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生信星球学习小组Day5笔记-柠萌
Day5数据结构思维导图如下
R语言
数据结构.png1重点知识点(拷贝自生信星球)(1)R的赋值符号不是等号,而是<-(2)在Console控制台输入命令,相当于Linux的命令行(3)R的代码都是带括号的
柠萌_593d
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2024-02-20 04:32
《学习小组Day4笔记--Ace》
R语言
基础一、安装R(基础)和Rstudio1.确保自己电脑的用户名是英文,如果不是,按照这个教程修改账户环境变量https://mp.weixin.qq.com/s?
Aceup
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2024-02-19 19:18
R语言
实战第5章:高级数据管理
本章内容数字和统计函数字符处理函数循环和条件执行自编函数数据整合与重塑5.1一个数据处理难题题目详见
R语言
实战第一版第86页(需要的同学,公众号私信:
R语言
实战。
亚航
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2024-02-19 19:47
R语言
GARCH族模型:正态分布、t、GED分布EGARCH、TGARCH的VaR分析股票指数|附代码数据
全文链接:http://tecdat.cn/?p=31023最近我们被客户要求撰写关于GARCH族模型的研究报告,包括一些图形和统计输出。如何构建合适的模型以恰当的方法对风险进行测量是当前金融研究领域的一个热门话题(点击文末“阅读原文”获取完整代码数据********)。VaR方法作为当前业内比较流行的测量金融风险的方法,具有简洁,明了的特点,而且相对于方差来讲,更多的将投资人的损失作为风险具有更
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2024-02-19 18:17
数据挖掘深度学习机器学习算法
R语言
基于ARCH模型股价波动率建模分析|附代码数据
原文链接:http://tecdat.cn/?p=3856原文出处:拓端数据部落公众号最近我们被客户要求撰写关于ARCH的研究报告,包括一些图形和统计输出。引言金融中一个重要度量是与资产相关的风险,而资产波动率是最常用的风险度量。然而,资产波动率的类型有多种。波动率不能直接观测的性质在波动率研究和建模中有非常重要的含义。数据选取笔者选取1973年1月到2009年12月,英特尔公司(INTC)股票的
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2024-02-19 18:43
数据挖掘深度学习机器学习
R语言
Apriori关联规则、kmeans聚类、决策树挖掘研究京东商城网络购物用户行为数据可视化|附代码数据
全文链接:http://tecdat.cn/?p=30360最近我们被客户要求撰写关于网络购物用户行为的研究报告,包括一些图形和统计输出。随着网络的迅速发展,依托于网络的购物作为一种新型的消费方式,在全国乃至全球范围内飞速发展电子商务成为越来越多消费者购物的重要途径。我们被客户要求撰写关于网络购物行为的研究报告。项目计划使用数据挖掘的方法,以京东商城网购用户的网络购物数据为基础,对网络购物行为的三
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2024-02-19 18:42
数据挖掘
生信学习小组Day7笔记--苏剑请
以下知识点均为生信星球公众号提供):生信Day7笔记1.png生信Day7笔记2.png心得1.7天的学习进入了尾声,其实生信的学习远远还没有结束,昨天老师教了如何下载R包小抄和根据R包小抄进行学习,日后将会是我学习
R语言
的重要指南
苏剑清
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2024-02-19 17:29
基于
R语言
APSIM模型应用
随着数字农业和智慧农业的发展,基于过程的农业生产系统模型在模拟作物对气候变化的响应与适应、农田管理优化、作物品种和株型筛选、农田固碳和温室气体排放等领域扮演着越来越重要的作用。APSIM(AgriculturalProductionSystemssIMulator)模型是世界知名的作物生长模拟模型之一。APSIM模型有Classic和NextGeneration两个系列模型,能模拟几十种农作物、牧
PhyliciaFelicia
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2024-02-19 16:51
生态
R语言
气象
r语言
开发语言
R语言
:改造corrgram包画复合型相关性热图
corrgram用来画相关性热图很不错,因为此包可以使上下半个三角用于显示不同的图和信息,从而让热图信息比较充实。此函数内置了很多参数,比如可以通过lowe.pancel或者upper.panel的自带方法在上下半区显示:颜色热图,相关性系数,散点图,bar图等等。corrgram(data,diag=panel.density,lower.panel=panel.fill,#相关系数显示颜色up
蟒茶
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2024-02-19 14:05
R小系列
r语言
R语言
绘制热图
运用
R语言
绘制热图本文主要讲述绘制热图的两种方式,分别为利用pheatmap包和ggplot2包目录运用
R语言
绘制热图一、热图概念二、热图绘制方法1.利用pheatmap包2.利用ggplot2包一、概念热图是一种很常见的图
小潘的生信笔记
