BioConductor

生信地基系列--常规分析流程

biocondutor已经给你准备好了29篇Bioconductor-BiocViewsimage.png注释流程生物导体可以导入多种与序列相关的文件类型，包括Fasta、fastq、BAM、VCF、gff

可能性之兽·2024-02-14 18:17

批量转换基因名

基因组注释R包全集在网站Bioconductor-3.9AnnotationDataPackages查看，如我们能在里面找到人基因组注释R包org.Hs.eg.db,我们安装这个注释包，就能用方法1和2

BeeBee生信·2024-02-12 22:40

R语言杂谈（一）

require("tidyr"))install.packages("tidyr",update=F,ask=F)#或者选择安装Bioconductor上的R包if(!

爱思考的照·2024-02-12 03:46

ClusterProfiler做GO、KEGG富集（一）

安装source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("clusterProfiler")browseVignettes("clusterProfiler

南栀ioo·2024-02-11 05:24

2019-12-30 作业2，总结ID转换需要的数据包

所以今天来总结一下，争取记住一个包：参考学习资料：http://www.bioconductor.org/packages/release/data/a

程凉皮儿·2024-02-06 05:30

非模式物种GO/KEGG富集分析

本文主要针对非模式物种，但是有参考基因组可用1.R包安装及database下载#non-model,buthavethegenome>source("https://bioconductor.org/biocLite.R

谢俊飞·2024-01-30 20:23

使用OmicCircos包--绘制基因圈图

本期内容为[R语言可视化-精美图形绘制系列]--使用OmicCircos包--绘制基因圈图教程网址：教程可以查看OmicCircos帮助文档也可以（OmicCircos_vignette.pdf(bioconductor.org

小杜的生信筆記·2024-01-30 06:06

2020-06-06 day6 导入dplyr包---cat

1.设置镜像网站，用于快速下载包(1).初级模式运行这两条命令,对应清华镜像网站；下次再打开Rstudio会发现，下载Bioconductor可能还是会回到官方镜像，可以通过options()$BioC_mirror

CAT_6430·2024-01-26 16:54

2021-07-24 R包maftools从GitHub安装报错记录

有趣的是，从bioconductor安装就成功了。

我们一起舔过铁栏杆·2024-01-25 23:28

学习小组Day6笔记--Yoda

学习任务：学习R包1.检查镜像检查CRAN镜像是否配置完成：options()$repos2.在Rstudio中设置自定义CRAN和Bioconductor的下载镜像#options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置

UseeseeU0·2024-01-18 08:48

使用clusterProfiler给非模式物种做富集分析的一些参考资料

guangchuangyu.github.io/cn/2017/07/clusterprofiler-maize/#disqus_thread非模式生物玉米玉米虽然是非模式物种，但是研究的人也挺多的，注释信息也非常完整了2https://bioconductor.statistik.tu-dortmund.de

小明的数据分析笔记本·2024-01-14 22:20

四、函数和R包

2.R包（Rpackage）介绍3.R包来源(1)CRAN网站(2)Bioconductor

Kururu1799·2024-01-13 08:45

报错：ERROR: lazy loading failed for package

ERROR:lazyloadingfailedforpackage常用的服务器崩了只能换台服务器，新的服务器好多R包都没有安装，今天安装DESeq2居然报错了各种R包，如果不在R语言官网上，那它极有可能在Bioconductor

微光**·2024-01-06 14:41

Day 6 Joey

R包的学习1.啥是R包R包是多个函数的集合，一般从Bioconductor网站下载，这些R包可以进行统计以及图表的制作，不同的R包行使的功能不同，此处以dplyr为例。

连店·2024-01-03 06:43

生信人的20个R语言习题-高级

,pasilla,airway软件包：limma，DESeq2，clusterProfiler工具包：reshape2绘图包：ggplot2不同领域的R包使用频率不一样，在生物信息学领域，尤其需要掌握bioconductor

DrKu·2024-01-02 17:56

OSCA单细胞数据分析笔记-14、Empty/Doublet droplet

对应原版教程第15、16章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html现行主流的Droplet-based单细胞测序技术主要思路是一个磁珠捕获一个细胞置于油包水的腔室里完成添加标签

小贝学生信·2024-01-02 14:31

利用clusterProfiler进行富集分析

clusterProfiler进行富集分析Y叔开发的R包clusterProfiler的确是最好用的，没有之一,可参看为Y叔疯狂打call1、安装clusterProfiler>source("http://bioconductor.org

谢俊飞·2023-12-30 07:33

Rstudio安装（笔记一）

install.packages("tidyr")其余类似安装Bioconductor上的R

YX_Andrew·2023-12-29 18:52

学习小组Day6笔记--LBB

今天的学习内容是R包安装和dplyr函数的运用一、安装和加载R包镜像设置1.Tools-Options-Packages设置CRAN的镜像，单不能下载Bioconductor的包1.png2.png2.

