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Deep drug-target binding affinity prediction with multiple attention blocks论文解读（二）2021SC@SDUSC

2021SC@SDUSC数据集然后是对基准数据集的介绍，KIBA和DAVIS使用CI和r2m度量标准来衡量所提出的模型和基准模型的性能。对于Davis和KIBA数据集中蛋白质和药物的输入，我们采用了DeepDTA方法，通过字典将药物和蛋白质序列的smile数字化到一个固定的最大长度。deepDTAdeepDTA论文笔记：csdn：https://blog.csdn.net/qq_40311018/

芜湖大司码丶·2022-11-20 03:04

Deep drug-target binding affinity prediction with multiple attention blocks论文解读（一）2021SC@SDUSC

2021SC@SDUSC论文解读：摘要：DTI预测背景：药物靶间相互作用(DTI)预测由于其在药物发现过程中的重要地位而受到越来越多的关注。许多研究引入计算模型，将DTI预测作为回归任务，直接预测药物靶对的结合亲和性。现有研究的缺陷与作者提出的模型：然而，现有的研究在编码药物化合物时忽略了原子之间的本质相关性，仅仅通过连接来模拟药物靶对的相互作用。基于这些观察，在本研究中，我们提出了一个端到端的模

芜湖大司码丶·2022-11-20 03:34

Chapter1 : Application of Artificial intelligence in Drug Design: Opportunity and Challenges

readingnotesof《ArtificialIntelligenceinDrugDesign》文章目录1.Introduction:WhatChallengesDoesDrugDesignFace2.ApplicationofArtificialIntelligenceinDrugDesign2.1.VirtualScreening2.1.1.Introduction2.1.2.Datase

_森罗万象·2022-11-19 13:52

2021 RSC | Drug–target affinity prediction using graph neural network and contact maps

2021RSC|Drug–targetaffinitypredictionusinggraphneuralnetworkandcontactmaps摘要计算机辅助药物设计使用高性能计算机来模拟药物设计中的任务

发呆的比目鱼·2022-11-19 13:44

安装DeepDrugCoder (DDC)环境

在此路径下gitclonehttps://github.com/pcko1/Deep-Drug-Coder.git(把所有包下载下来)在此路径下conda创建环境，所有依赖包都安装在这个环境中：condaenvcreate-fenv

mw742.cam·2022-11-19 13:37

DGraphDTA训练部分源码解读分析（二）2021SC@SDUSC

encoding='latin1')设置四个list分别存储药物SMILES、蛋白质序列、蛋白质key、药物分子式，并使用数据集通过循环将它们填满drugs=[]prots=[]prot_keys=[]drug_smiles

芜湖大司码丶·2022-11-19 12:20

论文解读：基于图神经网络与蛋白质接触图的药靶亲和力预测（一）2021SC@SDUSC

2021SC@SDUSC论文解读：基于图神经网络与蛋白质接触图的药靶亲和力预测（一）Drug–targetaffinitypredictionusinggraphneuralnetworkandcontactmaps

芜湖大司码丶·2022-11-19 12:19

DGraphDTA 环境安装

Linuxdirac4.15.0-189-generic#200-UbuntuSMPWedJun2219:53:37UTC2022x86_64x86_64x86_64GNU/Cudaversion10.1原文：Drug–targetaffinitypredictionusinggraphneuralnetworkandcontactmapsDrug–targetaffinitypred

mw742.cam·2022-11-19 12:13

Identifying drug–target interactions based on graph convolutional network and deep neural network 论文

Identifyingdrug–targetinteractionsbasedongraphconvolutionalnetworkanddeepneuralnetwork文章目录摘要一、引言二、方法1.ConstructionoftheDPPnetwork2.GCN-basedfeaturerepresentation3.ClassificationbyDNN三、结果1.Datasets2.Ex

Struggle~·2022-10-18 07:05

Chapter22: Artificial Intelligence in Drug Safety and Metabolism

readingnotesof《ArtificialIntelligenceinDrugDesign》文章目录1.Introduction1.1.HistoryofQSAR1.2.HistoryofToxicology1.3.HistoryofComputationalToxicology2.Method2.1.AModelanditsUsefulness2.2.ModelAccuracy2.3.A

