TopHat 第2页

RNA-seq分析流程大比较

HISAT2+StringTie+BallgownTophat2+cufflinks+cuffdiffHISAT2+featureCounts+DESeq2Tophat2+featureCounts+DESeq2subread

热衷组培的二货潜·2021-05-14 01:56

第8章形态学操作 -- 8.2 通用形态学函数 cv2.morphologyEx()

学习笔记通用形态学函数cv2.morphologyEx1.开运算cv2.MORPH_OPEN2.闭运算cv2.MORPH_OPEN3.形态学梯度运算cv2.MORPH_GRADIEN3.礼帽运算cv2.MORPH_TOPHAT3

Enzo 想砸电脑·2021-01-14 08:11

samtools直接查看bam文件

SAM和BAM是序列比对之后常用的输出格式，比如tophat输出BAM格式，bowtie和bwa等都采用了SAM格式。BAM格式其实就是SAM格式的二进制格式，占用存储空间更小。

hs6605015·2020-09-23 20:16

读浅墨博客十一笔记

我们可以用形态学梯度来保留物体的边缘轮廓（2）顶帽运算（TopHat）又常常被译为”礼帽“运算。为原图像与上文刚刚介绍的“开运

微凉的墨-楠楠·2020-09-17 13:51

【图像处理】腐蚀（erode）和膨胀（dilate）

dilate）OpenCV实现C++实现python实现开运算（OpeningOperation）闭运算（ClosingOperation）形态学梯度（MorphologicalGradient）顶帽运算（TopHat

Zhang_Chen_·2020-09-17 10:27

Opencv项目实战：停车场车位识别

停车场车位识别GITHUB地址GITHUB解决过程如下形态学操作对原始图像预处理操作，然后第一步给某一帧图像套上mask遮罩，原始图像和遮罩如下图所示：然后对图片二值化等基本操作，得到的结果进行礼帽操作（TOPHAT

布莱雅王子·2020-09-14 12:59

samtools使用大全

samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是短序列比对工具如bwa,bowtie2,hisat2,tophat2等等产生的，具体格式可以在消息框输入“SAM”查看）的工具合集，包含有许多命令

宁生信·2020-09-14 09:36

samtools命令大全

samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是序列比对工具如bwa，bowtie2，hisat2，tophat2等等产生的）的工具合集，包含有许多命令，以下是常用命令的介绍。

chen_amiao·2020-09-14 08:04

RNAseq005 转录组入门(5)：序列比对

1.2寻找新剪切位点但是如果需要找新的isoform，或RNA的可变剪切，看外显子使用差异的话，需要TopHat,HISAT2或者是STAR这类工具用于找到剪切位点。

caoqiansheng·2020-09-13 22:20

Samtools使用大全

SAM和BAM格式的比对文件主要由bwa、bowtie2、tophat和hisat2等序列比对工具产生，用于记录测序reads在参考基因组上的映射信息。

Davey1220·2020-09-13 21:55

在不刷新页面的情况下使用 DOM 改变网页界面

MagicHatfunctionshowRabbit(){varhatImage=document.getElementById("topHat");hatImage.setAttribute("src

zhaoxiaoyang5156·2020-09-13 17:50

Bowtie2的安装与使用

许多其他的软件经常会调用Bowtie，如常见的TopHat，Cufflinks等Read:GACTG

weixin_30606461·2020-09-12 07:38

FPGA设计——图像处理(Tophat形态学滤波)

1.概述本设计采用FPGA技术，实现CMOS视频图像的Tophat形态学滤波，并通过以太网传输(UDP方式)给PC实时显示。

weixin_34014277·2020-09-11 17:18

机器学习进阶-图像形态学变化-礼帽与黑帽 1.cv2.TOPHAT(礼帽-原始图片-开运算后图片) 2.cv2.BLACKHAT(黑帽闭运算-原始图片)...