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2024-02-19 14:05
R语言
r语言
开发语言
1024程序员节
R语言
画相关性热图
R语言
进行聚类热图install.packages("corrplot2")install.packages("Hmisc")install.packages("pheatmap")library(Hmisc
还没秃头的程序猿-D
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2024-02-19 14:02
研究牲
r语言
开发语言
R语言
如何绘制相关性热图(14)
1.什么是相关性热图?相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析,从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性的元素之间需要存在一定的联系或者概率才可以进行相关性分析。当两个变量之间存在非常强烈的相互依赖关系的时候,我们就可以说两个变量之间存在高度相关性。若两组的值一起增大,我们称之为正相关,若一组的值增大时,另一组的值减小,我们称之为负相关。默认一般使用皮尔逊算法算相关性。皮尔逊相关系
心有灵犀啦
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2024-02-19 14:31
R语言绘图
r语言
R语言
corrplot相关性热图制作
R语言
corrplot相关性热图制作使用
R语言
制作相关性热图,使用corrplot这个包,本文进行简略的介绍,函数的具体内容见文档:https://cran.r-project.org/web/packages
梦剧场zjugis
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2024-02-19 14:01
可视化
R语言
数据分析
r语言
数据可视化
数据分析
R语言
绘制相关性热图
1.ggplot2包ggplot函数绘制相关性热图###1.ggplot2包ggplot函数绘制相关性热图rm(list=ls())head(mtcars[,1:6])#查看前六行六列cormtcars%#将矩阵转换成数据框 mutate(x=rownames(cormtcars))%>% #新建一列x,是11种属性变量 melt(id='x')%>% #将宽数据转换成长数据,更适
qq_27390023
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2024-02-19 14:01
r语言
R语言
linkET包绘制相关性组合网络热图
能绘制热图的R包很多,既往我们已经介绍了《
R语言
pheatmap包绘制热图》,今天咱们来介绍一下
R语言
linkET包绘制相关性组合网络热图。
天桥下的卖艺者
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2024-02-19 14:29
R语言
科研绘图
r语言
开发语言
利用
R语言
绘制相关性热图
数据示例(归一化处理后):install.packages("corrplot")install.packages("ggplot2")install.packages("ggpubr")library(corrplot)install.packages("GGally")library(GGally)library(ggplot2)library(ggpubr)library(readxl)#读
陆小吉1212
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2024-02-19 14:53
r语言
python
开发语言
R语言
基本数据管理学习
“数据是一件麻烦事——一件非常非常麻烦的事。《星际迷航》本章内容1.操纵日期和缺失值2.熟悉数据类型的转换3.变量的创建和重编码4.数据集的排序,合并与取子集5.选入和丢弃变量1.创建新变量x%%y为求余;x%/%y整数除法。5%/%2的结果为2。利用$符号,也可以为为数据框添加新的一列,eg:mydata$sumx2.变量的重编码将一个连续型变量修改为一组类别值将误编码的值替换为正确值基于一组分
超人快飞
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2024-02-19 13:05
R语言
|绘制曼哈顿图
曼哈顿图(manhattanPlot)是一种散点图,因形似曼哈顿摩天大楼而命名,常用于全基因组关联研究(GWAS)以显示重要的SNP。曼哈顿图作为经典的可视化方式,通常用于显示具有大量数据点,许多非零振幅和更高振幅值分布的数据,不仅可以展示数据全貌,又能快速找到目标基因或OTU,同时可知目标的具体位置和分类、显著程度等信息。小编今天给大家分享一下manhattanPlot的绘制方法,使用R的qqm
维凡生物
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2024-02-19 13:06
RapidMiner缺失数据处理——去掉数据大量缺失的变量
和
R语言
相比,RapidMiner在数据处理方面要简单直观得多。虽然RapidMiner的功能可能不如R强大。
carlwu
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2024-02-19 11:59
数据挖掘
RapidMiner
数据挖掘
RapidMiner
Java
R语言
RapidMiner数据挖掘
根据KDnuggets在2011年的一次投票显示,从使用率来看该软件比之
R语言
还要略胜一筹。因为其具备GUI特性,所以很适合于数据挖掘的初学者入门。
arrow8071
