R语言多元分析

R语言安装ggplot2时出现错误: package or namespace load failed for ‘ggplot2’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .li

1.问题描述:R语言在R_Studio里利用install.packages(“ggplot2”)安装ggplot2时出现错误:packageornamespaceloadfailedfor‘ggplot2
喜马拉雅的夜空·2023-09-30 18:51

R语言1----桑基（sankey diagram）图的绘制--sankeyD3

在生信分析或者一些其他的数据分析中，经常会需要绘制桑基图，在这里推荐一个非常nice的R包-sankeyD3（类似于networkD3，但是比其功能更加完善），其出的桑基图比较美观，而且自动统计相应的统计量。https://github.com/fbreitwieser/sankeyD3示例图实例分析：###安装与加载包install.packages("devtools")devtools::i
芒果小M·2023-09-30 17:00

【冰糖R语言】异常信息提示 stop() message() warning()

经常会在程序中设定一些异常提示点，以在特殊条件下对信息进行提示stop()，message()，warning()均能完成信息提示功能，传入需要的提示的字符串信息即可三者显示效果存在差别，比如是否中断程序及信息提示方式上：1、stop()中断当前执行程序并抛出错误信息2、warning()生成警告信息3、message()生成简单的诊断信息，既不是警告也不是错误，不中断程序
冰糖不在家·2023-09-30 15:37

【冰糖R语言】输出函数 print() cat() messages()

1、print()俗称打印函数，内容会作为字符串输出，如果需要连接多项内容，可以使用paste()对于输出factor类可有以下参数：quote：布尔值，是否输出时添加引用max.levels：设定输出的levels的数量，多余的部分会被省略width：levels行的输出宽度，在max.levels为null时可用对于输出table类主要参数有：zero.print：指定数字0的输出方式，默认输
冰糖不在家·2023-09-30 15:37

【冰糖R语言】逻辑运算符 与&& 或|| 非！

R语言中用到的逻辑运算符包括以下：与：&&，&或：||，|非：!此处对以上运算操作进行辨析1、逻辑与运算&&：条件逻辑与运算，用于判断左右两侧条件是否同时为真。
冰糖不在家·2023-09-30 15:37

【冰糖R语言】矩阵乘法 %*% 和 crossprod() 速度比较

有时，我们需要进行矩阵乘法运算通常的做法有%*%和crossprod()，在此对两者的计算效率进行简单比较首先随机生成两个方阵矩阵m1、m2，维数设为100、1000，进行矩阵乘法运算以上过程重复10000次，比较平均时间，单位seconds，CPU：i7-7700计划考虑了特征数为10000的情况，但是等不了10000次模拟了，整体趋势应该没有变化具体模拟过程如下：1、特征数100，模拟1000
冰糖不在家·2023-09-30 15:07

【冰糖R语言】内置函数 combn()：获得元素组合

comba()是R语言中的内置函数，可获得数组中指定长度的所有组合情况combn(x,m,FUN=NULL,simplify=TRUE,...)生成由m个x中的元素组成的所有组合x：包含用于组合的元素的向量
冰糖不在家·2023-09-30 15:07

【冰糖R语言】实现程序进度条：txtProgressBar() winProgressBar() tkProgressBar()

可使用R内置库utli实现文本进度条功能，内容涉及以下几个方法：1、txtProgressBar(min=0,max=1,initial=0,char="=",width=NA,style=1,file="")作用：用于在R控制台（或文件连接）中显示文本进度条；结束时应关闭进度条，此时输出换行符min：默认0，进度条数值下限，必须小于maxmax：默认1，进度条数值上限，必须大于mininitia
冰糖不在家·2023-09-30 15:07

【冰糖R语言】round() 舍入函数 辨析

R语言的base库中提供了舍入函数round()其使用当时为：round(x,digits=0)x：数值向量；digits：默认为0，整数，表示有效位数。可使用负值，此时舍入到十位百位等。
冰糖不在家·2023-09-30 15:07

