AlphaFold

AlphaFold2.3 conda版本详细安装与使用

AlphaFold2.3conda版本详细安装与使用文章目录AlphaFold2.3conda版本详细安装与使用前言一、安装环境二、安装步骤1.确认已安装的cudatoolkit版本和cudnn版本2.
Blockbuater_drug·2024-02-07 20:55

曾参与AlphaGo、Alphafold工作，首轮融资或超2亿美元

据彭博社报道，GoogleDeepMind的两位科学家LaurentSifre（下图左）和KarlTuyls（下图右）将离职创业，两人一直在与投资者讨论在法国巴黎创建一家人工智能初创公司。新公司目前名为Holistic，将专注于构建新的人工智能模型。两人目前已发出离职通知，正式离开日子暂时未知，但两人已与潜在投资者就可能超过2.2亿美元的融资进行了讨论。Laurentifre自2014年开始就在D
夕小瑶·2024-01-29 12:51

大模型日报-20240120

AlphaFold发现了数千种可能的致幻剂扎克伯格宣战AGI：Llama3训练中，今年要囤35万块H100，砸近百亿美元吞吐量提升5倍，联合设计后端系统和前端语言的LLM接口来了不担心字节跳动、腾讯等大厂竞争
程序无涯海·2024-01-21 02:31

gget alphafold三行命令预测蛋白质三维结构

近些天，AlphaFold在热度不减的基础上又火了一把，二话不说直接确定了约2亿个蛋白质的结构，范围覆盖地球上几乎所有已知生物[1]。
小汪Waud·2024-01-13 21:14

Alphafold2蛋白质结构预测AI工作站配置推荐

AlphaFold2计算特点蛋白质三维结构预测是一项计算量非常巨大的任务，科学家多年的探索研究，形成了X射线晶体学法、核磁共振法、冷冻电镜等。
wdf8088·2024-01-13 00:17

干货汇总！2023 年 AI for Science 最值得关注的科研成果梳理

从2020年开始，以AlphaFold为代表的科研项目将AIforScience推向了AI应用的主舞台。两年来，从生物医药到天文气象、再到材料化学等基础学科，都成为了AI的新战场。
HyperAI超神经·2024-01-11 03:23

《救赎》

12月2日，谷歌宣布：谷歌最新人工智能AlphaFold，在一项极其困难的任务中击败了所有对手，成功根据基因序列预测了生命基本分子——蛋白质的三维结构。然而，这是好事吗？
沧海有陆·2023-12-29 01:12

OpenAI成长史，凭什么快速崛起？特殊股权设计带来哪些影响？

AlphaGo和AlphaFold的诞生，预示着机
博文视点·2023-12-26 15:55

《Nature》预测 2024 科技大事：GPT-5预计明年发布等

《Nature》杂志近日盘点了2024年值得关注的科学事件，包括GPT-5与新一代AlphaFold、超算Jupiter、探索月球任务、生产「超级蚊子」、朝向星辰大海、试验下一代新冠疫苗、照亮暗物质、意识之辩第二回合
无际Ai·2023-12-23 09:44

alphafold在线预测蛋白保姆式教程（1）

alphafold在线预测蛋白colab提供了一个网页接口可以调用alphafold预测蛋白结构前提条件：自己能访问到外网，并且有谷歌账号1、访问下面地址：https://colab.research.google.com
IT北辰·2023-12-23 06:05

ChimeraX使用教程-安装及基本操作

（注：在alphafold在线预测蛋白====》点击传送门：link结束后我们会得到一个.zip格式的压缩包，解压缩打开后主要有.JSON、.PDB、.PNG和文本文档类格
IT北辰·2023-12-23 06:05

