Scenic

跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录因子分析

转录因子分析也是单细胞转录组常见的分析内容，R语言分析一般采用的是SCENIC包，具体原理可参考两篇文章。
KS科研分享与服务·2024-08-28 18:02

C# Open Vocabulary Object Detection 部署开放域目标检测

Form1.csOWLVIT.cs下载C#OpenVocabularyObjectDetection部署开放域目标检测介绍训练源码地址：https://github.com/google-research/scenic
天天代码码天天·2024-01-11 10:08

SCENIC+：增强子和基因调控网络的单细胞多组学推理

SCENIC+：增强子和基因调控网络的单细胞多组学推理摘要IntroductionSCENIC+使用超过30,000个TF基序来预测eGRNSCENIC+在PBMC多组数据上的图示SCENIC+prioritizesfunctionalenhancers
生信小鹏·2024-01-02 14:04

GRNdb：解码不同人类和小鼠条件下的基因调控网络

这是利用scenic计算并制作的数据库，可以学习并使用一下摘要由转录因子（TF）及其下游靶基因形成的基因调控网络（GRN）在基因表达调控中发挥着重要作用。
生信小鹏·2023-12-28 09:14

用于单细胞基因调控网络分析（GRN）的SCENIC 工作流程

用于单细胞基因调控网络分析（GRN）的SCENIC工作流程摘要WorkflowPre-processing(Steps1–4)Networkinference(Step5)网络推理Modulegeneration
生信小鹏·2023-12-28 09:43

scenic：单细胞调控网络推理和聚类

这是GRN分析中scenic的文献，发表在2017年的naturemethods（SCENIC:single-cellregulatorynetworkinferenceandclustering），学习了解其原理
生信小鹏·2023-12-28 09:42

PySCENIC（三）：pyscenic单细胞转录因子分析可视化

setwd("/home/shpc_100828/Pyscenic/")#加载分析包library(SCopeLoomR)library(AUCell)library(SCENIC)#可视化相关包，多加载点没毛病
KS科研分享与服务·2023-12-17 00:23

绘制scenic的转录因子调控网络图

其实我想画这张图，是scenic分析后转录因子的调控图。image.png出自健明大佬分享的教程SCENIC转录因子分析结果的解读我记得小洁老师讲过ceRNA调控网络有类似的图。
Seurat_Satija·2023-12-16 01:29

SCENIC安装踩坑教程

一、官方提供的安装方法#详细的安装教程参考官网https://github.com/aertslab/SCENIC安装代码如下在安装SCENIC之前，请按照以下代码安装一些依赖包：if(!
盐都娃哈哈哈·2023-12-01 15:15

elasticsearch高级搜索功能多维度分享

一、业务搜索核心功能1、返回指定字段GET/nandao_scenic/_search{"_source":["title","city"],"query":{"term":
nandao158·2023-11-28 11:02

微服务之feign篇

1http客户端Feign1.1Feign介绍先来看我们以前利用RestTemplate发起远程调用的代码：Useruser=restTemplate.getForObject("http://scenic-user
添砖Java的亮哥·2023-11-21 10:27

owl_vit安装步骤

fromclipimportsimple_tokenizer解决办法:把clip项目下的simple_tokenizer.py拷贝到owl项目下的clip文件夹cpsimple_tokenizer.py/{project_dir}/scenic
duoyasong5907·2023-11-16 10:21

单细胞转录组高级分析二：转录调控网络分析

SCENIC简介组织内细胞异质性的基础是细胞转录状态的差异，转录状态的特异性又是由转录因子主导的基因调控网络（GRNs）决定并维持稳定的。
Seurat_Satija·2023-11-05 04:44

pyscenic的结果不可重复

一、pyscenic的结果不可重复最近在运行pyscenic的结果的时候发现了两次相同参数相同数据的结果存在不一致，回溯发现scenic的第一步GRN的结果已经出现了差异，转录因子和目标基因之间的importance
纷纷不可诉·2023-10-23 15:50

Nat Methods | SCENIC: Single-cell regulatory network inference and clustering

SCENIC:Single-cellregulatorynetworkinferenceandclusteringAbstractSCENICcanbeusetodemonstrategenomicregulatorycodewhichcanbeexploitedtoguidetheidentificationoftranscriptionfactorsandcellstates.Introduc
Florence_Super·2023-10-22 11:42

单细胞转录调控网络分析工具（TF，motifs）-SCENIC

相信很多专题应该已经讲过SCENIC的使用，这儿，针对我自己对SCENIC的学习使用，遇到的问题做一个详细的讲解说明，希望能对大家理解学习应用SCENIC起到一些帮助。
清竹饮酒·2023-10-11 02:27

vue项目中使用ts的枚举类型

script标签的lang属性添加ts属性值声明枚举类型：//语法/*enum枚举名称{可能的值}*/enumscenic_status{"正常"=1,"审核中","暂停营业","已注销"}使用方式：{{scenic_status
.星空.·2023-10-07 21:55

