TCGA

TCGA 拷贝数变异（CNV）分析

TCGACopyNumberPortal（http://portals.broadinstitute.org/tcga/home）这个网站直接可以查找特定癌症里某些基因是发生了扩增（Amplifications
上校的猫·2023-04-13 02:08

TCGA数据下载工具

简介在前一篇文章中，小编和大家分享了GEO数据的下载方法，作为GEO数据的姊妹篇，TCGA数据库中的数据也是生信分析常用的数据之一。
xw_欢乐豆·2023-04-12 11:44

2022年，TCGA数据建模真的还能到10分吗？

肿瘤浸润性B细胞和免疫球蛋白（Ig）在肿瘤微环境（TME）和免疫治疗反应均起到重要作用。肿瘤内B细胞产生的IgG抗体会驱动ADCC并增加树突状细胞的抗原呈递。B细胞可以作为抗原特异性抗原呈递来调节Th细胞的行为。然而，有关膀胱癌中B细胞在TMB中的作用还不是十分清楚。今天给大家介绍一篇2022年1月发表在CANCERIMMUNOLOGYRESEARCH（IF:11.151）上的文章。Account
概普生信·2023-04-12 09:34

TCGA+biomarker——常见结果展示

在肿瘤领域，TCGA数据库自然是用的最多的，结合机器学习，挖掘biomarker已经是稀疏平常之事，今天摘自多篇相关文章中的结果，提炼出在这类研究思路下最为
Clariom·2023-04-12 05:34

蛋白和转录组联合分析数据库推荐

今天小编给大家介绍几个蛋白组学和转录组学联合分析实用数据库：1CRN（CancerRNA-SeqNexus）数据库网址：http://syslab4.nchu.edu.tw数据库说明：这个数据库收录了来自于TheCancerGenomeAtlas(TCGA
bioyangyang·2023-04-12 03:13

TCGA甲基化芯片数据质控和过滤

在step1中，我们获得了TCGA中OSCC的32个病人的T-N配对样本和对应的临床信息,并将其组成了一个名为my_Load的ChAMP对象。
小洁忘了怎么分身·2023-04-11 19:59

百用不厌的基质-免疫分析又来啦

今天跟大家分享的是发表在FrontiersinOncology（IF:4.8483）上的一篇文章，主要是基于TCGA和CGGA中胶质瘤数据集，利用单样本基因集合富集分析(ssGSEA)算法根据胶质瘤基质细胞
概普生信·2023-04-11 18:05

组织的多维组学分析见多了，那细胞系的呢

TCGA中肿瘤数据的多维组学分析见多了，那细胞系的多维组学分析你见过吗？
概普生信·2023-04-11 12:31

利用TCGAbiolinks下载病理学报告（PDF）和切片图像（SVS）

我们平时使用TCGA的使用，基本都是下载临床特征数据，生存数据，基因表达量，高级一点的还可以去下载体细胞突变，拷贝变异数和DNA甲基化等。
欧阳松·2023-04-10 19:38

关于DEMoS论文复现中的一些问题_使用newbing得到的解决方案。

https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac456代码链接:https://github.com/Docurdt/DEMoS.git摘要：动机:癌症基因组图谱(TCGA
Sjmanman·2023-04-10 03:02

基因在肿瘤与正常组织中的表达（TCGA）

顾名思义，这个包功能实现是基于TCGA数据库。
dming1024·2023-04-10 01:53

合并新版TCGA表达矩阵R代码叒更新了—基因名字也给你提出来

TCGA数据库在2022年4月初进行更新之后，小编第一时间给大家展示了TCGA数据库的变化，用图文的方式详细介绍了新版TCGA数据库RNAseq数据下载方法。
生信交流平台·2023-04-09 19:40

R-clinical data

file.exists('.TCGA-BRCA.GDC_phenotype.tsv.gz')){gzfile<-".
柏金_cfa5·2023-04-08 23:38

