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linux+基因组字符替换
Y叔谈clusterProfiler 4.0 前沿应用
image.png分析方法ORA,FCS进行打分(GSEA,通路上下调),PT(拓扑结构,不普遍)image.pngORA将所有能测到的基因(或全
基因组
)作为背景,超几何分布GSEA不筛选差异基因,去查看通路的基因方向
Hello育种
·
2024-01-25 23:43
WGVD:小麦
基因组
变异与选择信号数据库 | CNGBdb收录数据库推荐
随着完整的小麦参考
基因组
的发布以及下一代测序技术的发展,来自面包小麦及其祖先的大量
基因组
数据已经产生,并为小麦遗传学研究提供了
基因组
资源。
尐尐呅
·
2024-01-25 21:50
【Single Cell Genomics】Part1 单细胞
基因组
学
文章目录1SingleCellGenomics1.1Whysinglecells1.2传统singlecell分析1.3scRNA-seq2ScalingupscRNA-seqtechnology2.1分析单细胞技术进化2.2basicpipeline3BeyondRNA:scATAC-seq,Multi-Omics4Dealingwithnoiseanddoubletsinsingle-cell
丸丸丸子w
·
2024-01-25 20:24
生物信息
生物信息
深度学习
单细胞组学
宏
基因组
CAG、MGS、MLG、MAG傻傻分不清?
在之前的Binning文章中(文章链接:《如何打破瓶颈,提升宏
基因组
研究level》、《宏
基因组
高分文章里的小技巧》),主要针对Contig进行聚类,旨在得到潜在的单菌
基因组
信息。
斗战胜佛oh
·
2024-01-25 11:54
C#-正则表达式
替换和修改:正则表达式使我们能够快速地找到并替换文本中的某些部分,例如将字符串中的某些
字符替换
为其他内容,或者根据一定规则修改文本。分割字符串:使用
@Crazy Snail
·
2024-01-25 08:17
C#
新手村
正则表达式
240124学习记录:查看/提取bam文件的reads
以下是BAM文件的主要结构和组成部分:文件头(Header):BAM文件的开头包含一个文件头,其中包含有关该文件的元信息,如测序平台信息、参考
基因组
信息、测序参数等。
丁优雅ya
·
2024-01-25 05:22
dyouya的生信相关
小D的Linux日记
linux
Nat.Biotechnol|能靶向冠状病毒RNA的新型CRISPR工具问世
图片来源:纽约
基因组
中心基于CRISPR的遗传筛选已帮助科学家鉴定了镰状细胞贫血,癌症免疫疗法,肺癌转移以及许多其他疾病的关键基因。但是,这些基因筛选的范围有限:它们只能编辑或靶向DNA。
PaperRSS
·
2024-01-25 01:09
基因组
与转录组,深入挖掘基因表达信息--02
本研究对在中国广泛种植的杂合猕猴桃“Hongyang”(A.chinensis)的
基因组
进行测序分析。该
基因组
序列的可用性不仅为了解猕猴桃及其野生近缘种的特定农学重要性状的潜在分子基础提供了见解
百迈客生物
·
2024-01-24 23:12
洛谷
字符替换
(计蒜客-T1109)
#include#includeusingnamespacestd;intmain(){chara[100];charchange;charchange_to;cin>>a>>change>>change_to;for(inti=0;i
Sonaldo7
·
2024-01-24 20:31
C++
学习
c++
MirusBio RevIT™AAVEnhancer,助力于AAV病毒大规模生产
-2023年7月底Mirus上市RevIT™AAVEnhancer,在不同AAV血清型别中,可提高AAV病毒
基因组
滴度1.2-4.9倍,并且在一定程度改善了实心率。
Neobioscience
·
2024-01-24 12:17
网络
基因组
评估软件gaep
基因组
组装评估指标
基因组
评估软件geap,overviewoftheGAEPpipelinemainworkflowoftheGAEPmisassemblydetectionmoduleGAEP是一款能够基于二代
花生学生信
·
2024-01-24 08:17
细菌
基因组
基本概念(一)
进化(Evolution)"生命之树(TreeofLife)"以原核生物界(Monera)开始,并通过原生生物(Protists)延伸。细胞、细胞器(如线粒体和叶绿体),以及所有主要的代谢途径(Metabolicpathways)都是从早期原核(Prokaryotic)细胞进化而来的。"生命之树"进化谱系(Evolutionarylineage)的五界系统(5种背景色)Monera,原核生物界;C
生信宝典
·
2024-01-24 07:19
人工智能
大数据
机器学习
编程语言
java
肿瘤分析数据挖掘及信息解读
癌症
基因组
