igraph

Error in py_run_file_impl(file, local, convert) : ModuleNotFoundError: No module named ‘igraph‘

HPC平台上跑我的R语言代码，结果一直报错说：Errorinpy_run_file_impl(file,local,convert):ModuleNotFoundError:Nomodulenamed'igraph
hyena_7·2025-01-24 16:56

复现《Cell stem cell》图表：STRING互作分析+igraph绘制大型蛋白互作网络图

这是发表在《Cellstemcell》上的一篇文章，这里展示的是蛋白之间的互作网络。用图片查找，发现这种分析可视化并没有用烂，只找到了一篇《Scientificreports》，那么你想做一个与众不同的基因或者蛋白互作分析的话，乘着还没有发现，赶紧做起来吧！这图放在文章中绝对拉风！！！image（NicotinamideAmelioratesDiseasePhenotypesinaHumaniPS
KS科研分享与服务·2024-02-01 13:51

R 数据可视化 —— igraph 布局与绘图

选择一种优秀的布局方式，可以让图形呈现出更好的效果，而igraph的工作方式是通过一类node-edge的算法来进行布局的。算法会将节点作为二维或三维空间上的点，使用直线或曲线来连接两个相邻的节点。
名本无名·2024-01-20 04:33

利用igraph包可视化基于KNN的单细胞聚类关系

0、背景（1）在Seurat等包中，在进行挑选高变基因，PCA分析后，多使用SNN(sharednearestneighbor)算法进行单细胞聚类，然后进行TSNE或者UMAP二维可视化。1.png（2）在一篇文献中，作者使用另一种思路：利用k-means聚类，然后进行基于KNN(k-nearestneighbor)的可视化。2.png下图是我根据文献流程绘制的结果，大致流程为单细胞表达矩阵质控、
小贝学生信·2024-01-16 11:55

igraph 上手教程——使用 Python 开展社会网络分析和可视化

://blog.mariozzj.cn/posts/52d95125/国内镜像：https://cnblog.mariozzj.cn/posts/52d95125/原官方教程（英文）：https://igraph.org
MarioZZJ·2023-12-31 16:03

【Python百宝箱】挑战网络分析：NetworkX、iGraph、Graph-tool、Snap.py 和 PyGraphviz详细评测

在Python生态系统中，有许多强大的库可用于网络分析，如NetworkX、iGraph、Graph-tool、Snap.py和PyGraphviz。
friklogff·2023-12-16 00:16

R 数据可视化 —— ggraph 图形创建与布局

前言在前面几节，我们对igraph进行了一些简单介绍。接下来我们要介绍的是ggraph包的使用通常，ggraph会和tidygraph一起搭配使用，这两个包都是ThomasLinPedersen写的。
名本无名·2023-11-20 17:55

java开源数据分析平台_7大开源数据可视化分析工具

原标题：7大开源数据可视化分析工具市场上有许多用于社交网络分析的数据可视化开源工具，例如NetworkX，R和Gephi中的iGraph包等。
胖子邓·2023-10-25 09:54

cannot coerce class ‘“igraph“’ to a data.frame

报错代码：ggraph(g,"manual",x=V(g)$x,y=V(g)$y)+geom_edge_link0()+geom_scatterpie(cols=c("A","B","C"),data=as_data_frame(g,"vertices"),#这一行colour=NA,pie_scale=2)+coord_fixed()+theme_graph()+theme(legend.pos
今天也是个妖精头子呀·2023-10-21 18:44

monocle的细胞轨迹图用ggplot重新做

prin_graph_dim_1=x,prin_graph_dim_2=y)%>%mutate(sample_name=rownames(.),sample_state=rownames(.))dp_mst%igraph
一只烟酒僧·2023-10-10 04:30

ggkegg | 用这个神包玩转kegg数据库吧！~（一）

2用到的包rm(list=ls())library(ggkegg)library(ggfx)library(ggraph)library(igraph)library(clusterProfiler)libr
生信漫卷·2023-10-07 23:53

多元最短路径——Floyd-Warshall算法

我们用二维数组graph[][]存储图inti;intj;for(i=1;igraph[i][2]+graph[2][j
丨Q ，Q丨·2023-09-01 21:11

安装igaph包时出现DeprecationWarning错误

在python中安装igraph包时，常会出现DeprecationWarning:Toavoidnamecollisionwiththeigraphproject,thisvisualizationlibraryhasbeenrenamedto
qwe954443563·2023-08-31 15:01

Dendrogram | 今天是人见人爱、花见花开的环形Dendrogram！~（附完整代码）

~2用到的包rm(list=ls())library(ggraph)library(igraph)library(tidyverse)library(RColorBrewer
生信漫卷·2023-08-17 16:55

