TCGA 第7页

学学习笔记：利用TCGA Assembler工具下载及处理数据

下载包的作者提供的下载地址：https://github.com/compgenome365/TCGA-Assembler-2文献引用：TCGAassembler2:softwarepipelineforretrievalandprogressingofTCGA

Eric's blog·2023-01-19 08:43

生信人的20个R语言习题

上学期在学校跟练了GEO数据挖掘，看了TCGA数据挖掘有关知识，还没来得及实操。

你真的不能替我学吗·2023-01-17 09:36

筛选数据库_筛选TCGA数据库中低级神经胶质瘤微环境中的预后基因

AnnTranslMedIF:3.297Publishedin2020.3.8Introduction肿瘤微环境(TME)是肿瘤灶所在的细胞环境。它由内皮细胞，炎性介质，间充质细胞以及免疫细胞和基质细胞组成。其中，免疫细胞和基质细胞是两个主要的非肿瘤成分，在癌症的诊断和预后中具有重要意义。LGG肿瘤细胞形成了肿瘤微环境的复杂环境，最终促进了肿瘤细胞转录组的适应性和疾病进展。另一方面，研究表明TME

glow law·2023-01-17 09:47

hive随机抽取100条数据_使用TCGA数据随机抽取基因形成虚拟panel计算TMB

为了完成这个小探索，遇到了一个以前从来没有注意的问题，就是不同数据库对基因注释的记录差异问题。https://mp.weixin.qq.com/s/2QJvQxVECcxpJIsId1pHYAhttps://mp.weixin.qq.com/s/MDpX3tWQ7dojy84WjGuoZg前些天朋友圈被刷屏的一个研究(https://mp.weixin.qq.com/s/aKt0RRNFo9Nyd

坑货两只·2023-01-14 08:17

数据库生存曲线_又双叒一款生存分析数据库: LOGpc

但同一基因可能在不同数据库中产生相反的结论，这主要是由不同的数据来源和不同的cutoff值而致，有用TCGA的，有用GEO的，有综合多个数据集的。

希望阳光下·2023-01-12 23:55

表达矩阵任意两个基因相关性分析批量相关性分析 tcga geo 矩阵中相关性强的基因对基因相关性

2.我们的注释方法依赖于TCGA大样本，既然他可以注释基因，那么任何跟肿瘤相关的基因都可以被注释，包括长链非编码RNA下面操作开始：1.加载已经整理好的癌症数据load(file="exprSet_arrange.Rdata

YoungLeelight·2023-01-12 23:24

8秒完成2万个基因的生存分析运行速度太慢怎么办批量单基因生存回归 tcga geo数据分析策略

https://blog.csdn.net/qq_52813185/article/details/127588907?csdn_share_tail=%7B%22type%22%3A%22blog%22%2C%22rType%22%3A%22article%22%2C%22rId%22%3A%22127588907%22%2C%22source%22%3A%22qq_52813185%22%7D

YoungLeelight·2023-01-12 23:51

lasso回归_生存分析之lasso回归代码

点击上方“小梦游仙境”带你去看小星星代码来自老大github：https://github.com/jmzeng1314/tcga_example中的step05-lasso这篇仅仅是代码，图片的解析后面学习过再继续记录呢

weixin_39986543·2023-01-08 14:34

geo差异表达分析_GEO实操|limma分析差异基因

欢迎关注医科研公众号，这里是白介素2的读书笔记：)跟我一起聊临床与科研的故事,生物医学数据挖掘，R语言，TCGA、GEO,SEER数据挖掘。

YLinQB·2023-01-07 13:18

TCGA数据集下载及gdc-client相关问题汇总

本文仅针对使用过程中出现的诸多错误提示符，由于网上关于gdc-client的教程非常多，不做搬运。1.Win环境下的gdc-client下载与使用：问题：ERROR:Unabletosavestate:[WinError17]系统无法将文件移到不同的磁盘驱动器。解决方案：win环境下目前测试仅能在系统盘，即C盘运行下载，无法手动更改路径至其他，否则会报上述错误。无奈将将对应的gdc-client.