LBB·2023-12-26 15:00

2019-02-19 volcano plot

https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/EnhancedVolcano/inst/doc/EnhancedVolcano.html#

e8a37405cb53·2023-12-26 11:35

GDAS003-Bioconductor与基因组级数据分析简介

title:GDAS003-Bioconductor与基因组级数据分析简介date:2019-09-0312:0:00type:"tags"tags:Bioconductorcategories:GenomicsDataAnalysisSeries

backup备份·2023-12-23 14:37

2018-10-11

使用GEOquery包if(T){source("http://bioconductor.org/biocLite.R")options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn

一路向前_莫问前程_前程似锦·2023-12-23 14:37

docker 中运行Rsudio

:8787-v/mnt/public:/home/rstudio/public_data-v/home/user/R_workdir:/home/user/R_workdirbioconductor/bioconductor_docker

伍鸿荣·2023-12-23 02:41

用EnhancedVolcano 绘制火山图

EnhancedVolcano，画火山图令人发指的简单，而且用户自主设置颜色、形状、大小和阴影等参数定义不同的绘图属性，还可以通过添加连线的方式有效避免数据点之间的重叠现象，强烈分享一下：介绍来源：https://www.bioconductor.org

欧阳松·2023-12-22 09:41

GO.db:存储Gene Ontology信息的R包

其中，Bioconductor作为生信分析专用的R语言社区，提供了许多的R包。

生信修炼手册·2023-12-20 02:58

《生物信息学生R入门教程》读书笔记 Chapter 1

前言最近在阅读欧剑虹老师《生物信息学生R入门教程》非常适合于刚入手NGS的初学者使用，这里我仅做我个人的读书笔记使用本书分为八个章节：1.R/Bioconductor简介2.基因芯片的数据分析3.RNA-seq

小潤澤·2023-12-19 19:08

bioconductor入门——第一弹

写在前面的废话说话要算数，挨打要立正……既然之前说了要写一个bioconductor系列，那肯定不能食言。image.png当然了，现在天气这么冷，我猜你们肯定不愿意动手撸代码。

鹿无为·2023-12-19 02:13

自动批量安装加载cran, bioconductor和github三个平台的所有的R包

自动批量安装加载cran,bioconductor和github三个平台的所有的R包R包管理自动批量安装加载cran,bioconductor和github三个平台的所有的R包自动安装cran,bioconductor

邢博士谈科教·2023-12-18 00:23

OSCA单细胞数据分析笔记-9、Clustering

对应原版教程第10章http://bioconductor.org/books/release/OSCA/overview.html“物以类聚，人以群分”分群步骤即将基因表达（降维结果）相似的细胞归为同一个群体

小贝学生信·2023-12-17 13:12

安装SingleR之前，先看看它的数据库里有没有你要的细胞

最后翻到了celldex数据库里七个参考数据集的具体内容，在这里：https://bioconductor.org/packages/release/data/ex

小鱼同学的踩坑记录·2023-12-16 22:28

python基因差异分析_差异表达基因的分析（2）

专题一给出了聚类分析的示例，本专题主要谈在表达谱芯片分析中如何利用Bioconductor鉴定差异表达基因。鉴定差异表达基因是表达谱芯片分析pipeline中必须的分析步骤。

weixin_39633113·2023-12-05 10:45

服务器上安装bioconductor时遇到的问题

安装bioconductor这次遇到了很大的问题，一直提示若干其他的问题，发现还是网速的和网络链接的问题导致的，时好时不好，这里在在服务器中安装condaconda下安装最新版本的R（非root伤不起）

良田农庄·2023-12-04 21:09

Mutational Patterns进行肿瘤突变频谱分析

MutationalPatterns是一个bioconductor上的R包，可以用于肿瘤突变频谱的分析。

Dr家硕的科研之路·2023-12-04 21:58

(转帖）R语言-Visualization of Functional Enrichment Result

原文地址：http://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/enrichplot/inst/doc/enrichplot.htmlTheenrichplotpackageimplementsseveralmethodsforenrichmentresultvisualizationtohelpinterpretation.Itsupport