【冰糖R语言】matrix和data.frame数据切片结果差异比较

一、数据对象定义定义一个matrix对象D1，一个data.frame对象D2二、数据切片1、提取第2行，第2列其中，D2提取一行返回一个data.frame，其余返回vector2、提取第2-3行，第2-3列其中，D2提取多行或多列返回一个data.frame，D1提取多行或多列返回一个matrix3、使用逻辑值切片进行验证使用逻辑值切片结果与直接使用索引结果是一致的所以，一定要分清使用的是ma
冰糖不在家·2023-09-30 15:37

【冰糖R语言】探究sample()和runif()结果在不同R版本下的一致性

在R语言中，sample()常被用于随机抽样，runif()用于生成均匀分布随机数，考虑到抽样及随机数生成结果的可再现性，需使用set.seed()设定随机种子。
冰糖不在家·2023-09-30 15:36

【冰糖R语言】Error in match.names(clabs, names(xi)) - 名字同原来已有的名字不相对

在进行一些处理时，出现这样的错误提示：原因在于，对data.frame类型进行rbind()操作时，存在不对应的列，而rbind()是对data.frame的列名进行匹配后进行行扩增的；比如，如下定义了两个data.frame，dt1，dt2，存在不相对的列名，则会报错：此时，如果将dt2的colnames中的F5改为F1，即与dt1列名一样但是列顺序不同，再进行rbind()操作：可以发现，da
冰糖不在家·2023-09-30 15:36

【冰糖R语言】(串列)对象不能强制改变成‘double‘种类

错误原因：对list或者data.frame类型使用as.numeric()进行转换解决方法：使用as.numeric()之前，先使用unlist()具体分析：假设有一个需求，在数据转换过程中，需要将data.frame数据框转换为numeric数值类型直接使用as.numeric()进行强制转换会报错比如，定义以下一个3*2的data.frame对象：（list对象问题类同，不做举例）如果直接使
冰糖不在家·2023-09-30 15:36

【冰糖R语言】创建R包（打包R程序）

目标：将现有R程序打包可能涉及知识点：devtools包、usethis包、Rstudio软件一、R包的类型通常一个R包中包含以下元素：1）R文件夹：函数代码2）man文件夹：存放每个函数的注释文件3）DESCRIPTION文件：描述文件，描述该包的相关信息，包括名称、开发者等4）NAMESPACE文件：命名空间文件，描述该包与其他包的依赖关系，比如用到了其他包的函数5）LICENSE文件：许可证
冰糖不在家·2023-09-30 15:06

R成精系列-R语言技能升级路径

数据处理：dataframe--data.table基础字符串处理函数：——stringr绘图系统：plot——ggplot2代码风格：函数嵌套——管道函数（%>%）列表处理：list（自建循环）——rlistjson处理：Rjson+RJSONIO——jsonlite数据抓取：RCurl+XML——httr+xml2循环任务：for/while——apply——plyr::a_ply——并行运算
果果哥哥BBQ·2023-09-30 12:59

用计算python两点之间的距离math_自学生信Python（第二天）|计算出两点之间的距离...

了解到生物信息学要有编程基础，尤其是要会一门编程语言，例如：R语言、Python、Perl等，还要熟悉Linux系统，作为生信小白，听说Python挺简单的，于是就自学了Python，花了两天时间了解了
weixin_39828859·2023-09-30 11:45

R语言作图——Line plot with colored background

Step1.绘图数据的准备首先还是要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式excel中保存成csv格式。
生信了·2023-09-30 08:04

跟着Science Advances学画图：R语言ggplot2画柱形图如何让屁股朝右

AAA今天推文模仿的图片是来自于论文Landscapesofbacterialandmetabolicsignaturesandtheirinteractioninmajordepressivedisorders。有读者在公众号的后台留言问论文中Figure2中的A图如何实现image.png今天的推文就介绍一下，因为A图的数据较多，我们来模仿B图，过程其实是一样的image.png左边两幅图是柱
小明的数据分析笔记本·2023-09-30 06:19

R语言：下载和使用包

R语言：下载和使用包R语言是一种功能强大的统计分析和数据可视化工具，通过使用R包（也称为库），用户可以扩展R语言的功能。本文将介绍如何下载和使用R包。
雨中徜徉的思绪漫溢·2023-09-30 04:27