2021-02-24--TCGA 拷贝数变异数据分析

GISTIC2分析TCGA拷贝数变异数据及可视化全过程一、数据下载1、Segment_data数据下载TCGA官网下载下载地址它有如下CNV类型，而在TCGA数据库里面我们通常关心的是somaticCNV
FFwizard·2023-04-08 19:47

python操作字符串插入删除

源数据是一行的TCGA数据用空格分开需要切割为每行六个一组importosimportpandasaspd#fromtorchtext.legacyimportdatatorchtext>0.9.0fromtorchtextimportdatasinglelen
carebon·2023-04-08 13:36

数据分析：基于免疫基因的预后模型

代码和数据代码：TCGA_HNSCRawData(Study/SeqData):链接：https://pan.baidu.com/s/120CyZBXZtvAShGVXwv5Pig提取码：y1kiRefer
华仔少年·2023-04-08 09:35

使用Arrow管理数据

在之前的数据挖掘：是时候更新一下TCGA的数据了推文中，保存TCGA的数据就是使用Arrow格式，因为占空间小，读写速度快，多语言支持（我主要使用的3种语言都支持）Formathttps://arrow.apache.orgApacheArrowdefinesalanguage-independentcolumnarmemoryformatforflatandhierarchicaldata
生信探索·2023-04-07 18:11

病毒肿瘤数据库-OncoDB 2022版已上线，速来围观！

aninteractiveonlinedatabaseforanalysisofgeneexpressionandviralinfectionincancerOncoDB:一个用于分析癌症基因表达和病毒感染的交互式在线数据库摘要TCGA
概普生信·2023-04-07 15:21

泛癌的免疫浸润可视化

从Timer2.0的主页发现了一个优秀的资源：http://timer.comp-genomics.org/infiltration_estimation_for_tcga.csv.gz这里面是各种方法计算出的
小洁忘了怎么分身·2023-04-07 11:52

表型不同的炎症性乳腺癌的全基因组测序揭示了与非炎症性乳腺癌相似的基因组改变

为了进行比较，我们使用了来自癌症基因组图谱计划（TCGA）的23个匹配的非IBC样本。我们还使用来自国际癌症基因组联盟（ICGC）和全基因组泛癌分析（PCA
亦是旅人呐·2023-04-07 10:02

TCGA数据库学习之网页工具

1.TCGA数据库包含信息：2.网页工具：储存数据的：看某个基因在癌症中是否有生存相关性：肿瘤中差异基因的表达量数据库：GEPIGEPILncRNA数据库：现在已经可以在TCGA中直接下到LncRNA数据了
孤傲的小笼包_d517·2023-04-07 07:34

TCGA乳腺癌芯片数据分组为TNBC和NOT TNBC

1、转义符首先我遇到了一个问题，就是我的变量里的id是‘TCGA-B6-A0X7-01’诸如此类，而我的数据集中则是‘TCGA·B6·A0X7·01’，所以首先我要统一id名，这里就用到了gsub函数，
SolomonTeng·2023-04-07 03:15

R代码合并TCGA体细胞突变数据

上次通过图文给大家讲解了如何从TCGA数据库下载体细胞突变的数据☞如何从TCGA数据库下载体细胞突变数据（somaticmutation）前面我们也讲过，如何从TCGA数据库下载RNAseq和miRNA-seq
生信交流平台·2023-04-06 10:05

如何把从TCGA下载的HTseq count转换成FPKM

如果你下载了TCGA数据库里的count数据，想把它转换成FPKM应该怎么做呢？参考文章：１．HtseqCountToFpkm２．
生信start_site·2023-04-06 08:25

[R]TCGAbiolinks包：数据准备--query、download、prepare

TCGAbiolinks包是一站式分析TCGA数据的R包工具，它集成了TCGA数据下载、分析、可视化的全部流程。此次系列笔记主要跟着TCGAbiolinks帮助文档重新学习下TCGA数据挖掘流程。
小贝学生信·2023-04-05 23:50

利用R包TCGAbiolinks进行各种数据下载

下载TCGA数据的方法有很多，上一篇介绍了如何用gdc-client批量下载数据，基于网上有很多用TCGAbiolinks包下载数据的教程，所以也想学习一下这个方法。
生信start_site·2023-04-05 05:27

