TCGA 第6页

R语言match函数的应用举例

数据筛选是在分析中最常用的步骤，如数据挖掘分析中，从TCGA或GEO得到的表达矩阵要不断筛选，来进行数据整理。match函数是生信技能树生信爆款入门课程R语言部分的讲到的一个重要知识点。

Seurat_·2023-03-18 16:32

学好统计，我10分钟就完成了别人服务器通宵才完成的分析

果子老师做过一个非常惊人的举动，用DESeq2处理1225例样本的TCGA数据，在没有使用DESeq多线程参数parallel的情况下，跑了将近40个小时。

xuzhougeng·2023-03-18 01:39

GEO/TCGA数据是否需要标准化的问题

一.对于芯片数据：GEO中的SeriesMatrixFile(s)通常是经过了标准化和对数转换的数据，但是不是所有的都是具体判断方法：表达量是否需要重新标准化：可以通过boxplot函数观察一下样本表达丰度值的分布是否整齐进行判断是否需要log2:根据数据值的大小：如果表达丰度的数值在50以内，通常是经过log2转化的。如果数字在几百几千，则是未经转化的。注意：是否需要log是根据后续需要什么处理

mayoneday·2023-03-17 12:15

TCGA包

lxlstudent·2023-03-17 01:57

2020-01-06 TCGA数据下载相关

学习资料：TCGA.GDC数据处理系列跟着小洁老师学TCGA第一步是数据下载1.从数据库下载manifest文件数据存放网站：https://portal.gdc.cancer.gov/在Repository

程凉皮儿·2023-03-16 03:45

运用TCGAbiolinks下载癌症RNAseq数据

首先，我们从TCGA里下载某种癌症的RNAseq数据，代码如下：##使用TCGAbiolinks从GDCDataPortal上下载BiocManager::install

张玮恩·2023-03-15 12:04

零基础学生信入门笔记(R语言、Linux、Python、RNA-seq、单细胞测序、质谱流式、TCGA、GEO、单细胞经典文献解读)

医学生零基础学生信是先学Python还是先学R语言？如何学习R语言linux入门学习笔记100篇不止100篇，但上手上游分析远远不够，可以作为入门参考。linux学习100篇1：xshell、Xftp下载安装-(jianshu.com)linux学习100篇2：绑定Xftp和XShell上传和下载文件-(jianshu.com)linux学习100篇3：Errorinopen.connection

Seurat_Satija·2023-03-15 08:25

SCI发表丨新颖的焦亡相关基因，常规的预后模型套路巧发5分+SCI

文章利用TCGA队列和GEO队列构建了一个用于预测OC的7-焦亡相关基因风险模型。

WOSCI沃斯编辑·2023-03-14 14:06

肿瘤免疫研究的新工具--TIP--Tracking Tumor Immunophenotype

biocc.hrbmu.edu.cn/TIP/）接下来我们看看TIP可以分析研究点什么~1）通过肿瘤免疫周期分析在这七个阶段下抗癌免疫状态2）推断各种肿瘤浸润免疫细胞的比例，如T细胞，B细胞，NK细胞，巨噬细胞的比例3）分析了33种TCGA

oncology咕噜·2023-03-13 03:58

JAMA Oncology 文献解读 | 使用随机森林预测肿瘤类型

众所周知，2020年的今天，纯数据库发文章已经越来越困难，不少杂志已经明确拒绝利用单一的纯数据库资源（如TCGA等）进行研究的稿件。

医科研·2023-03-10 08:18

下载TCGA 表达数据并对照表型数据拿到表达矩阵

下载TCGA表达数据并对照表型数据拿到表达矩阵文章看得多的小伙伴都知道TCGA数据库，大多研究者在文章里都利用过TCGA的数据来验证他们的数据分析结果，所以TCGA数据的下载和分析，作为一名生信人员也必会

米妮爱分享·2023-03-09 22:14

UCSC xena数据下载教程

UCSCxena网站点击进去界面选择DATASETS选择一个数据中心以及数据集选中个TCGA-CHOL数据集的具体情况临床信息phenotype是指临床信息下面看下count数据界面数据预览该数据已经经过