1.op=cv2.TOPHAT礼帽：原始图片-开运算后的图片2.op=cv2.BLACKHAT黑帽：闭运算后的图片-原始图片礼帽：表示的是原始图像-开运算(先腐蚀再膨胀)以后的图像黑帽：表示的是闭运算(

weixin_34294649·2020-08-24 03:51

OpenCV（三）之图像形态学处理

之图像形态学处理）Morphology系列Morphology-Erode（腐蚀）Morphology-Dilate（膨胀）Morphology-开运算与闭运算Morphology-梯度运算Morphology-TOPHAT

DeepLearningJay·2020-08-23 23:49

OpenCV-形态学操作

（去掉小黑块）3.形态学梯度(MORPH_GRADIENT)膨胀减去腐蚀4.顶帽(MORPH_TOPHAT)原图像与开操作之间的差值（变黑的部分）5.黑帽(MORP

just_tree·2020-08-23 22:59

一种基于局部最小代价分水岭变换的图像分割新方法阅读笔记

主要采用了分水岭变换,这个我有了个大概的了解.采用局部分割:1数学形态学的图像镇强,tophat和buttomhat2candy边缘监测3用膨胀运算和腐蚀运算上面都是我要学习的内容

benbendy1984·2020-08-23 05:17

ZT:lncrna分析流程

author:风吹过的94data:2016-051.QC2.比对(tophat2)bowtie2-buildgenome.fa*.bowtie2#建立索引tophat2-p16-Ggenome.gtf

felixhell·2020-08-22 00:39

在OpenCV里实现顶帽变换和底帽变换

现在来定义顶帽变换是图像减去开运算的结果，即是：dst=tophat(src,element)=src−open(src,element)定义底帽变换是图像的

caimouse·2020-08-21 18:12

bam2bw,上传ucsc可视化

首先用tophat，hisat等比对软件生成BAM文件然后用deeptoos转化deeptoolsInstallationcondainstall-cbiocondadeeptoolsbamCoverage

547可是贼帅的547·2020-08-19 04:21

第12课形态学操作之开、闭、梯度、顶帽和黑帽操作

目录1.开操作（Open）2.闭操作（Close）3.形态学梯度（MorphologicalGradient）4.顶帽（Tophat）5.黑帽（Blackhat）6.相关API7.例程1.开操作（Open

罗同学777·2020-08-13 22:56

opencv3学习之形态学（腐蚀／膨胀／开运算／闭运算／顶帽／黑帽）

开运算MORPH_OPEN闭运算MORPH_CLOSE顶帽MORPH_TOPHAT黑帽MORPH_BLACKHAT1.这些效果的使用如设置开运算的效果，则调用函数：morpologyEx(src_Image

酸甜味儿的萌萌酱·2020-08-13 21:25

opencv morphologyEX 图像数学形态学

g_dstImage;intg_nTrackbarNumber=0;intg_nStructELementSize=3;enumopt{OPEN=0,//开运算CLOSE,//闭运算GRADIENT,//形态学梯度TOPHAT

dongfangxingyu1·2020-08-13 19:49

花老湿OpenCV学习：形态学操作（开、闭运算，形态学梯度，顶帽，黑帽）

花老湿·2020-08-13 18:14

EmguCV Image类中的函数（二）使用MorphologyEx进行更多的变换

Emgu.CV.CvEnum.ElementShape.Rectangle,newSize(5,5),newPoint(2,2));imageBox1.Image=a.MorphologyEx(Emgu.CV.CvEnum.MorphOp.Tophat

aszxs·2020-08-13 16:33

OpenCV开运算（Opening）闭运算（Closing）形态梯度（Gradient）TopHat、BlackHat

《OpenCV系列教程》项目位置OpenCVSample代码位置：15-OpeningClosingGradientTophatBlackhat.pyimportcv2kernel=cv2.getStructuringElement(cv2.MORPH_RECT,(3,3))img=cv2.imread('./res/jeep.jpeg')cv2.imshow('org',img)opening=