StandWisdom·2023-01-06 17:33

（WSI分类）WSI分类文献小综述

用的是TCGA数据集。Predictingnon-smallcelllungcancerprognosisbyfullyau

qq_782808845·2023-01-05 21:41

TCGA数据挖掘--神经胶质瘤（GBM）差异mRNA分析

文章目录1.TCGA-GBM数据下载2.提取mRNA数据3.ID转换，ensemblID转换为symbolID4.数据整理5.PCA6.差异表达7.富集分析1.TCGA-GBM数据下载{library(

obwte·2023-01-05 10:51

Metaminer：TCGA新玩法，代谢亚型（metabolic subtypes）分类

引言：挖掘TCGA数据库的文章在PubMed中有超过10000篇，可以说基本被我们玩的差不多了，什么肿瘤亚型，生存预后，免疫浸润，等等，在你找不到新思路的时候，不妨来看看这篇有关TCGA代谢亚型分类的文章

余丁，微生信·2023-01-01 13:04

Unsupervised clustering reveals new prostate cancer subtypes

癌症基因组图谱（TCGA）RNA-Seq数据用于训练分类器。基于分类器的三个亚型被测试是否具有临床数据存在显着差异。其他三组按分类器分类并验证。结果：分类器有183个基因。

weixin_34208185·2023-01-01 13:04

TCGA样本分型

首先我们要定义所有样本的分型我们从TCGAbiolinks中获取library(TCGAbiolinks)subtypesdim(tcga_normal_need)###[1]6048387####97

sayhello1025·2023-01-01 13:02

回归分析beta值的标准_TCGA+biomarker——单因素Cox回归

生存分析KM法与Cox法异同KM方法即Kaplan-Meiersurvivalestimate是一种无参数方法(non-parametric)来从观察的生存时间来估计生存概率的方法。KM生存分析模型，是单变量分析(univariableanalysis)，在做单变量分析时，模型只描述了该单变量和生存之间的关系而忽略其他变量的影响。同时，Kaplan-Meier方法只能针对分类变量(治疗Avs治疗B

安仔弹吉他·2022-12-31 08:25

用python对数据进行主成分分析、类概念描述及特征化分析-用户手册

数据源是TCGA。

sov_cc·2022-12-30 19:02

用python对数据进行主成分分析、类概念描述及特征化分析-实验报告

数据源是TCGA。

sov_cc·2022-12-30 19:31

桓峰基因专属兔年宠粉福利，免费包邮领取！无套路，直接领，最后46位，先到先得！...

转录分析教程整理如下：RNA1.基因表达那些事--基于GEORNA2.SCI文章中基于GEO的差异表达基因之limmaRNA3.SCI文章中基于TCGA差异表达基因之DESe

桓峰基因·2022-12-28 16:55

傻瓜式快速下载TCGA数据（win x86版本）

1、GDC筛选检索下载需要数据的Manifest文件TCGA改版后，下载方式变得大为不同，数据都整合在GDC（GenomicDataCommons）的DATAPORTAL中，网址：https://portal.gdc.cancer.gov

heart_6662·2022-12-27 16:30

芯片数据分析笔记【02】 | 芯片数据库

芯片数据分析笔记【01】|基因芯片的基本原理比较大的芯片数据库有美国NCBI的GEO，欧洲EMBL-EBI的ArrayExpress，日本DDBJ的GEA，不过这个GEA直接连接到ArrayExpress，还有TCGA

【云森】·2022-12-24 08:06

数据挖掘—GEO,TCGA,Oncomine联合（三）GEO数据的下载和数据质量分析

系列文章目录数据挖掘—GEO,TCGA,Oncomine联合数据(一)挖掘概述数据挖掘—GEO,TCGA,Oncomine联合（二）GEO在线工具的应用前言要做分析那肯定要下载数据，这下载数据的过程大家肯定都会

生信学徒·2022-12-24 08:34

TCGA学习笔记一

1.背景介绍重要数据外显子数据表达数据小RNA测序数据拷贝数芯片甲基化数据蛋白质组学数据临床信息癌症背景知识网页工具大全GDCcbioportal：按照paper来分类的UCSCFIREHOSEoncolncgepiatanric相关数据库GTExCCLE2.使用UCSCXera网页工具浏览器搜索UCSCXera，点击LaunchXera即可以在线搜索某些癌症的信息，先在Search栏输入癌症名，

