lammps+colvars计算粒子过孔的PMF，粒子不过孔或者过去之后只在一边震荡简单体系，可以，如下模型，一个分子和一个简单的孔轨迹PMFcolvarsTrajFrequency1000colvar

目录写在前面绘制g6(r)执行步骤问题1：数据导入问题2：利用Python选取想要的数据问题3：如何找到每个点的最近邻问题4：绘制维诺图写在前面记录一下做毕设时候遇到的问题大目标是绘制g6®的图片相关文章：[1]ZuM,LiuJ,HuaT,etal.Densityaffectsthenatureofthehexatic-liquidtransitionintwo-dimensionalmeltin

LAMMPS分子动力学程序是一款开源免费的软件，可以模拟气态、液态、固态及混合态体系，LAMMPS软件计算速度快，计算能力强，用户使用LAMMPS既可以根据程序原有功能进行in文件编写进行模拟又可以自行编码开发出自己需求的功能

原创YJ学长LAMMPS交流站javascript:void(0);大家好，本文是小编根据自己所学的知识，因能力有限，将介绍一种高熵合金的lammps简单拉伸过程，本教程只适合于新手学习，希望能给读者提供具体工程意义还读者结合实际同时希望专业前辈提出不足

分享一个气体扩散模拟案例。在三维空间内随机填充100个气体原子，初始化温度后，原子获得初始速度。在nve系综下，原子在lj力场下势能和动能相互转化，产生扩散现象。温度越高，扩散速度越快。代码已经全部注释，仅供参考。in文件代码如下：#气体粒子数量variablenpartequal100#模拟基本参数设置unitsljdimension3atom_styleatomicboundarypppnei

lammps模拟喷丸过程的方法比较多，比如速度冲击法、fixdeposit沉积法等。原理基本类似，给球体一个特定的速度撞击基体。

其中分子动力学软件LAMMPS可以模拟气态、液态、固态及混合态体系，并且计算速度快，计算能力强，采用不同的力场和边界条件来模拟全原子，聚合物，生物，金属，粒状和粗粒化等。

上一期我们介绍了对于格点原子无序的FCC-CoCrCuFeNi高熵合金理论模拟中的建模思想，以及LAMMPS的程序实现。

本程序利用LAMMPS输出的dump文件，目标在于计算基液原子在距离纳米颗粒表面d埃位

问题描述如下：模拟选用SPC/E模型进行处理，但是加上用SPC/E对应的bondcoeff设置为0anglecoeff设置为0以后添加fixshake命令之后run的时候发现运行会被卡住，并不会进行计算，这种现象很怪异TIP3P长程力作用和SPC/Ebondcoeff设置为0以后计算不出结果同样是使用fixshake命令的TIP3P模型短程带能量的结构就可以运行出结果，不知道为什么会出现这种问题，

ubuntu系统的安装1：制作U盘1：进入Ubuntu官网，找到最新版Ubuntu下载Ubuntu官网下载网址2：用UltralSO软碟通，将Ubuntu镜像文件写入U盘中进入UltraSO-选择文件-选择自己下载Ubuntu系统的镜像文件-启动-写入硬盘映像。3：重启，F2或F12进入BIOS界面，在bootmanager中关闭secureboot。4：重启，选择U盘启动5：进入Ubuntu安装

一、DeepMD-kit、LAMMPS安装1.1docker拉一个镜像此处采用2.3.1cuda使用本机的cuda-11.7dockerpullghcr.io/deepmodeling/deepmd-kit

今天给大家介绍一种比较有意思的lammps建模方法。如下图所示：用到的软件有：Atomsk、python、Ovito。

Lammps软件网上有非常多的安装教程，但很多新手在安装过程中总会碰到这样那样的错误，往往要折腾好几天。

开源的分子动力学模拟软件LAMMPS具有有良好的并行扩展性，可以支持包括气态，液态或者固态相形态下、各种系综下、百万级的原

在虚拟机中运行CentOS系统，在CentOS系统中安装fftw，mpich，Lammps。

一、VASP软件简介VASP(ViennaAb-initoSimulationPackage)是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是目前材料模拟和计算物质科学研究中十分流行的商用软件之一，VASP是基于贋势平面波基组的第一性原理密度泛函计算程序，VASP软件作为目前国内国际上权威的第一性原理计算软件，可以研究多种体系，包括金属及其氧化物、半导体、晶

Windows系统:参考：PeridynamicswithLAMMPSAUserGuide0.3Beta1.下载并解压Pizza.py，下载地址：http://www.sandia.gov/~sjplimp

文章目录---------ubuntu下lammps的安装---------1、前提条件2、安装lammps3、配置环境---------ubuntu下lammps的安装---------1、前提条件笔者所用操作系统为

注：安装环境：Ubuntu16.04LTS，LAMMPS-14May16，MPICH3.2，FFTW3.3.4，VMD1.9.3LAMMPS（Large-scaleAtomic/MolecularMassivelyParallelSimulator

####################lammps错误记录########################Inputscript：**units**：lj（基于定义的reducedvalue确定unit

a:apachem:mariadb,mysqlp:php,perl,pythonLAMMP:memcached缓存静态资源：静态内容；客户端从服务器获得的资源的表现形式与原文件相同；动态资源：通常是程序文件

子系统Ubuntu安装过程请参考lammps在win10子系统（Ubuntu）下的简易安装。

系统环境：WordPress4.9.7、centos7、Lammppforliunx假设主题文件夹名为xxx；步骤：1、找到xxx/modules/mo_pagemenu.php文件，删除以下代码2、找到

