TCGA 第2页

#TCGA#利用R包edgeR做miRNA表达谱的差异分析

https://blog.csdn.net/DeepSeaYu/article/details/95729387?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-OPENSEARCH-2.control&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-OPENSEARCH-2.con

赵会成·2023-12-05 12:01

单基因也可以这么做，经典生信文章思路，简单易复现更可升级

结果解读：LUAD和LUSC中PSRC1表达高从TCGA数据集中，有535名LUAD患者和502名LUSC患者符合所需的临床特征。为了检测LUAD和LUSC患者中PSRC1的表达情况，作者

生信风暴·2023-12-04 21:01

KRAS肺癌抑瘤功能分类研究--2020-04-12

AfunctionaltaxonomyoftumorsuppressioninoncogenicKRAS-drivenlungcancercancerdiscovery29.497思路从TCGA、GENIE

FFwizard·2023-12-04 16:49

2022-09-05

图灵基因·2023-12-03 14:15

TCGA+biomarker——决策曲线分析法（DCA）

DCA曲线简介DCA是一种评估临床预测模型、诊断试验和分子标记物的简单方法。传统的诊断试验指标如：敏感性，特异性和ROC曲线下面积仅测量预测模型的诊断准确性，未能考虑特定模型的临床效用，而DCA的优势在于它将患者或决策者的偏好整合到分析中。这种理念的提出满足了临床决策的实际需要，在临床分析中的应用日益广泛。DCA曲线案例不同风险预测模型的DCA图imageDCA曲线的解释下图中作者构建了3个诊断模

Clariom·2023-12-01 13:10

6分SCI（医学类）-按这个思路很好发！

我们最近推出了一门重现6分医学文章分析内容的课程《TCGA-甲基化生存分析》，下面通过一篇6分SCI文章跟大家介绍一下该课程内容。

组学大讲堂·2023-11-30 00:50

r语言相关性作图_R绘图：相关性分析与作图

公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程：生物信息学教学相关性分析是我们生信分析中必不可少的技能，单基因的批量相关性分析，可以用于做单基因的GO，KEGG富集分析和GSEA分析，也有多基因之间的相关性分析

知乎剧综·2023-11-29 03:32

2020年的3+分ceRNA分析长啥样？

DysregulatedlncRNA-miRNA-mRNANetworkRevealsPatientSurvivalAssociatedModulesandRNABindingProteinsinInvasiveBreastCarcinoma”，作者通过对TCGA

科研菌·2023-11-25 04:17

TCGA中吸烟史定义

image.pngLifelongNon-smoker(lessthan100cigarettessmokedinLifetime)=1:从未吸烟Currentsmoker(includesdailysmokersandnon-dailysmokersoroccasionalsmokers)=2：当前吸烟（包括规律吸烟者和偶尔吸烟者）Currentreformedsmokerfor>15years

Angeladaddy·2023-11-24 07:56

TCGA数据分析系列（一：数据下载清洗）

一、确定肿瘤代码TCGA涵盖30多种癌症，9000多个病人，数据库里的癌症名称是缩写的形式，TCGA癌症中英文对照可以参考：TCGA癌症中英文对照以结肠癌为例，首先查找到TCGA的结肠癌名称缩写是COAD

基因组学研究生·2023-11-24 02:50

各种常用数据库合集

MetascapeKobasreactomeEnrichr蛋白网站UniProt（强大的蛋白结构和功能注释网站）HPA（可查看蛋白表达以及亚细胞定位）String（PPI）BioGRID(相互作用蛋白的PPI网络图)TCPA与TCGA

期待未来·2023-11-22 15:01

TCGA临床数据提取perl脚本

从TCGA获得临床数据后，使用perl获得临床矩阵my@dirs=glob("*");my@samp1e=(localtime(time));open(WF,">clinical.xls")ordie$

卅衣·2023-11-22 05:31

玩转基因组浏览器之查看CNV分析结果

在TCGA项目中，使用AffymetrixSNP6.0芯片来分析CNV,首先使用DNACopy这个R包来计算拷贝数，然后用GISTIC2根据CNV来评估基因的变化情况，识别loss还是gain,流程示意如下对于

