Alphafold2

gget alphafold三行命令预测蛋白质三维结构

尽管AlphaFold2可以通过Docker运行，但是需要下载数据库（需要消耗约3TB的存储空间）12vCPU,85GBRAM的高计算要求（远超笔记本）逛Twitter的时候，发现有一款新的工具ggetalphafold
小汪Waud·2024-01-13 21:14

Alphafold2蛋白质结构预测AI工作站配置推荐

AlphaFold2计算特点蛋白质三维结构预测是一项计算量非常巨大的任务，科学家多年的探索研究，形成了X射线晶体学法、核磁共振法、冷冻电镜等。
wdf8088·2024-01-13 00:17

JuiceFS 在多云存储架构中的应用 | 深势科技分享

2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
m0_72864708·2023-12-05 00:49

基于AlphaFold2进行蛋白质结构预测的文章解析

01蛋白质结构基础基础介绍[1]蛋白质是一切生命系统的物质基础，密切每一个生理过程。每个蛋白质因基酸链的组成、扭转、弯曲等等构成不同具有特异的结构，决定了蛋白质的功能。一般情况下，蛋白质只有正确折叠为特定的3D构型，才能发挥相应的生物学功能。而蛋白质四级结构结构的折叠，受到大量非共价相互作用的影响。想要从分子水平上了解蛋白质的作用机制，就需要精确测出蛋白质的3D结构。图片41.png形成稳定分子结
不二小张·2023-12-04 05:29

技术干货 | MindSpore AI科学计算系列（四）：AlphaFold2分析

背景蛋白质折叠这个被列为“21世纪的生物物理学”的重要课题之一，已经困扰了科学家们近半个世纪，好消息是在两年一届的CASP比赛中，2020年谷歌deepmind团队的Alphafold2凭借其接近90分的成绩取得
昇思MindSpore·2023-11-30 06:11

AlphaFold2爆火背后，人类为什么要死磕蛋白质？

近期在生命科学领域，有一则爆炸性的新闻，DeepMind的AlphaFold2模型，将人类的98.5%的蛋白质，全部预测了一遍，并且做成了数据集免费开源，供科研圈的人使用。
脑极体·2023-11-30 06:11

利用AlphaMissense准确预测蛋白质组范围内的错义变体效应

程等人开发了AlphaMissense，这是一种基于蛋白质结构预测工具AlphaFold2的深度学习模型（见Marsh和Teichmann的观点）。该模型基于人口频率数据进行训练，并使用序列和预测的
追梦Hocking·2023-11-22 03:27

2022.09.17【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十三章 蛋白质结构预测 下）

目录蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)穿线法从头预测（abinitio）基于假设推荐策略精度与方法选择Alphafold2相关信息蛋白质结构预测三种方法同源建模(比较建模)建模4步骤1.模板选择和确定折叠构象通过
穆易青·2023-11-14 01:12

AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测

1958年F.H.C.克里克提出了生物学中重要的中心法则，DNA->RNA->蛋白质，中心法则说明，DNA可以转录形成RNA，RNA再翻译成一个个氨基酸，最后组合形成蛋白质。通过中心法则不难看出，如果把DNA比喻为进行工业生产的设计蓝图，那么蛋白质就像实现这个蓝图的工具，所以说蛋白质是一切生命活动的基础，它几乎参与了所有的生物学过程，如遗传、发育、繁殖等等。对蛋白质进行深入地研究，能让我们从更深层
飞桨PaddlePaddle·2023-11-04 12:46

技术干货 | AlphaFold/ RoseTTAFold开源复现（2）—AlphaFold流程分析和训练构建

AlphaFold开源后（后续若不做特殊说明，AlphaFold均指AlphaFold2），很多研究团队都在分析、重现和尝试进一步提升。
昇思MindSpore·2023-11-04 12:15

PSP - 蛋白质复合物 AlphaFold2 Multimer MSA Pairing 逻辑与优化

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/134144591在蛋白质复合物结构预测中，当序列(Sequence)是异源多链时，无论是AB，还是AABB，都需要MSA配对，即MSAPairing。在MSA的搜索过程中，按照单链维度进行搜索，通过MSAPairing进行
SpikeKing·2023-10-31 18:12

AlphaFold2算法详解

正文：https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2补充文件：https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41586-021-03819-2/MediaObjects/41586_2021_3819_MOESM1_ESM.pdfhttps://static-content.s
李划水员·2023-10-31 14:38