_森罗万象·2022-10-12 11:09

临床试验：评估肝脏损伤的Hy's定律

Hy's定律是HymanJosephZimmerman博士在1978年首先提出的一个判断药物性肝损伤（Drug-InducedLiverInjury,DILI）发病率和病死率的标准。

野藤_·2022-10-11 16:34

关于drug-target interaction

基本概念首先了解一些概念：药物再利用（drugrepurposing）：将现有药物转向新的治疗方法；虚拟筛选（virtualscreening）：自动筛选潜在的drug-targetpairs，并计算预测的结合分数

tzc_fly·2022-10-04 16:52

Chapter12 : Deep Learning Applied to Ligand-Based De Novo Drug Design

readingnotesof《ArtificialIntelligenceinDrugDesign》文章目录1.Introduction2.DeNovoDesign:HistoryandBackground3.NeuralNetworkArchitecturesforDeNovoDesign1.IntroductionOneofthebigadvantagesofdenovodesignisrai

UniversalNature·2022-08-22 07:50

Induced pluripotent stem cells in disease modelling and drug discovery

2019年发表在NatureReviewsGenetics上的一篇综述：诱导多能干细胞在疾病建模和药物发现中的应用Inducedpluripotentstemcellsindiseasemodellinganddrugdiscovery|NatureReviewsGenetics以下为全文翻译（水平有限，仅供参考）：摘要：十多年前，诱导多能干细胞(iPSC)的获取激发了人们对开发人类疾病新模型、增

嘿嘿嘿嘿哈·2022-07-07 01:21

covid-19 &drug repurposing

AbstractDrugrepurposinginvolvestheidentificationofnewapplicationsforexistingdrugsatalowercostandinashortertime.Therearedifferentcomputationaldrug-repurposingstrategiesandsomeoftheseapproacheshavebeena

丑小鸭_b360·2022-02-09 16:49

老无所依 | 影史最可怖的蘑菇头

卢埃林某一天在猎鹿的时候目击到了一个墨西哥人的DRUG交易现场，除了一个重伤的，其余人都死了，包括一只狗，他追随逃走之人的踪迹找到了一大箱子钱。

最爱四公主·2021-06-14 19:11

KEGG Drug 数据库

所有在日本上市的药物，不论处方药还是非处方药，包括天然药物和中药，都会在Drug数据中有对应的记录；对于在美国和欧洲上市的药物，只有一部分处方药的信息在drug数据库中有记录。

生信修炼手册·2021-06-05 13:45

KEGG pathway 数据库

通路图中融合了ko,module,compound,reaction，disease,drug等数据库中的信息，所以必须先理解了上面的几个数据库，才能对pathway有一个更直观的认识。

生信修炼手册·2021-06-04 10:31

dplyr 编程

dat_filter<-function(data,dataset,drug,target){data<-dplyr::filter(data,.

上校的猫·2021-05-05 21:05

自定义函数实现单词排序并运用于PostgreSQL(实现代码)

Python实现逻辑1、按照分隔符将字符串分割为列表类型drugs.split(separator)2、列表排序drug_list.sort()3、列表拼接separator.join(drug_list

·2021-04-21 13:37

oracle创建执行计划

beginsys.dbms_scheduler.create_job(job_name=>'ZHKUSER.禁毒高频人员预警信息更新',job_type=>'STORED_PROCEDURE',job_action=>'sp_update_drug_yjxx

周紫一·2021-04-21 05:27

我喜欢（20170923）

1.KillingTime网易云音乐2.SistaTryckare网易云音乐3.ISLAND（JapaneseVer）网易云音乐4.Hallucinations网易云音乐5.Drug网易云音乐每天都要听各种各样的歌

穆槿穆·2021-04-20 22:53

新英格兰 | FMT患者感染耐药菌致死

文献信息：文献：Drug-ResistantE.coliBacteremiaTransmittedbyFecalMicrobiotaTransplant中文：通过粪便菌群移植传播耐药大肠杆菌血症杂志：NewEnglandJournalofMedicine.IF