用networkx、igraph实现社区发现——LPA（标签传播算法）

一、LPA简介LPA全称为LabelPropagationAlgorithm，是一个基于标签传播的非重叠社区发现算法。通过LPA可以对用户群进行聚类，从而实现用户画像。推荐系统初期，当标签数远远小于未标签数时，传统的监督式学习不适合，可以采用半监督学习，即通过有限的标签传播至未标签的数据。算法步骤每个节点拥有独立的标签Step2，标签传播，节点向邻居节点传播自己的标签Step3，标签更新，每个节点
戎梓漩·2023-08-06 05:04

ggraph做环形网络互作图---一个简单的例子

graph包：圆状网络图的绘制|互作网络图|基因通路网络图新方法---大型网络图绘制---ggraph包学做NAR图表：ggraph做网络图复现《Cellstemcell》图表：STRING互作分析+igraph
TS的美梦·2023-07-19 16:19

linux ubuntu 安装/卸载/删除python-igraph方法

如何在Ubuntu16.10上安装python-igraph?
·2023-06-13 18:27

monocle细胞轨迹追踪原理

我们用seurat选取HVG来进行细胞轨迹推断，并且过滤了一些低质量的细胞加载相应的工具包library(igraph)library(monocle)本文的数据和预处理来源于：单细胞之轨迹分析-2：monocle2
小潤澤·2023-05-06 12:50

Syri：基于组装基因组的变异检测

schneebergerlab/syri环境要求：Python>=3.8python包:Cython-0.29.23,numpy-1.20.2,scipy-1.6.2,pandas-1.2.4,python-igraph
橙子_orange·2023-04-10 15:32

ggplot版本的网络图终于可以替代igraph了

[toc]之前我们微生物生态网络基于igraph进行出图，这是基础包写的出图函数，近年来，随着ggplot的普及，使用ggplot出图似乎成了部分人的基本功，plot函数为代表的基本包已经很少有人去学习了
wentaomicro·2023-03-31 00:55

社交网络分析

igraph可以用g.closeness()计算某个节点的
Eu写字的地方·2023-03-18 10:42

linux ubuntu 安装/卸载/删除python-igraph方法

linuxubuntu安装/卸载/删除python-igraph方法如何在Ubuntu16.10上安装python-igraph?
Pala风·2023-03-15 11:11

WGCNA衍生：差异基因取一步邻居（蛋白互作）

#在string网络中取差异基因的一步邻居DEGs0))}neighbor=colnames(net)[unique(neighbor)]}library(igraph)string<-read.table
挽山·2023-02-01 19:06

Python共享单车数据的OD识别与社区发现（TransBigData+igraph）

这个案例的Jupyternotebook:点击这里.对于共享单车的出行，每一次出行都可以被看作是一个从起点行动到终点的出行过程。当我们把起点和终点视为节点，把它们之间的出行视为边时，就可以构建一个网络。通过分析这个网络，我们可以得到关于城市的空间结构、共享单车需求的宏观出行特征等信息。社区发现，也可以叫图分割，帮助我们揭示网络中节点之间的隐藏关系。在这个例子中，我们将介绍如何将TransBigDa
小旭学长·2023-01-19 21:43

R语言画好看的聚类树

本次例子用到的R包主要有TreeAndLeaf、RedeR、igraph、RColorBrewer,示例数据来自于Rflexclust包的nutrient数据。
Mrrunsen·2023-01-14 21:23

社交网络分析--python-igraph

8importscrapyimportxlwt,lxmlimportre,jsonimportmatplotlib.pyplotaspltimportnumpyasnpimportpylabfromscipyimportlinalg#文档：igraph.org
SunChao3555·2023-01-05 10:13

Ubuntu20.04 配置D435i相机

注册服务器的公钥2.安装3.安装开发者和调试包4.测试SDK2二、安装realsense-ros1.创建工作空间2.源码安装3.编译：三、安装kalibr1.安装kalibr依赖2.安装python-igraph
SEAL0107·2022-11-25 20:15

igraph入门教程

python-igraph的基本操作参考：python-igraph官网教程ps：在jupyter上运行后直接导出的md，可能有点乱码部分翻译靠的是机翻，勿细究更多的教程在igraph的官网上，链接已给出
lazyoneguy·2022-11-25 08:38

R语言报错记录The following objects are masked from ‘package:stats’:decompose, spectrum

报错记录报错记录报错原因解决方法总结报错原因使用R语言第三方包igraph时出现了以下报错：Thefollowingobjectsaremaskedfrom‘package:stats’:decompose
Bio大恐龙·2022-10-10 19:54

louvain算法python_python – 如何在igraph中运行louvain社区检测算法？

有人可以请给我一个简单的例子,说明如何使用python接口在igraph中运行louvain社区检测算法.有文件吗？谢谢！
凉风祭·2022-09-24 18:35

Windows下安装python-igraph

http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#python-igraph我是python3.6+64位，下载对应版本：python_igraph‑0.7.1.post6
醒醒去睡吧·2021-06-24 11:30

网络数据统计分析笔记|| 操作网络数据

前情回顾：Gephi网络图极简教程Network在单细胞转录组数据分析中的应用网络数据统计分析笔记||为什么研究网络书接上回，我们来看看如何构建网络以及可以对网络做的基本操作，主要用的R包是igraph
周运来就是我·2021-06-21 23:10

R语言用相关网络图可视化分析汽车配置和饮酒习惯

library(tidyverse)library(igraph)基本方法给定一个由数字变量组成的数据框d，我们想在网络中绘制其相关性，这里有一个基本方法。# 创建相关数据框d %
·2021-06-18 22:12