蛋白质界的 ChatGPT：AlphaFold1 论文必备知识，不会有人还不知道吧

你知道AlphaFold2吗？它真正解决了蛋白质三维结构预测的算法困境，堪称蛋白质界的chat-GPT4，甚至它的意义不是chat-GPT4所能够匹敌的。
yumuing blog·2023-10-28 03:25

A预测蛋白质结构

基于AlphaFold2进行蛋白质结构预测的文章解析RoseTTAFold:Tunyasuvunakool,K.,Adler,J.,Wu,Z.etal.Highlyaccurateproteinstructurepredictionforthehumanproteome.Nature596,590
dataloading·2023-10-24 17:33

【机器学习】模型平移不变性/等变性&归纳偏置&Attention机制

Alphafold2具有旋转不变性吗——从图像识别到蛋白结构预测的旋转对称性实现通过Alphafold2如何预测蛋白质结构，看有哪些机制或tricks可以利用？
dataloading·2023-10-24 17:16

首个千亿生物医药ChatGPT来了！清华AIR聂再清：这个行业未来的“Killer APP”

这和AlphaFold2直接加个Chat功能还不太一样——现阶段大模型虽然能在药物发现上做得不错，但要么只涉及单个模态，要
景联文科技·2023-10-09 13:18

PSP - 配置 AlphaFold2 Multimer 的模型训练参数

AlphaFold2的单体(M
SpikeKing·2023-09-29 09:57

图神经网络GNN GCN AlphaFold2 虚拟药物筛选和新药设计

文章目录图神经网络1.GeometricDeepLearningRepresentationlearning表征学习机器学习的数据类型：序列、网格、图引出GNN2.GraphNeuralNetworksMachineLearningLifecyclelearninggraphishardFeatureLearninginGraphsWaystoAnalyzeNetworksANaiveApproa
丸丸丸子w·2023-09-21 01:36

背靠背 Nature 新方向 - 蛋白质结构家族图谱的“潘多拉魔盒”

NBT-Foldseek快速准确搜索结构相似的蛋白，AlphaFold蛋白质数据库提供了一个快速的搜索工具AlphaFold的极限:高中生揭示人工智能在生物信息学挑战中的缺陷AlphaFold2开源了，
生信宝典·2023-09-20 11:44

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-08-31 07:37

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-08-30 10:50

Nat Methods｜一个快速搜索工具能让所有人都能进行蛋白质结构预测

ColabFold通过将MMseqs2的快速同源搜索与AlphaFold2或RoseTTAFold相结合，提供了蛋白质结构和复合物的加速预测。Cola
weixin_4528312·2023-08-24 05:04

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2301_77700816·2023-08-23 09:38

PSP - 基于开源框架 OpenFold Multimer 蛋白质复合物的结构预测与BugFix

spike.blog.csdn.net/本文地址：https://spike.blog.csdn.net/article/details/132410296AlphaFold2-Multimer是一个基于AlphaFold2
SpikeKing·2023-08-23 08:18

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2301_77700816·2023-08-21 13:30

PSP - 配置 AlphaFold2 的高效 Tensorflow 运行环境

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://blog.csdn.net/caroline_wendy/article/details/130560538AlphaFold2是由DeepMind开发，可以根据蛋白质的氨基酸序列预测其三维结构，准确度经常可以与实验相媲美。DeepMind和EMBL的欧洲生物信息学研究所合作，创建AlphaFo
SpikeKing·2023-08-17 18:51

PSP - 关于 AlphaFold2 的 openmm.patch 补丁

CSDN：https://spike.blog.csdn.net/本文地址：https://blog.csdn.net/caroline_wendy/article/details/130541313在配置AlphaFold2
SpikeKing·2023-08-17 18:50

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2301_77700816·2023-08-12 06:53

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2301_77700816·2023-08-10 16:44

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2301_77700816·2023-07-21 06:50

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2301_77700816·2023-07-18 14:47

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-06-20 18:28

AI+Science：基于飞桨的AlphaFold2，带你入门蛋白质结构预测

1958年F.H.C.克里克提出了生物学中重要的中心法则，DNA->RNA->蛋白质，中心法则说明，DNA可以转录形成RNA，RNA再翻译成一个个氨基酸，最后组合形成蛋白质。通过中心法则不难看出，如果把DNA比喻为进行工业生产的设计蓝图，那么蛋白质就像实现这个蓝图的工具，所以说蛋白质是一切生命活动的基础，它几乎参与了所有的生物学过程，如遗传、发育、繁殖等等。对蛋白质进行深入地研究，能让我们从更深层
·2023-06-19 10:43

Alphafold2 初识体验

最近刚刚开始研究DeepMind的Alphafold2，据说是一项解决生物学50年来关键问题的一个算法。听了李沐大佬的讲解，感觉非常入门起来会少花几天或者几个星期的时间。
Seaton·2023-06-17 06:17