如何开始着手一篇Meta分析 | Meta分析的流程及方法

R语言拥有完整有效的数据处理、统计分析与保存机制，可以对数据直接进行分析和显示，命令格式简单、结果可读性强，包含众多针对Meta分析软件包，是进行Meta整合分析及评价的有效平台。Meta分
Teacher.chenchong·2023-09-30 02:08

使用R语言筛选包含特定字符串的行

使用R语言筛选包含特定字符串的行在数据分析和处理中，经常需要根据数据集中某一列的内容筛选出符合特定条件的行。如果我们想要筛选出包含特定字符串的行，R语言提供了多种方法来实现这一操作。
PixelCoder·2023-09-30 01:24

R语言实现随机生存森林（3）

常见问题解答1、计算C指数1-Errorrate，或者rsf.err%dcurves::as_tibble()library(ggplot2)ggplot(d,aes(x=threshold,y=net_benefit,color=variable))+stat_smooth(method="loess",se=FALSE,formula="y~x",span=0.2)+coord_cartesi
weixin_49320263·2023-09-30 00:36

vscode 配置 R 语言

前提条件：1、本机安装R语言程序，并配好变量等，终端中输入R回车无报错，例如输入sum(1:10)，输出结果进行552、vscode中安装好R扩展，jupyter扩展（例如，能正常使用python的ipynb
bailixuance·2023-09-29 23:52

R＆RStudio的安装及配置

所以，Rstudio提供了一个人性化的可视界面来操作R语言。在软件里可以创建完整的项目，编写脚本，查看变量值，获取绘图的结果等等。1.R的安装（1）下载下载地址
涉川.·2023-09-29 19:07

rstudio安装后如何打开_R语言IDE之RStudio的安装及使用入门

RStudio功能特色RStudio支持语法高亮、代码完成和智能缩进直接从源代码编辑器执行R代码快速跳转到函数定义RStudio集成R帮助和文档使用项目轻松管理多个工作目录工作区浏览器和数据查看器交互式调试器快速诊断和修复错误RStudio广泛的软件包开发工具用Sweave和RMarkdown创作RStudio集成支持Git和Subversion支持创作HTML、PDF、Word文档和幻灯片RSt
weixin_39912566·2023-09-29 19:37

R | R及Rstudio安装、运行环境变量及RStudio配置

R|R及Rstudio安装、运行环境变量及RStudio配置一、介绍1.1R介绍1.2RStudio介绍二、R安装2.1演示电脑系统2.2R下载2.3R安装2.4R语言运行环境设置（环境变量）2.4.1
跳动的喵尾巴·2023-09-29 19:05

R语言报错Error:n() should onlybe called in a data context

提示可能是有两个函数互相冲突，通过制定包加函数的办法可以解决。解决办法见下图：或者关闭之前加载的plyr包detach(“package:plyr”）参考链接:https://www.jianshu.com/p/491b6eca2d9a
翻山越玲·2023-09-29 19:43

生信学习小组-Day5 - 三三

关键词R语言，数据类型，向量，数据框今日笔记向量来自生信星球1.赋值命令x数据框1.读取本地数据read.csv()read.csv()read.table()read.table()2.设置行名和列名
三三鹅_·2023-09-29 16:21

R语言用标准最小二乘OLS，广义相加模型GAM ，样条函数进行逻辑回归LOGISTIC分类...