你真的不能替我学吗·2022-12-17 11:24

生物信息学常用数据库

写在前面说来惭愧，感觉读到研究生，说来说去张口闭口也就是TCGA、GEO、ARRAYEXPRESS、GTEX数据库，感觉还不如一些临床医生自学生物信息学的，平常都没去探索一些新的数据库，这边做个记录.黑色部分代表我查到的简介

愿航·2022-12-16 11:17

TCGA数据库的基因表达情况分析

TCGA数据库的基因表达情况分析数据内容TCGA、GTEX数据库下载的数据内容形式如下：A：样品B：表达水平C：样品类型（正常组织和癌组织）D：数据源乳腺癌的基因表达情况以乳腺癌为例：筛选出TCGA的乳腺癌表达情况在

super_qun·2022-12-15 21:02

利用TCGA癌症基因进行差异分析

TCGA癌症基因差异分析步骤文章目录TCGA癌症基因差异分析步骤1.数据库下载2.将分散的文件转化为矩阵3.将矩阵id转化为基因名4.进行差异表达分析1.数据库下载进入TCGA数据库官网，根据自己的需求下载各种癌症的数据库

涂apple·2022-12-15 21:00

r语言相关性分析_R语言的相关性分析

花花写于2020-04-06，TCGA和R包都告一段落，这几天开始学些统计学知识。

weixin_39991926·2022-12-14 17:02

RNA-seq分析_DEseq2代码整理总结

#首先整理TCGA基因表达矩阵，在肿瘤样本，有一个样本既有原位癌也有转移数据，要删去肿瘤转移表达数据rm(list=ls())library(DESeq2)library(limma)读入表达矩阵与样本信息

橙子榴莲巧克力·2022-12-12 14:46

生信分析（1）：单变量+多变量COX分析

从TCGA上下载数据库和临床数据之后，往往需要进行COX分析，一般的分析思路是先进行单变量，在进行多变量的分析。然而，当关注的基因比较多是，手动输入就会比较麻烦。

啥都会一点的DJX·2022-12-09 21:04

GEO和TCGA

GEO数据库简介1、GEO数据库是个什么鬼呢？GEO数据库全称GENEEXPRESSIONOMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，也就是说只要是目前已经发表的论文，论文中涉及到的基因表达检测的数据都可以通过这个数据库中找到。关键是这个数据是免费的！免费的！免费的！这么想一想世界还是很美好的。

我是小飞熊·2022-12-04 16:49

临床公共数据库挖掘系列1---seer数据库注册

seer数据库是美国的癌症数据库，最初是用于社会保险，今年来在医学领域也有广泛的应用，seer数据库的数据非常庞大，指标众多，比TCGA癌症数据库大很多，不容易出现你发表的论文别人已经发表了这种尴尬情况

天桥下的卖艺者·2022-12-04 16:15

生物信息学【1】：cBioPortal数据库

（cBioCancerGenomicsPortal综合分析癌症基因和临床资料）•官方网址：www.cbioportal.org/•简介：cBioPortal网站整合了126个肿瘤基因组研究的数据，包括TCGA

ZhuNian的学习乐园·2022-12-04 12:38

数据库数据 | TCGA数据库33种癌症的 transcriptome profiling (RNA-Seq) 数据

TCGAbiolinks包数据类型：RData变量名称：expDataTPM/Counts/FPKM>##加载数据，数据对象是一个数据框，变量名称是：expDataTPM>load("processedTCGAdata/TCGA-RNASeq-TPM

【云森】·2022-12-04 08:30

单基因泛癌表达箱线图和配对箱线图展示

cohort=TCGA%20Pan-Cancer%20(PANCAN)&removeHub=

小熊_wh·2022-11-24 17:26

TCPA:肿瘤RPPA蛋白芯片数据中心

蛋白组学数据的分析是肿瘤病理生理学领域常用的手段之一，在TCGA项目中，广泛使用了反相蛋白芯片reverse-phaseproteinarrays(RPPA)技术来进行肿瘤蛋白质组的研究。

生信修炼手册·2022-11-23 07:45

生信_反相蛋白阵列（RPPA）_附实例

反相蛋白阵列（RPPA）文章目录反相蛋白阵列（RPPA）RPPARPPA数据的形式level1level2level3（较常用到）level4数据下载TCGA蛋白质数据可视化网站TCPARPPA数据分析示例