SCENIC||单细胞基因调控网络推断与聚类

SCENIC主要用于基因调控网络的重建和细胞状态的鉴定。（a）使用GENIE3或GRNBoost推断转录因子与候选靶基因之间的共表达模块。
生信编程日常·2023-10-05 17:17

SCENIC单细胞转录因子分析原理

1.简介SCENIC（single-cellregulatorynetworkinferenceandclustering）是一个基于共表达和motif分析，计算单细胞转录组数据基因调控网络重建以及细胞状态鉴定的方法
Seurat_Satija·2023-09-25 08:51

python学习时与chatgpt4对话的一些感悟

今天学SCENIC教程，看到里面有一句不是很懂IfyourunthisfromapythonscriptinsteadofaJupyternotebook,pleaseenclosethecodeinaif
18kkk·2023-09-17 06:11

Getting started with Scenic

1.References[1]CARLA0.9.11Release-CARLASimulator[2]GettingStartedwithScenic—Scenicdocumentation
Tancenter·2023-08-22 14:17

复现Cell图表：pyscenic分析之转录因子二项值热图

第一是热图是二项值热图，只有0，1两个值，我们知道，在R语言版本的SCENIC分析中，最后可以得到二项值热图，那么pyscenic的分析结果中也是可以进行二项值分析并做热图的。
TS的美梦·2023-08-11 11:40

pyscenic分析：视频教程

我们也说过，我们号是放弃R语言版的SCENIC的分析了，因为它比较耗费计算资源和时间，所以我们的单细胞转录因子分析教程都是基于pyscenic的分析进行的。
TS的美梦·2023-08-11 11:09

AI绘画-Midjourney基础2-创意之旅启航：超强二次元风格模型 niji 5

niji5模型还有expressive、cute、scenic3种风格可以使用，接下来将展示4条prompt分别在默认风格和这3种风格下的表现！
晴雪月乔·2023-07-18 15:46

springboot集成flowable

的工作流管理右上角点个star、fork持续关注更新哟农业认养商城系统：https://gitee.com/tony2y/smart-breed智慧景区管理系统：https://gitee.com/tony2y/scenic-spot
王大锤4391·2023-07-14 12:17

pySCENIC单细胞转录因子分析更新：数据库、软件更新

单细胞转录组转录因子分析3、PySCENIC（三）：pyscenic单细胞转录因子分析可视化4、PySCENIC（四）：pyscenic结果之差异转录因子分析及其他可视化首先说一句，我们之前也发过R语言版本的SCENIC
TS的美梦·2023-06-17 20:24

SCENIC: 结果解读

1.GitHubhttps://github.com/aertslab/SCENIC2.Paperdoi:10.1038/nmeth.44632.1结果说明和画图http://htmlpreview.github.io
LET149·2023-04-10 10:54

SCENIC/pySCENIC结果可视化 2022-11-08

本篇可视化主要分成三个部分：1、常规热图2、基于Seurat对象作图3、网络图4、plotRSS气泡图SCENIC/pySCENIC结果具体展示什么呢？
黄甫一·2023-04-04 16:05

服务器安装 scenic plus python包

SCENIC+用来联合分析单细胞转录组和单细胞染色质可及性数据，软件官网：https://github.com/aertslab/scenicplus官方给出的代码很简单，就是gitclone然后pipinstall
韩建刚（CAAS-UCD）·2023-03-27 14:56

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之转录因子的分析方法与解读

作者，追风少年i最近呢，收到了很多粉丝的提问，其实关于多样本通讯分析比较的内容我已经在单细胞个性化分析之多样本细胞通讯比较篇一文中详细说明，还有一个提问较多的问题就是关于SCENIC的分析内容解读，听了很多客户的意见
Evil_Genius·2023-03-19 02:59

SCENIC | 从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型

Moleculararchitectureoflineageallocationandtissueorganizationinearlymouseembryo，我在这篇文章中发现了一个被汤神组（就是Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二）-实验平台中开辟了单细胞转录组领域的人）反复用到的R工具-SCENIC
生信宝典·2023-02-18 22:20

【文献解读】-单细胞调控网络的推理和聚类（SCENIC）

SCENIC是一种同时重建基因调控网络并从单细胞RNA-seq数据中鉴定stablecellstates的工具。
基因侦探·2023-02-18 07:06

单细胞SCENIC分析原理和流程介绍

SCENIC官网：https://rawcdn.githack.com/aertslab/SCENIC/701cc7cc4ac762b91479b3bd2eaf5ad5661dd8c2/inst/doc
Hayley笔记·2023-02-17 13:33

10X单细胞数据分析转录因子的前世今生---scenic

相信现在很多童鞋都已经分析过了10X单细胞数据了，scenic分析目前也是常见的一种个性化分析了，很多同学都分析过，今天我们温故而知新，深入理解scenic的分析原理和方法，从根本上理解scenic分析得到的结果
Evil_Genius·2023-02-16 23:16

