TCGA 第3页

Topic 1. 临床标志物生信分析常规思路

**最近搞了几个模型，顺便就整理了一些关于临床预测模型构建的方法，当然书籍和网络上也能获得这些资源，但是我们将结合TCGA和GEO等NGS的数据来讲解，比如我们在做多组学分析的分组差异之后，对筛选之后的差异突变基因

桓峰基因·2023-10-11 13:03

2020-08-03单基因与免疫细胞，TMB，肿瘤组织和正常组织的表达包

TCGA和GTEX中基因的表达差异library(UCSCXenaShiny)vis_toil_TvsN_cancer(Gene="FERMT3",Mode="Violinplot",Show.P.value

海阔天空周·2023-10-10 07:46

TCGA下载数据（药物信息）步骤-2022-01-10

1.核验病人临床药物信息是否准确（R包VS网页版SangerboxVSXML文件一一合并）#获取临床信息cancer_type="TCGA-LIHC"clinical%as.data.frame()View

小白兔和小毛驴·2023-10-09 09:28

生信数据库

最常使用的数据库是TCGA和GEO，网上有一些不错的博客介绍了如何使用这两个数据库，本文不再赘述，直接贴链接吧。

Bio_Learner·2023-10-06 11:33

TCGA数据库中癌症名称缩写

TCGA（TheCancerGenomeAtlas,癌症基因组图谱，https://portal.gdc.cancer.gov/）是美国国家癌症研究所(NationalCancerInstitute)和美国人类基因组研究所

生信交流平台·2023-10-05 07:59

更适合临床的泛癌分析

lncRNA研究文章，这篇文章利用lncRNA的表达构建预后模型，识别到与胰腺癌显著相关的lncRNA，并对关键的lncRNA进行泛癌水平的分析，检验他们与免疫的相关性，本文还有一个新奇的部分就是利用TCGA

概普生信·2023-10-04 12:04

TCGA数据下载分析(1-2):RTCGA包PCA和生存分析

1PCAplot：pcaTCGAPlotsTwoMainComponentsofPrincipalComponentAnalysis用法如下：pcaTCGA(x,group.names,title="",return.pca=FALSE,scale=TRUE,center=TRUE,var.scale=1,obs.scale=1,ellipse=TRUE,circle=TRUE,var.axes=

Y大宽·2023-10-03 06:34

肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：CNV的可视化

CNV数据下载和处理还是继续之前TCGA-LUAD的例子。

Seurat_Satija·2023-10-02 01:19

TCGA|根据somatic mutation绘制突变景观图（oncoplot）和基因词云

使用XENA**的TCGA-LAML.mutect2_snv.tsv文件绘制基因词云和突变景观图。

Seurat_Satija·2023-09-29 15:55

基于TCGA数据库的ceRNA网络构建

本课程分为七部分，一共39期内容第一部分，TCGA数据库介绍，表达谱数据下载及合并1.其中第一期主要介绍TCGA数据库，以及如何从TCGA数据库下载RANseq数据和临床信息。2.第二，三期主要讲

生信交流平台·2023-09-29 14:01

TCGA 数据下载分析利器 —— TCGAbiolinks（二）临床数据下载

获取临床信息TCGAbiolinks还提供了一些用于查询、下载和解析临床数据的函数，GDC数据库中的包含多种不同的临床信息，主要包括：indexedclinical:使用XML文件创建的精炼临床数据XML:原始临床数据BCRBiotab:解析XML文件之后的tsv文件indexed信息和XML原始数据之间的区别主要有两个：XML包含的信息更多，如放疗、药物信息、预后信息、样本信息等，而indexe

名本无名·2023-09-28 13:50

TCGA数据库下载正常样本

最近因为一些需求在研究TCGA数据库。关于TCGA数据库数据下载，随便搜搜就有很多文章，方法多样，可以通过R包也可以通过TCGA提供的官方下载器gdc-client。

jlyq617·2023-09-20 13:52

基于机器学习的影像组学根据磁共振成像对胶质母细胞瘤患者转录亚型进行有效分类

方法：这项回顾性研究检索了TCGA-GBM和IvyGAP队列中病理诊断为胶

思影科技·2023-09-20 03:33

使用TCGAbiolinks进行GDC数据下载

本笔记来源作者：研平方帖子TCGAbiolinks包下载数据想愉快的开始生信分析之旅，但是第一步TCGA数据下载整理就迈步过去。试了网上很多方法，都没有成功。内心好木乱。

北欧森林·2023-09-20 03:13

TCGA数据挖掘

TCGA数据挖掘步骤1：安装R包###00_package_install.Roptions("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN

养猪场小老板·2023-09-17 08:25

GEO、TCGA数据下载慢下载中断解决办法

很多同学下载GEO数据库的数据和TCGA的数据网速特别的慢，或者总是中断，生信之路的第一个跟头就摔在了数据下载下面给大家分享一个下载神器——西柚云代理下载！

西柚云·2023-09-15 00:11

转载：tcga压缩包提取合并_《TCGA数据下载的终极篇》

原文来自转载CSDN原文地址原标题：《TCGA数据下载的终极篇》作为GEO数据的姊妹TCGA数据库中的数据也是生信分析常用的数据之一。

ZZM2020·2023-09-13 22:50

零代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据

上一期，小编已经给大家分享了如何用R代码来合并新版TCGA中的RNAseq表达谱数据☞R代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据有些小伙伴反馈代码量太大了，感到无所适从。

生信交流平台·2023-09-13 18:48

RNA 36. SCI 文基于转录组数据识别CNV并可视化 (CaSpER)

转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事--基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之DESeq2RNA4.SCI文章中基于

桓峰基因·2023-09-10 19:41

TCGA数据下载，TCGAbiolinks(搬运)

转自TCGA数据下载—TCGAbiolinks包参数详解原创hls组学大讲堂2019-10-22Installtcgabiolinkif(!

godgmy·2023-09-09 11:12

TCGA癌症成对样品分析（待补充）

#################################################################################1.TCGA表达数据与导入##https

xmu_zhang_lab·2023-09-08 07:23

TCGA数据分析（4）

TCGA数据分析(1):如何从TCGA下载数据TCGA数据分析(2)：如何从TCGA检索数据TCGA数据分析(3)：RNA-seq表达数据预处理这次讲解如何从metadata.json中获得分组信息，如果你有

dming1024·2023-09-06 08:16

2021-08-14 头颈部鳞状细胞癌中PD-L1 和 m 6 A RNA 甲基化调节因子的免疫浸润的综合分析

在此，我们系统地探讨了769例头颈部鳞状细胞癌（HNSCC；癌症基因组图谱[TCGA]队列，n=499；GSE65858队列，n=270）中突出的m6A调节因子与PD-L1和免疫浸润的相关性）。

卅衣·2023-09-06 04:09

TCGA 数据分析实战 —— WGCNA

前言加权基因共表达网络分析（WGCNA,Weightedgeneco-expressionnetworkanalysis）是一种用来描述不同基因在样本中的表达关联模式的系统生物学方法。通过将表达高度相关的基因聚集成不同的模块，并探究不同模块与样本表型之间的关联。还可以探究模块内的关键基因的功能，作为潜在的生物标志物或治疗靶点进行后续分析WGCNA模块识别算法大致包含以下几个步骤：数据预处理构建加权

名本无名·2023-09-05 20:19

2021-12-04 肿瘤新抗原

后两者约占5%）拷贝数变异：拷贝数变异(Copynumbervariation,CNV)是由基因组发生重排而导致的,一般指长度为1kb以上的基因新抗原即认为是拷贝数变异cBioPortal的数据来源于TCGA

一去二三·2023-09-02 18:03

TCGA样本ID号的含义

经常有人会问小编，TCGA下载的数据中，样本的ID号究竟代表什么意思。从样本ID号上能看出样本类型吗？首先小编先给大家一个肯定的答案。从TCGA的样本ID号上是可以区分样本类型的。

生信交流平台·2023-09-02 08:52

《TCGA数据下载的终极篇》

作为GEO数据的姊妹TCGA数据库中的数据也是生信分析常用的数据之一。

生信学霸·2023-09-01 17:56

Pancancer之肿瘤的细胞系模型转录组综合分析

作者的思路很清晰，利用TCGA数据库和CCLE数据库，评估细胞与肿瘤组织的相关性，并进行下游的转录组学分析，最终得到了所谓的TCGA-110，就是说与各类原发肿瘤相关度最高的细胞系类型。

熊逸Byron·2023-08-31 14:57

肿瘤科医师狂喜,15分RNA修饰数据挖掘文章

尤其是肿瘤领域的TCGA数据挖掘，铺天盖地的1分、2分、3分的文章；大量的灌水导致了目前纯生信文章的影响因子贬值。更离谱的是

Biomamba生信基地·2023-08-30 07:04

零代码合并TCGA表达谱数据

前面给大家介绍了☞如何使用R代码来合并TCGA数据库下载得到的RNAseq和miRNAseq的表达谱数据☜。没有太多R基础的小伙伴可能觉得理解起来和操作起来都有些困难。

生信交流平台·2023-08-27 16:29

TCGA生存分析

！！！每次跑完记得保存数据，昨天做完后就只是记录流程，结果数据没保存，幸好数据不是很大。。。。if(!require(survival))install.packages("survival")if(!require(survminer))install.packages("survminer")if(!require(stringr))install.packages("stringr")#载入

数据控的迷妹·2023-08-26 16:53

肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：安装和文件格式要求

除了可以对TCGA来源的MAF文件以外，其他任何变异数据只要是MAF格式都可以使用这款工具进行分析。

Seurat_Satija·2023-08-24 08:00

2020-02-08 根据DAVID结果做图GOterm分析

分析，数据格式从DAVID中下载，先保存至txt,后用excel打开，再保存为CSV格式x<-read.csv(file="C:\\Users\\zhouwenqing789\\Desktop\\乳腺癌TCGA