苏慕晨枫·2023-11-30 10:59

Win7中(RHDF5)bioConduct安装技巧及installed directory not writable问题解决

常规方法是在R中运行：>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")>biocLite("rhdf5")但是这样会自动连国外的服务器下载安装所需的软件包。

seaward·2023-11-30 08:33

服务器崩溃日志 | 误删 OpenSSL 的那点事

最开始是想安装Bioconductor中的minfi（https://github.com/hansenlab/minfi）这个R包，但是发现不管是conda还是BiocManager::install

BioIT爱好者·2023-11-30 08:20

bioconductor coursera学习资源打包

随便扯几句，在我们生信分析中bioconductor包对我们的帮助是非常大的，可谓是生信里面必学的系列，今天考虑到coursera课程需要翻出去才能看的原因，所以在这里把视频给下载下来了。

热衷组培的二货潜·2023-11-29 17:49

R 报错：ERROR: failed to lock directory XXX 00LOCK

Error:install.packagesfailedtolockdirectory在使用bioconductor安装一些包的时候，比如我安装GEOquery时，会有ErrorinunpackPkgZip

11的雾·2023-11-28 21:28

计算不同组别间差异甲基化位点和区域的R包—DSS

DSS(DispersionShrinkageforSequencingdata)，为基于高通量测序数据的差异分析而设计的Bioconductor包。

黄晶_id·2023-11-28 16:39

GDAS004-Bioconductor与基因组级数据分析简介

title:GDAS004-Bioconductor与基因组级数据分析简介date:2019-09-0312:0:00type:"tags"tags:Bioconductorcategories:GenomicsDataAnalysisSeries

backup备份·2023-11-27 15:57

学习小组Day6R包学习-Ywen

自定义CRAN和bioconductor的镜像，可以运行下面两行代码#options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn

Ywen·2023-11-27 08:41

学习ComplexHeatmap复杂热图

代码和数据可用性ComplexHeatmap的稳定版本发布在https://bioconductor.org/packages/ComplexHeatmap/开发者版本发布在https://githu

hx2024·2023-11-26 12:24

处理NGS的新神器systemPipeR

首先附上软件链接：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/systemPipeR.htmlhttp://www.bioconductor.org

小潤澤·2023-11-24 08:50

单细胞分析文献分享《Orchestrating single-cell analysis with Bioconductor》

《Orchestratingsingle-cellanalysiswithBioconductor》这篇文章时2019年发表在naturemethod上的一篇单细胞分析流程方法类文章，主要介绍的利用Bioconductor

小潤澤·2023-11-19 20:14

【R-clusterProfiler包安装经验】

1.下载安装方法首先，这个包不能够通过常规的install.packages()安装，需要通过Bioconductor，这个是很多生物分析相关的包的管理器，我暂时还不是很懂，也不好瞎介绍。

小柴犬冲冲冲·2023-11-19 15:47

记录使用bioconductor安装ChIPpeakAnno及ChIPseeker包遇到的bug，以及“GenomicFeatures”包

20230727更新再次安装遇见新问题直接在R上安装Matrix与MatrixModels这两个包失败将R包下载到电脑上安装成功平常遇到问题，经常会在CADN中找到解决方法，今天也把自己解决问题的方法的记录一下。安装代码如下：if(!requireNamespace(“BiocManager”,quietly=TRUE))install.packages(“BiocManager”)BiocMan

橙子榴莲巧克力·2023-11-16 05:01

R | R包安装报错-github连接速度慢或无法访问 | metaboanalystR | Retip | rJava安装

R|R包安装报错-github连接速度慢或无法访问|metaboanalystR|Retip|rJava安装一、metaboanalystR安装1.1Bioconductor报错，无网络连接1.2github520

跳动的喵尾巴·2023-11-09 14:12

R语言笔记——”org.Hs.eg.db“脱坑记录

R语言笔记——”org.Hs.eg.db“脱坑记录”org.Hs.eg.db“是发布在bioconductor平台上面的一个数据库文件，该包中装有较多的主流数据资料文件，但是小编在安装该包的过程中遇到了一些问题

Bioplant植物·2023-11-06 07:48

Complex Heatmap--Fix the rowname undisplay problem

ComplexHeatmap-reference/book/a-list-of-heatmaps.html#automatic-adjustment-to-the-main-heatmaphttps://bioconductor.riken.jp

为了梦走一遭·2023-11-05 21:10

15.GO和KEGG分析

非模式生物--大麦的GO和KEGG分析分析思路1.首先查看Annotationhub（https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/AnnotationHub.html

夏大希·2023-11-04 16:46

推荐频道