VoxelMorph

使用Voxelmorph配准IXI：数据预处理之颅骨去除及仿射对齐

本文是在原链接https://blog.csdn.net/qq_38302885/article/details/94045126的基础上，增加的一些补充，对新入门的同学可能有一些启发。更新日志2020.8.25更新：完善freesurfer的下载链接和教程freesurfer处理代码recon-all后面增加-parallel，可以使用多线程（感谢评论区mamemory同学指出）增加预处理后裁剪
Alpha收割机·2023-02-01 13:19

VoxelMorph: A Learning Framework for Deformable Medical Image Registration论文阅读(图像配准的)

VoxelMorph[vksmɔːf]:ALearningFrameworkforDeformableMedicalImageRegistration一个可变形的医学图像配准的学习框架–深度学习配准的经典方法
生命苦短 必须喜感·2023-01-06 16:56

Deep Learning Based Registration文章阅读(七)《CycleMorph: Cycle consistent unsupervised deformable image r

本篇文章的网络名字沿用了VoxelMorph的格式，但是不是VoxelMorph团队做的。这篇文章的baseline沿用了VoxelMorph并加
海绵baby强无敌·2022-12-15 14:12

Swin-VoxelMorph

摘要可变形医学图像配准广泛应用于医学图像处理中，具有可逆一对一的映射。虽然最先进的图像配准方法是基于卷积神经网络，但很少有人尝试用Transformer的方法。现有的模型忽略了在嵌入学习中使用注意机制来处理远程交叉图,限制了这种方法来识别解剖结构的语义上有意义的对应关系。这些方法虽然实现了快速的图像配准，但也忽略了变换的拓扑保存和可逆性。在本文中，提出了一种新的基于SwinTransformer对
PKSolar·2022-11-30 05:11

【学习笔记VoxelMorph系列文章2】：《Unsupervised Learning for Fast Probabilistic Diffeomorphic Registration》

传统的可变形配准需要大量的计算时间，基于学习的配准方法可以减少训练时间但是需要标签值（比较少）或者没有保证微分同胚特性。本文提出一个概率生成模型并推导一个基于无监督学习的推理算法，不仅保证了微分同胚特性，还提供了不确定估计。1.简介可变形配准计算出两幅图像间的密集对应关系，是许多医疗图像分析任务的基础。传统的方法解决空间形变的优化问题，例如：弹性模型、B样条、密集矢量场和离散方法（discrete
喝鸡汤·2022-11-25 09:10

voxelmorph中的STN网络

本文主要看Voxelmorph的空间变换函数，原型是3D的，个人原因要做成2D的，原理应该一样，望知晓！先看一下源代码：classSpatialTransformer(nn.Module):"""N-
喝鸡汤·2022-11-25 09:10

【学习笔记】VoxelMorph 进行的实验与总结

实验设置：1.数据集：使用八个公开数据集的T1加权值MRI图像（OASIS，ABIDE，ADHD200，MCIC，PPMI，HABS，HarvardGSP，FreeSurferBuckner40），所有图像被重采样为256×256×256大小，且单位体素为1mm各向同性（我理解为是边长为1mm的正方体体素），之后进行仿射空间标准化，修改尺寸为160×192×224大小，所有MRI图像使用FreeS
喝鸡汤·2022-11-25 09:10

医学图像配准 | Voxelmorph 微分同胚 | MICCAI2019

文章转载：微信公众号「机器学习炼丹术」作者：炼丹兄（已授权）联系方式：微信cyx645016617（欢迎交流）论文题目：‘UnsupervisedLearningforFastProbabilisticDiffeomorphicRegistration’0综述本文提出了一个概率生成模型，并给出了一种基于无监督学习的推理算法卷积神经网络；论文中对一个三维脑配准任务进行了验证，并提供了一个实验结果；论
微信公众号[机器学习炼丹术]·2022-11-25 09:39

【转载】VoxelMorph 论文笔记

转载自：【论文笔记】VoxelMorph-无监督医学图像配准模型本文是无监督的医学图像配准模型——VoxelMorph的论文笔记。
Skr.B·2022-11-25 09:09

VoxelMorph代码出现 Resource exhausted: OOM

我的GPU版本是NVIDIAGeForceMX150，执行VoxelMorph代码时显示Resourceexhausted:OOMwhenallocatingtensorwithshape[1,16,160,192,224
alienanlin·2022-11-25 09:09

