TCGA

TCGA+biomarker——单因素Cox回归

生存分析KM法与Cox法异同KM方法即Kaplan-Meiersurvivalestimate是一种无参数方法(non-parametric)来从观察的生存时间来估计生存概率的方法。KM生存分析模型，是单变量分析(univariableanalysis)，在做单变量分析时，模型只描述了该单变量和生存之间的关系而忽略其他变量的影响。同时，Kaplan-Meier方法只能针对分类变量（治疗Avs治疗B
Clariom·2023-08-05 23:59

TCGA_甲基化（二）

和在基因编码区中的CpG位点不同，在基因正常表达时，位于基因启动子区中的CpG位点往往不会被*甲基化；这种现象表明启动子序列中的CpG位点的甲基化很可能导致基因表达被抑制。DNA甲基化和组蛋白修饰是基因铭印的核心过程[9]。大多数组织间或正常样本和癌症样本间的甲基化差异发生在CpG岛附近（CpGislandshores）而非CpG岛内部[10]。A探针（非甲基化数目）数目为UB探针（甲基化数目）数
一路向前_莫问前程_前程似锦·2023-08-05 11:51

TCGA数据库悄咪咪更新了—RNAseq没有HTSeq-Counts了

前面小编给大家详细介绍过TCGA这个数据库，以及如何从这个数据库下载，合并表达谱数据。然后做差异表达分析，以及构建ceRNA网络。
生信交流平台·2023-08-04 09:18

【R语言】因子在临床分组中的应用

我们还是以TCGA数据中的CHOL（胆管癌）这套数据为例。
生信交流平台·2023-08-04 08:43

GDC下载TCGA数据遇到的一些问题

1.登陆TCGA网站选择Repositoryhttps://portal.gdc.cancer.govimage.png2.选择case-TCGA-TCGA***(癌症种类）3.file-数据所要分析的类型
土豆学生信·2023-08-03 19:58

non-genetic evolution 驱动肺腺癌的空间异质性和进展-2021-04-07

Non-geneticevolutiondriveslungadenocarcinomaspatialheterogeneityandprogression--cancerdiscovery29.47思路挑选出以某一组织类型为主的TCGA
FFwizard·2023-08-02 01:57

2019-12-24TCGA 2.0

12/2学习内容（TCGA2.0）上午继续阅读关于老师发的文献，不过这次老师发的文献感觉有点难理解了，需要一定的知识储备，所以阅读的时候不懂有去谷歌一下，所以阅读起来就慢了一点下午想把之前的那个TCGA
Clouddong·2023-08-01 22:54

TCGA数据批量运行Coxph函数

df数据框形如：djs.coxph=median(df[,x]),"high","low")#KMplotfit=mean(df[,x]),"high","low")#KMplotfit=quantile(df[,x])[[4]],"high",ifelse(df[,x]<=quantile(df[,x])[[2]],"low","undetermine"))#KMplotfit<-survfit
All_Will_Be_Fine噻·2023-08-01 18:47

2021-09-02

2、研究人员还将DeepDEP应用于癌症基因组图谱(TCGA)的泛癌肿瘤基因组学，构建了第一个8000个肿瘤的泛癌合成依赖图，并证
图灵基因·2023-08-01 11:20

TCGA数据标签以及多组学数据的下载与存储

1.TCGA数据下载分析利器——TCGAbiolinks（二）临床数据下载2.TCGA，GEO数据库如何获得微卫星信息?
如意的小家·2023-08-01 01:52

2021-08-02 M6A 相关生物信息学分析表明 HNRNPC 通过 EMT 促进 OSCC 的进展

首先，从癌症基因组图谱（TCGA）下载表达谱，然后提取m6A相关基因。然后，使用聚类分析和主成分分析（PCA）分析m6A相关基因。差异表达分析在R软件中进行。
卅衣·2023-07-28 22:14

文章

3.通过整理TCGA数据，
鬼孑孓·2023-07-26 09:49

Win10使用gdc-client下载TCGA数据集【安装使用教程】成功解决闪退问题！

做实验需要下载TCGA数据集，数据量比较大的时候，直接从网页下载速度非常慢，容易出现下载不全等情况。调研后选择在Win10端使用gdc-client来帮助下载Cart文件。
is_colorful·2023-07-24 20:08