文献阅读 The Cancer Genome Atlas Pan-Cancer analysis project

今天阅读了一篇较早的TCGA项目组在2013年发表于Nature的评论文章，题目为TheCancerGenomeAtlasPan-Canceranalysisproject。
林枫bioinfo·2023-04-04 14:31

TCGA甲基化数据质量控制和差异分析（使用ChAMP包）

参考文章：1.甲基化芯片入门学习-ChAMP包（二）2.TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析3.TCGA甲基化芯片数据质控和过滤4.甲基化芯片数据的差异分析5.甲基化芯片注释中的CpGshores,
生信start_site·2023-04-03 18:47

ChIP-seq基本分析流程

那次培训内容比较杂，还有关于TCGA、ICGC、ProteinAtlas等数据库的使用,前面已经分享过，链接如下：UCSCXENA-集大成者(TCGA,ICGC)ICGC数据库使用T
生信宝典·2023-04-03 05:39

如何生成WGCNA分析所需的临床表型信息

在前几篇学习笔记里，我得到了TCGA数据库里的count矩阵（整合gdc-client批量下载的文件），并且把它转化成了FPKM（如何
生信start_site·2023-04-01 16:54

合并新版TCGA表达矩阵R代码叕更新了—RNA类型也给你提出来

TCGA数据库在2022年4月初进行更新之后，小编第一时间给大家展示了TCGA数据库的变化，用图文的方式详细介绍了新版TCGA数据库RNAseq数据下载方法。
生信交流平台·2023-04-01 10:09

TCGA+biomarker——多因素Cox回归

多因素Cox回归单因素cox回归分析得到的是多个自变量与生存之间的关系，但并没有排除其他因素这个结果是否有作用。一般多因素Cox回归分析就是用来矫正其它因素的，也可以用作某变量是否能作为独立因子的评估方法。多因素cox回归案例展示下图展示了多因素COX回归，评估KIF20A表达状态与总生存和无病生存之间的相关性，并矫正了其他因素对其影响，评估KIF20A能否作为独立因子!（这里其实是将KIF20A
Clariom·2023-04-01 07:31

ceRNA网络构建基于TCGA数据库

《ceRNA网络构建基于TCGA数据库》内容提纲：第一章、TCGA数据库简介第二章、软件安装第三章、数据下载与提取第四章、差异分析第五章、差异lncRNA与差异miNRA比对第六章、DEmiRNA靶基因预测第七章
Seurat_·2023-04-01 05:27

TCGA 数据下载工具 -- gdc-client

下载安装https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool根据自己的机器选择版本，我使用的是服务器因此选择Linux版的：#downloadwgethttps://gdc.cancer.gov/files/public/file/gdc-client_v1.6.0_Ubuntu_x64-py3.7_0.zip#unzipunzipgd
正经昵称征集中·2023-04-01 05:19

【实战】R语言绘制GO富集分析弦图

☞【R语言】绘制GO富集分析弦图今天我们就用实战经常用到的一套数据，TCGA数据库中的CHOL这套数据给大家举例。这套数据大家应该一点都不陌生了吧。
生信交流平台·2023-04-01 02:33

3大差异分析r包：DESeq2、edgeR和limma

做差异分析需要的数据：表达矩阵和分组信息TCGA的数据只要表达矩阵就够了，因为其TCGA的样本ID比较特殊，样本ID的第14和15位是>=10还是logFC_cutoff)DEG$change=ifelse
Hayley笔记·2023-04-01 00:07

2020-09-03 急性髓样白血病的预后价值基因筛选 4.8分

方法和材料：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载了3级AML患者基因转录组图谱。临床特征和生存数据是从基因组数据共享（GDC）工具中提取的。然后，将limma软件包用于规范化处理。
卅衣·2023-03-29 12:01

2019-11-08 记录CNV数据分析学习（四）

昨天在复习Linux基础知识，没有继续记录，今天继续参考学习资料TCGACNV全攻略具体数据处理流程见NIH的TCGA官网：https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Bioinformatics_Pipelines
程凉皮儿·2023-03-29 06:53