原文链接：http://tecdat.cn/?p=21379本文我们对逻辑回归和样条曲线进行介绍（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。logistic回归基于以下假设：给定协变量x，Y具有伯努利分布，目的是估计参数β。回想一下，针对该概率使用该函数是（对数）似然函数对数似然其中。数值方法基于（数值）下降梯度来计算似然函数的最大值。对数似然（负）是以下函数negLogLik=function(b
拓端研究室TRL·2023-09-29 12:44

跟着Nature Genetics学画图：R语言ggplot2画曼哈顿图展示XP-CLR score

今天推文重复的图来自于论文Whole-genomeresequencingof445Lactucaaccessionsrevealsthedomesticationhistoryofcultivatedlettuceimage.png今天试着重复的图片对应着的是论文中的Figure3a,，曼哈顿图展示的是XP-CLRscore，这个分支具体是什么含义还得仔细学习，群体基因组类的论文通常都有这个数据
小明的数据分析笔记本·2023-09-29 10:27

R语言进行孟德尔随机化+meta分析（2）----基于R和stata

目前不少文章用到了孟德尔随机化+meta分析，在上一章咱们简单介绍了一下meta分析的基础知识。咱们今天来介绍一篇11分文章，由文章看看孟德尔随机化+meta分析如何进行，文章的题目是：Appraisingthecausalroleofsmokinginmultiplediseases:Asystematicreviewandmeta-analysisofMendelianrandomizatio
天桥下的卖艺者·2023-09-29 08:36

linux服务器安装R语言及Rstudio server

在linux服务器上使用R语言及Rstudioservercat/etc/redhat-release:查看服务器系统版本R程序包获取查看最新版本的下载链接，使用wget获取wgethttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn
Seurat_Satija·2023-09-29 07:04

R语言批量有规律改变量名

#把data数据集的18个变量名统一改为x1,x2....x18names(data)<-paste('x',1:18,sep='')
绿菡萏·2023-09-29 04:52

2020-05-30R语言 特殊函数

1、统计函数函数描述mean()平均数median()中位数sd()标准差var()方差mad()绝对中位差，即原数据减去中位数后得到的新数据的绝对值的中位数quantile(x,probs)求分位数，x为待求分位数的数值型向量，probs为一个由[0,1]之间的概率值组成的数值向量，eg:a均方根，均方差：均方根：2、数学函数函数描述abs()绝对值sqrt()平方根ceiling()向上取整f
Seurat_·2023-09-29 02:59

R语言 数据框：创建、操作和分析数据框

R语言数据框：创建、操作和分析数据框数据框（data.frame）是R语言中最常用的数据结构之一，它是一种二维的表格型数据对象，由行和列组成。
CyberwCoder·2023-09-29 01:19

R语言中将字符串转换为日期类型的方法

R语言中将字符串转换为日期类型的方法日期数据在数据处理和分析中非常重要。在R语言中，我们可以使用不同的函数和包来将字符串转换为日期类型。
CyberwCoder·2023-09-29 01:49

跟着Nature Ecology&Evolution学数据分析：R语言ggplot2作图展示方差分解的结果

关于方差分解的内容之前已经分享过两篇推文之前的推文分享过一篇内容是重复了一篇NatureEcology&Evolution期刊论文的方差分解过程，虽然对运行过程还是不太理解，但是能得到结果。今天的推文我们利用得到的结果复现一下论文中的Figure4aimage.png前面的计算过程可以参考推文现在是假设我们已经拿到了计算结果，需要作图，组图用到的示例数据如下image.png（这里不再提供示例数据
小明的数据分析笔记本·2023-09-29 01:08

R语言中的数据重塑

文章目录介绍reshape2::melt()的用法实例reshape2::dcast()的用法实例tidyr::gather()的用法tidyr::spread()的用法介绍tidyverse系列包中的函数操作都是针对简洁数据框进行的，对于不是简洁的数据，实现需要进行数据重塑。数据重塑主要包括长宽表的转换、拆分/合并列、方形化。长宽表转化最初使用的是reshape2包的melt()和cast()函
zoujiahui_2018·2023-09-29 00:17

RNA 21. SCI 文章中单基因富集分析

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你88篇原创内容公众号今天就来剖析一下单基因到底怎么做
桓峰基因·2023-09-28 23:10

数据分析技能点-多元分析和应用

在这个数据驱动的时代，多元分析已经成为了一个不可或缺的工具，用于从复杂和多维的数据中提取有用的信息。不论是在营销策略、金融投资，还是在社会科学研究中，多元分析都有广泛的应用。
Mr数据杨·2023-09-28 22:03

SCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你123篇原创内容-->公众号今天开启单细胞之旅，单细胞其实我也算接触较早的项目
90066456ace6·2023-09-28 20:33

R语言随机波动模型SV：马尔可夫蒙特卡罗法MCMC、正则化广义矩估计和准最大似然估计上证指数收益时间序列...