R语言---使用RTCGA包获取TCGA数据---笔记整理

原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247486585&idx=1&sn=3035f6420904aad2c8161b362cdeb472&chksm=9b484cc2ac3fc5d479fc5bce3d68d4666b763652a21a55b281aad8c0c4df9b56b4d3b353cc4c&scene
浅沫～·2023-07-24 20:04

解决R语言读取数据自动置换符号问题，例如把TCGA样本中的-读取为·

解决方案在使用R语言read.csv()函数读取csv文件时，会自动把TCGA样本中的-替换为.，为后续数据处理带来不便。
is_colorful·2023-07-24 20:02

TCGA 数据分析实战 —— GSVA、ssGSEA 和单基因富集分析

前言前面，我们介绍过了差异基因的功能富集分析，今天，我们对这部分的内容作一些补充主要介绍一下GEVA、ssGSEA和单基因的富集分析GSVA我们知道，GSEA富集分析方法是针对两组样本来进行评估的，也就是说对基因列表的排列方式是根据基因与表型的相关度（例如，FC值）来计算的，无法对单个样本使用其富集分数（EnrichmentScore，ES）的计算方式为依次判断基因列表中的基因是否在基因集合中，如
名本无名·2023-07-23 14:50

TCGA 更新后矩阵整理方式

最近TCGA更新了，下载研究一下，我们从TCGA下载STAD的数据，选择其中的一个打开，发现了一个好消息那就是矩阵的整合难度降低了，而且提供TPM以及FPKM还有校正的count以及gene_name其实整理起来比较简单
爱吃西瓜的呆鹅·2023-07-22 15:17

2021-09-10 TCGA批次（2）

TCGA:质控样本过滤和基因过滤TCGA：批次校正批次效应是在进行实验的时候附带产生了和实验结果没有关系的数据偏差。
一去二三·2023-07-19 06:18

录用率高达80%，这本接收纯生信的期刊实在太好了

Channels，影响因子：2.311，中科院最新分区：4区，从投稿到出版：48天，版面费：US$2,250，关键该期刊不在中科院《国际期刊预警名单（试行）》名单（2021年1月发布版）上，同时该期刊也会接收基于TCGA
SCI狂人团队·2023-07-19 05:17

2022-01-08每日文献

方法利用来自癌症基因组图谱（TCGA）和国际癌症基因组联
橘子味儿的小蜜蜂·2023-07-16 06:42

如何下载TCGA拷贝数变异（CNV）数据

前面小编给大家详细介绍RNAseq数据，miRNA-seq数据的下载以及合并☞新版TCGA数据库RNAseq数据下载☞新版TCGA数据库miRNA数据下载☞R代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据
生信交流平台·2023-06-22 12:58

TCGA数据库挖掘（2）DEG

title:"三大R包差异分析"output:html_documenteditor_options:chunk_output_type:consoleknitr::opts_chunk$set(collapse=TRUE,comment="#>")knitr::opts_chunk$set(fig.width=8,fig.height=6,collapse=TRUE)knitr::opts_ch
呆呱呱·2023-06-20 15:59

玩转ChatGPT：R代码Debug一例

二、踩坑过程（1）先看原始的咒语咒语：我已经使用synapser包计算得到了每个基因的干性权重标准值（第一列是基因名，第二列是权重值），现在需要计算TCGA中HCC的RNA-seq测序数据（第一行是样本名
Jet4505·2023-06-20 09:08

纯生信分析思路 研究免疫浸润的神器TIMER更新，新增功能更强大

TIMER是交互式web工具，能够全面、灵活地分析肿瘤浸润免疫细胞并可视化，采用反褶积方法从TCGA中不同癌症类型样本的基因表达谱中推断肿瘤浸润免疫细胞（B细胞、CD4+T细胞、CD8+T细胞、巨噬细胞
概普生信·2023-06-19 05:03

TCGA芯片数据下载及差异分析

今天我来做一下TCGA芯片数据下载和差异分析的一个笔记，健明老师布置的TNBC的作业还未完成，但是先慢慢来吧，最近感觉自己的R语言基础太差了，还需要恶补啊，心里其实很清楚该怎么处理，可是写不出具体的代码
SolomonTeng·2023-06-15 16:34

TCGA lncRNA的提取

gdcRNAtools是按照大类来分的，返回的对象那个里面的lncRNA就是lncRNA，一般的lncRNA我们可以按照gene_biotype分为下面这些，进行提取就行了3prime_overlapping_ncRNAantisense_RNAbidirectional_promoter_lncRNAlincRNAmacro_lncRNAnon_codingprocessed_transcrip
一路向前_莫问前程_前程似锦·2023-06-14 07:35

