TCGA 第8页

TCGA里面的任意基因做生存分析批量生存分析

欢迎关注在刚刚进入生信领域的时候，我想做的事情就是三个，第一，知道任何我想研究的基因在组织中的表达情况，第二，我选的基因对肿瘤的生存有无影响，第三，这个基因可能的作用是什么？这是来自临床医生的视角，研究疾病，最终希望能够服务临床，临床离不开诊断和治疗，假设一个基因的表达对肿瘤的预后有影响，他很可能就是我的盘中餐。有一大堆网页工具可以实现生存分析，但是你看看jimmy已经写的帖子都可以批量做生存分析

YoungLeelight·2022-11-02 11:22

stringr包的3个重要函数

1、str_sub()函数str_sub()函数按照字符的位置下标取值(返回01)a="TCGA-W5-AA2I-01A-32R-A41I-07"b=str_sub(a,14,15)2、str_split

javen_spring·2022-11-01 09:54

RNA 27 SCI文章中转录因子结合motif富集到调控网络 (RcisTarget)

首选看下转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事–基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之DESeq2RNA4.SCI文章中基于

桓峰基因·2022-10-04 07:13

RNA 26. SCI文章中基于转录组数据的基因调控网络推断 (GENIE3)

首选看下转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事–基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之DESeq2RNA4.SCI文章中基于

桓峰基因·2022-09-28 07:12

处理tcga突变数据一点思考

TCGA突变数据写在前面泛癌mc3作图学到的额外知识点使用TCGAbiolinks下载数据TCGA关于maf的注释代码文件夹命名最好还是以英文命名，中文命名经常会出现错误GTF文件有的以、t，有的以；分割

愿航·2022-09-13 18:39

TCGA下载RNA-seq数据、合并成表达矩阵

记录一下步骤～1、先进入GDC官网GDChttps://portal.gdc.cancer.gov/2、进入官网后是这样的：点击Repository3、点进去之后是下面的第一张图片这样的。（但得先确定自己的Cart里面是空的，这里我之前添加了542个文件，所以cart那里有个542，所以我需要进行清除）清除Cart里的文件：点击cart，点进去之后是下面这样的：然后点击红色的RemoveFromC

猪猪的小笼包·2022-09-13 18:06

TCGA数据下载及矩阵整理

首先我们进入TCGA数据库TCGA官网首先看一下文件类型，悬着数据处理方式及工作流程看一下例子里面各种类型，有组织是什么，癌症项目。

sayhello1025·2022-09-13 18:31

TCGA临床数据整理

TCGA临床数据的整理是一个基本的操作我们选择临床数据在Datacategory中选择clinical最重要的在Dataformat中一定要选择XML的]格式选择自己研究的TCGA肿瘤类型，添加到cart

sayhello1025·2022-09-13 18:01

TCGAbiolinks 下载临床数据

dplyr)library(DT)library(SummarizedExperiment)library("clusterProfiler")getGDCprojects()$project_id#获取TCGA

sayhello1025·2022-09-13 18:01

TCGA相关分析之数据筛选 | python从TCGA-GBM的RNA-seq表达数据count中筛选出各genes对应的案例cases的表达量count矩阵

上一篇：TCGA下载GBM患者的RNA-seq数据上一篇结束，下载到初始数据（图一图二是下载之后的文件夹以及每一个文件夹中的count数据文件）需要从每一个count数据文件中筛选出gene_name、

哈！小白要成长！·2022-09-13 17:28

R语言TCGA数据下载及处理biolinks包的学习与使用（一）数据下载

biolinks包是一款非常方便的R包，可以直接处理很多TCGA数据首先安装本包和其中一些相关的包，下载数据至少需要前两个包，后面的是生存分析需要，可以先不下载。如果不好下载建议上梯子。if(!