养猪场小老板·2023-03-09 21:32

RNA 33. SCI文章肿瘤在线数据挖掘神器（cBioportal）

转录组生信分析教程公众号推出转录组分析教程，转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事--基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之

90066456ace6·2023-03-09 20:39

TCGA数据下载及处理

筛选数据，加入cart从cart中下载需要的文件image.png红框中为需要下载的文件。我选择了使用linuxclient和gdc_manifest.txt下载的方式。client可以从这里下载https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool到服务器上。文件处理从metadata.cart.2022-09-22.json文件可以得

大魔王鱼鱼鱼·2023-03-09 07:07

基于代谢相关基因的肺腺癌预后模型发4分+SCI

作者基于TCGA数据集和MRGs构建了一个MRG的预后特征，可以用于预测LUAD患者预后。同时，作者对该预后特征进行额外数据集和实验验证。

WOSCI沃斯编辑·2023-03-08 22:43

TCGA甲基化数据下载以及相关临床信息整理

之前的文章里已经按照教程进行了TCGA数据库的一些练习（RNA-seq、芯片、生存分析），现在学习TCGA甲基化数据的分析过程。

生信start_site·2023-02-18 23:24

不一样的肿瘤免疫浸润新玩法

大家好，今天给大家分享一篇有点不一样的肿瘤浸润文章，有3个值得学习的地方：1、不再以基因而是直接根据免疫浸润细胞构建signature，且也不是传统的lasso-cox回归模型了、2多数据集分析（TCGA

概普生信·2023-02-18 10:20

2021-09-04-hepatology-基于深度学习的肝细胞癌病理图像预后指标研究

在TCGA的数据库中得到了验证，先是对图像标准化成

FFwizard·2023-02-17 20:37

TCGA|GEO可视化分析第1篇---相关性分析

导读：今天有小伙伴问我，筛选完差异基因后，想看自己关注的基因和其他基因的关系，应该怎么做？那当然要先做一下相关性分析了！好，下面让我给大家娓娓道来......正文：step1：我们先读取下所需要的数据library(openxlsx)setwd("E:\\Bioinfo_analysis\\scripts\\corr\\corr_batch")#设置工作路径fr<-read.xlsx('infil

沉迷工作的我·2023-02-17 11:05

分子对接教程 | (2) 选择合适的蛋白受体

【云森】·2023-02-06 09:51

分子对接教程 | (4) 蛋白受体文件的预处理

【云森】·2023-02-06 09:51

分子对接教程 | (1) 软件安装准备

【云森】·2023-02-06 09:21

TCGA肿瘤突变负荷分析

TCGAsnp数据分析总结1下载突变数据现在case中选择肿瘤类型然后再files中选择突变数据，选择最后一个公司的数据进行下载下载cart文件，然后解压得到maf.gz文件，用于后续计算TMB2计算TMBTMB的等级划分TMBlevelsaredividedintothreegroupsonFoundationOneCDxreports,includinglowTMB(1–5muts/mb),i

医学小白学生信·2023-02-04 02:25

TCGA_临床数据下载_全面数据

TCGAbiolinks(三）获取全面的临床数据–璃墨的小站library(TCGAbiolinks)一、基础数据下载1下载GDC文件query1]}else{tmp<-tmp$NameL[tmp$Freq==1]}which(NameL%in%as.character(tmp))}#组合clinical矩阵clinical<-list()for(infoinclinical.info){clin

老实人谢耳朵·2023-02-03 20:31

R语言 2022 TCGA数据库转录组提取新版TCGA 表格提取

TCGA转录组Table合成时间2022.5.5下载数据与json文件然后打开TCGA新转录组.R不同文件夹文件提取将次级目录的文件夹里面的文件提取到同一个文件夹下#一些基础操作list.files(pattern

qsub·2023-02-03 20:01

TCGA_联合GTEx分析1_得到表达矩阵.tpm

GTEx数据库获取表达矩阵.tpm一、下载数据共要下载三个数据，分别为表达矩阵、样本信息、注释信息进入网站：UCSCXena点击“LaunchXena”，选择“DATASETs”点击“GTEX（11datasets）”下载框中的两个数据，上面一个是表达矩阵，下面一个是样本信息。还差一个注释信息，下载地址：https://toil.xenahubs.net/download/probeMap/gen