生信修炼手册·2023-11-16 11:34

CNV拷贝数变异分析（GISTIC在线分析、maftools)

贴一段TCGA官网的介绍“Thecopynumbervariation(CNV)pipelineusesAffymetrixSNP6.0arraydatatoidentifygenomicregionsthatarerepeatedandinferthecopynumberoftheserepeats.Thispipelineisbuiltontotheexisting

好吃懒做的大白猫·2023-11-16 11:24

TCGA的拷贝数变异CNV可视化

大家看文献时可能经常遇到各种CNVgisticscore的可视化，都很好看，但是不知道怎么画出来的：GISTIC2会自动出一些结果，但是并不好看，而且扩增和删失是分开的：网络上也没找到怎么画，只能自己操作一下了！数据准备首先你要获得GISTIC2.0的输出结果，这是一个linux软件，得到的结果如下：至于这个软件怎么用，大家可以去百度一下~教程非常多，不过对于小白还是蛮复杂的！使用maftools

医学和生信笔记·2023-11-16 11:20

7+脂肪酸代谢+免疫，简单又高效，思路简单到让你怀疑人生

结果解读：癌症患者预后脂肪酸代谢相关基因的鉴定最初，作者总结了TCGA-B

生信风暴·2023-11-14 08:23

一文解决GEO芯片数据分析80％的工作！建议收藏！

作为与TCGA数据库齐名的一个大型数据库，GEO数据库包罗万象，对于每个领域的科研工作者很有帮助。GEO数据库是一个储存芯片、二代测

Seurat_Satija·2023-11-06 10:41

FDR 和 q-value

|转载自G.CoreyShan的FDR和q-value最近在做一个肝癌预测的项目，建模使用的数据源在TheCancerGenomeAtlas(TCGA)下载。

thychan·2023-11-06 00:05

零代码复现-TCGA联合GEO免疫基因结合代谢基因生信套路（二）

前面的分析中，下载TCGA和GEO的数据，并进行简单的处理，接下来就是相关基因集的获取和整理，为后期聚类和降维做准备工作（数据准备：https://blog.csdn.net/weixin_43949246

木之如水·2023-11-05 16:47

零代码复现-TCGA联合GEO免疫基因结合代谢基因生信套路（一）

小编找了很久，发现某某机构出的TCGA联合GEO免疫基因+代谢基因的生信套路，该套路应用常见相对来说比较广，又属于双热点套路。

木之如水·2023-11-05 16:17

零代码复现-TCGA联合GEO免疫基因结合代谢基因生信套路（三）

六、一致性聚类构建分子亚型在6.TCGA和GEO差异基因获取和预后数据的整理\TCGA文件中获取文件准备一个生存数据和表达谱矩阵，这里需要注意的是，修改tcga.merge.cli.txt文件，为了区分

木之如水·2023-11-05 16:13

测序技术

众所周知，DNA序列就是有TCGA四种碱基按照一定的排列顺序排列而成，但是如何才能将每一个位置上的碱基识别出来却是一个很难解决的问题，正是因为这要的需求，测序技术也在科学家们的不断努力下开始慢慢的发展了起来

护旗小能手·2023-11-03 22:30

【实战】circleplot展示GO富集分析结果—附R代码

上一期给大家简单介绍了☞circleplot展示GO富集分析结果今天我们用前面讲差异表达分析时，用到的TCGA数据库中的CHOL这套数据的差异表达分析结果来举例。

生信交流平台·2023-11-03 09:14

用maftools一行代码画出瀑布图

library(maftools)laml.maf<-system.file("extdata","tcga_laml.

gtt儿_生物信息学习·2023-11-02 16:22

3+代谢因子预后signature方案

文章主要讲的是利用多数据集、多平台TCGA+GEO+TAGRGET、不同年龄（儿童+成人）对白血病进行预后模型构建和验证，很成熟的一个分析套路，样本跟小编一起来学习一下吧。