R语言学习系列之“多变的热图”

公众号“生信小课堂”TCGA数据分析课程：生物信息学教学前段时间我们更新过一篇推文热图系列1，隶属R语言学习系列，今天我们继续热图系列2导入数据library(pheatmap)TEST=read.csv
生信小课堂·2023-06-12 20:13

TCGA数据集介绍及数据下载

目录一、TCGA数据集介绍1.1数据集介绍1.2File介绍1.2.1DataCategory（数据类别）1.2.2DataType（数据类型）1.2.3ExperimentalStrategy（实验策略
LazyHaokj·2023-06-12 11:33

TCGA-Sample Type Codes等基础信息

https://begin4learn.gitbooks.io/note-of-cancer-tcga-data-analysis/content/Tools/TCGACodeTables/SampleTypeCodes.htmlimage.pngTCGAStudyAbbreviationsStudyAbbreviationStudyNameLAMLAcuteMyeloidLeukemiaACCA
青蒿素2·2023-06-09 14:58

ssGSEA算法原理及应用TCGA数据

zhuang_gj2020/10/11ssGSEA算法原理及应用基本原理实例演示1.数据清洗和整理1.2FPKM转为TPM2.获得基因集3.运行ssGSEA得到得到单个样本在不同基因集中的ES基本原理1.singlesampleGSEA是通过扩展GESA扩展实现的，ssGSEA允许定义一个富集分数，该分数表示给定数据集内每个样本中基因集的绝对富集程度。2.对给定样本的基因表达值进行排序归一化，并使
庄小尽·2023-04-21 21:02

ssGSEA算法原理及应用TCGA数据

zhuang_gj2020/10/11ssGSEA算法原理及应用基本原理实例演示1.数据清洗和整理1.2FPKM转为TPM2.获得基因集3.运行ssGSEA得到得到单个样本在不同基因集中的ES基本原理1.singlesampleGSEA是通过扩展GESA扩展实现的，ssGSEA允许定义一个富集分数，该分数表示给定数据集内每个样本中基因集的绝对富集程度。2.对给定样本的基因表达值进行排序归一化，并使
庄小尽·2023-04-21 21:01

TCGA | 借助cgdsr包下载TCGA数据

原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247486492&idx=1&sn=3a7251244377fdd4b2a3aa5c8cd1131a&chksm=9b484ca7ac3fc5b1a21202cf25ff15a8eec434424aa3e48787129fa6f5e66ebe57ffcb631772&scene
淇酱酱爱吃棒棒鸡·2023-04-21 15:50

Ubuntu生信(TCGA)起手式

学习生信，最好的环境应该是linux跑数据+网页端RStudio写代码。最好有随时可以访问的一台linux服务器。没有的话，开启win10的linux子系统也是一个不错的选择。下面开始配置环境。1.安装R非常不推荐手动下载deb或者编译源码的方式安装R，因为依赖太多了，不好解决首先要清楚自己的Linux版本：lsb_release-aDistributorID:UbuntuDescription:
Angeladaddy·2023-04-20 16:32

TCGA数据挖掘入门---什么是TCGA？TCGA中有哪些数据？

1.什么是TCGA？TCGA中有哪些数据？TCGA的全称是TheCancerGenomeAtlas,这个项目始于2005年，它旨在使用基因测序和生物信息学编目与癌症有关的基因突变。
Seurat_Satija·2023-04-19 05:23

TCGA数据下载

TCGA是目前使用最多的肿瘤组学数据库，2018年的一批Cell文章也非常抢眼。在近年的肿瘤文章中，对TCGA数据库的分析，已成为标配。使用这个数据库，首先，当然是数据的下载了。
梦幻天堂_ccd5·2023-04-18 20:06

2022-04-25 TCGA下载(XENA)、ID转化等问题

预后信息下载可使用：Curated版本（在TCGA下面），表达矩阵可使用GDC版本的FPKM（在GDC）下面（如TCGA-LUAD.htseq_fpkm.tsv.gz，实际下载的是log(FPKM+1)
青蒿素2·2023-04-18 19:28

肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：突变数据下载和可视化

本文接上次的内容：《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：安装和文件格式要求》，本文以TCGA肺腺癌（LUAD）的数据为例介绍突变数据下载和可视化。
Seurat_Satija·2023-04-18 17:23