研究趋势:小样本WES——大样本mul
生物信息与育种
·
2024-01-24 04:27
基因组
时代-1
《基因传》是普利策奖得主悉达多·穆克吉继医学普及畅销书《众病之王:癌症传》后的又一医学科普专著,讲述了基因理论的起源、发展与未来,对科学史上最具挑战与危险的概念进行了诠释。《基因传》可以看作一部反映基因发展史的传记,全书按照时间顺序展开故事情节,没有医学或生物学背景的读者不妨将其内容分为两个部分看,前一部分是基因的发现史,后一部分是基因技术的应用史。
中信书院
·
2024-01-24 03:22
张启发院士的肺腑之言,值得每一位硕士/博士细细品读
转载来源:宏
基因组
公众号原文链接:https://mp.weixin.qq.com/s/WzXmLVf4VXjC4_2_a-lzvQ最近我拜读了各位送交的年度工作计划,仔细推敲后,仍感到有三个方面的问题十分严重
M_321
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2024-01-24 02:03
《生命密码》:人类
基因组
计划、阿波罗登月计划、曼哈顿原子弹计划并称自然科学史上的“三大计划”
本书最精彩的是最后的生命周期表,向读者展示了不同生物的
基因组
大小,感觉真
书摘迷
·
2024-01-24 00:00
ChIP-seq数据质控
日常瞎掰 ChIP-seq可以用来研究某种转录因子或者组蛋白(后面统称为蛋白因子吧)在
基因组
上的结合位置,从而来确定蛋白因子可能调控的靶基因,继而推测出在生物过程中的相关调控功能。
生信云笔记
·
2024-01-23 17:36
石蜡包埋组织RNA提取步骤
产品特点◎裂解液、消化液经专门优化,无需过夜温育即可从福尔马林固定的、石蜡包埋组织中高效纯化
基因组
RNA;◎提取的RNA纯度高,A260/A280为1.8-2.0;◎产率高,同样的样本量提取的RNA更多
清风拂面vv
·
2024-01-23 17:03
凝血块DNA提取操作步骤
产品特点◎独有裂解液配方,凝血块消解快速,可在30分钟内获得
基因组
DNA;◎改性离子膜技术,提取DNA纯度高,无抑制剂,A260/A280为1.7-1.9;◎DNA提取得率高,可在相当于200μl全血的凝血块中提取
清风拂面vv
·
2024-01-23 15:46
StringTie在注释
基因组
时的注意事项
在利用RNA-seq注释
基因组
时,有一个问题就是,我将不同组织来源的转录组数据和参考
基因组
比对之后,那下一步是1)先将这三个比对结果进行合并,然后用StringTie进行预测,还是2)用StringTie
xuzhougeng
·
2024-01-23 14:16
java
字符替换
函数示例_Java字符串替换函数replace()用法解析
Java字符串替换函数replace()用法解析这篇文章主要介绍了Java字符串替换函数replace()用法解析,文中通过示例代码介绍的非常详细,对大家的学习或者工作具有一定的参考学习价值,需要的朋友可以参考下replace(charoldChar,charnewChar)返回一个新的字符串,它是通过用newChar替换此字符串中出现的所有oldChar而生成的代码如下importjava.ut
铁拳无敌双鸭山
·
2024-01-23 13:54
java字符替换函数示例
标准化方法
转录组测序采取的打断基因序列获得基因测序的片段,再将reads比对到参考
基因组
上,并对读序定量,因而最初的表达矩阵是读序数。那么,当需要对样本进行差异分析时,就必须考虑影响读序数的几个因素。
新欣enjoy
·
2024-01-23 02:43
【科研集市】一文带你读懂Hi-C(附高分文献汇总)
High-throughchromosomeconformationcapture)技术源于染色体构象捕获(Chromosomeconformationcapture,3C)技术,以整个细胞核为研究对象,利用高通量测序技术,结合生物信息分析方法,研究全
基因组
范围内整个染色质
d5c9c866171f
·
2024-01-22 22:29
津恩一家亲,携手抗疫情
当晚,天津疾控对其中两名确诊病例新冠病毒全
基因组
测序确认为奥密克戎变异株。这也是中国本土新冠疫情(香港、台湾地区除外)中,首次与新冠奥密克戎变异株正面交锋。这20个阳
精进的医生
·
2024-01-22 21:41
关于文章发表中McrBC实验需配备的图
McrBC是一种检测
基因组
小部分区段的DNA甲基化情况的核酸内切酶。只能降解甲基化的区域,对未甲基化区域不起作用。
热衷组培的二货潜
·
2024-01-22 20:40
Reads, Metagenomic assembly, and custom MAGs的区别与联系解读
当进行元
基因组
学研究时,研究者通常会涉及到以下三个数据类型,每个都有其独特的角色和应用:Reads(读数):定义:Reads是从原始测序数据(例如Illumina测序的FASTQ文件)中获得的短序列片段
WDPLA
·
2024-01-22 15:18
生物信息学
组装
linux
宏
基因组