18kkk·2022-09-13 17:26

#TCGA系列#利用R处理多个文件夹下的miRNA表达数据

-当我们TCGA官方下载数据miRNA表达数据时，这些数据大多都位于多个文件夹下，而且有类似文件容易混淆。

Talini·2022-09-13 17:49

新版TCGA数据库学习：提取新版TCGA表达矩阵（tpm/count/fpkm）

这个对象的结构是这样的：是不是感觉和单细胞的SingCellExperiment对象非常像~上次我们下载了常见的组学数据，今天学习下怎么提取数据，就以TCGA

阿越就是我·2022-09-13 17:48

手动下载新版的TCGA数据也是可以用TCGAbiolinks包整理的

很多人因为网络原因不能使用TCGAbiolinks这个神包下载TCGA的RNA-seq数据，只能通过浏览器访问GDCTCGA的官网进行下载，而下载后得到的是一个个文件夹，对于如何整理成一个表达矩阵也是很麻烦的

阿越就是我·2022-09-13 17:48

新版TCGA数据库学习：批量下载新版TCGA数据

众所周知，TCGA数据库改版了！！改的比之前更好用了！

阿越就是我·2022-09-13 17:17

数据分析与数据挖掘研究之一

wydilearn·2022-09-11 20:00

【解放双手|热爱生活】从TCGA数据循环下载开始!

1.准备工作rm(list=ls())setwd("D:/R/BioData/TCGA")library(TCGAbiolinks)library(org.Hs.eg.db)l

研平方·2022-07-23 11:27

SCI文章中基于TCGA的免疫浸润细胞分析的在线小工具——TIMER

点击关注，桓峰基因桓峰基因生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你135篇原创内容公众号今天来介绍一个使用非常方便的在线分析工具——TIMER(TumorImmuneEstimationResource)，是由哈佛大学免疫信息学教授刘小乐领导建立的一个网站工具专门用于肿瘤浸润免疫细胞分析，网址：https://c

桓峰基因·2022-07-19 22:45

TCGA生存模型的构建以及模型预测和评估

生存模型的构建方法包括：1.Lasso回归；2.Cox多因素回归；3.随机森林；4.支持向量机可以把log_rank_test或cox筛选出的基因单独做模型构建，也可以取交集之后再做模型构建。1.Lasso回归（机器学习算法）目的：从若干个基因中挑选真正对生存有影响的基因。Lasso回归可以对这些基因进行统计和打分，从而挑出关键基因。1.1准备输入数据（表达矩阵数据和临床信息数据）load("TC

Hayley笔记·2022-06-30 09:49

TCGA数据下载和整理的三种方法

TCGA数据下载方法：gdc-client，Xena和gdcRNAtoolsTCGA癌症类型需要下载的数据组学信息（样本）：（存储单个病人表达数据，需整理为表达矩阵）+（存储样本文件的详细信息，可以为RNA-seq

Hayley笔记·2022-06-30 09:18

R语言使用cgdsr包获取TCGA数据示例详解

目录TCGA数据源TCGA数据库探索工具查看任意数据集的样本列表方式选定数据形式及样本列表后获取感兴趣基因的信息,下载mRNA数据选定样本列表获取临床信息综合性获取下载mRNA数据获取病例列表的临床数据从

·2022-06-25 13:29

卵巢癌的整合基因组分析

这次分享的是来自癌症基因组图谱计划(TCGA)研究网络在2011年发表在nature(IF:49.962,2020)上的文章Integratedgenomicanalysesofovariancarcinoma

亦是旅人呐·2022-05-10 16:59

全面的基因组特征定义了人类胶质母细胞瘤基因和核心通路

这次分享的是来自癌症基因组图谱计划(TCGA)研究网络在2008年发表在nature(IF:49.962,2020)上的文章Comprehensivegenomiccharacterizationdefineshumanglioblastomagenesandcorepathways

亦是旅人呐·2022-05-10 16:55

通过整理TCGA数据，探索TNBC癌组织和正常组织的差异基因

试验设计:通过TCGA获取乳腺癌的RNA-seq表达数据，筛选出三阴性乳腺癌的样本，通过比较癌症和正常组织的表达差异。

八月初五_e316·2022-05-10 13:51

r语言中mpg数据_零基础生信入门第一课——R语言数据清洗，超详细讲解，建议收藏！...