全文链接：http://tecdat.cn/?p=31162最近我们被客户要求撰写关于SV模型的研究报告，包括一些图形和统计输出（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。相关视频本文做SV模型，选取马尔可夫蒙特卡罗法(MCMC)、正则化广义矩估计法和准最大似然估计法估计。模拟SV模型的估计方法：sim<-svsim(1000,mu=-9,phi=0.97,sigma=0.15)print(sim)
拓端研究室TRL·2023-09-28 13:25

如何开始着手一篇Meta分析 | Meta分析的流程及方法

R语言拥有完整有效的数据处理、统计分析与保存机制，可以对数据直接进行分析和显示，命令格式简单、结果可读性强，包含众多针对Meta分析软件包，是进行Meta整合分析及评价的有效平台。Meta分
asyxchenchong888·2023-09-28 09:08

R语言分析：如何轻松地把数据分为三、四、五等份？

有网友问了，我如何对连续型资料进行分组，常见的有按照中位数分组、四分位数分组，甚至分为5组。这个问题其实很简单的了。用两个函数，一个是quantile函数，另外一个是cut函数1.quantile()函数的应用该函数目的是获得分组界值比如说，求某个百分位比data<-c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,5,6,7,43,9,4,12,46,22,0,14,15,3,5,7,9,4,22)
weixin_44693403·2023-09-28 03:02

限制性立方样条图还不会画？ RCS曲线，现在可以快速搞定了（附教程）

国内学者已经整出3个R语言包，简单暴力美现在我希望搞出一个网页版，快速绘制RCS曲线，本来我想把国内几种方法全部都呈现出来，不过实在精力有点限制，先画一种吧，希望下个
weixin_44693403·2023-09-28 03:31

R语言学习.6---绘图

R语言绘图是生信技能树生信爆款入门课程R语言部分Day6的讲到的一个重要知识点。为加深理解，现在做下练习巩固。
Seurat_·2023-09-28 00:49

GEO生信数据挖掘（一）数据集下载和初步观察

GSE1297为例目录GEOquery简介安装并加载GEOquery包getGEO函数获取数据（联网下载）更换下载数据源对数据集进行初步观察处理GEOquery简介GEOquery是一个在生物信息学中常用的R语言包
人工智能学术前沿（真)·2023-09-27 22:54

跟着Science学画图：R语言ggplot2作小提琴图展示NLRs基因的拷贝数（copy number）

论文是Denovoassembly,annotation,andcomparativeanalysisof26diversemaizegenomesimage.png部分数据代码是公开的下载链接https://zenodo.org/record/4781590#.YSB40Hzivic论文本地pdf玉米Science.pdf附件本地pdfabg5289_Hufford_SM.pdf今天的推文我们来
小明的数据分析笔记本·2023-09-27 22:25

跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2画分组折线图和置信区间

论文Theflyingspider-monkeytreeferngenomeprovidesinsightsintofernevolutionandarborescencehttps://www.nature.com/articles/s41477-022-01146-6#Sec44数据下载链接https://doi.org/10.6084/m9.figshare.19125641今天的推文重复一
小明的数据分析笔记本·2023-09-27 22:17

R语言逻辑回归、决策树、随机森林、神经网络预测患者心脏病数据混淆矩阵可视化...

全文链接:https://tecdat.cn/?p=33760众所周知，心脏疾病是目前全球最主要的死因。开发一个能够预测患者心脏疾病存在的计算系统将显著降低死亡率并大幅降低医疗保健成本。机器学习在全球许多领域中被广泛应用，尤其在医疗行业中越来越受欢迎。机器学习可以在预测关键疾病（例如心脏病）的存在或不存在方面发挥重要作用（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。相关视频如果能提前准确预测这些信息，
拓端研究室TRL·2023-09-27 22:27
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