TCGA数据挖掘（4）：生存分析

image.png生存分析image.pngevent：0代表或者，1：代表阳性结局；time：活着的时间；年龄是不符合生存曲线的COX回归HR>1,表示与病人的危险正相关生存分析画图代码生存分析前要进行数据的整理knitr::opts_chunk$set(collapse=TRUE,comment="#>")knitr::opts_chunk$set(fig.width=6,fig.height
呆呱呱·2023-04-18 05:13

TCGA 拷贝数变异（CNV）数据整理（一）

zhuang_gj3月-09-2021从TCGA下载MaskedCopyNumberSegment数据-----解压后进行处理rm(list=ls())##将整理好的MaskedCopyNumberSegment
庄小尽·2023-04-17 11:27

UALCAN--TCGA数据挖掘网站

UALCAN（http://ualcan.path.uab.edu/index.html）是一个有效的癌症数据在线分析和挖掘的网站，主要是基于TCGA数据库中的相关癌症数据进行分析，它可以帮助医学科员人员对相关基因进行
组学大讲堂·2023-04-16 10:10

常用肿瘤相关数据库

1.综合性肿瘤数据库TCGATheCancerGenomeAtlas(TCGA)TCGA是由美国国立癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所资助，关注与癌症
Bioinfarmer·2023-04-16 05:45

TCGA数据挖掘一：下载数据并提取临床及表达矩阵信息：RTCGA包

主要想介绍的是下载下来数据的数据处理这一块，不是特别建议RTCGA的下载方法，列出了是因为怕没有源文件后续数据处理看不懂一下载数据RTCGA下载是把所有数据一起下载下来，存在不是最新的问题，此为2015年的#Loadthebioconductorinstaller.source("https://bioconductor.org/biocLite.R")#InstallthemainRTCGApa
mayoneday·2023-04-16 02:55

肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：突变的数据分析

上一篇文章《肿瘤变异数据分析和可视化工具maftools：突变数据下载和可视化》主要以TCGA-LUAD为例介绍突变数据和临床数据的下载、处理以及简单的可视化。
Seurat_Satija·2023-04-15 11:46

TCGA数据库(GDC Data User's Guide)学习

1.IntroductionGDC(GenomicDataCommons,基因组数据共享中心)接收、处理和分发来自癌症研究项目的基因组、临床和生物样本数据。2.GDCDataModelGDC数据模型是组织GDC中所有数据构件的中心方法。GDC网站上提供了数据模型的概述，包括其组件的可视化表示。本节为数据用户、提交者和开发人员提供有关其实现的技术详细信息。2.1Entities实体尽管GDC数据模型
东方不赞·2023-04-14 22:17

TCGA 01 TCGAbiolinks下载转录组数据差异分析

1.准备安装和导入TCGAbiolinks包if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks)library(dplyr)library(DT)查看各个癌种的项目id，总共有6
rochiman·2023-04-14 18:44

精准医学 | 十篇文章读懂DNA甲基化与疾病（肿瘤）的关系

肿瘤早筛早诊01膀胱癌作者巧妙运用了中山纪念医院(SYSMH)、癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达总表(GE
易基因科技·2023-04-14 18:47

R代码合并新版TCGA数据库RNAseq表达谱数据

小编发现我们经常使用的TCGA数据库，大概在2022年4月初进行了更新。以前RNAseq数据使用的是Htseq-counts，新版本中使用了STAR-counts。
生信交流平台·2023-04-13 21:23

如何从TCGA数据库下载体细胞突变数据（somatic mutation）

前面给大家介绍了新版的TCGA数据库，通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据和miRNAseq数据☞新版TCGA数据库RNAseq数据下载☞新版TCGA数据库miRNA数据下载以及如何合并成矩阵
生信交流平台·2023-04-13 12:52

新版TCGA中RNAseq数据基因名居然有重复？！

TCGA数据库在2022年4月初进行更新之后，RNAseq的数据格式发生了很大变化，给我们广大的科研工作者带来了极大的不便。
生信交流平台·2023-04-13 08:34

ＴＣＧＡ和GＴＥｘ的数据联合分析实战

0.缘起很多文章中用到GEPIA这个网页工具来进行TCGA和GTEx表达量的联合比较，但在此之前我不知道要怎样在R语言中实现。
小洁忘了怎么分身·2023-04-13 04:00
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