TopHat

Python+OpenCV图像处理之其他形态学操作

顶帽（TopHat）：原图像与开操作之间的差值图像，突出原图像中比周围亮的区域黑帽（BlackHat）：闭操作图像与原图像的差值图像,突出原图像中比周围暗的区域形态学梯度（Gradient）：基础梯度：
weixin_30377461·2020-06-27 18:54

RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析

差异分析的步骤：1）比对；2）readcount计算；3）readcount的归一化；4）差异表达分析；背景知识：1）比对：普通比对：BWA，SOAP开大GAP比对：Tophat（Bowtie2）；2）
宁生信·2020-06-26 12:20

RNA-Seq数据分析

TopHat是一个把reads回帖到基因组上的工具。首先用Bowtie把reads回帖到基因组上，然后通过拼接，我们就可以在基因组上看到一些reads堆叠起来的区域，称为consensus,这
huangliangbo0805·2020-06-23 15:08

转录组入门(5)：序列比对

TopHat首次被发表已经是7年前，STAR的比对速度
Jessie Yang·2020-06-23 06:35

27.形态学处理图像效果（形态学梯度计算/开运算/闭运算/顶帽运算/黑帽）--- OpenCV从零开始到图像（人脸 + 物体）识别系列

www.jianshu.com/u/45da1fbce7d0本文你会找到以下问题的答案:形态学梯度计算（详解）开运算（OpeningOperation）闭运算（Closingoperation）顶帽运算（TopHat
小嗷的日常·2020-06-22 16:14

【OpenCV学习3】图像形态学操作

structureelement)2.增强可视化效果的一个API：3.进行形态学操作的API：4.转化为二值图像：图像形态学的基本操作：1.膨胀：2.腐蚀：3.开操作（Open）4.闭操作（Close）5.形态学梯度：6.顶帽:（TopHat
S.E·2020-06-22 04:51

python + opencv图像处理——其他形态学操作

顶帽、黑帽、形态学梯度顶帽（tophat）是源图像与开操作之间的差值图像黑帽（blackhat）是闭操作图像与源图像的差值图像形态学梯度（Gradient）1、基本梯度：基本梯度是用膨胀后的图像减去腐蚀后的图像得到差值图像
xiao黄·2020-06-22 03:04

tophat软件比对-测试（2018-05-28）

1比对的是：相似菌参考基因和使用seqtk随机抽取出来的转录组数据。2bowtie2做index建索引结果1）使用方法：bowtie2-build；比如：path/bowtie2-buildgenome.fabowtie2index/genome2）参数说明：genome.fa是fasta文件；genome是要生成的索引文件的前缀名；bowtie2index是一个文件夹，用来存放索引文件，方便日后
简单点lili·2020-06-21 02:20

tophat软件比对-实战（2018-05-29）

bowtie2使用conda安装）安装建索引：bowtie2-buildAER314-4_scaffold.faAER314-4_scaffold.fa索引目录3readsmapping到参考基因组——tophat2
简单点lili·2020-04-11 04:28

Day 5 软件安装

不会污染大环境blast,blat质控，需要fastqc及multiqc，trim-galore或者很多其它软件trimmomatic,cutadapt比对的软件：star,hisat2,bowtie2,tophat
陈宇乔·2020-04-10 06:04

hisat2比对

一、建立索引建立基因组索引*hisat2-build–p4genome.fagenome建立基因组+转录组+SNP索引：bowtie2的索引只有基因组序列信息，tophat2比对时，转录组信息通过-G参数指定
小鹏_哒哒哒·2020-03-26 15:52

bam/sam 数据格式（2018-05-29）

locationNum=14&fps=1SAM和BAM是序列比对之后常用的输出格式比如tophat输出BAM格式，bowtie和bwa等都采用了SAM格式。
简单点lili·2020-03-15 04:14

RNA-seq流程各阶段软件的最优选择

一、mapping比对软件的选择比对软件有tophat、bwa、bowtie2、killisto
sober01·2020-02-26 00:02

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 3

但我认为，具体情况得看你的QC报告以及你的实验目的了目前在上游分析中：1.mapping常用的软件有tophat（逐渐被淘汰了），hisat，STAR（这个速度很快），其中STAR我比较推荐，
小潤澤·2020-02-25 12:21

基因表达分析（前传）-准备count矩阵

还在利用hisat,tophat这些耳熟能详的软件将read比对到基因组（转录组）上，然后统计每个基因的count数么？试试这些不需要比对，速度更快的工具吧。
徐洲更hoptop·2020-02-18 20:07

RNA-seq分析流程

概览Tophat回贴基因组Cufflinks拼接转录本Cuffmerge整合转录本Cuffdiff计算转录本表达量使用R绘制热图绘制维恩图Tophat回贴基因组首先，我们需要将reads回贴至基因组，Tophat
yangmqglobe·2020-02-18 01:27

