alphafold

AI大模型保姆级学习路线：零基础到进阶全攻略（附资源）非常详细建议收藏！

无论是ChatGPT带来的交互革命，还是StableDiffusion掀起的创作浪潮，亦或是AlphaFold推动的生命科学突破，背后都矗立着大模型的庞然身影。你是否渴望深入理解并驾驭这股力量？

AI大模型-大飞·2025-06-22 17:39

在服务器上安装AlphaFold2遇到的问题(3)_cat: /usr/include/cudnn_version.h: 没有那个文件或目录

[root@localhost~]#cat/usr/include/cudnn_version.hcat:/usr/include/cudnn_version.h:没有那个文件或目录这个错误表明系统找不到cudnn_version.h头文件，说明cuDNN的开发文件（头文件）没有正确安装。以下是完整的解决方案：问题诊断已存在的部分：ldconfig-p显示有cuDNN库文件（如libcudnn.s

病树前头·2025-05-20 16:23

当前人工智能领域的主流高级技术及其核心方向

应用场景：机器翻译、文本生成、蛋白质结构预测（AlphaFold）。神经辐射场（NeR

小赖同学啊·2025-05-06 10:26

KWDB创作者计划—KWDB认知跃迁：多模架构与AI原生的数据库范式革命

当AlphaFold4实现蛋白质全序列预测，工业数字孪生需处理百万级设备实时数据时，数据库系统已不能仅满足于被动存储。

Blossom.118·2025-04-20 18:22

DNA、蛋白质、生物语义语言模型的介绍

AlphaFold：革命性地预测蛋白质三维结构，推动了结构生物学的发展。TAPE：提供统一的框架进行蛋白质序列表示学习，支持多种生物信息学任务。

bug开发工程师.·2025-04-18 08:31

AF3 Cropper类解读

AlphaFold3protein_datamodule模块Cropper类用于裁剪蛋白质输入数据的PyTorchnn.Module模块。

qq_27390023·2025-04-13 21:51

AF3 TransformDataset类解读

AlphaFold3protein_datamodule模块TransformDataset类是通用的包装类，用于对已有的torch.utils.data.Dataset数据集对象进行统一的转换操作（transform

qq_27390023·2025-04-13 21:21

AF3 ProteinDataset类的初始化方法解读

AlphaFold3protein_dataset模块ProteinDataset类主要负责从结构化的蛋白质数据中构建一个可供模型训练/推理使用的数据集，ProteinDataset类的__init__

qq_27390023·2025-04-13 21:21

LLM大模型教程——什么是AI大模型

引言当GPT-4展现出惊人的上下文理解能力，当StableDiffusion创造出媲美人类画师的图像作品，当AlphaFold2破解蛋白质折叠密码——这些里程碑事件标志着人工智能发展进入大模型主导的新纪元

西木风落·2025-04-09 21:49

AF3 OpenFoldDataLoader类_prep_batch_properties_probs方法解读

AlphaFold3data_modules模块的OpenFoldDataLoader类的_prep_batch_properties_probs方法是为每个批次数据准备recycling维度的概率分布

qq_27390023·2025-04-07 07:21

零基础玩转深度神经网络大模型：从Hello World到AI炼金术（详解版）

在开始代码之前，我们先看一组震撼数据：GPT-3模型参数量达到1750亿（相当于人类大脑神经元数量的1/10）StableDiffusion生成一张图片需要150亿次浮点运算AlphaFold预测蛋白质结构的准确率超过人类专家这些看似魔法的技术背后

青霄客·2025-04-03 08:50

AF3 rot_matmul 和 rot_vec_mul函数解读

AlphaFold3rigid_utils模块的rot_matmul和rot_vec_mul函数实现了手动计算两个旋转矩阵的乘法A×B以及矩阵-向量乘法R×t，避免了直接用矩阵乘法的AMP（AutomaticMixedPrecision

qq_27390023·2025-03-24 04:23

AF3 squeeze_features函数解读

AlphaFold3data_transforms模块的squeeze_features函数的作用去除蛋白质特征张量中不必要的单维度（singletondimensions）和重复维度，以使其适配AlphaFold3