VoxelMorph-无监督医学图像配准-代码讲解

Voxel代码讲解路线第一部分：Additionalsmalltutorial根据注释对图像进行变换环境及背景介绍：代码分析与讲解：1.库的导入：2.图像的输入与预处理：3.手动创建变换矩阵：4.WarpData5.展示结果第二部分：VoxelMorphtutorialVoxelMorph模型和训练教程代码分析与讲解：一、MNIST数据集的介绍和使用：1.库的导入：2.数据的准备：3.CNN模型4
MaybeRichard·2022-11-22 12:49

VoxelMorph: A Learning Framework for Deformable Medical Image Registration(医学图像配准文章研读)

VoxelMorph:ALearningFrameworkforDeformableMedicalImageRegistration*(VoxelMorph：一种可变形医学图像配准的学习框架）发表时间：
Never_Jiao·2022-11-21 16:23

基于深度学习的单模医学图像配准综述（附VoxelMorph配准实例）

本文是基于深度学习的单模态医学图像配准的综述，除了介绍配准任务、配准过程之外，还会从实际操作出发，以经典的VoxelMorph为例做详细介绍。
棉花糖灬·2022-10-16 15:50

【源码】voxelmorph：图像配准的无监督学习

基于CNNs的图像配准无监督学习UnsupervisedLearningwithCNNsforImageRegistration该源码包含多个变体，首先在CVPR2018（初始无监督学习）和MICCAI2018（概率和微分公式）上提出Thisrepositoryincorporatesseveralvariants,firstpresentedatCVPR2018(initialunsupervi
梅花香——苦寒来·2020-09-13 06:24

论文笔记：VoxelMorph: A Learning Framework for Deformable Medical Image Registration

VoxelMorph:ALearningFrameworkforDeformableMedicalImageRegistration摘要介绍背景相关工作方法本人刚入配准，理解错误的地方还清各位道友指出改正
H.Y.·2020-09-13 05:13

【Keras+配准】用深度学习做配准之训练数据（二维图像对）的准备和读取(2019.11.15更新）

前段时间在用VoxelMorph框架做二维图像的配准，在数据准备和读取一块花了不少的时间，这里我把自己的核心代码分享一下，以供参考。
云若祯初·2020-09-13 05:43

VoxelMorph代码配置

我在Anaconda已提前安装TensorFlow和Keras包的虚拟环境下完成如下配置第一步，去github上下载voxelmorph代码点击Cloneordownload第二步，下载所需包我都是从镜像网站
alienanlin·2020-09-13 05:14

VoxelMorph-2019

VoxelMorph-2019Abstract本文提出了VoxelMorph，这是一个基于学习的快速可变形、成对医学图像配准框架。
Cabin_V·2020-09-13 04:40

VoxelMorph-2018

VoxelMorphAbstract（摘要）传统的配准方法都是对每对图像独立的优化目标函数（optimizeanobjectivefunctionindependently）。本文的配准方法是通过定义一个参数化的函数（parametricfunction），并在给定的数据集中优化该函数的参数（optimizeparameters）。一对新的待配准图像可以通过学习得到的参数直接计算函数来获取配准域（
Cabin_V·2020-09-13 04:09

基于深度学习的2D和3D仿射变换配准

除了损失函数和架构上的细微差别外，该框架本质上与VoxelMorph框架相同。本周，我的任务是将该实现扩展到3D，并在一个包含150个
ronghuaiyang·2020-09-11 22:54

【论文笔记】Prob-VoxelMorph：保证形变场微分同胚性并防止形变场重叠的医学图像配准模型

本文在VoxelMorph模型的基础上加入了微分同胚积分层（diffeomorph
棉花糖灬·2020-08-17 18:26

【论文笔记】FAIM（FAst IMage registration）：使用负雅克比行列式防止形变场重叠的医学图像配准模型

文章提出了一个用于3D医学图像的无监督配准模型FAIM（FAstIMageregistration），相比于VoxelMorph，FAIM拥有更少的可学习参数，但是能达到更好的性能。
棉花糖灬·2020-08-17 18:25

VoxelMorph

VoxelMorph摘要之前的配准方法registration都是最优化一个目标函数optimizeanobjectivefunction（每一对配准对象之间都是独立的），改论文的配准方法registration
shchojj·2020-08-01 12:42

An Unsupervised Learning Model for Deformable Medical Image Registration2019-09-10

出处：cvpr2018https://arxiv.org/abs/1802.02604v1是为数不多的开源的深度学习图像配准算法，提出了VoxelMorph模型。一般会选择作为baseline。
一只大南瓜·2019-12-13 22:57
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