,1996年焦磷酸测序少了Mathias,2018年新增了华大最新发布的MGISEQ-T7和Illumina收购
PacBio
。
刘永鑫Adam
·
2020-07-12 15:47
科普
使用Canu对三代测序进行基因组组装
Canu简介Canu是Celera的继任者,能用于组装
PacBio
和Nanopore两家公司得到的测序结果。
weixin_34167819
·
2020-07-10 08:25
「基因组组装」使用Canu2.0版本的需要注意一个重要改动
例如1.8版本的更新日志更改了Nanopore的错误率,提高了10倍左右的组装速度,同时完整地支持了trio-binning1.8更新1.9版则是开始
PacBio
的HiFi数据,同时极大的提高了相互比对的速度
徐洲更hoptop
·
2020-07-10 04:04
「三代组装」
Pacbio
组装后如何用自身数据进行polish
三代数据由于其高错误率(目前应该是10%左右),即便在组装前有一步纠错环节,但是组装得到序列依旧存在着许多错误,因此需要进行polish环节。polish分为两个层次,三代原始序列polish和二代序列polish。其中三代纠错这一步速度会很慢,所以有些人会选择直接用二代序列进行纠错。(从我个人项目经验来看,直接用二代纠错的效果和先三代再二代区别并没有那么显著,也有可能是我的项目经验太少)。Pac
徐洲更hoptop
·
2020-07-10 04:32
测序技术有4个指标:读长、成本、准确度、通量
准确度则是测序结果的准确程度,例如二代测序的solid可以达到99.9%,而唯一投入实用的三代测序
pacbio
错误率为15%。
wangchuang2017
·
2020-07-10 03:29
生物信息学
三代测序组装工具Canu学习笔记
Canu简介Canu是Celera的继任者,能用于组装
PacBio
和Nanopore两家公司得到的测序结果。Canu分为三个步骤:纠错,修整和组装。
kongxx
·
2020-07-09 18:40
Docker
神灯宝典之三代重测序分析实录(一)
引言以
PacBio
公司SMRT技术为代表的第三代单分子荧光测序平台,相较于传统NGS平台,虽测序费用较高,在CLR模式下测序错误率达5~15%,然而其长读长(十KB到几十KB),且在HiFi模式下测序准确
生信阿拉丁
·
2020-07-06 00:20
掌握三代全长转录组测序,看这一篇就够了!
1.什么是三代全长转录组测序三代全长转录组测序,即利用
PacBio
三代测序平台对某一物种的mRNA进行测序研究。它以平均超长读长10-15kb的优势、结合多片段文库筛选技术,实现
weixin_30614109
·
2020-06-27 22:45
第三代
PacBio
测序技术的测序原理和读长
针对
PacBio
单分子测序——第三代测序技术的测序原理和读长DNA基因测序技术从上世纪70年代起,历经三代技术后,目前已发展成为一项相对成熟的生物产业。
weixin_30532837
·
2020-06-27 21:47
基础知识复习之数据质控
上次说了关于测序的一些个人认为的重点,这次接着来关于得到数据的下一步质控的有关知识点【这个不是全面的,只是我在第二次学习中认为比较重要的】最常见的数据存储格式-fastq不管是Illumina、Iontorrent、
Pacbio
刘小泽
·
2020-06-21 01:35
iso-seq全长转录本
这个是我在听报告时听到的,对这个比较感兴趣,这里作为学习笔记关于iso-seq首先介绍下iso-seq,这是基于
PacBio
的单分子实时测序,隶属于三代测序,其特点是超长的读长,故在建库中无需打断RNA
小潤澤
·
2020-06-06 21:48
基于三代测序技术及Hi-C的碧凤蝶染色体级别基因组
Chromosomal-levelreferencegenomeofChinesepeacockbutterfly(Papiliobianor)basedonthird-generationDNAsequencingandHi-Canalysis碧凤蝶基因组Abstract来自昆明动物所的研究人员通过
pacbio
颤抖吧__小虫子
·
2020-03-28 23:54
原核生物基因组三代数据(
pacbio
/nanopore)组装
动物随随便便几个G,植物动不动十多个G,而细菌基因组一般就几M,基因组结构简单,没有重复序列杂合度这些组装障碍。我现在很多文章细菌基因组开始用三代测序组装了,还有些文章是二代结合三代测序???纳税人的钱不是钱的感觉,这篇文章是测试原核生物的三代数据组装软件及评测。测试软件及数据类型持续更新~三代reads一般长度是几K到几十K,组装植物动物基因组,三代数据的优势是很明显的。二代短测序平台存在较三代
涤生生
·
2020-02-24 12:03
PacBio
长序列纠错软件之LoRDEC
三代数据中错误主要是随机错误和Indel,一方面可以通过CCS、Arrow等三代内部自纠错,另一方面也可借助二代高通量短序列进行进一步纠错。目前已经有几款工具,本文主要介绍LoRDEC。LORDEC官网一、三代纠错软件三代纠错软件二、LoRDEC工作原理(1)特点用简洁的deBruijn图代表二代数据;比相似的软件快6倍,存储少93%(2)原理首先,利用准确度高的二代数据(NGS数据)构建简洁的d