qq_27390023·2025-03-10 10:43

AF3 block_delete_msa函数解读

AlphaFold3data_transforms模块的block_delete_msa函数用于从MSA（多序列比对）中删除多个块（block）序列，以模拟MSA数据的缺失或噪声。

qq_27390023·2025-03-10 10:43

AF3 _correct_post_merged_feats函数解读

AlphaFold3msa_pairing模块的_correct_post_merged_feats函数用于对合并后的特征进行修正，确保它们符合预期的格式和要求。

qq_27390023·2025-03-07 01:10

AF3 _merge_features_from_multiple_chains函数解读

AlphaFold3msa_pairing模块的_merge_features_from_multiple_chains函数的作用是合并多个蛋白质链的特征，以便在AlphaFold3处理中多个蛋白质链时形成统一的输入特征

qq_27390023·2025-03-07 01:40

AF3 pair_and_merge函数解读

AlphaFold3feature_processing_multimer模块的pair_and_merge函数是AlphaFold3数据处理管道中的重要函数，它主要负责：处理各个链的特征（all_chain_features

qq_27390023·2025-03-07 00:34

仅用1年成为DeepMind顶梁柱，John Jumper博士毕业7年拿诺奖，开启蛋白折叠新时代

他的语气中带着谦逊与感慨，而这份殊荣的背后，则是AlphaFold2带来的科学革命，彻底改变了蛋白质结构预测的方式。

·2025-02-21 23:23

AF3 gdt函数解读

AlphaFold3的函数gdt、gdt_ts以及gdt_ha实现了GlobalDistanceTest(GDT)评分计算，用于衡量蛋白质结构预测的准确性。

qq_27390023·2025-02-14 10:13

论文笔记《基于深度学习模型的药物-靶标结合亲和力预测》

文章目录基于深度学习模型的药物-靶标结合亲和力预测前言一、蛋白质接触图谱二、为什么蛋白质图谱的准确性对DTA模型预测结果没有影响1.对这段话的解释2.关于Alphafold3三、随机配体与随机配体节点属性

I_dyllic·2025-02-14 03:57

AF3 drmsd函数解读

drmsd（distanceRootMeanSquareDeviation，距离均方根偏差）函数在AlphaFold3的src.utils.validation_metrics模块中定义，用于计算两个蛋白质结构

qq_27390023·2025-02-11 08:51

AlphaFold2的思路总结（十五）

2021SC@SDUSC这学期的代码分析工作接近尾声了，我想简单总结一下AlphaFold2的总体思路具体来看，AlphaFold2主要利用多序列比对（MSA），把蛋白质的结构和生物信息整合到了深度学习算法中

xiaofengzihhh·2025-01-25 16:57

【阅读总结】AlphaFold3 unedited version 通读 + 服务器使用总结

省流：AlphaFold3能做什么：预测蛋白质、DNA、RNA与允许的配体/离子/共价修饰的复合物结构为什么要用AlphaFold3：有强大的泛化性和准确率，除了RNA结构略差于AIchemy_RNA2

Lasgalena·2025-01-25 16:56

直播预告丨精度优于AlphaFold，基于深度学习实现生物大分子及其互作的三维结构预测

「MeetAI4S」系列直播第6期将于1月15日19:00准时开播，HyperAI超神经有幸邀请到了南开大学统计与数据科学学院教授郑伟，他本次分享的主题是「AlphaFold3王座未稳，来自学术界的反超

·2025-01-20 18:28

AlphaFold2.3 conda版本详细安装与使用

AlphaFold2.3conda版本详细安装与使用文章目录AlphaFold2.3conda版本详细安装与使用前言一、安装环境二、安装步骤1.确认已安装的cudatoolkit版本和cudnn版本2.