RNAseq 完整操作流程

2.软件以及流程以及代码：本实验使用常规的Tophat2比对（1）样本制备、建库：总RNA--->polyA富集mRNA--->打断--->随机引物反转录成cDNA--->末端修复、加A、加接头RNA提取
我最有才·2020-02-10 05:07

RNA-seq :TopHat2 + Cufflinks分析流程(2018-05-28)

原文转自：RNA-seq:TopHat2+Cufflinks分析流程(2015-06-0917:21:42)1、测序数据质量控制：fastqc软件1）使用方法：/life/rjian/software/
简单点lili·2020-02-09 00:38

短序列比对软件参数和格式解读Bowtie2/SAM

TopHat:afastsplicejunctionmapperforRNA-seqreadsCufflinks:atoolfortranscriptome
大肥口水垫·2019-12-17 10:21

GO，KEGG，DO富集分析

这是我听B站鲮鱼不会飞视频（GO，KEGG，DO富集分析）里的笔记哦~当然有的地方加上的是我自己的理解，如果哪里和视频上讲的不一样那是我自己发挥的，自行忽略....市面上公司做RNA-Seq的一般流程是：tophat2
黄晶_id·2019-12-16 08:13

tophat2和cufflinks安装

tophat2{官网下载}首先安装好bowtie2下载地址：http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/下载（最新版本的）解压：unzipbowtie2
Redshape·2019-11-29 13:24

[转]samtools使用大全（2018-05-29）

blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72910115samtools是一个用于操作sam和bam文件（通常是短序列比对工具bwa,bowtie2,hisat2,tophat2
简单点lili·2019-11-08 09:18

OpenCV for iOS 学习笔记（十）—— 形态学变换

形态梯度(MorphologicalGradient)膨胀图与腐蚀图之差顶帽(TopHat)原图像与开运算结果图之差黑帽(B
FLNuo·2019-11-07 21:48

转录组分析进阶

建库结果与测序结果的质控策略转录组的比对与定量策略常用比对策略介绍：bowtie,Tophat,STAR,HISAT选择合适的参考基因组（hg19/hg38）
黄晶_id·2019-09-26 17:04

tophat2安装和问题的解决

在安装tophat2安装简单但会碰到的问题tophat2安装wgethttp://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.0.Linux_x86
狗蛋儿张·2019-08-08 10:04

tophat2+cufflinks转录组测序实例（1）-数据准备

tophat2+cufflinks转录组测序实例将为你介绍转录组测序也就是最近热门的RNAseq整个流程，有兴趣的小伙伴可以一起讨论学习！
邱俊辉·2018-12-25 23:29

图像处理--形态学 top Hat - black Hat

膨胀(dilate)腐蚀(erode)开运算(openingOperation)开运算其实就是先腐蚀再膨胀闭运算(closingOperation)闭运算其实就是先膨胀再腐蚀顶帽(topHat)顶帽就是原图与开运算图之差顶帽运算往往用来分离比邻近点亮一些的斑块
tony2278·2018-10-31 15:27

数字图像处理(一) ——形态学处理

1形态学基本操作1.1膨胀1.2腐蚀1.3优点2形态学组合操作2.1开运算（OpeningOperation）2.2形态学闭运算2.3形态学梯度2.4顶帽(topHat)2.5黑帽（BlackHat）参考
爱弹ukulele的程序猿·2018-09-09 11:28

gff和gtf数据库注释格式（2018-05-28）

Cufflinks/Tophat软件需要GTF文件作为基因注释文件。GFF全称为generalfeatureformat，这种格式主要是
简单点lili·2018-05-30 10:21

用tophat和cufflinks分析RNAseq数据(2018-05-28)

mod=space&uid=635619&do=blog&id=884213用tophat和cufflinks分析RNAseq数据人的基因组一共有两万多个基因，但是这些基因不是每时每刻都在表达，在不同发育时期和不同组织中
简单点lili·2018-05-28 15:55

形态学操作（腐蚀、膨胀、开操作、闭操作、形态学梯度、顶帽、黑帽）

形态学其他操作（用的不多，如果忘了也可以通过膨胀腐蚀得到相同效果）1.开运算2.闭运算3.形态学梯度顶帽（TopHat）顶帽运算（TopHat）又常常被译为”礼帽“运算。
零钱币·2017-12-30 14:56

重复文章 "RNA-seq的转录水平表达分析"

Transcript-levelexpressionanalysisofRNA-seqexperimentswithHISAT,StringTieandBallgown文章地址https://www.nature.com/articles/nprot.2016.095.pdf序章这篇文章很牛STAR的比对速度是Tophat
thinkando·2017-11-23 10:28

FPGA设计——图像处理(Tophat形态学滤波)

1.概述本设计采用FPGA技术，实现CMOS视频图像的Tophat形态学滤波，并通过以太网传输(UDP方式)给PC实时显示。
shugenyin·2017-10-28 11:40