浩渺予怀
·
2020-02-09 01:48
Bi-level error correction for
PacBio
long reads 双级错误校正
PacBio
长read
最新的测序技术,如太平洋生物科学公司(
PacBio
)和牛津纳米孔机器可以产生数千个碱基长度的长读,这比Illumina机器产生的数百个碱基长度的长得多。
wangprince2017
·
2020-02-02 15:00
「三代组装」使用Canu对三代测序进行基因组组装
Canu简介Canu是Celera的继任者,能用于组装
PacBio
和Nanopore两家公司得到的测序结果。
徐洲更hoptop
·
2019-12-31 10:33
细菌基因组结构分析
甲基化修饰甲基化分析结果(直接从服务器下载,文件名乱码)/opt/
pacbio
_soft/smrtanalysis/userdata/jobs/016/jobID/data从该文件夹下载modification
琼脂糖
·
2019-12-20 19:21
「三代组装」使用Falcon对三代测序进行基因组组装
Falcon是
PacBio
公司开发的用于自家SMRT产出数据的基因组组装工具。
徐洲更hoptop
·
2019-12-15 07:46
Sniffles:长读长数据SV检测
主要为
Pacbio
数据而设计,但对于OxfordNanopore数据也是可以的。
浩渺予怀
·
2019-12-13 04:18
「三代组装」使用新版Falcon进行三代测序基因组组装
这里的新版指的是
PacBio
公司在2018年9月发布pb-assembly,而这篇文章是在2018年9月30日发的。今年早些时候在参加三代培训时,听说
PacBio
会在今年对Falcon进行一些改变。
徐洲更hoptop
·
2019-12-12 21:14
PacBio
数据拆分之lima
一、背景
PacBio
最新三代测序仪SequelII芯片实现了更高通路,同时已经支持barcode测序,这样方便混合多个组织、处理、物种等样本。
浩渺予怀
·
2019-12-08 11:42
PacBio
全长16S rDNA测序,有哪些不为人知的优势?【转】
16SrDNA是细菌分类学研究中最常用的“分子钟”,总长约1540bp,其中包含9个可变区(Variableregion)和10个保守区(Constantregion)。可变区因菌种不同而异,且变异程度与细菌的系统发育密切相关。通过检测16SrDNA可变区的序列变异和丰度,可了解环境样品中群落多样性信息,在微生物分类鉴定、微生态研究等方面起着重要的作用。平台比较集合优势,成本更低Sanger测序能
相见很不晚
·
2019-12-08 07:49
三代测序组装工具Canu学习笔记
Canu简介Canu是Celera的继任者,能用于组装
PacBio
和Nanopore两家公司得到的测序结果。Canu分为三个步骤:纠错,修整和组装。
kongxx
·
2019-12-06 22:50
wtdbg 组装基因组
关键词:
pacbio
;nanopore;assemblewtdbg相较于其他三代四代数据组装软件(Canu,smartdenovo,miniasm,Flye,TULIP,FALCON,FALCON-unzip
涤生生
·
2019-11-02 00:45
小麦多组学网站介绍
设计基因组特异引物小麦族多组学数据网站——再说设计引物小麦多组学网站更新四倍体小麦基因组等信息2018年总结之小麦族多组学网站东半球最好用的小麦基因组浏览器(JBrowse)小麦jbrowse数据更新
PacBio
张志勇_zzy
·
2019-07-31 14:07
「R绘图」minimap2的PAF文件如何进行可视化?
Minimap2是知名比对工具BWA的开发者LiHeng新开发的比对工具,它能够快速的将DNA或者mRNA序列比对到参考基因组上,使用场景有下面几种:将
PacBio
或OXfordNanopore的read
xuzhougeng
·
2019-03-05 15:54
PacBio
长reads比对与去冗余
PacBio
测序表现出了非常强大的优势,比如测序read长、无GC偏好、直接检测变异、直接检测碱基修饰等。尤其在转录中的应用已经相对成熟,下面重点介绍如何去进行序列的比对和去冗余。
浩渺予怀
·
2018-12-13 17:02
三代测序之nanopore测序
三代测序主要分为两大派别:
pacbio
的smartsequencing以及nanopore公司的nanoporesequencing。今天我简单介绍一下nanopore测序技术。
生信family
·
2018-05-14 14:14
测序与平台
整理生信菜鸟团测序和相关平台的一些资料,学习分享之带你走进Sanger测序的世界测序平台专题-罗氏454测序平台illumina测序的化学原理SOLiD测序原理测序平台之IonTorrent测序之
pacbio
王诗翔
·
2017-10-23 18:08
上一页
1
2
下一页
按字母分类:
A
B
C
D
E
F
G
H
I
J
K
L
M
N
O
P
Q
R
S
T
U
V
W
X
Y
Z
其他