Blockbuater_drug·2024-02-07 20:55

曾参与AlphaGo、Alphafold工作，首轮融资或超2亿美元

据彭博社报道，GoogleDeepMind的两位科学家LaurentSifre（下图左）和KarlTuyls（下图右）将离职创业，两人一直在与投资者讨论在法国巴黎创建一家人工智能初创公司。新公司目前名为Holistic，将专注于构建新的人工智能模型。两人目前已发出离职通知，正式离开日子暂时未知，但两人已与潜在投资者就可能超过2.2亿美元的融资进行了讨论。Laurentifre自2014年开始就在D

夕小瑶·2024-01-29 12:51

大模型日报-20240120

AlphaFold发现了数千种可能的致幻剂扎克伯格宣战AGI：Llama3训练中，今年要囤35万块H100，砸近百亿美元吞吐量提升5倍，联合设计后端系统和前端语言的LLM接口来了不担心字节跳动、腾讯等大厂竞争

程序无涯海·2024-01-21 02:31

gget alphafold三行命令预测蛋白质三维结构

近些天，AlphaFold在热度不减的基础上又火了一把，二话不说直接确定了约2亿个蛋白质的结构，范围覆盖地球上几乎所有已知生物[1]。

小汪Waud·2024-01-13 21:14

Alphafold2蛋白质结构预测AI工作站配置推荐

AlphaFold2计算特点蛋白质三维结构预测是一项计算量非常巨大的任务，科学家多年的探索研究，形成了X射线晶体学法、核磁共振法、冷冻电镜等。

wdf8088·2024-01-13 00:17

干货汇总！2023 年 AI for Science 最值得关注的科研成果梳理

从2020年开始，以AlphaFold为代表的科研项目将AIforScience推向了AI应用的主舞台。两年来，从生物医药到天文气象、再到材料化学等基础学科，都成为了AI的新战场。

HyperAI超神经·2024-01-11 03:23

《救赎》

沧海有陆·2023-12-29 01:12

OpenAI成长史，凭什么快速崛起？特殊股权设计带来哪些影响？

AlphaGo和AlphaFold的诞生，预示着机

博文视点·2023-12-26 15:55

《Nature》预测 2024 科技大事：GPT-5预计明年发布等

《Nature》杂志近日盘点了2024年值得关注的科学事件，包括GPT-5与新一代AlphaFold、超算Jupiter、探索月球任务、生产「超级蚊子」、朝向星辰大海、试验下一代新冠疫苗、照亮暗物质、意识之辩第二回合

无际Ai·2023-12-23 09:44

alphafold在线预测蛋白保姆式教程（1）

alphafold在线预测蛋白colab提供了一个网页接口可以调用alphafold预测蛋白结构前提条件：自己能访问到外网，并且有谷歌账号1、访问下面地址：https://colab.research.google.com

IT北辰·2023-12-23 06:05

ChimeraX使用教程-安装及基本操作

（注：在alphafold在线预测蛋白====》点击传送门：link结束后我们会得到一个.zip格式的压缩包，解压缩打开后主要有.JSON、.PDB、.PNG和文本文档类格

IT北辰·2023-12-23 06:05

第三代AlphaFold发布：生物大分子复合物结构预测问题将被解决？

谷歌DeepMind团队近几年在生命科学领域不断创造新的奇迹。该团队创造这些奇迹的最主要利器就是人工智能和深度学习。这可能要从他们在围棋领域的开创性工作说起。2016年1月，DeepMind团队在国际著名杂志《Nature》发表了基于人工智能的围棋新算法（AlphaGO）。同年3月，AlphaGO以4:1的比分，完美击败韩国职业九段棋手李世石，从此掀开了围棋历史的新篇章，彻底改变围棋训练和竞赛的模

weixin_4528312·2023-12-15 22:09

JuiceFS 在多云存储架构中的应用 | 深势科技分享

2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。

m0_72864708·2023-12-05 00:49

基于AlphaFold2进行蛋白质结构预测的文章解析

01蛋白质结构基础基础介绍[1]蛋白质是一切生命系统的物质基础，密切每一个生理过程。每个蛋白质因基酸链的组成、扭转、弯曲等等构成不同具有特异的结构，决定了蛋白质的功能。一般情况下，蛋白质只有正确折叠为特定的3D构型，才能发挥相应的生物学功能。而蛋白质四级结构结构的折叠，受到大量非共价相互作用的影响。想要从分子水平上了解蛋白质的作用机制，就需要精确测出蛋白质的3D结构。图片41.png形成稳定分子结

不二小张·2023-12-04 05:29

技术干货 | MindSpore AI科学计算系列（四）：AlphaFold2分析

背景蛋白质折叠这个被列为“21世纪的生物物理学”的重要课题之一，已经困扰了科学家们近半个世纪，好消息是在两年一届的CASP比赛中，2020年谷歌deepmind团队的Alphafold2凭借其接近90分的成绩取得