2021-05-18

这里记录一个坑.事情是这样的,我用python后端对网络进行分析(iGraph),然后将分析结果封装为json传给前端（VUE）.结果就是前端接收到的某些网络的数据被转为了字符串形式,检查了各个地方都没有问题
Rachel_CT·2021-05-18 09:37

R语言中igraph包的用法(邻接矩阵)

先导入igraph包：library(igraph)graph包最简单的用法就是graph方法，两句代码就完成绘制如下所示，1的loop表示为（1，1），1和2之间有3条edge，表示为（1，2，1，2
·2021-04-19 11:00

【python】在学习用于图和网络分析的python时遇到的问题和解决方法

以下是在学习《PythonForGraphAndNetworkAnalys》（《用于图和网络分析的python》）一书，运行代码时遇到的一些问题和总结1.Python安装igraph包加载出错问题报错：
迪士尼在逃白学公主·2021-01-17 01:40

R语言复杂网络分析：聚类（社区检测）和可视化

>nflo=network(flo,directed=FALSE)>plot(nflo,displaylabels=TRUE,+boxed.labels=+FALSE)下一步是igraph。
拓端研究室·2020-12-25 11:37

用python画关系网络图-如何做出漂亮的复杂网络关系图？

……更新于2016.3.20号，附上所有代码……最近刚用R的igraph包和networkD3完成了一个项目的可视化内容（前者是静态的后者是动态的），感觉还是比较好看的哈哈（温馨提示，调亮手机）。
weixin_37988176·2020-11-01 12:50

网络-调用R包构建交互式网络可视化的Shiny App

visNetworkshinyApp本次会用到的三个关于网络的R包：visNetwork，igraph，geomnet；其中前两个R包均已经详细介绍过：igraph：visNetwork：geomnet
JeremyL·2020-09-23 10:44

网络-R语言进行网络分析的基础包 igraph

network#igraph包介绍igraph是一个用于网络分析的库和R包。
JeremyL·2020-09-21 13:25

linux中R安装R包时，总是报两个warning

options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))#加入这句install.packages('igraph
HyHyHy300300·2020-09-16 02:39

重叠网络的可视化用R语言实现

最近写毕业论文，研究怎么画重叠网络的社区结构，终于找到了画法，先给大家来个图，是用R语言和igraph库画的。
欢畅·2020-09-15 20:25

igraph关系图

导入关系测试数据，如下，这个不是用户和用户之间的关心，而是用户和环境信息的关系，基于用户和设备之间的关系，不同的设备用不同的颜色标出来###从csv文件中读取关系数据df<-read.csv('rela_test.csv',head=T,fileEncoding='UTF-8',encoding='UTF-8',sep=';')###从关系数据中整理出来顶点的数据，vertex<-c(as.vec
韩王-信·2020-09-15 08:44

R语言利用igraph和networkD3包快速入门做出炫酷的社交网络图等几类图。

1、igraph包绘制社交关系图（也有叫知识图谱的）绘图的快速入门技巧是三步：1、看数据源和数据类型，这个一定要弄清楚。
abc200941410128·2020-09-14 08:51

7-36 社交网络图中结点的“重要性”计算 (30 分)

defineINF0x3f3f3f#definemaxn10001usingnamespacestd;intgraph[maxn][maxn];intn,m;voidinit(){for(inti=1;igraph
孤独的小帆。。。。·2020-08-25 04:27

NetworkX之输入文件GML

之前看过networkx,igraph都说支持GML格式文件输入形式，直到今天想再Nepidemixload进文件进行分析，发现Nepidemix对load输入文件要求是GML和gpickle，其余的不支持
SecondLife·2020-08-24 13:17

复杂网络社区结构发现算法-基于igraph 标签传播算法

【前言】继续我们本系列对复杂网络社区结构的方法探索，之前已经尝试过spark上标签传播算法、igraph中随机游走算法、networkx中的clique渗透算法（见笔者相关文章），但一直局限于无向、无权重图的分析
a_step_further·2020-08-17 21:39

windows环境安装python-igraph全过程

要在windows环境使用python-igraph，涉及python、python-igraph、pycario三种开源共享库的安装。
ZenjaminFranklin·2020-08-14 06:03

关于python中使用igraph模块下的infomap社区检测函数

最近用到了infomap函数，由于igraph在python中的使用例子很少，一开始的时候十分苦恼（至今仍有部分问题未解决）。
夏尔之光·2020-08-12 12:49

Python利用igraph绘制复杂网络聚类（社区检测）结果图

前言：研究生期间主要做复杂网络聚类，也称为社区检测。临毕业前，老师让之前发表的论文里的算法代码C化，并写出界面进行可视化。由于之前虽然做过可视化，但基本上都是将聚类结果导入到pajek或者gephi这类专门的软件里进行绘制的。想要将社区检测结果实时的进行绘制并且要通过C\C++直接绘制，确实没有什么头绪。后来，通过浏览博客知道igaph这个包可以使用，由于想要熟悉下python，于是选择了Pyth
lhuan1206·2020-08-08 17:40
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