第三代AlphaFold发布：生物大分子复合物结构预测问题将被解决？

谷歌DeepMind团队近几年在生命科学领域不断创造新的奇迹。该团队创造这些奇迹的最主要利器就是人工智能和深度学习。这可能要从他们在围棋领域的开创性工作说起。2016年1月，DeepMind团队在国际著名杂志《Nature》发表了基于人工智能的围棋新算法（AlphaGO）。同年3月，AlphaGO以4:1的比分，完美击败韩国职业九段棋手李世石，从此掀开了围棋历史的新篇章，彻底改变围棋训练和竞赛的模
weixin_4528312·2023-12-15 22:09

JuiceFS 在多云存储架构中的应用 | 深势科技分享

2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
m0_72864708·2023-12-05 00:49

基于AlphaFold2进行蛋白质结构预测的文章解析

01蛋白质结构基础基础介绍[1]蛋白质是一切生命系统的物质基础，密切每一个生理过程。每个蛋白质因基酸链的组成、扭转、弯曲等等构成不同具有特异的结构，决定了蛋白质的功能。一般情况下，蛋白质只有正确折叠为特定的3D构型，才能发挥相应的生物学功能。而蛋白质四级结构结构的折叠，受到大量非共价相互作用的影响。想要从分子水平上了解蛋白质的作用机制，就需要精确测出蛋白质的3D结构。图片41.png形成稳定分子结
不二小张·2023-12-04 05:29

技术干货 | MindSpore AI科学计算系列（四）：AlphaFold2分析

背景蛋白质折叠这个被列为“21世纪的生物物理学”的重要课题之一，已经困扰了科学家们近半个世纪，好消息是在两年一届的CASP比赛中，2020年谷歌deepmind团队的Alphafold2凭借其接近90分的成绩取得
昇思MindSpore·2023-11-30 06:11

AlphaFold2爆火背后，人类为什么要死磕蛋白质？

近期在生命科学领域，有一则爆炸性的新闻，DeepMind的AlphaFold2模型，将人类的98.5%的蛋白质，全部预测了一遍，并且做成了数据集免费开源，供科研圈的人使用。
脑极体·2023-11-30 06:11

AlphaFold的原理及解读

1、背景蛋白质是生物体内一类重要的生物大分子，其结构复杂多样，蛋白质的结构对于理解其功能和参与的生物学过程具有重要意义。从生物学角度上看，蛋白质的结构可以分为四个层次：初级结构、二级结构、三级结构和四级结构。初级结构：初级结构是蛋白质的氨基酸序列，即蛋白质由多个氨基酸按照特定的顺序连接而成。氨基酸是蛋白质的基本组成单位，共有20种常见氨基酸，它们的不同排列形成了蛋白质的初级结构。二级结构：二级结构
tostq·2023-11-30 06:10

2022-12-01

NatMethods|AlphaFill：配体和辅助因子加强AlphaFold模型原创风不止步图灵基因2022-12-0109:19发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：风不止步IF=47.99
图灵基因·2023-11-28 21:51

利用AlphaMissense准确预测蛋白质组范围内的错义变体效应

程等人开发了AlphaMissense，这是一种基于蛋白质结构预测工具AlphaFold2的深度学习模型（见Marsh和Teichmann的观点）。该模型基于人口频率数据进行训练，并使用序列和预测的
追梦Hocking·2023-11-22 03:27

PSP - 蛋白质复合物结构预测 Template 的 Multichain Mask 2D (二维多链掩码)

：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/134406459在蛋白质复合物结构预测中，AlphaFold2Multimer
SpikeKing·2023-11-16 13:42

2022.09.17【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十三章 蛋白质结构预测 下）

目录蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)穿线法从头预测（abinitio）基于假设推荐策略精度与方法选择Alphafold2相关信息蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)建模4步骤1.模板选择和确定折叠构象通过
穆易青·2023-11-14 01:12

alphafold-mutimer安装及使用（保姆级教程）

请使用Linux的客官放心食用，windows客官可作参考。1.标红为必备软件包(mm)$condalist_libgcc_mutex0.1mainIndexof/anaconda/pkgs/main/|北京外国语大学开源软件镜像站|BFSUOpenSourceMirror_openmp_mutex5.11_gnuIndexof/anaconda/pkgs/main/|北京外国语大学开源软件镜像站
cloud-raining·2023-11-11 14:24