昇思MindSpore·2023-11-30 06:11

AlphaFold2爆火背后，人类为什么要死磕蛋白质？

近期在生命科学领域，有一则爆炸性的新闻，DeepMind的AlphaFold2模型，将人类的98.5%的蛋白质，全部预测了一遍，并且做成了数据集免费开源，供科研圈的人使用。

脑极体·2023-11-30 06:11

AlphaFold的原理及解读

1、背景蛋白质是生物体内一类重要的生物大分子，其结构复杂多样，蛋白质的结构对于理解其功能和参与的生物学过程具有重要意义。从生物学角度上看，蛋白质的结构可以分为四个层次：初级结构、二级结构、三级结构和四级结构。初级结构：初级结构是蛋白质的氨基酸序列，即蛋白质由多个氨基酸按照特定的顺序连接而成。氨基酸是蛋白质的基本组成单位，共有20种常见氨基酸，它们的不同排列形成了蛋白质的初级结构。二级结构：二级结构

tostq·2023-11-30 06:10

2022-12-01

NatMethods|AlphaFill：配体和辅助因子加强AlphaFold模型原创风不止步图灵基因2022-12-0109:19发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=47.99

图灵基因·2023-11-28 21:51

利用AlphaMissense准确预测蛋白质组范围内的错义变体效应

程等人开发了AlphaMissense，这是一种基于蛋白质结构预测工具AlphaFold2的深度学习模型（见Marsh和Teichmann的观点）。该模型基于人口频率数据进行训练，并使用序列和预测的

追梦Hocking·2023-11-22 03:27

PSP - 蛋白质复合物结构预测 Template 的 Multichain Mask 2D (二维多链掩码)

：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/134406459在蛋白质复合物结构预测中，AlphaFold2Multimer

SpikeKing·2023-11-16 13:42

2022.09.17【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十三章蛋白质结构预测下）

目录蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)穿线法从头预测（abinitio）基于假设推荐策略精度与方法选择Alphafold2相关信息蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)建模4步骤1.模板选择和确定折叠构象通过

穆易青·2023-11-14 01:12

alphafold-mutimer安装及使用（保姆级教程）

请使用Linux的客官放心食用，windows客官可作参考。1.标红为必备软件包(mm)$condalist_libgcc_mutex0.1mainIndexof/anaconda/pkgs/main/|北京外国语大学开源软件镜像站|BFSUOpenSourceMirror_openmp_mutex5.11_gnuIndexof/anaconda/pkgs/main/|北京外国语大学开源软件镜像站

cloud-raining·2023-11-11 14:24

生物信息学 | 借助 AI 更高效地开启研究

作者|三羊编辑|雪菜提到生物信息学，其中最广为人知的就是AlphaFold。AlphaFold是一个深度学习系统，由DeepMind首次于2018年发布

HyperAI超神经·2023-11-06 21:54

谷歌AlphaFold模型迎来重大突破！可以预测生物分子、配体

11月1日，谷歌旗下的AI研究机构DeepMind在官网发布了，蛋白质结构预测模型AlphaFold的最新技术进展：已显著提升了预测准确性，并将覆盖范围从蛋白质扩展至其他生物分子，包括配体（小分子）。

RPA中国·2023-11-04 22:50

AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测

1958年F.H.C.克里克提出了生物学中重要的中心法则，DNA->RNA->蛋白质，中心法则说明，DNA可以转录形成RNA，RNA再翻译成一个个氨基酸，最后组合形成蛋白质。通过中心法则不难看出，如果把DNA比喻为进行工业生产的设计蓝图，那么蛋白质就像实现这个蓝图的工具，所以说蛋白质是一切生命活动的基础，它几乎参与了所有的生物学过程，如遗传、发育、繁殖等等。对蛋白质进行深入地研究，能让我们从更深层

飞桨PaddlePaddle·2023-11-04 12:46

技术干货 | AlphaFold/ RoseTTAFold开源复现（2）—AlphaFold流程分析和训练构建

AlphaFold开源后（后续若不做特殊说明，AlphaFold均指AlphaFold2），很多研究团队都在分析、重现和尝试进一步提升。

昇思MindSpore·2023-11-04 12:15

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