我们熟知的生信分析中，少不了TCGA、GEO、Oncomine等数据库的数据集应用，这些大型综合性数据库的数据大

weixin_39680609·2022-04-22 07:23

用诺模图可视化你的模型

0.输入数据需要病人临床信息和生存信息表格，如下rm(list=ls())load("ph.Rdata")head(ph)##sample_idgenderageTNMstageeventtime##TCGA-MP-A4T4

小洁忘了怎么分身·2022-04-17 10:51

画logistic_Nomogram（诺莫图） | Logistic、Cox生存分析结果可视化

数据准备使用TCGA-LIHC队列的临床数据，简单处理后

汪湜·2022-04-17 10:19

R语言批量读取某路径下文件内容的方法

使用for循环把下载地TCGA数据读入R语言并转换成数据框使用三个for循环来完成，这是第一个for循环。

·2022-04-01 16:50

TCGA下载的大样本量差异分析

大样本量RNAseq差异分析肿瘤研究中，对于处理TCGA这类大样本队列，分析中我其实不少次也是通过对tumor和normal组直接进行Wilcoxon秩和检验来找差异基因，原因无它，唯快不破。

生信小白花·2022-03-21 14:48

使用kmplot在线进行生存分析

进行生存分析，对应的文章发表在scientificreports上，链接如下https://www.nature.com/articles/s41598-018-27521-y.pdf数据库构建的过程如下从TCGA

生信修炼手册·2022-03-19 06:20

这篇3+分教你筛选拿出来几个基因应该如何分析

作者使用TCGA透明细胞肾细胞癌（ccRCC）数据集作为测试集，探索差异表达的基因，使用单变量Cox比例风险回归，LASSO算法

科研菌·2022-02-20 05:07

TCGA-3.GDC数据整理-后续（含情感体验）

书接第二回TCGA-2.GDC数据整理，留下了一个大坑，GDC下载的数据整理出来表达矩阵是缺少行名的。手痒的我要动手了。加行名并不容易，我捣鼓了好久啊。

小洁忘了怎么分身·2022-02-20 03:20

maftools|TCGA肿瘤突变数据的汇总，分析和可视化

本文首发于公众号“生信补给站”，https://mp.weixin.qq.com/s/WG4JHs9RSm5IEJiiGEzDkg之前介绍了使用maftools|从头开始绘制发表级oncoplot（瀑布图）R-maftools包绘制组学突变结果（MAF）的oncoplot或者叫“瀑布图”，以及一些细节的更改和注释。本文继续介绍maftools对于MAF文件的其他应用，为更易理解和重现，本次使用TC

生信补给站·2022-02-18 03:28

纯生信分析套路胃肠道癌m6A研究

数据概览|TCGA数据库+GEO数据库分析方向|用c

概普生信·2022-02-17 04:08

快看，各组学的实验方案，给文章加料！

小编在pubmed中简单用“TCGA”关键词统计了近十年的SCI发表情况，发现从2010年开始生信SCI成指数性增长由年15篇增加到2700多。令人惊叹，2020年截止当前已经发表1212篇。

概普生信·2022-02-16 16:33

这篇3分文章教你做可变剪接的新思路

FrontiersinGenetics（IF：3.517)上的一篇文章，“Modulator-DependentRBPsChangesAlternativeSplicingOutcomesinKidneyCancer”，文章中作者使用TCGA

科研菌·2022-02-15 01:17

硕士三年规划安排

1.考完驾照2.写一篇综述3.CET6480分以上4.看完8本肝胆外科专科书籍2.入学后尽快完成开题报告熟悉实验室利用晚上和周末的时间3.整理SCI必备知识：SPSS软件，生信（Ｒ语言，GEO数据库，TCGA