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2024-02-19 11:28
data
mining
数据挖掘
R语言
课程论文-飞机失事数据可视化分析
数据来源:AirplaneCrashesSince1908(kaggle.com)代码参考:ExploringhistoricAirPlanecrashdata|Kaggle数据指标及其含义指标名含义Date事故发生日期(年-月-日)Time当地时间,24小时制,格式为hh:mmLocation事故发生的地点Operator航空公司或飞机的运营商Flight由飞机操作员指定的航班号Route事故前
talle2021
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2024-02-19 11:45
数据分析
r语言
数据分析
数据可视化
代码+视频基于
R语言
进行K折交叉验证
我们在建立数据模型后通常希望在外部数据验证模型的检验能力。然而当没有外部数据可以验证的时候,交叉验证也不失为一种方法。交叉验验证(交叉验证,CV)则是一种评估模型泛化能力的方法,广泛应用中于数证据采挖掘和机器学习领域,在交叉验证通常将数据集分为两部分,一部分为训练集,用于建立预测模型;另一部分为测试集,用于测试该模型的泛化能力。在如何划分2个集合的问题上,统计学界提出了多种方法:简单交叉验证、留一
天桥下的卖艺者
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2024-02-15 09:11
代码+视频系列
R语言
r语言
开发语言
跟着Nature学作图:
R语言
ggplot2频率分布直方图
论文Graphpangenomecapturesmissingheritabilityandempowerstomatobreedinghttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8没有找到论文里的作图的代码,但是找到了部分组图数据,我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的Figure2c频率分布直
小明的数据分析笔记本
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2024-02-15 04:29
GPT用来润色论文\生成完整长篇论文\进行AI绘图,真的太香了!
领域最新技术1.OpenAI新模型-GPT-52.谷歌新模型-GeminiUltra3.Meta新模型-LLama34.科大讯飞-星火认知5.百度-文心一言6.MoonshotAI-Kimi7.智谱AI-
GLM
慢腾腾的小蜗牛
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2024-02-15 03:49
人工智能
gpt
数据分析
机器学习
遥感
深度学习
AI绘图
GPT/GPT4科研实践应用与AI绘图技术及论文高效写作
领域最新技术1.OpenAI新模型-GPT-52.谷歌新模型-GeminiUltra3.Meta新模型-LLama34.科大讯飞-星火认知5.百度-文心一言6.MoonshotAI-Kimi7.智谱AI-
GLM
慢腾腾的小蜗牛
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2024-02-15 03:48
生态遥感
大气科学
人工智能
gpt
人工智能
深度学习
机器学习
地球科学
AI绘图
论文写作
最新ChatGPT/GPT4科研应用与AI绘图及论文高效写作
领域最新技术1.OpenAI新模型-GPT-52.谷歌新模型-GeminiUltra3.Meta新模型-LLama34.科大讯飞-星火认知5.百度-文心一言6.MoonshotAI-Kimi7.智谱AI-
GLM
慢腾腾的小蜗牛
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2024-02-15 03:17
人工智能
生态遥感
人工智能
chatgpt
编程
机器学习
深度学习
AI绘图
大数据
ggplot2不能截断纵坐标肿么办
R语言
实现数据和原图dfWarning:Removed1rowscontainingmissingvalues(position_stack).library(ggplot2)ggplot()+aes(
小洁忘了怎么分身
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2024-02-15 01:02
R语言
ggplot2绘图拟合曲线的置信区间边框变成虚线
https://stackoverflow.com/questions/57988682/how-to-remove-filled-area-on-se-when-plot-geom-smooth-in-ggplot2library(ggplot2)ggplot(data=mtcars,mapping=aes(x=wt,y=mpg))+geom_point(size=2)+geom_smooth(
小明的数据分析笔记本
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2024-02-14 20:28
R语言
学习之基本文字处理代码
...getwd()setwd("")is()rm()q()字符串的处理常用代码切割strsplit()子集substr()大小写toupper()tolower()文字连接paste()paste0()替代文字gsub()去除前后空格strtrim()举例strsplit("hello,world",",")substr("hello,world",start=2,stop=4)toupper(
佐博伊森
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2024-02-14 17:26