一、LAMMP简介二、使用软件及服务器架构说明三、配置及安装过程1.安装arp与httpd2.安装mysql3.安装php(php-fpm)4.安装Xcache5.安装PHP的memcache插件四、安装

一、LAMMP简介LAMMP指的是：Linux（操作系统）、Apache（HTTP服务器）、Memcached（缓存服务器）、Mysql（数据库）及PHP（有时也指Perl或Python）的首字母缩写。

本篇博文笔者试图通过自己的亲身实践来向大家讲解中小企业网基于LAMMP架构的实现。本片博文主要设计的知识体系如下，由笔者全部在RHEL6.4环境下进行搭建和实现。

LAMMP架构的企业级应用=========================================LAMMP是什么LAMMP的实现LAMMP适用的生产环境===================

1安装apacheyuminstallhttpd安装完后启动服务/bin/systemctlstarthttpd.service2安装phpyuminstallphpphp-fpmphp-pdophp-mysql安装完后启动服务/bin/systemctlstartphp-fpm.service3安装mysql在aliyun可以直接yuminstallmysqlmysql-server但是在百度云

前言本文为学习过程中第一次进行总结和编撰，诸多问题详略不当还望谅解。如此拙见，若有幸相助，那必是荣幸之至。简介本次安装是基于Manual，使用win10下Ubuntu子系统中，apt应用商店的扩展软件源进行的一键式安装。其原因如下：Win10是主系统，日常的文件处理等均在Win10进行。友好的图形界面常用的办公软件等。（槽点）Win10的WSL支持十分良心，且与linux子系统的文件交互十分方便。

LAMMP一、知识点：1、LAMP介绍LAM(M)P：L:linuxA:apache(httpd)M:mysql,mariadbM:memcachedP:php,perl,pythonWEB资源类型：静态资源

增强LAMMPS的潜在能力-颗粒模型，编码概念，CAD交互能力以及与连续介质的耦合方法1报告内容1-1.简介：开发团队与目标1-2.模型：颗粒接触模型，传热模型，SPH，多球元模型1-3.CAD交互能力

liggghts(lammps)输出的文件格式是dump但是paraview只能处理chunk类型文件,也就是说,paraview能够处理的类型是.vtk文件于是需要转换文件格式.查看了一下tutorials

1，上传需要的软件包lammps-stable.tar.gz。

LAMP:一般是linux+apache+mariadb(mysql)+3P(p:php,perl,python)LAMMP:memcached静态资源：静态内容；客户端从服务器获得的资源的表现形式与原文件相同

/lmp_gpu-sfgpu-cofflammps.sh文件，内容即上文的“mpirun-np2./lmp_gpu

转自http://blog.sina.com.cn/s/blog_6e56343801014qpb.html谈谈关于LAMMPS输出【Output】的问题2009-09-2519:40无论任何模拟，我们都是想从模拟中得到我们想要的数据

直接安装lammpstar-xvflammps-

其实大多数的教程都是把lammps官网的安装教程翻译成了中文，当然，作为一名小白，我也不会例外，毕竟还是要相信官方。凡是从简到繁，从易到难，这是目前最简单的安装方法（不包括编译，我还没学会编译!）。

48000,44100,24000,22050,11025,8000等）-ab128（音频数据流量比特率，32,64,96,128,256等）-vol200（200%的音量，音量百分比）-acodecaac（音频编码器,aaclammp3

零基础小菜鸡为了完成网课作业需要用到lammps，碰壁两天终于安好了，下面给一些经验（仅适合只想安好计算一下的新手，大佬勿喷）。首先，从lammps网站找到win版本的安装包。注意下载下图这个就可以。

(2)（3）VMD文件转存为Lammps文件2.2读取模型（1）进入要读取模型的目录（2）读取Lammpsdata文件命令：（3）载入psfpdb模型命令：molloadpsfwater30528.ps

作为一个交叉学科的学生，去年第一次接触到这种第一性原理计算的软件，当时有一个大师兄带我入门，VASP和LAMMPS的编译也是师兄做的，没我啥事儿，也没觉得这事儿有多麻烦。

本脚本仅在Ubuntu16.04LTS版本下测试，任处于测试版，不保证能用，一键安装LAMMPS#!

在这个工作的基础上，我如果需要进一步掌握他们的固液相变诊断方法，就可以基于LAMMPS计算LOP，更深的物理意义如果需要搞

转自http://blog.sina.com.cn/s/blog_6e56343801014qpb.html谈谈关于LAMMPS输出【Output】的问题2009-09-2519:40无论任何模拟，我们都是想从模拟中得到我们想要的数据

1Lammps输入脚本结构1.1初始化命令设置在创建原子或从文件中读取原子之前需要定义的参数。

根据经验，在无人指导学习Lammps的情况下：3天学会软件安装7天学会模拟流程10天学会编写in文件官方帮助文档2000+页！

LAMMPS即Large-scaleAtomic/MolecularMassivelyParallelSimulator(大规模原子分子并行模拟器)，是由美国能源部桑迪亚国家实验室开发的一种开源的经典分子动力学模拟代码

 LAMPA：apacheM：mariadb,mysqlP：php,perl,pythonLAMMP：memcache 请求流程：Client-->(http协议)-->httpd-->(cgi协议)-