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-06-16 13:34

使用numpy计算分子内坐标

但是除了笛卡尔坐标表示方法之外，其实也有很多其他的方法用于粗粒化或者其他目的的表征方法，比如前一篇文章中所介绍的在AlphaFold2中所使用的残基的刚体表示方法。
DechinPhy·2023-06-11 12:05

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-06-09 04:31

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2020年末，谷歌旗下DeepMind研发的AI程序AlphaFold2在国际蛋白质结构预测竞赛上取得惊人的准确度，使得“AI预测蛋白质结构”这一领域受到了空前的关注。
2301_77700816·2023-06-08 13:20

四大顶级专家谈AlphaFold2：关于技术细节、局限与意义

来源|医健AI掘金志作者|李雨晨、刘海涛尽管，距离Deepmind公司AlphaFold2的横空出世，已经过去了两周的时间，但是围绕AlphaFold2的讨论热度依然不减。
喜欢打酱油的老鸟·2023-04-16 12:13

AlphaFold2开源了，不是土豪也不会编程的你怎么蹭一波？

2020年，AlphaFold2在CASP14蛋白质结构预测关键评估大赛中夺得透明，其预测的大部分结构达到了空前的准确度，不仅与实验方法不相上下，还远超解析新蛋白质结构的其他方法。
生信宝典·2023-04-16 12:13

NEWS|AI增强的蛋白质设计制造从未存在过的蛋白质

AI-enhancedproteindesignmakesproteinsthathaveneverexisted，naturebiotechnologyVolume41|March2023|303–309|303蛋白质工程师正在利用快速发展的机器学习工具、深层数据库和AlphaFold2
DrugPython·2023-04-13 15:41

思考AI科研的未来

StableDiffusion这大概是后AlphaGo时代AI第一次这么火出圈，AlphaFold2也就是在圈内大家都知道而已，但是这个大家都在玩，但是对于三四月看到DALLE2和Imagen效果的我来说
爱睡觉的Raki·2023-04-10 17:48

你真的了解计算生物学和AI for Science吗？

来源：量子位Q1：AlphaFold2的最大意义是什么？A1：这个看似突破性的进展，其实是技术演进的必然结果。
人工智能学家·2023-04-09 00:30

AlphaFold2中的残基刚体表示

技术背景在前面的这一篇博客中，比较全面的介绍了组成蛋白质的各种氨基酸的三维结构。由于每个氨基酸大小不一，在传统的蛋白质折叠预测的方案中，一般会考虑全原子方案或者是粗粒化方案。对于全原子方案而言，即时去除了氢原子，也包含了极大的原子数，对于计算量来说是一个非常大的考验。而将一个氨基酸近似为一个点的方案，因为往往忽略了太多的信息，比如氨基酸之间的二面角等，因此无法达到很好的预测效果。在AlphaFol
DechinPhy·2023-04-08 17:21

迎来智能数据分析的新时代

AlphaFold2获得了第十四屆CASP（两年一
人工智能学家·2023-04-07 10:31

AlphaFold2代码阅读（九）

2021SC@SDUSC写下前面:之前是在GoogleColab中运行的简化版本的代码，今天看一下AlphaFold2源码中写的运行程序一、运行AlphaFold运行AlphaFold的最简单方法是使用提供的
xiaofengzihhh·2023-04-01 08:54

AlphaFold2源码解析(6)--模型之特征表征

AlphaFold2源码解析(6)–模型之特征表征整体推理说明：Embedding只是在推理使用，影响非常小（sup-Inference篇章）特征表征表示的入口模型如下：evoformer_module
发呆的比目鱼·2023-04-01 08:11

蛋白质结构预测 AlphaFold2、ColabFold、Uni-Fold、ESMFold

AlphaFold2：官方地址https://github.com/deepmind/alphafoldColabFold：高效封装加速AlphaFold2及Alphafold2-multimer（四级结构
loong_XL·2023-04-01 08:40

AlphaFold2源码解析(5)--模型之特征构造

AlphaFold2源码解析(5)–模型之特征构造入口processed_feature_dict=model_runner.process_features(feature_dict,random_seed
发呆的比目鱼·2023-04-01 08:40

对接算法在AlphaFold2预测结构中的应用

题目：AreDeepLearningStructuralModelsSufficientlyAccurateforVirtualScreening?ApplicationofDockingAlgorithmstoAlphaFold2PredictedStructures文献来源:https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c01270代码:https://github.co
DrugPython·2023-03-21 05:05
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