R语言
从拍摄照片生成色卡用于统计图
ok.pngex_2021-04-29_02-10-25.pngex_2021-04-29_02-13-55.png图片1.jpg微信图片_20210429013555.jpg#ThuApr2901:37:232021-#字符编码:UTF-8#R版本:Rx644.0.5forwindow10#
[email protected]
#个人笔记不负责任,拎了个梨.rs.restartR()requir
youmigo
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2024-02-14 16:14
R语言
入门学习笔记(2)
课程源代码:https://github.com/miwu8512/IntroToR视频地址:https://www.youtube.com/watch?v=rPj5FsTRboE&list=PLBTcf4SwWEI9_kCOJ-1o-Jwr-_Qb6bkegLecture2数据集的结构和作图的主要变量1understandingthedataset1.1Vector向量Define:Vector
DC小白
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2024-02-14 12:45
R语言
作业-20题
1.安装包代码在https://github.com/jmzeng1314/5years/blob/master/learn-R/tasks/3-r-20-codes.R二.2、了解ExpressionSet对象,比如CLL包里面就有data(sCLLex),找到它包含的元素,提取其表达矩阵(使用exprs函数),查看其大小3、了解str,head,help函数,作用于第二步提取到的表达矩阵sup
鱼啸九天
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2024-02-14 11:17
【量化干货合集】你想要的,都在这里!
(以下很多策略均包含源码分享供参考,欢迎大家多多交流谈论)资料分享Python、研究报告、计量经济学、投资书籍、
R语言
等!
水哥哥123
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2024-02-14 09:01
量化分析
量化
python
talib
R语言
的ggplot2画图去掉图例的灰色背景
R语言
默认的图例如下library(ggplot2)ggplot(iris,aes(x=Sepal.Length,y=Sepal.Width))+geom_point(aes(color=Species
小明的数据分析笔记本
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2024-02-14 06:09
单细胞测序最好的教程(一):质量控制
但是,其在国内的推广有两个不足:(一)全英文教程;(二)
R语言
与Python混合。二者限制了其在国内的推广
Starlitnightly
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2024-02-14 06:18
python
Python版RNA-seq分析教程:DEseq2差异表达基因分析
在omicverse中,除了最简单的ttest外,在这里,我们介绍一种类似
R语言
中的Deseq2等包的模型来计算差异表达基因。
Starlitnightly
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2024-02-14 06:48
python
开发语言
PySCENIC(一):python版单细胞转录组转录因子分析
关于单细胞转录组转录因子的分析我们之前在单细胞系列讲过
R语言
版本的,参考:跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录组因子分析,但是
R语言
分析起来速度非常慢,如果你动辄上万的单细胞可能要运行好几周,这显然不现实
TS的美梦
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2024-02-14 06:47
python
r语言
开发语言
单细胞
转录因子
AI 大模型 对话
实在是不知道标题写什么了可以在评论区给个建议哈哈哈哈先用这个作为标题吧尝试使用国内给出的AI大模型做出一个可以和AI对话的网站出来使用智普AI只能在控制台中输出对应的信息不如就做一个maven的项目调用对应的APIhttps://open.bigmodel.cn/dev/api#
glm
code-vibe
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2024-02-14 05:29
前后端分离
JAVA
WEB
数据库
人工智能
HMM 隐马尔可夫模型初学(一)
笔记首先总结概括HMM相关理论知识,再通过生信序列的
R语言
实操对HMM深入了解1、MM,Markovmodel马尔科夫模型(1)天气举例假设只有晴、阴、雨三种天气情况。
小贝学生信
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2024-02-14 03:48
横向柱状图
横向柱状图正负值分开,颜色区分标签:
R语言
f3cb8856-be9b-4e46-a8cc-97656aa14e56.png上面的示意图中我们要注意的问题:横向柱状图正负值区分颜色赋值画柱状图两侧柱子标签
假装自己90斤
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2024-02-14 02:34
跟着BMC genomics学作图:
R语言
ggplot2+ggtree进化树拼接三角热图