概普生信·2023-11-01 14:51

TCGA JASON文件对应样本名和文件名

www.jianshu.com/p/470791a77a1ahttp://www.sohu.com/a/220323319_653813谢谢果子老师代码image.png以上是2个文件用},{分割image.png1进入TCGA

蓝天_乎乎·2023-10-31 07:38

多组学纯生信分析套路多组学+免疫浸润戒烟signature

大家好，今天向大家分享的是6月24日发表在MolecularOncology(IF=6.574)上的文章，在本研究中，作者通过TCGA队列评估了戒烟与总体生存之间的关联，并提供了有效的吸烟签名模型评估吸烟对癌症患者生存的影响

概普生信·2023-10-29 23:18

GDC Data Transfer Tool 下载TCGA数据

一、GDCDataTransferTool下载GDCDataTransferTool是TCGA官方基于python开发的下载程序，在TCGA官网GDC部分可以找到：https://portal.gdc.cancer.gov

勤劳的管道工·2023-10-29 05:04

【R实战】使用maftools复现SCI文章中的体细胞突变瀑布图

前面小编通过图文和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载体细胞突变的数据。

生信交流平台·2023-10-29 05:22

TCGA Pan-Cancer 中患者生存结果整合

文献来源AnIntegratedTCGAPan-CancerClinicalDataResourcetoDriveHigh-QualitySurvivalOutcomeAnalytics临床生存结局终点的定义OverallSurvival(OS)OSistheperiodfromthedateofdiagnosisuntilthedateofdeathfromanycause.Thecensore

上校的猫·2023-10-25 18:58

TCGA-CRC

下载数据TCGA官网下载TCGA-COADprojiect的HTSeq-counts和clinical的manifest文件。

数据控的迷妹·2023-10-25 13:06

UCSCXenaShiny实现基因表达的Pancer(泛癌）展示

网址为https://github.com/openbiox/XenaShinyGithub这个教程用于实现Tumor(TCGA)和Normal(GTEx)基因表达的比较下载开发版本的R包remotes

熊逸Byron·2023-10-24 19:28

TCGA FPKM 转化为 TPM

下面是FPKM转化为TPM的R实现：#downloadFPKMdataFPKMquery<-GDCquery(project="TCGA-LUAD",data.category="TranscriptomeProfiling

547可是贼帅的547·2023-10-23 14:27

利用TCGA数据库选题，毕业稳了

有很多医学研究生或者临床医生说不会选题，今天来分享一下如何利用TCGA数据库进行选题，参考文章：ElevatedTEFMexpressionpromotesgrowthandmetastasisthroughactivationofROS

SCI狂人团队·2023-10-23 02:07

TCGA数据挖掘（3）：miRNA数据的下载

knitr::opts_chunk$set(collapse=TRUE,comment="#>")knitr::opts_chunk$set(fig.width=6,fig.height=6,collapse=TRUE)knitr::opts_chunk$set(message=FALSE)本文的内容是用GDC下载并整理表达矩阵和临床信息数据。1.从网页选择数据，下载manifest文件数据存放网

呆呱呱·2023-10-22 19:09

神包 tinyarray——TCGA“ID转化”一步到位

确实这个R包用法非常简单，大部分的都是卡在下载部分直接代码下载remotes::install_github('xjsun1221/tinyarray')Github下载zip后本地下载devtools::install_local("AnnoProbe-master.zip",upgrade=F)devtools::install_local("tinyarray-master.zip",upg

每天都在进步的FFOO·2023-10-21 18:50

TCGA差异分析及热图火山图绘制

输入文件：immLncExp.png#引用包library(limma)library(pheatmap)expFile="immLncExp.txt"#表达输入文件fdrFilter=0.05#fdr临界值logFCfilter=1#logFC临界值setwd("E:\\Masterresearch")#设置工作目录#读取输入文件rt=read.table(expFile,header=T,se