老实人谢耳朵·2023-02-03 20:01

tcga数据下载_使用R下载TCGA数据

除了之前提到的，使用GDC官方提供的gdc-client.exe对TCGA数据进行下载外(TCGA数据分析(1))，还可以使用R包对TCGA数据进行下载，这个神奇的R包叫做TCGAbiolinks。

weixin_39795419·2023-02-03 20:30

R语言 2022 TCGA数据库提取新版TCGA 表格提取

点击看新版本下面为历史旧版本list.files(pattern="\\.tsv")dir()dir(all.files=TRUE)dir()getwd()filename=1for(iin1:20){a=as.character(list.files(list.files()[i])[1])ifelse(a%in%NA==TRUE,NA,'b')b=paste(getwd(),"/",list.

qsub·2023-02-03 20:30

癌症基因图谱（ TCGA）数据库（二）数据前处理

文章目录1、分类2、数据整理2.1换ID名2.2矩阵整理1、分类数据：癌症基因图谱（TCGA）数据库中5种不同类型癌症（包括BRCA,BLCA,LGG,LUAD和LUSC,每种为一个数据集）病例的RNA

WuYle·2023-02-03 20:00

R语言整理gdc-client工具下载的TCGA数据

LoadthepackagesrequiredtoreadXMLfiles.library("XML")library("methods")getwd()dir='E:/Rsudio_workstation/TCGA

Eric's blog·2023-02-03 20:58

TCGA官网下载和TCGAbiolinks下载的文件数量竟然不一样？

最近有小伙伴问我TCGA的表达矩阵整理问题，用到了我的一篇推文中的教程：TCGA官网下载的数据也可以用TCGAbiolinks包搞定，只需2行代码！但是总是遇到以下报错：# 查询这一步是需要的！

医学和生信笔记·2023-02-03 20:28

新版TCGA不同癌种数据合并

很多文章对于TCGA中的一些癌症都是联合分析的，比如TCGA-COAD和TCGA-READ，首先是它们的疾病特点和治疗方式存在很多相似之处，同时这样做也可以增大样本量。

医学和生信笔记·2023-02-03 20:58

1行代码提取6种TCGA表达矩阵和临床信息

本文首发于公众号：医学和生信笔记医学和生信笔记，专注R语言在临床医学中的使用，R语言数据分析和可视化。主要分享R语言做医学统计学、meta分析、网络药理学、临床预测模型、机器学习、生物信息学等。之前的2行代码提取表达矩阵由于大家的R语言水平参差不齐，导致很多新手会报错，于是我把前面的代码打包为一个脚本，1行代码就可以了！脚本已上传到QQ群，需要的小伙伴加群下载即可~只需要1行代码就可以获取分别获取

医学和生信笔记·2023-02-03 20:27

单基因TCGA的Cox森林图怎么画才好看

首先调取Xena网页的TCGA数据做Cox生存分析，数据可以通过hiplot官网自主研发的ucsc-xena-shiny直接在线获取访问https://hiplot.com.cn/advance/ucsc-xena-shiny

欧阳松·2023-02-03 15:15

[医学图像处理] 使用pyvips对WSI svs文件进行读取并自定义patch输出大小

环境：Ubuntu18.04LTS,Python3.7,pyvips数据：[TCGA-GBM(SurvivalPrediction)]本文主要参考以下两个博客：https://blog.csdn.net

LeYOUNGER·2023-02-02 11:01

数据挖掘—GEO,TCGA,Oncomine联合（二）GEO在线工具的应用

系列文章目录数据挖掘—GEO,TCGA,Oncomine联合数据(一)挖掘概述前言GEO在线工具:GEO2R提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考一、GEO2R是什么？