image.png有读者在公众号留言问这个图的实现办法,今天的推文介绍一下这个图的
R语言
实现代码这个图示物种的进化树,热图展示的是kaks的值首先是进化树的数据image.pngnwk格式的树文件还有一个物种的分组文件
小明的数据分析笔记本
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2024-02-13 22:30
R语言
-dplyr包进行条件均值
实际处理数据中,我们往往需要将某变量分组进行运算,dplyr包中的group_by和summarise函数联合使用,会让code变得更简洁。library(dplyr)##读取tsv格式文件data%group_by(age)%>%summarise(friend_count_mean=mean(friend_count),friend_count_median=median(friend_cou
PriscillaBai
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2024-02-13 13:27
R语言
群组变量选择、组惩罚group lasso套索模型预测分析新生儿出生体重风险因素数据和交叉验证、可视化
p=25158原文出处:拓端数据部落公众号本文拟合具有分组惩罚的线性回归、
GLM
和Cox回归模型的正则化路径。
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2024-02-13 13:46
数据挖掘深度学习人工智能算法
2022-07-15
R语言
数据标准化笔记
需要对一个dataframe中的单独一列进行标准化,看看如何用
R语言
实现吧:#!
顽强的火锅
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2024-02-13 05:34
R语言
拆分测试集和训练集(1)
方法1:sample#拆分数据集#生成模拟数据集set.seed(5)data_mo<-data.frame(a1=rnorm(20,30,5),a2=rgamma(20,50,10),a3=rnorm(20,13,4),row.names=1:20)#1使用sampleset.seed(1)index<-sample(nrow(data_mo),nrow(data_mo)*0.7)indextr
weixin_49320263
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2024-02-13 00:34
常用方法
r语言
R语言
分类回归决策树交互式修剪和更美观地可视化分析细胞图像分割数据集
视频:从决策树到随机森林:
R语言
信用卡违约分析信贷数据实例从决策树到随机森林:
R语言
信用卡违约分析信贷数据实例,时长10:11#绘
拓端研究室
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2024-02-13 00:04
R语言
机器学习
r语言
分类
回归
R语言
逻辑回归logistic模型分析泰坦尼克titanic数据集预测生还情况
相关视频:
R语言
逻辑回归(Logistic回归)模型分类预测病人冠心病风险逻辑回归Logistic模型原理和
R语言
分类预测冠心病风险实例,时长06:48逻辑回归是一种拟合回归曲线的方法,y=f(x),当
拓端研究室
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2024-02-13 00:03
R语言
R语言
逻辑回归
logistic
泰坦尼克
titanic
使用
R语言
建立回归模型并分割训练集和测试集
通过简单的回归实例,可以说明数据分割为训练集和测试集的必要性。以下先建立示例数据:set.seed(123)#设置随机种子x|t|)##(Intercept)-13.63231.6335-8.3454.63e-13***##x11.98010.716716.715<2e-16***##---##Signif.codes:0'***'0.001'**'0.01'*'0.05'.'0.1''1####
环能jvav大师
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2024-02-13 00:33
r语言
回归
开发语言
R语言
4——字符串&列表&矩阵&数组
R语言
4——R的数据类型2目录
R语言
4——R的数据类型21、字符串1.1在字符串的语法中,单引号和双引号不能混用1.2字符串连接函数——paste()函数1.3字符串格式化函数——format()函数1.4
朝荣
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2024-02-12 10:35
R语言统计分析
R语言字符串
R的列表
R语言矩阵
R语言数组
R语言
【utlis】——adist():字符串近似距离(编辑距离)
Packageutilsversion4.2.0Description计算字符向量之间的近似字符串距离。这个距离是一个广义的Levenshtein(编辑)距离,给出了将一个字符串转换为另一个字符串所需的最小可能的插入、删除和替换加权数。Usageadist(x,y=NULL,costs=NULL,counts=FALSE,fixed=TRUE,partial=!fixed,ignore.case=
ALittleHigh
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2024-02-12 10:34
#
utils
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开发语言
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