R-SCENIC 单细胞转录因子调控网络分析

文章接受，终于有空再发点笔记了SCENIC_TutorialSetupLoadPackagesInputInitializeSCENICsettingsCo-expressionnetworkBuildandscoretheGRNOptionalstepsExploring
尘世中一个迷途小书僮·2023-02-05 23:08

使用SCENIC分析singlecell-RNAseq实战演练

SCENIC全称：Single-CellrEgulatoryNetworkInferenceandClustering实战之前需要准备的学习资料：1.阅读关于SCENIC的介绍：SCENIC|以single-cellRNA-seq
喂鸡组的阿翔·2023-01-28 16:50

SCENIC/pySCENIC分析补充+小鼠数据示例2022-12-14

适用背景之前写了两篇博客（四步完成单细胞数据调控网络流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06和SCENIC/pySCENIC结果可视化2022-11-08）介绍SCENIC/pySCENIC
黄甫一·2022-12-16 15:20

四步完成单细胞数据调控网络流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06

适用背景单细胞转录组调控网络分析是单细胞转录组分析内容的高级分析之一，本文将介绍SCENIC/pySCENIC的流程，具体原理和内容不展开，主要展示代码复现流程。
黄甫一·2022-12-14 23:16

SCS【14】单细胞调节网络推理和聚类 (SCENIC)

点击关注，桓峰基因桓峰基因公众号推出单细胞系列教程，有需要生信分析的老师可以联系我们！单细胞系列分析教程整理如下:Topic6.克隆进化之CanopyTopic7.克隆进化之CardelinoTopic8.克隆进化之RobustCloneSCS【1】今天开启单细胞之旅，述说单细胞测序的前世今生SCS【2】单细胞转录组之cellrangerSCS【3】单细胞转录组数据GEO下载及读取SCS【4】单细
桓峰基因·2022-12-07 17:14

PySCENIC（三）：pyscenic单细胞转录因子分析可视化

setwd("/home/shpc_100828/Pyscenic/")#加载分析包library(SCopeLoomR)library(AUCell)library(SCENIC)#可视化相关包，多加载点没毛病
TS的美梦·2022-11-26 13:21

跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录因子分析

转录因子分析也是单细胞转录组常见的分析内容，R语言分析一般采用的是SCENIC包，具体原理可参考两篇文章。
TS的美梦·2022-11-25 13:06

ThinkPHP5使用paginate分页后数组无法遍历【解决方法】

10,false,['query'=>request()->param()]);$items=$result->items();foreach($itemsas$k=>$v){$items[$k]['scenic
御天敌煜天迪·2022-07-13 07:42

单细胞转录组之转录调控网络分析

1.SCENIC简介目前单细胞转录组领域用的比较多的细胞聚类方法大多是直接从基因表达矩阵推断，但是对于多样本合并分析，很多情况下会出现难以解决的批次效应，例如：有些癌症多样本的聚类结果大多每个样本单独分成一群
青青青山·2022-07-11 21:58

SCENIC-转录因子分析

今天写一篇关于单细胞转录因子的分析-scenic在做分析之前你应该看一下这篇文献，看看别人做了什么scenic分析《Single-cellRNAsequencinghighlightstheroleofinflammatorycancer-associatedfibroblastsinbladderurothelialcarcinoma
汪汪队队长_莱德·2022-07-08 09:18

AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度

在SCENIC转录因子预测的分析过程中，已经封装了AUCell。AUCe
Hayley笔记·2022-07-01 10:46

GENIE3预测基因调控网络

前言今天来讨论下利用Tree-Based的方法来建立基因之间的调控关系，最近看到一篇17年发表在NatureMethods的文章《SCENIC:single-cellregulatorynetworkinferenceandclustering
小潤澤·2022-05-21 10:54

Scenic转录因子调控实操示例

Scenic转录因子调控实操示例激活环境#不同环境安装不同的分析软件，适用于不同的分析condaactivateSCENIC创建分析目录并打开RmkdirSCENICcdSCENICR#Installdependenciesif
Apache_lin·2022-05-01 16:30

pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（二）

pyscenic的转录因子分析结果展示之各个单细胞亚群特异性激活转录因子上一篇见：pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（一）下一篇见：pySCENIC的转录因子分析及数据可视化（三）1.依赖包安装##SCENIC
小熊_wh·2022-05-01 10:33

R包SCENIC:安装

SCENIC:SingleCellrEgulatoryNetworkInferenceandClustering目前支持分析的物种：人、鼠、果蝇input的要求：scRNAseq的表达矩阵列对应样本id
阿糖胞苷_SYSU·2022-02-03 12:13

10X单细胞（10X空间转录组）之基因网络推断方法之间的优劣势

大家应该经常用SCENIC或者pySCENIC推断单细胞数据的基因网络吧，但是大家知道网络推断方法之间的算法和优劣势么，这一篇我们来分享一下推断基因网络调控的多方法比较，参考文章在IdentifyingstrengthsandweaknessesofmethodsforcomputationalnetworkinferencefromsinglecellRNA-seqdata
单细胞空间交响乐·2021-12-20 17:29
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