生物信息学 | 借助 AI 更高效地开启研究

作者|三羊编辑|雪菜提到生物信息学，其中最广为人知的就是AlphaFold。AlphaFold是一个深度学习系统，由DeepMind首次于2018年发布
HyperAI超神经·2023-11-06 21:54

谷歌AlphaFold模型迎来重大突破！可以预测生物分子、配体

11月1日，谷歌旗下的AI研究机构DeepMind在官网发布了，蛋白质结构预测模型AlphaFold的最新技术进展：已显著提升了预测准确性，并将覆盖范围从蛋白质扩展至其他生物分子，包括配体（小分子）。
RPA中国·2023-11-04 22:50

AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测

1958年F.H.C.克里克提出了生物学中重要的中心法则，DNA->RNA->蛋白质，中心法则说明，DNA可以转录形成RNA，RNA再翻译成一个个氨基酸，最后组合形成蛋白质。通过中心法则不难看出，如果把DNA比喻为进行工业生产的设计蓝图，那么蛋白质就像实现这个蓝图的工具，所以说蛋白质是一切生命活动的基础，它几乎参与了所有的生物学过程，如遗传、发育、繁殖等等。对蛋白质进行深入地研究，能让我们从更深层
飞桨PaddlePaddle·2023-11-04 12:46

技术干货 | AlphaFold/ RoseTTAFold开源复现（2）—AlphaFold流程分析和训练构建

AlphaFold开源后（后续若不做特殊说明，AlphaFold均指AlphaFold2），很多研究团队都在分析、重现和尝试进一步提升。
昇思MindSpore·2023-11-04 12:15

PSP - 蛋白质复合物 AlphaFold2 Multimer MSA Pairing 逻辑与优化

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/134144591在蛋白质复合物结构预测中，当序列(Sequence)是异源多链时，无论是AB，还是AABB，都需要MSA配对，即MSAPairing。在MSA的搜索过程中，按照单链维度进行搜索，通过MSAPairing进行
SpikeKing·2023-10-31 18:12

AlphaFold2算法详解

正文：https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2补充文件：https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41586-021-03819-2/MediaObjects/41586_2021_3819_MOESM1_ESM.pdfhttps://static-content.s
李划水员·2023-10-31 14:38

蛋白质界的 ChatGPT：AlphaFold1 论文必备知识，不会有人还不知道吧

你知道AlphaFold2吗？它真正解决了蛋白质三维结构预测的算法困境，堪称蛋白质界的chat-GPT4，甚至它的意义不是chat-GPT4所能够匹敌的。
yumuing blog·2023-10-28 03:25

Alphafold批量下载蛋白的pdb文件

之前在做分子对接，在网上查了一圈，没有找到合适的工具从Alphafold批量下载指定蛋白的pdb文件。
qq_37440906·2023-10-28 03:54

根据Uniprot ID/PDB ID批处理获取蛋白质.pdb文件

1.根据UniprotID批处理获取蛋白质.pdb文件由于Uniprot的ID号可能对应多个NCBI的ID，但是根据Alphafold可以获取其唯一的PDB文件，所以用代码批处理获得.pdb文件如下：importpandasaspdimportnumpyasnpfromBioimportSeqIOfromBioimportPDBimportrequests
李划水员·2023-10-28 03:53

玩转ChatGPT：批量下载Alphafold的蛋白pdb文件

一、写在前面突发奇想，想批量下载Alphafold网站的蛋白pdb文件，后续再做个分子对接用。又不想手动下载，来求助CSDN和GPT。
Jet4505·2023-10-28 03:22

A预测蛋白质结构

基于AlphaFold2进行蛋白质结构预测的文章解析RoseTTAFold:Tunyasuvunakool,K.,Adler,J.,Wu,Z.etal.Highlyaccurateproteinstructurepredictionforthehumanproteome.Nature596,590
dataloading·2023-10-24 17:33