小白菜学生信·2020-10-13 10:45

class path resource [.] cannot be resolved to absolute file path because it

dataSource.txt]cannotberesolvedtoabsolutefilepathbecauseitdoesnotresideinthefilesystem:jar:file:/app/web/ydb-drug-server

麦田的守望者_·2020-09-15 22:18

直播预告：Graph Representation Learning for Drug Discovery

AITIMEPhD《GraphRepresentationLearningforDrugDiscovery》2020年9月4日19:30-20:30划重点！直播通道:哔哩哔哩直播通道扫码或点击链接关注AITIME哔哩哔哩官方账号观看直播链接：https://live.bilibili.com/21813994直播时间：2020年9月4日19:30-20:30报告题目：GraphRepresenta

AITIME论道·2020-09-14 03:11

ajax总结

getJson()和serialize()还有$.ajax()·ajax()方法、参数、回调函数、参考手册·其他未整理AJAX概念简述、内部实现原理参考来源：https://blog.csdn.net/drug

静心安分读书·2020-08-23 22:00

Drug Launch Excellence

Druglaunchmeanstheofficialreleaseofanewmedicineornewindication.Amongtheperi-launchperiod,medicalisoneofthemostimportantdepartmentinapharmaceuticalcompanybecauseofthelimitationofpromotionleadbycommerci

Wyyinga·2020-08-23 16:23

Vue 给标签动态绑定一个属性变量

在vue中我们有时候需要给一个普通标签动态绑定一个属性变量那么可以使用模板字符串语法：{{drug.itemname}}{{drug.itemgg}}

程序_人生·2020-08-23 00:10

2014年6月大学英语四级考试（第二套）仔细阅读（1）

haveinvestedheavilytoputcomputers,smartphonesandotherdevicesintothehandsofmedicalstaffforinstantaccesstopatientdata,drug

箫凌月·2020-08-22 22:09

舞好它！船东选船长，就看这八把刷子！

1.对公司SMS的认知程度（Drug&AlcoholControl）2.识别风险（Hazard

海事服务网CNSS·2020-08-20 17:31

从Excel导入到SQL Server(表至表)

NewADODB.ConnectionAdocon.ConnectionString="Provider=SQLOLEDB.1;Password=;PersistSecurityInfo=True;UserID=sa;InitialCatalog=DRUG

myhgyp·2020-08-19 02:19

NGUI简单背包系统的实现

其中物品图片要先用NGUI做成图集，种类中的Drug为药品类，以后在代码中我们会定义一个枚举用于存

angbeijie2128·2020-08-17 21:24

作业十一

DrugManagerMapperpackagecom.ping.pharmacy.drugManager.mapper;importcom.ping.pojo.Allocating;importcom.ping.pojo.Drug

inferno devil·2020-08-16 06:49

u3d中如何读取txt文件中的信息

例如以下信息我们将其存在一个txt文件里面1001,小瓶血药,icon-potion1,Drug,50,0,50,601002,大瓶血药,icon-potion1,Drug,100,0,70,1001003

ChenXiang_IT·2020-08-13 11:01

直联外部数据库，取数方法　DBCO DB02

REPORTztest001.TABLES:ztest001.TYPES:BEGINOFst01,document_noTYPEztest001-document_no,storageTYPEztest001-storage,drug_codeTYPEztest001

阿土sap·2020-08-10 09:44

STM32F429的bootloader跳转到APP时跳转失败，无法进入APP

结构体修改前：typedefstruct{uint32_tdrugItems[1000];}TS_DRUG_ITEMS_COLLECTION;structTS_DRUG_CATEGORY{uint32_

weixin_45444963·2020-08-05 15:38

「论文翻译」Graph convolutional networks for computational drug development and discovery

briefingsinBioinformatics2019(B类)文章目录AbstractIntroductionPrinciplesofgraphconvolutionApplicationofGCNondrugdiscoveryQuantitativeStructureActivity/PropertyRelationshipPredictionBiologicalpropertyandact

