bioconductor

rbsurv方法筛选基因

tryhttp://ifhttps://URLsarenotsupportedsource("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("rbsurv"
一路向前_莫问前程_前程似锦·2018-09-04 21:54

转录组那些事儿 Part II

18.8.21争取用三部分整理完PartI是前情提要，学习一些背景知识；PartII是实战，从文章拿到数据开始，只要是服务器能完成的工作都完成；PartIII将是R处理部分，也是最核心的部分，我会先学习Bioconductor
刘小泽·2018-08-21 21:43

R包——maftools可视化神器

参考：http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/maftools/inst/doc/maftools.html目录介绍准备格式转换总体分析框架
Doris_xixi·2018-08-01 10:49

R包——maftools可视化神器

参考：http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/maftools/inst/doc/maftools.html目录 介绍准备格式转换
Doris_xixi·2018-08-01 00:00

0050-【R系统】-解决bioconductor下载安装问题

1.加载biocLite.R脚本source("https://bioconductor.org/biocLite.R")这一步是使用biocLite.R脚本来安装Bioconductor的包。
leadingsci·2018-06-23 09:15

R 语言命令收集

记得增加如下命令：source("http://bioconductor.org/biocLite.R")reshape2::melt(data,…,na.rm=FALSE,value.name=“value
Y-hit·2018-05-29 22:49

MAC安装DESeq2报错及解决方案

在R环境中安装DESeq21、安装DESeq2基本语法：source("http://bioconductor.org/biocLite.R")#调入安装工具BioconductorbiocLite("
括囊无誉·2018-04-05 09:53

转录组入门(8): 富集分析

我们统一选择p1)安装包下载注释数据（rog.HS.eg.db)source("https://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("clusterProfiler
徐洲更hoptop·2017-11-27 21:11

Bioconductor分析RNA-seq数据

参考学习《R语言与Bioconductor生物信息学应用》第六章前言Y叔的公众号biobabble发过一篇【听说你想学R？】
王诗翔·2017-10-27 17:11

R绘制热图

阅读系列文章http://mp.weixin.qq.com/s/lKrhvYrwn93esC6MA3bHWwRstudio基础R语言是比较常用的统计分析和绘图语言，拥有强大的统计库、绘图库和生信分析的Bioconductor
生信宝典·2017-07-06 08:44

【Bioconductor系列】如何用Bioconductor对基因组注释

这一次，我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题，为什么要进行基因注释。就我目前而言，它用来解决如下问题：在mapping-by-sequencing的时候，我找到了一些可能的突变位点，我需要知道这些突变分别是那些基因发生突变，这些突变基因有哪些功能？差异表达分析之后会得到许多的基因，这些基因有什么样的特征？如果要进行基因富集分析，不可避免就需要知道他们的GO,KEGG等注释信息。如果一个基因没有
徐洲更hoptop·2017-06-18 12:21

R语言学习笔记之热图绘制

包和函数：heatmap():用于绘制简单热图的函数heatmap.2():绘制增强热图的函数d3heatmap:用于绘制交互式热图的R包ComplexHeatmap:用于绘制、注释和排列复杂热图的R&bioconductor
taoyan·2017-05-31 19:08

TCGA数据下载：R包RTCGA介绍

R包下载##tryhttp://ifhttps://URLsarenotsupportedsource("https://bioconductor.org/b
Bioconductor·2016-10-24 14:56

《Rcpp：R与C++的无缝整合》已出版

内容简介Rcpp是R应用最为广泛的语言扩展包，它被应用于超过100个CRAN和BioConductor的包中。这本书是关于Rcpp的第一本综合性导论。
雪晴数据·2016-01-12 10:00

《Rcpp：R与C++的无缝整合》已出版

内容简介Rcpp是R应用最为广泛的语言扩展包，它被应用于超过100个CRAN和BioConductor的包中。这本书是关于Rcpp的第一本综合性导论。
雪晴数据网·2016-01-12 10:38