生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课，有一章专门讲的数据库与软件：1-生物信息学：导论与方法北大\10生物信息数据库及软件资源一个优秀的生信开发者能够解决如下问题：如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题？如何将该问题转化为一个可计算的问题？如何提出一个解决此问题的算法？如何实现该算法？如何评估算法？生信工具使用者需要解决如下问题：每个方法解决的是哪个生物学问题？该方法有哪些基本的假设
weixin_34032621·2023-03-28 20:08

TCGA数据下载与整理-TCGAbiolinks包

写在前面，如果不是R语言高手，建议利用网站下载个人爱好——1、官网：https://portal.gdc.cancer.gov方法见从TCGA数据库下载并整合清洗高通量肿瘤表达谱-临床性状数据。
young5100·2023-03-28 19:01

TCGA 拷贝数变异（CNV）分析

TCGACopyNumberPortal（http://portals.broadinstitute.org/tcga/home）这个网站直接可以查找特定癌症里某些基因是发生了扩增（Amplifications
上校的猫·2023-03-27 04:02

TCGA 数据下载分析利器 —— TCGAbiolinks（一）

前言TCGAbiolinks是一个利用GDCAPI接口来查询、下载和分析TCGA数据库的数据的R包TCGAbiolinks包的功能主要可以分为三大块：数据查询和下载数据的常规分析可视化该包可以从Bioconductor
名本无名·2023-03-27 02:12

TCGAbiolinks下载过程中无法下载的问题

近期因为要分析CNV的数据，用TCGAbiolinks包进行数据下载，该包可能是TCGA分析最好的包，可以下载最新的数据。
青蒿素2·2023-03-26 22:10

TCGA_gdc_client terminal下载——>id 转换

TCGA官网数据下载TCGA官网数据下载步骤从网页选择数据，下载manifest文件下载表达数据expdata_manifest文件步骤：Files——>transcriptomeprofiling(DataCategory
养猪场小老板·2023-03-25 03:42

TCGA原始文件id转换

本文适用于下载受保护的数据的文件，从文件id转换为TCGA样本id官网教程Windows下的方法bug解决自行下载manifest文件，具体参照官网方法在R中运行options(stringsAsFactors
落寞的橙子·2023-03-24 11:42

套路分享：利用TCGA数据库进行免疫细胞浸润相关生信数据挖掘

本文作者毛细血管，研究方向肿瘤学，目前主要在学习生信数据挖掘和肿瘤免疫微环境等，在后面的分享过程中主要分享自己学到的生信方面操作以及肿瘤免疫微环境相关的文献解读，现已发表meta分析相关论文若干，欢迎大家与我进一步深入交流，微光会吸引微光。这个月手上的事情有点多，分享更新的速度有点慢，希望大家理解一下！今天给大家分享的是免疫细胞浸润相关的生信数据挖掘，文末附有本人制作的PPT百度云链接，有需要的小
医科研·2023-03-23 00:46

R语言合并TCGA中CNV矩阵

上一期给大家介绍了如何从TCGA数据库下载拷贝数变异（CNV）数据☞如何下载TCGA拷贝数变异（CNV）数据今天我们来聊一聊如何将每一样本的CNV数据，合并成一个矩阵，方便后续的处理和分析。
生信交流平台·2023-03-21 22:30

最新8+基因集泛癌分析，泛癌+单细胞+实验，文章没理由发不了

本文基于TCGA数据、CCLE数据、单细胞RNA测序数据集和蛋白质基因组数据，对GTs进行了泛癌症分析，旨在表征跨癌症类型的
生信小课堂·2023-03-21 20:30

[R语言练习题]R语言中级练习题

这是生信技能树论坛R语言的中级测试题，其中大部分是GEO数据挖掘和TCGA数据库的一些操作，虽然我目前用不到，但是却可以通过查看大佬的代码来提高自己的认识水平，也可以对其他领域有个粗浅的认识。
巩翔宇Ibrahimovic·2023-03-21 07:54

细数绘制一张全景图所遇到的坑

细数绘制一张全景图所遇到的坑大家好，我是生信技能树学徒，前面我们带来了大量的表达数据挖掘实战演练，但是TCGA数据库之丰富程度，值得我们花费多年时间继续探索，现在带来的是突变全景图，如果你对之前的教程感兴趣
村狗儿·2023-03-19 13:05
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