雨y飘零久·2020-08-02 13:04

用少于10行代码训练前沿深度学习新药研发模型

在本文中，我们将展示如何使用DeepPurpose，一个基于PyTorch的工具包来解锁50多个用于药物-靶标相互作用（Drug-TargetInteraction）预测的模型。

PaperWeekly·2020-07-30 14:36

【Suit/HM】The drug设定说明

标题:TheDrug原作:suits作者:猫酒饼（阿玖）分级:限制级（R）警告:详细的暴力描写配对:HarveySpecter/MikeRoss（斜线表示攻/受）注释:看过旧文读者可以把这篇当做新文来看，因为做了较大的改动。Mike设定关键词：病弱；黑客；律师，前期无合格律师证明；监狱，无渣麦Harvey设定与原作TV相同。注意Jessica在本文设定为反派！！！！不喜请绕道。尽量不OOC。标签：

一酒猫饼·2020-07-28 13:24

Prediction of Multidrug-Resistant TB from CT Pulmonary Images Based on Deep Learning Techniques论文总结

PredictionofMultidrug-ResistantTBfromCTPulmonaryImagesBasedonDeepLearningTechniques解决的问题：TB（肺结核）疾病可分为drug-sensitive

Turbo_Come·2020-07-14 06:53

left join 关联查询一对多重复数据处理

a.QFR,a.FZRQ_DATE,a.YXQZ_DATE,a.TYPE,c.facilityName,c.facilityLocationFROMCOMPANY_BASEaLEFTJOINcompany_drug_pro

ernesto_ji·2020-07-14 02:22

mybatis分页多条件查询指定时间段数据的sql语句

使用以下sql语句将不会报错，但也得不到想要的结果;SELECTa.guide_id,a.pat_id,a.direct_reason,a.sport_direct,a.food_direct,a.drug_suggest

moxiaoran5753·2020-07-13 13:35

html输入构输入验证码达到一定位数触发事件及回车时触发事件

一.达到位数自动触发functionaaa(bb){if(bb.length==6){drug_check(document.getElementsByName("crct_drug_period_periodcode

builderwfy·2020-07-13 03:04

启动docker容器时报错：iptables: No chain/target/match by that name.

具体报错：[root@centos72~]#dockerrun-itd-v/data/drug_app_logs:/root/drug/logs—storage-optsize=30G-p5001:22

conggangdian4456·2020-07-11 04:53

Oracle 如何将某一行记录放在查询结果的第一行【最后一行】

语句已求出各个机构的药品费用所占比例，查询各机构药品费用所占比例的SQL语句：selectt1.parent_idorg_id,--机构iddecode(sum(t.charge_money),0,0,round(sum(t.drug_money

那些年的国文课·2020-07-10 05:17

药品查询接口，提供开放的药品API

药品直达（drug.yi18.net），收集了2w+的药品信息，同时药品数据也在不断的增加。我们也许不是最要的药品信息提供网站，但我们是就开放的数据提供网站。

yi18_net·2020-07-10 04:08

struts2框架实现增删改查--小白教程

以药品表（drug）为例，记录一下struts2框架实现连接数据库，进行数据库的增删改查，连接数据库部分见前一篇博客使用mysql数据库，drug表结构设计如下图：增加操作struts2是基于mvc的设计模式

tiny_Firefly·2020-07-08 07:29

单词识记-11

2016年7月26日每日一页单词chemicala.化学的【派生】chemist化学家chemistry化学【同义】drug药；毒品medicine医药medication药品cherishv.珍爱；怀有

麦金·2020-07-05 04:33

Drug-Target Interaction 预测中的几个数据库

自从YamanishiYet.al.发表论文YamanishiY,ArakiMA,HondaW,etal.Predictionofdrug-targetinteractionnetworksfromtheintegrationofchemicalandgenomicspaces[J].Bioinformatics,2008,24(13):i232-i240.以来，很多论文都基于其发表的四个药靶相互

Y-hit·2020-07-01 21:33

【9月20日】 Improved Pattern Learning for Bootstrapped Entity Extraction（上）

实验数据来自于医疗行业，对其中的drug-and-treatment信息进行抽取。1.引言虽然基于机器

Moon_treee·2020-07-01 11:54

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