【机器学习】模型平移不变性/等变性&归纳偏置&Attention机制

Alphafold2具有旋转不变性吗——从图像识别到蛋白结构预测的旋转对称性实现通过Alphafold2如何预测蛋白质结构，看有哪些机制或tricks可以利用？
dataloading·2023-10-24 17:16

首个千亿生物医药ChatGPT来了！清华AIR聂再清：这个行业未来的“Killer APP”

这和AlphaFold2直接加个Chat功能还不太一样——现阶段大模型虽然能在药物发现上做得不错，但要么只涉及单个模态，要
景联文科技·2023-10-09 13:18

PSP - 配置 AlphaFold2 Multimer 的模型训练参数

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/133377559整理配置AlphaFold2Multimer
SpikeKing·2023-09-29 09:57

图神经网络GNN GCN AlphaFold2 虚拟药物筛选和新药设计

文章目录图神经网络1.GeometricDeepLearningRepresentationlearning表征学习机器学习的数据类型：序列、网格、图引出GNN2.GraphNeuralNetworksMachineLearningLifecyclelearninggraphishardFeatureLearninginGraphsWaystoAnalyzeNetworksANaiveApproa
丸丸丸子w·2023-09-21 01:36

宇宙琴弦下的生命

今天，DeepMind的AlphaFold在CASP竞赛中取得震惊的成绩，再次勾起了我对于今后将计算应用基础学科的激情和想法。恰逢最近断断续续地在看《宇宙的琴弦》，思维不由得开始跳跃起来。
陳鈞_db7d·2023-09-20 18:32

背靠背 Nature 新方向 - 蛋白质结构家族图谱的“潘多拉魔盒”

NBT-Foldseek快速准确搜索结构相似的蛋白，AlphaFold蛋白质数据库提供了一个快速的搜索工具AlphaFold的极限:高中生揭示人工智能在生物信息学挑战中的缺陷AlphaFold2开源了，
生信宝典·2023-09-20 11:44

JuiceFS 在多云存储架构中的应用 | 深势科技分享

2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-08-31 07:37

JuiceFS 在多云存储架构中的应用 | 深势科技分享

2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-08-30 10:50

2022-10-27

NatMethods|首次引入密度图进一步改进AlphaFold建模原创骄阳似我图灵基因2022-10-2709:32发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文：骄阳似我IF：47.99推荐度：⭐⭐⭐
图灵基因·2023-08-28 12:54

Nat Methods｜一个快速搜索工具能让所有人都能进行蛋白质结构预测

ColabFold通过将MMseqs2的快速同源搜索与AlphaFold2或RoseTTAFold相结合，提供了蛋白质结构和复合物的加速预测。Cola
weixin_4528312·2023-08-24 05:04

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-08-23 09:38

PSP - 基于开源框架 OpenFold Multimer 蛋白质复合物的结构预测与BugFix

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/132410296AlphaFold2
SpikeKing·2023-08-23 08:18

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-08-21 13:30

PSP - 配置 AlphaFold2 的高效 Tensorflow 运行环境

CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://blog.csdn.net/caroline_wendy/article/details/130560538AlphaFold2
SpikeKing·2023-08-17 18:51

PSP - 关于 AlphaFold2 的 openmm.patch 补丁

CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://blog.csdn.net/caroline_wendy/article/details/130541313在配置AlphaFold2
SpikeKing·2023-08-17 18:50

关于人工智能的高新项目与技术

关于人工智能的高新项目与技术关于人工智能的高新项目：OpenAIGPT-3：AlphaFold：Waymo自动驾驶:DeepMind医疗项目关于人工智能的高新技术深度学习（DeepLearning）：自然语言处理
大余小牛成长记·2023-08-12 23:56

JuiceFS 在多云存储架构中的应用 | 深势科技分享

2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-08-12 06:53
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