用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(二)：缺失值填充

以下分析用到的数据可以在这里(http://dl.getdropbox.com/u/308058/blog/raw_data_3_replicates.txt )下载，这个数据来自关于基因对蝴蝶迁移性的研究，样本是20个蝴蝶个体，其中10个是当地固有个体(old)，另外10个是新迁入的个体(new)，old和new个体两两随机配对，分别用不同颜色染料（波长分别为555和647nm）标记
·2015-11-07 11:05

用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(四)：芯片内归一化

归一化是从normalization翻译过来的。归一化的目的是使各次/组测量或各种实验条件下的测量可以相互比较，消除测量间的非实验差异。非实验差异可能来源于样品制备，点样，杂交过程，杂交信号处理等。 归一化的方法有很多，对于寡聚核苷酸芯片（单通道，以Affymetrix为代表）和cDNA芯片（双通道，红绿染料）也有所不同。以下讨论针对双通道芯片进行，当然也可能适用于单通道，请读者自辨。
·2015-11-07 11:04

用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(六)：差异表达基因

经过一系列的预处理，包括缺失值填充，中位数计算以及归一化，我们的数据终于可以用啦。 下面我们就来分析一下new population和old population的个体是否有差异表达基因。 判断一个基因是否差异表达有许多方法，最早使用的就是看log ratio的绝对值是否大于2,这种方法早已废弃。 下一个想到的也许是t-test，诚然t-test可以统计地判断一个基因是否差异表达，但
·2015-11-07 11:03

用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(五)：芯片间归一化

这里用到Bioconductor的一个package，叫做limma，以及其中的函数normalizeBetweenArrays() 由于normalizeBetweenArrays()需要log
·2015-11-07 11:02

用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(三)：计算median

我们已经知道要分析的数据对每个基因有3个重复测定值，经过缺失值填充后，每个基因都有3个可用值。 这一步很简单，就是取这3个值的中位数，即median。 方法很多，在excel中可以用median函数; 在R中以下代码进行操作： get_median<-function(i,j){  num_vec<-c(imputeddata[i*3-2,j],impute
·2015-11-02 19:06

用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(六)：差异表达基因

接前一篇： 用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(五)：芯片间归一化 经过一系列的预处理，包括缺失值填充，中位数计算以及归一化，我们的数据终于可以用啦。
·2015-11-01 08:56

用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(五)：芯片间归一化

接前一篇：用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(四)：芯片内归一化 上次进行了芯片内的归一化，但是我们的数据来自于10张芯片，为了让这10张芯片之间有可比性，需要进行芯片间归一化。
·2015-11-01 08:55

用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(四)：芯片内归一化

接前一篇： 用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(三)：计算median 归一化是从normalization翻译过来的。
·2015-11-01 08:54

用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(二)：缺失值填充

以下分析用到的数据可以在这里(http://dl.getdropbox.com/u/308058/blog/raw_data_3_replicates.txt )下载，这个数据来自关于基因对蝴蝶迁移性的研究，样本是20个蝴蝶个体，其中10个是当地固有个体(old)，另外10个是新迁入的个体(new)，old和new个体两两随机配对，分别用不同颜色染料（波长分别为555和647nm）标记后，在同一张
·2015-11-01 08:53

cummeRbund包

cummeRbund http://www.bioconductor.org/packages//2.10/bioc/html/cummeRbund.html Analysis, exploration
·2015-10-30 14:08

用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(一)：R和BioConductor简介

BioConductor是建立在R语言环境上的生物芯片数据和基因组数据分析软件包，主页是 http://www.bi
·2015-10-27 15:06

bioconductor包的安装

bioconductor 包的安装 安装R，并启动R。
·2015-10-27 15:06

用R和BioConductor进行基因芯片数据分析(三)：计算median

接前一篇： http://www.cnblogs.com/emanlee/archive/2012/12/05/2803144.html   我们已经知道要分析的数据对每个基因有3个重复测定值，经过缺失值填充后，每个基因都有3个可用值。 这一步很简单，就是取这3个值的中位数，即median。 方法很多，在excel中可以用median函数; 在R中以下代码进行操作： get_
·2015-10-27 15:06

R in Action 学习笔记－边学边查

ErrorinloadNamespace(jsessionInfo()发现R的version是3.1*，carpackage需要的 R(≥3.2.0)，于是需要升级R参考：https://support.bioconductor.org
aliceyangxi1987·2015-10-27 11:00