王小鹏鹏·2020-08-13 15:05

顶帽运算和黑帽运算

顶帽（TopHat）顶帽运算（TopHat）又常常被译为”礼帽“运算。

weixin_33795093·2020-08-13 11:10

OpenCV学习十二：morphologyEx，图像的开运算、闭运算、顶帽运算、黑帽运算以及形态学梯度

（CV_MOP_TOPHAT）；黑帽---原图像闭操作—原图像（CV_MOP_BLACKHAT）；api：morph

Thomas会写字·2020-08-13 10:47

转录组分析

实验记录：实验目的：下载参考基因组:hg19.UCSCRefSeqCDS.fasta和参考蛋白质hg19.UCSCRefSeqproteins.fasta，下载很hg38参考基因组，通过tophat2和

┡狼儿本色～々·2020-08-08 00:46

OpenCV形态学变换(erode,dilate,Opening,Closing,Morphological Gradient,Top Hat,Black Hat)

形态学变换的方法有以下几种：腐蚀：erode膨胀：dilate开运算：Opening闭运算：Closing形态梯度：MorphologicalGradient顶帽：TopHat黑帽：BlackHa

疯狂的Little_Bee·2020-08-07 16:11

OpenCV-Python学习之路-9：Morphological Transformations(形态学转换)

文章目录参考依据目标形态学转换1.Erosion腐蚀2.Dilation膨胀3.Opening4.Closing5.MorphologicalGradient6.TopHat7.BlackHatStructuringElement

我是大黄同学呀·2020-08-03 22:46

Tophat-fusion Manual

ManualBeginningusersshouldtakealookattheGettingstartedguideforatutorialonrunningTopHat-Fusion.HowtousefusionmappingAfterrunningtophat,youcanruntophat-fusion-posttofilteroutfusioncandidates.Usage:topha

海骆驼·2020-07-15 01:33

OpenCV-Python形态变换、图像金字塔、轮廓属性、直方图

丢弃边缘，变小）（2）腐蚀（增加边缘，变大）（3）打开（对轮廓外部的噪点可丢弃）（4）关闭（对轮廓内部的噪点可丢弃）（5）形态梯度（MorphologicalGradient侵蚀与腐蚀的差值图）（6）TopHat

程序媛一枚~·2020-07-12 22:30

OpenCvSharp 学习笔记11 --图像的膨胀与腐蚀：形态学操作

形态学操作包括：开操作–Open闭操作–Close形态学梯度–MorphologicalGradient顶帽–Tophat黑帽–BlackhatAPICV2.MorphologyEx()参数描述InputArraysrc

haixin-561·2020-07-12 11:17

openCV学习笔记十一：膨胀与腐蚀（二）

getStructuringElement()形态学其他操作，基于膨胀和腐蚀，利用morphologyEx()函数进行操作.开运算（参数为MORPH_OPEN）闭运算（参数为MORPH_CLOSE）顶帽（参数为MORPH_TOPHAT

楼阁之束·2020-07-11 20:21

使用tophat2和cufflinks进行转录组分析

处理原始数据和参考基因组数据后，开始比对分析。将比对所需参考基因组的索引文件和基因组注释文件存放于hg19文件夹，并将sra文件解压至Fastq文件夹。主要步骤：1.用Ttimmomatic对fastq数据去接头。mkdirtrim_out#创建一个存放用Trimmomatic去接头的输出文件夹foriinFastq/*fastqdoecho$ia=$(echo$i|cut-d"/"-f5|cut

孤久成瘾_1180·2020-07-09 06:20

基因表达分析（前传）-准备count矩阵

还在利用hisat,tophat这些耳熟能详的软件将read比对到基因组（转录组）上，然后统计每个基因的count数么？试试这些不需要比对，速度更快的工具吧。

weixin_34129696·2020-07-08 17:13

cufflinks使用-2 (2018-05-29)

简单点lili·2020-07-08 09:24

opencv学习笔记3：图像处理

cvMorphologyEx一般化的形态学，操作选项有-CV_MOP_OPEN开运算不需要临时图像-CV_MOP_CLOSE闭运算不需要临时图像-CV_MOP_GRADIENT形态梯度需要临时图像-CV_MOP_TOPHAT

mingo_敏·2020-07-08 04:41

1.7opencv学习笔记形态学操作

close):先腐蚀后膨胀,可以填充小的洞（fillhole）(3).形态学梯度(MorphologicalGradient):膨胀减去腐蚀,又称为基本梯度（其它还包括-内部梯度、方向梯度）(4).顶帽(tophat