生信学徒·2023-02-01 17:40

关于风险回归的Cox 模型构建，森林图(1)

zhuanlan.zhihu.com/p/85675323R语言：多因素Cox回归森林图(基于forestplot包)https://www.jianshu.com/p/52232599fc3bTCGA-8.TCGA

forever luckness·2023-02-01 12:48

生信技能树——TCGA癌症数据2

rm(list=ls())proj="TCGA-KIRC"load(paste0(proj,".Rdata"))li

一指流年，一纸沙·2023-02-01 10:42

比较TCGA正常组织与肿瘤组织表达量不能更方便

肿瘤组织数据来源于TCGA，正常组织数据来源于GTEX。

熊逸Byron·2023-02-01 02:45

TCGA 02 不同数据DEG结果取交集火山图及韦恩图展示

1.三个数据集差异基因火山图（每10个肿瘤和正常组织样本）导入表达矩阵，选择NT组的前10和TP组的前10个样本进行差异分析library(TCGAbiolinks)#导入dataFilt表达矩阵load("dataFilt.RData")#selectionofnormalsamples"NT"samplesNT1.5),"group"]1.5),"group"]1.5),"group"]<-"

rochiman·2023-01-31 21:50

TCGA常见数据库下载方式

TCGA常见下载方式：【01】直接复制链接，在线下载解压来源：>getwd()[1]"D:/R_code/follow_practice/xuetu_GEO_follow/week_practise/01

医只蜗牛·2023-01-31 08:48

TCGA数据挖掘+实验转录因子思路分享

本文来源于微信公众号：生信狂人，SCI狂人团队已经获得原文作者授权,更多科研资料可以关注微信公众号生信狂人文章题目：PrognosticandPredictiveValueofa15TranscriptionFactors(TFs)PanelforHepatocellularCarcinoma（PMID:33293862）研究背景：肝细胞癌（HCC）是全球最具破坏力的疾病之一。临床病理参数作为预后

SCI狂人团队·2023-01-31 01:57

基因组版本与注释

usefulwebsitesgencodewebsiteGencode数据库ensemblftp如何下载人类的参考基因组和注释文件参考基因组及注释下载人类基因组各种版本对应关系不同基因组版本坐标转换方法TCGA

东方不赞·2023-01-29 01:35

安利我的毕业论文-关于生物信息学分析、多组学分析、机器学习的应用

研平方·2023-01-26 18:47

TCGA数据分析（3）

由于下载的TCGA数据，都是独立文件夹。即每个样本，一个文件夹，文件夹下是压缩数据，还需要将所有的数据进行解压，然后将所有的数据进行合并，并提取分组信息，再进行后续的分析。

dming1024·2023-01-26 14:14

利用TCGA数据库发表的文章都是哪些杂志？

大家好，今天和大家分享一下TCGA从2017年到现在发表文章的情况；做这个整理的目的呢？是因为很多小伙伴都在群里或者是后台问我们，TCGA的生信分析往哪里投？

科研菌·2023-01-26 01:17

2020-09-15 急性粒细胞白血病预后代谢风险模型的系统构建和验证

方法：从GEO，TCGA和TARGET数据库下载AML的数据。通过LASSO分析鉴定预后代谢基因以建立代谢模型。通过与时间有关的接收器工作特性曲线和曲线下面积（AUC）量化模型的预后准确性。

卅衣·2023-01-25 22:25

基因表达量高低分组的cox和连续变量cox回归计算的HR值差异太大? km cox生存分析多因素生存分析

我已经在生信技能树多次介绍过生存分析，目录如下集思广益-生存分析可以随心所欲根据表达量分组吗生存分析时间点问题寻找生存分析的最佳基因表达分组阈值apply家族函数和for循环还是有区别的（批量生存分析出图bug）TCGA

YoungLeelight·2023-01-22 18:27

RNA 28 SCI 文章中基于RNA-seq数据反褶积揭示肿瘤免疫结构的分子和药理学 (quanTIseq)...

转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事--基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之DESeq2RNA4.SCI文章中基于

桓峰基因·2023-01-19 15:03

SCI 文章中基于TCGA 差异表达基因之 DESeq2

前言上期我们介绍了基于limma来做差异表达基因，那么这期来讲一下DESeq2，那么这两款软件有什么区别吗？区别主要在于一个是计算芯片探针给出来的结果，而DESeq2是基于NGS测序结果中Readcounts来计算差异表达，根据输入数据的不同，我们对比一下做法。在比较高通量测序分析中，一项基本任务是分析计数数据，如RNA-seq中每个基因的Readcount，以获得跨实验条件的系统性变化的证据。离

桓峰基因·2023-01-19 08:17

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