海阔天空周·2023-08-24 03:19

将TCGA下载的数据合并成矩阵

TCGA.R/bin/RscriptTCGA.R--helpOptions:--my_dir=MY_DIR设置文件根目录--mainfest=MAINFESTMAINFEST.txt文件路径--clinical_file

一只烟酒僧·2023-08-23 23:10

基因表达矩阵和生存时间的合并

通常来说，GEO和TCGA的基因表达数据和临床数据是分开的，为了合并这两个数据，这里使用R进行操作。

米开朗巨魔·2023-08-23 23:32

TCGA数据分析系列（二）：LinkedOmics

欢迎关注公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程：生物信息学教学今天继续我们TCGA在线数据库系列。

生信小课堂·2023-08-23 09:19

TCGA数据下载系列之一：cgdsr

#查看有多少不同的癌症数据集library(cgdsr)library(DT)mycgds<-CGDS("http://www.cbioportal.org/public-portal/")all_TCGA_studies

白云梦_7·2023-08-21 07:37

肿瘤生物信息学数据库

一、综合性肿瘤数据库1、TCGATheCancerGenomeAtlas(TCGA)TCGA是由美国国立癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所资助，关注与癌症的发生和发展相关的分子突变图谱。

笺牒九州的怪咖·2023-08-19 22:53

2022新版TCGA数据下载与整理

2022年4月份TCGA进行了更新，测序数据变成了STAR-count文件。以往count文件是htseq.counts.gz格式，现在变成star_gene_counts.tsv格式了。

小熊_wh·2023-08-16 17:09

TCGA数据下载推荐：R语言easyTCGA包

#使用easyTCGA获取数据#清空rm(list=ls())gc()#安装bioconductor上面的R包options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")if(!require("BiocManager"))install.packages("BiocManager")if(!require("TC

weixin_49320263·2023-08-15 08:10

泛癌分析·找出各个癌症的预后相关基因

茅逗逗·2023-08-14 06:02

【SCI复现】绘制CNV棒棒糖图

前面给大家简单介绍了如何从TCGA数据库下载CNV（拷贝数变异数据），以及如何使用R语言来合并CNV数据。今天我们来基于合并之后的CNV矩阵来重现一篇SCI文章中的棒棒糖图。

生信交流平台·2023-08-13 22:20

TCGA临床数据matrix构建（处理.xml文件）和RNAseq matrix构建（不完全版）

经历过linux下载TCGA数据的洗礼，算是把linux系统重新看了一遍最基础的东西，以后遇到新问题在去解决吧。接着往下走，首先是TCGA数据的处理，简单说就是构建用于后期分析的矩阵。

SolomonTeng·2023-08-12 07:45

获取TCGA中miRNA成熟体表达

（内心充满愧疚，一工作后就被工作的各种事情占满了精力然后每天下班回家都只想在床上安静的躺着什么都不想干）以前还会使用TCGA官网工具gdc-client去下载数据，自从后来发现可以用TCGAbiolinks

_十三·2023-08-10 13:23

TCGA数据下载方式知多少

以CHOL为例：case-Project选择TCGA-CHOL。file-选择如图：左右分别是expdata和clinical的样本选择截图。选好后，点击右侧manifest键下载

芋圆学徒·2023-08-09 22:52

11.基于TCGA构建分析侵袭性乳腺癌ceRNA调控网络

TheconstructionandanalysisofceRNAnetworksininvasivebreastcancer:astudybasedonTheCancerGenomeAtlasDOI:https://dx.doi.org/10.2147%2FCMAR.S182521数据集:TCGA

D2聚体·2023-08-08 10:38

如何从TCGA数据库下载DNA甲基化数据

前面给大家介绍了新版的TCGA数据库，通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据，miRNAseq数据以及体细胞突变数据☞新版TCGA数据库RNAseq数据下载☞新版TCGA数据库

生信交流平台·2023-08-07 18:34

TCGA 官方的gdc用R版本链接的git下载不了怎么办

1、gdc的windows版本可能不稳定，运行终端命令出现如下错误信息：命令示例如下：./gdc-client.exedownload-mgdc_manifest_CHOL_clinical.txt-dclinical./gdc-client.exedownload-mgdc_manifest_CHOL_Rna.txt-dmrnaRStudio终端命令行显示的错误在大牛的群里询问了一下，说是软件的

javen_spring·2023-08-07 09:04

TCGA pan-cancer 分析

随着TCGA计划内各个癌症项目内多组学数据测量完毕，基于TCGA的针对特定生物学问题的泛癌分析不断开展，且已经有大量文章发表-links。

judyhappy·2023-08-07 07:30

TCGA差异分析——limma, DEseq2, edgeR

TCGA转录组数据转录组数据的差异分析与芯片数据的差异分析有不同，这里我们使用count数据，因为这几种包中包装了标准化的函数，只需要程序化的输入两个数据，count矩阵和group数据，就能得到差异分析的结果

芋圆学徒·2023-08-06 11:41

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