科学无解·2020-07-07 23:31

opencv 图像礼帽和图像黑帽的实现

python+OpenCV图像礼帽图像礼帽也叫图像顶帽礼帽图像=原始图像-开运算图像得到噪声图像开运算：先腐蚀再膨胀使用对象：二值图像使用方法：morphologyExcv2.MORPH_TOPHAT结果

·2020-07-07 16:51

opencv学习笔记14：图像礼帽，图像黑帽

python+OpenCV图像礼帽图像礼帽也叫图像顶帽礼帽图像=原始图像-开运算图像得到噪声图像开运算：先腐蚀再膨胀使用对象：二值图像使用方法：morphologyExcv2.MORPH_TOPHAT结果

总裁余·2020-07-06 16:38

OpenCV学习教程之形态学操作

目标本文尝试解答如下问题:如何使用OpenCV函数morphologyEx进行形态学操作：开运算(Opening)闭运算(Closing)形态梯度(MorphologicalGradient)顶帽(TopHat

为他种太阳·2020-07-06 04:52

FPGA形态学滤波设计

文章目录顶层框架设计子模块设计比较子模块(min_max)设计一维形态学腐蚀/膨胀子模块(morph_1d)设计二维形态学腐蚀/膨胀子模块(morph_2d)设计二维形态学开运算子模块(morph_open_2d)设计二维形态学Tophat

春哥笔记·2020-07-04 13:41

tophat2+cufflinks转录组测序（2)—去接头>比对>差异分析

在将原始数据和参考基因组数据处理好以后，就开始开始比对分析了比对所用到的参考基因组的索引文件和基因组注释文件都存放在hg19文件夹将sra文件解压至Fastq文件夹主要步骤有下列几步1用Ttimmomatic对fastq数据去接头mkdirtrim_out#创建一个存放用Trimmomatic去接头的输出文件夹foriinFastq/*fastqdoecho$ia=$(echo$i|cut-d"/

孤独巡礼_435a·2020-07-02 04:55

Python-OpenCV 图像处理（二十四）：图像形态学（顶帽、黑帽、形态学梯度）

顶帽（TopHat）：原图像与开运算图的区别（差值），突出原图像中比周围亮的区域黑帽（BlackHat）：闭操作图像-原图像,突出原图像中比周围暗的区域形态学梯度（Gradient）：基础梯度：基础梯度是用膨胀后的图像减去腐蚀后的图像得到差值图像

zx_good_night·2020-06-30 20:45

Open CV 学习笔记: 形态学图像处理

基本形态学操作：腐蚀(Erosion)膨胀(Dilation)其他形态学操作：开运算(Opening)闭运算(Closing)形态梯度(MorphologicalGradient)顶帽(TopHat)黑帽

Roly_Yu·2020-06-30 08:37

RNASeq的分析流程软件

之前一直用的是Tophat+Htseq-count+Deseq2的分析组合来做rnaseq的回帖，确定基因表达量，以及做差异基因的分析。

傅小潇·2020-06-29 17:12

RNA-seq 学习之一：Tophat + cufflinks 套装分析转录组

一、数据集准备选择GSE132693：RNAseqofprostatecancercells(PC3andDU145)treatedwith2.5uMpentamidineorvehicle.作为分析数据数据下载$for((i=2576;iEnsembl_hg38_genome.fa";formy$a(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,

归鹤鸣·2020-06-28 18:28

biostarhandbook|你真的懂mRNA-seq数据分析了嘛?

一开始我对mRNA-seq数据分析一无所知，跑了"tophat+cufflinks"的流程也不知道每一步的原因，把“RNA-seqdataanalysis：Apraticeapproach”看了好几遍，

徐洲更hoptop·2020-06-28 02:51

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