萍智医信·2023-10-21 11:45

TCGA+biomarker——Sample基线表

在常规的临床类文章，或者在TCGA类的研究文章中，展示文章收集的样本信息很常见，主要就是让读者能直观清楚的了解此篇文章涉及到哪些样本，具体样本的表型信息。

Clariom·2023-10-21 04:46

lncRNA结直肠预后

该研究基于TCGA数据，识别出了三个CRC中差异表达的lncRNAs作为预后生物标志物。此外，还构建了一个lncRNA-miRNA-mRNA网络，以

概普生信·2023-10-20 23:07

TCGA临床数据的提取

TCGA临床数据的下载这里不做介绍。下载后解压数据会得到包含多个子文件夹的的文件，如下所示：TCGA文件.png每个子文件夹下通常包含XML文件，有的也会包含多个文件。

米开朗巨魔·2023-10-16 04:28

纯生信套路没有实验，想发文章，快搬小板凳，看这里

1.文章总体思路|研究对象--胶质母细胞瘤(GBM)的六种跨膜上皮抗原(STEAP)研究方法--借助TCGA数据库，筛选肿瘤和正常样本中差异表达的STEAP基因。

概普生信·2023-10-14 19:13

基因在肿瘤中的突变情况

任务：gfr和lkb1的突变情况，在nsclc里面，包括tcga和ccle一.背景介绍：EGFR是原癌基因c-erbB1的表达产物，是表皮生长因子受体（HER）家族成员之一。

土豆学生信·2023-10-14 10:35

韦恩图 R 保存成pdf

library(VennDiagram)A<-rownames(diffLab)B<-rownames(diffLab_tcga)######TwosetsdataForVennDiagram<-list

一路向前_莫问前程_前程似锦·2023-10-14 04:46

TCGA+biomarker——Calibration curve

通常情况下，通过以下几种指标来对模型进行评价。1）区分度：采用指标C-index和ROC曲线来评价区分度，一般文章都是二选一。C-index即一致性指数（indexofconcordance），通过评估模型预测结果与实际观察结果的符合程度，以评价模型的预测准确性。ROC曲线，展示特异性和敏感性，ROC曲线下的面积被称为AUC，它介于0.5和1之间，作为数值可以直观的评价分类器的好坏，值越大越好。2

Clariom·2023-10-13 21:31

linux下载TCGA数据,TCGA数据库讲解与数据下载

原标题：TCGA数据库讲解与数据下载前几期，生信草堂和大家分享了一篇TCGA数据下载的文章，有小白表示TCGA还是好深奥，找不到下载地址的，看不懂数据格式。

四十不是十四·2023-10-13 20:55

tcga数据下载_给你tcga数据库过万病人的原始测序数据你可以做什么

最近有两年前的学生过来寻求合作，让我想想给我tcga数据库过万病人的原始测序数据，我可以做什么方法学的创新。我想把这个问题抛给粉丝：假设给你tcga数据库过万病人的原始测序数据你可以做什么？？？

weixin_39767513·2023-10-13 20:55

ChIP-seq基本分析流程

那次培训内容比较杂，还有关于TCGA、ICGC、ProteinAtlas等数据库的使用,前面已经分享过，链接如下：UCSCXENA-集大成者(TCGA,ICGC)ICGC数据库使用TCGA数据库在线使用下面步入正题

生信宝典·2023-10-13 11:28

那么多的基因，我只想要mRNA和lncRNA（或者miRNA）怎么办？

之前我在上写了一篇"如何只下载TCGA肿瘤或正常标本的count"的教程，原以为没什么人看的。不过这两天上有朋友私信我，如何只下载lncRNA的数据。

欧阳松·2023-10-12 07:47

疑问1：Xena数据库下载的counts数据和TCGA 下载的counts一致性

1、下载xena中LIHCcounts表达量数据注意：数据是经过log2标准化的，需要你转换image.png

韦巍_e3f3·2023-10-12 00:53

R语言读文件防止行名、列名中有的字符变成点号

我有一个TCGA的表达谱文件，用Excel打开长这样：image.png我用R的read.table功能读取该表格：e<-read.table("TCGA-LAML.htseq_counts.tsv",

Seurat_·2023-10-11 13:54

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