[置顶] 利用R语言对RNA-Seq进行探索分析与差异表达分析

最新更新见http://cangfengzhe.github.io/r/RNA-Seq.html介绍本文参考bioconductor中RNA-Seqworkflow:gene-levelexploratoryanalysisanddifferentialexpression
tanzuozhev·2015-06-17 17:00

Extracting info from VCF files

R, Bioconductor filterVcf: Extract Variants of Interest from a Large VCF File (Paul Shannon) We demonstrate
·2015-06-08 21:00

R语言：S4对象类型

Bioconductor社区，以S4对象系统做为基础架构，只接受符合S4定义的R包。
猪猪daxia·2014-10-20 14:00

Bioconductor基础ExpressionSet介绍

字号：大中小Bioconductor基础ExpressionSet介绍312十2012|程序员Tags:教程·生物信息学在Biobase基础包中，ExpressionSet是非常重要的类，因为Bioconductor
唐博文·2014-08-30 10:01

Bioconductor基础ExpressionSet介绍

          字号：大中小        Bioconductor基础ExpressionSet介绍312十2012  |程序员Tags:教程・生物信息学在Biobase基础包中，ExpressionSet
唐博文·2014-08-30 10:01

R/BioC序列处理之四：BSgenome简介

一、BSgenome和BSgenome数据包Bioconductor提供了某些物种的全基因组序列数据包，这些数据包是基于Biostrings构建的，称为BSgenome数据包。
金子哦·2014-04-23 16:52

包affy,arrayQualityMetrics和RankProd的安装

三个包都在bioconductor库里，所以需要先安装biocLite：source("http://bioconductor.org/biocLite.R")然后分别安装：biocLite("affy
swuteresa·2014-01-17 11:00

安装Bioconductor中的包

2.先在console中运行命令，setRepositories(addURLs=c(CRANxtras="http://www.bioconductor.org"))，之后再“安装程序包”，选择需要安装的包
swuteresa·2013-05-04 10:00

How to install packages in Bioconductor

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite(packageName1,packageName2,...)
swuteresa·2013-03-04 14:00

R

一看就明白线资源 * http://www.r-project.org/ R的官方网站 * http://cran.r-project.org/manuals.html R官方文档 * http://www.bioconductor.org
atupal·2013-01-28 16:00

Bioconductor简介

源：Bioconductor:opensoftwaredevelopmentforcomputationalbiologyandbioinformatics，GenomeBiology2004,5:R80Bioconductor
SHMILYRINGPULL·2013-01-25 16:00

R Packages for GWAS and GS

BLR(功能加强BGLR，目前不支持R3.0版本)synbreed(synbreedData)randomForestlme4：基本线性模型geneticsQTLRelGenABELsnpStats(在bioconductor
swuteresa·2013-01-25 12:00

vim编辑R代码的实现：：：（R语言安装BIoconductor和BiocLite）：R在linux的安装

在window下的安装很容易，大家都会，在linux下，如果手动编译安装还是有些麻烦的，特别是当报错的时候，还要找到报错的根源，所以我们安装的时候，如果有网络我们可以直接用命令，sudoyuminstallR就可以了，当然要你先获取最高权限，输入密码。我们也可以用vim来编辑R代码，我们来看一下实现的形式。这里主要用的是一个vim的插件：http://www.vim.org/scripts/scr
gaorongchao1990626·2013-01-03 10:00

一个生物信息在线Manual网站

这是一个很不错的Manuals网站，主要针对生物信息学的研究人员，里面包括R、Bioconductor、NGS、EMBOSS、Linux等软件和系统的使用教程。
SHMILYRINGPULL·2012-12-31 10:00

DESeq分析基因的差异表达以及安装中出现的问题

首先，我的R是15.0版本打开Rsource("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite（‘DEseq’）会出现安
likelet·2012-09-14 11:00

Bioconductor 软件包安装到R

1首先用超级用户启动R：sudoR2导入安装脚本：source("http://bioconductor.org/biocLite.R")3.选择想要安装的包，作为biocLite的参数用引号括起，多个用
屈能荣·2010-10-08 11:00
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