一条兔子·2022-11-23 07:42

“非因线上讲堂”RPPA新型蛋白组学系列第一讲——RPPA技术在TCGA中的应用

非因生物诚邀您参加2021年8月25日下午3:00-4:00举办的“RPPA新型蛋白组学系列第一讲——RPPA技术在TCGA中的应用”线上会。

BroH·2022-11-23 07:34

“非因线上讲堂”多组学前沿技术系列讲座开始啦！！！

作为美国泛癌多组学项目TCGA（TheCancerGenomeAtlas）的核心蛋白组学技术平台，RPPA（ReversePhaseProteinArray）反相蛋

BroH·2022-11-23 07:34

新版TCGA表达矩阵1行代码提取2.0版

配合视频教程使用更佳：【1行代码提取6种TCGA表达矩阵和临床信息】https://www.bilibili.com/video/BV12R4y197Ne/?

医学和生信笔记·2022-11-16 13:23

TCGA数据库的数据下载

今天带大家学习一下数据挖掘经常用到的一个数据库——TCGA数据库的数据下载首先我们要知道TCGA数据库即肿瘤基因组图谱计划，是由NationalCancerInstitute(NCI,美国国家癌症研究所

生信大碗·2022-11-07 10:43

转录组数据分析——原始数据质量控制（QC）

目的质量控制的目的是全面查看原始数据的质量，内容包括碱基质量评估、GC含量检验、N碱基数量评估、TCGA碱基分布、k-mer数量检验等。

生信助手·2022-11-07 08:01

利用UCSC Xena做TCGA数据库的生存曲线分析

利用UCSCXena做TCGA数据库的生存曲线分析UCSC的分析入口打开UCSCXena网站：UCSCXena。

super_qun·2022-11-02 11:25

TCGA_生存分析

library("survival")library("survminer")生存分析需要三个vector，在一个dataframe中：生存时间，以mouths或者days作单位；结局，"Dead"或者"Alive"，"Alive"是截尾数据，"Dead"是完全数据；分组信息。Age_oldvsyoung一、读入数据data_clmedian(meta$age_at_index),'old','y

老实人谢耳朵·2022-11-02 11:25

r语言中which的使用_在TCGA中下载数据并做生存分析图-R语言实现

好，言归正传，今日讲的内容是：在TCGA中下载自己专业的或感兴趣的疾病数据，并做感兴趣基因的生存分析图。

weixin_39804631·2022-11-02 11:55

r语言npsurv_R语言之生信④TCGA生存分析1

目录R语言之生信④TCGA生存分析1=========================================================正文生存分析(Survivalanalysis)是指根据试验或调查得到的数据对生物或人的生存时间进行分析和推断

weixin_39548740·2022-11-02 11:54

tcga数据下载_单基因生信分析流程（1）一文解决TCGA数据下载整理问题

文章发布于简书博客：柳叶刀与小鼠标（单基因生信分析流程（1）一文解决TCGA数据下载整理问题）原因在平常科研工作中，经常有师兄师姐师弟师妹问我：我现在有一个单基因，我该怎么开展生信研究？

weixin_39779928·2022-11-02 11:54

php 生存分析,KM-plotter在线做生存分析

繁心花少·2022-11-02 11:24

R语言 plot swimmer_TCGA生存分析的偷懒捷径：不用R语言，照样画曲线

做肿瘤研究的过程中，生存分析是一个很常见的研究分析，研究者可以根据生存分析的结果判断某个因素，比如基因表达，对患者预后生存的影响TCGA这个肿瘤研究的宝库包含了多个肿瘤的生存数据，一直以来都是数据挖掘的宝库

大禹倒杯茶·2022-11-02 11:24

TCGA下载基因表达矩阵、可视化分析

方法1：选择RNA-Seq找TSV格式open的文件加入购物车进入到购物车点download--cart打开下载后的tsv格式文件方法2：(9条消息)基于TCGA数据库的差异基因分析实现_学习的派大星的博客

偷了月亮的猫猫·2022-11-02 11:23

利用tcga数据做生存分析

####teachcode####library(survival)#readexpressiondataandmodifyitsclassandcolnames/rownames#PAAD_gene_expression.csv数据已经经过Z_转换的数据。z_rna1.96,1,0)))in_clin_tum<-match(colnames(z_rna),rownames(all_clin))t

aorong2257·2022-11-02 11:23

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