衣鞋帽衣服鞋子千千万，只会clothes怎么办！衣帽鞋英文大汇总！

我才发现我对时尚一无所知帽子因为帽子的种类实在是太多了，以下是小编整理的较为常见的帽子~hat帽子（有边）cap帽子（无边，一般有帽舌）beret贝雷帽servicecap军帽bowlerhat圆顶礼帽tophat
赛图国际教育·2017-08-18 09:49

融合基因检测 tophat-fusion 报错 "basic_exception.h:236 FAILED" 解决方案

tags：tophat-fusiontophat-fusion报错RNA-seq数据检测融合基因，在tophat-fusion这一步报错：.
wangpeng905·2017-05-19 15:40

绅士礼帽，一个至关重要的时尚ICON

Fedora帽1960年代前，确切说是肯尼迪就职典礼之前，男士们在正式场合必须得有一顶礼帽傍身——19世纪是高顶TopHat。20世纪初成了圆顶B
绯绅西服定制·2017-02-27 11:16

绅士礼帽，一个至关重要的时尚ICON

Fedora帽1960年代前，确切说是肯尼迪就职典礼之前，男士们在正式场合必须得有一顶礼帽傍身——19世纪是高顶TopHat。20世纪初成了圆顶B
绯绅西服定制·2017-02-27 11:16

膨胀和腐蚀之外的其他形态学变换

morphologyEx实现如下形态学变换:       Opening（开运算）       Closing（闭运算）       MorphologicalGradient（形态学梯度）       TopHat
Real_Myth·2016-11-08 21:00

合并基因表达水平(merge gene expression levels, FPKM)

使用tophat和cufflinks计算RNA-seq数据的表达水平时，当一个基因在一个样本中有多个表达水平时需要合并它们的表达水平。 
emanlee·2016-05-26 09:00

5.4用形态学滤波器检测边缘和角点

morphologyEx函数就可以了，（cvMorphologyEx中形态操作的类型:CV_MOP_OPEN-开运算CV_MOP_CLOSE-闭运算CV_MOP_GRADIENT-形态梯度CV_MOP_TOPHAT
yang332233·2016-04-08 17:00

TopHat

WhatisTopHat?TopHatisaprogramthatalignsRNA-Seqreadstoagenomeinordertoidentifyexon-exonsplicejunctions.Itisbuiltontheultrafastshortreadmappingprogram Bowtie.TopHatrunson Linux and OSX.HowdoesTopHatfind
Sam_Yang·2016-01-20 17:00

TopHat

WhatisTopHat?TopHatisaprogramthatalignsRNA-Seqreadstoagenomeinordertoidentifyexon-exonsplicejunctions.Itisbuiltontheultrafastshortreadmappingprogram Bowtie.TopHatrunson Linux and OSX.HowdoesTopHatfind
Sam_Yang·2016-01-20 17:00

tophat cufflinks cuffcompare cuffmerge 的使用

 ColeTrapnell said：therearethreestrategies:1)mergebamsandassembleinasinglerunofCufflinks2)assembleeachbamandcuffcomparethemtogetacombined.gtf3)assembleeachbamandcuffmergethemtogetamerged.gtfAllthreeop
emanlee·2015-12-23 20:00

tophat输出结果junction.bed

tophat输出结果junction.bed BED format         BED format provides a flexible
·2015-10-31 08:56

删除最后五行

/bin/bash #---------cutting file---------- IN=/share1/projects/project_mwr/tophat_result #filename
·2015-10-30 14:11

tophat安装

1     依赖软件：bowtie，bowtie2，samtools，boost c++ library 2     建立索引文件：      bowtie包括bowtie，bowtie-build，bowtie-inspect      bowtie2包括bowtie2，bowtie2-
·2015-10-23 08:55

EmguCV Image类中的函数（二）使用MorphologyEx进行更多的变换

Emgu.CV.CvEnum.ElementShape.Rectangle,newSize(5,5),newPoint(2,2)); imageBox1.Image=a.MorphologyEx(Emgu.CV.CvEnum.MorphOp.Tophat
qq_22033759·2015-08-21 14:00

opencv 其他形态学变换

如何使用OpenCV函数 morphologyEx 进行形态学操作：开运算(Opening)闭运算(Closing)形态梯度(MorphologicalGradient)顶帽(TopHat)黑帽(BlackHat
qq_18343569·2015-07-31 19:00

形态学及其他集合运算(Morphological and Other Set Operations)

同时将膨胀和腐蚀扩展至灰度图像，编写函数实现灰度图像形态学梯度公式和Tophat变换公式，最后对形态学梯度变换和Tophat变换后的输出图像进行比较。
liyuefeilong·2015-02-01 20:00

RNA-seq差异表达分析工作流程

需要使用到的工具：TopHatCufflinksSamtools参考：http://vallandingham.me/RNA_seq_differential_expression.html首先安装的tophat
huangliangbo0805·2014-10-08 20:54
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