时间轴转个不停·2022-02-10 12:19

二、TCGA数据下载

TCGA癌症类型1.数据下载类型(1)gdc-client（TCGA官方渠道）(2)Xena（国外一学校提供的全但不好下，多尝试）(3)gdcRNAtools（gdc-client的衍生工具可能更新跟不上

FANZHIYU·2022-01-16 22:24

TCGA Cox模型-训练集、内部验证集、外部验证集综合构建Cox风险模型①

2021.11.12初版2021.11.16更新单因素COX输出结果，多了半边括号...本系列主要用于通过使用训练集（train）、内部验证集（test1组）、外部验证集（test2）联合对感兴趣的基因进行Cox回归模型的构建，并用于预测患者的临床预后情况，通过生存曲线、ROC曲线、生存状态图对模型效能进行可视化胡乱调侃，与正题无关，赶时间的友友直接刷掉哈~误入BioInfor的大黄鸭--一个喜欢

误入BioInfor的大黄鸭·2021-11-16 22:49

TCGA肿瘤数据预处理与分组

inputFile="tcgaRBPexp.txt"library(limma)library(stringr)#读取输入文件，并对输入文件整理,多个基因取平均为一个基因表达rt=read.table(inputFile,sep="\t",header=T,check.names=F)rt=as.matrix(rt)rownames(rt)=rt[,1]exp=rt[,2:ncol(rt)]dim

萍智医信·2021-10-20 13:43

安笙依萍·2021-09-29 10:44

TCGA数据的一致性聚类实战和可视化

通过不同的聚类算法，依据不同的基因或指标给样本聚类，是数据挖掘文章里面经常出现的操作咯。接下来要写写不同聚类方法的介绍和代码实现啦。1.输入数据目前从网上找到的代码大多是帮助文档的示例数据ALL，是个log过后的表达芯片数据，作者取了mad最大的5000个基因，并且把每个基因的表达量减去了中位数，使数据分布范围在0上下。芯片数据，就照这个样子处理。那RNA-seq数据呢，是应该用log2后的FPK

小洁忘了怎么分身·2021-08-28 14:35

学徒复现【综合】

来源：【别处】#学徒作业【01生信技能书：完整】#学徒作业【01】学徒数据挖掘代码打包数据差异分析TCGA数据差异分析整理言语治疗师Siyang的博客-CSDN博客【PCA图片更美观】GEO数据挖掘-第二期

医只蜗牛·2021-08-24 20:41

TCGA数据下载(2)：Downloading Dataset from TCGA via TCGAbiolinks

前言上一章TCGA数据下载：DownloadingDatasetfromTCGAviaTCGAbiolinks简单介绍了如何下载数据，这一章是更为全面的下载和预处理TCGA数据。

华仔少年·2021-08-17 14:05

TCGA数据下载：Downloading Dataset from TCGA via TCGAbiolinks

前言肿瘤的多组学分析过程，我们常需要从TCGA下载相关的数据，这里我们介绍使用TCGAbiolinks包下载数据的流程。最后数据分装成SummerisedExperiment格式。

华仔少年·2021-08-17 14:02

Python下载TCGA数据-1（自己捣鼓版本）

现在用python下载和处理（文件名对应TCGAbarcode），主要是通过任务带一下自己对python的学习；准备说明一共3个脚本，分别为var.py,fu.py和total.py;这里其实主要参考了，TCGA

Juan_NF·2021-08-14 09:10

TCGA数据库介绍

转载：https://biozx.top/TCGA-introduce.html简介肿瘤基因组图谱(TCGA)计划由美国NationalCancerInstitute(NCI)和NationalHumanGenomeResearchInstitute

我是爱哭虫小鱼·2021-08-13 11:09

TCGA肿瘤微环境分析（免疫和基质评分）2.0

(一)、TCGA_STAD_FPKM数据下载1)下载表达数据第一步：

养猪场小老板·2021-08-12 01:08

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