组装软件mataSPAdes输出文件解读
#metaSPAdes作为宏
基因组
数据组装软件,数据结果表现优秀,以下对metaSPAdes软件输出的结果进行解读,若有不对之处请指正#共输出7个文件夹及16个单独的文件,下面进行逐一解读:7个文件夹:
WDPLA
·
2024-01-22 15:48
生物信息学
Linux
linux
linux系统下,将.fastq文件统一改为.fq文件
#高通量测序获得宏
基因组
/宏转录组进行后续分析的过程中,常碰到.fastq与.fq文件后缀不一致的问题#在Linux系统中,你可以使用rename命令或者mv命令来将文件名中的特定后缀进行修改。
WDPLA
·
2024-01-22 15:47
Linux
生物信息学
linux
运维
服务器
Linux系统下,提取.fasta文件中序列长度>n的序列(举例:sqlen>1000)
#在宏
基因组
/宏转录组数据进行组装后,常需要去除短片段,筛选出较长的片段以供后续分析#在Linux系统中,您可以使用一些文本处理工具来提取长度大于n的序列。
WDPLA
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2024-01-22 15:17
linux
服务器
运维
宏转录组组装软件rnaSPAdes输出文件解读
mataSPAdes更适用于宏
基因组
组装,宏转录组组转推荐rnaSPAdes。
WDPLA
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2024-01-22 15:16
Linux
生物信息学
组装
linux
加密猫基因遗传算法
(1)
基因组
成:显性和隐性基因在传统的遗传学中,显性和隐性基因和他们本身的特性有关(比如金色头发是黑头发的隐性基因)。
樱桃小丸子zz
·
2024-01-22 13:12
研究
基因组
组织结构有啥意义?
在过去的50年中,从广义上讲,已经了解了控制基因表达的三个基本
基因组
元件:启动子(promoters),增强子(enhancers)和边界元件(boundaryelements)。
Ss_y
·
2024-01-22 12:03
CUTANA™ CUT&RUN Assays ——实现超敏
基因组
定位
研究细胞内蛋白质-DNA相互作用的常用方法是染色质免疫沉淀(ChromatinImmunoprecipitation,ChIP),同时ChIP还常被用于确定
基因组
上与组蛋白修饰相关的特定位点(即组蛋白修饰酶的靶标
Neobioscience
·
2024-01-22 11:14
CUTANA
CUT
RUN
Assays
表观遗传学
学校服务器hpc东南大学,下载国家
基因组
科技中心数据 gsa-human ascp chatpt建议 Linux系统中写代码
使用ascp批量下载数据Youfiles.csv帮我写个批量下载的脚本,批量下载时候,把路径中最后的HRR659816批量替换成Accession列的内容就行了。下面是示例ascp-v-QT-l300m-P33001-k1-i~/.aspera/connect/etc/
[email protected]
:gsa-human/
生信小博士
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2024-01-22 09:24
java
前端
服务器
转录组测序1-测序原始数据说明
RNAseq涉及到原始数据,数据质控,
基因组
比对,差异基因鉴定,差异基因功能富集分析,重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等,我们用10讲的时间,全面讲解转录组测序报告,及在上百个项目中遇到的近百个常见问题
纪伟讲测序
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2024-01-22 08:45
生物信息基础:pysam读写
基因组
文件
Pysam[1]是一个Python模块,它打包了高通量测序库htslib[2]的C-API,可用于读写
基因组
相关文件,如Fasta/Fastq,SAM/BAM/CRAM,VCF等。
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-22 08:37
python
开发语言
2021-05-17 MAGeCK
ClusteredRegularlyInterspacedShortPalindromicRepeats)/Cas9是一种功能强大的技术,可以通过特定的sgrna(specificsingle-guideRNAs,sgRNAs)来定位所需的
基因组
位点进行基因编辑
谢某丶
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2024-01-22 05:08
临床蛋白组综述 | 如何利用蛋白组学技术进行癌症临床研究?
肿瘤
基因组
和转录组的分析现在已经成为发现新生物标记物的工具,但是蛋白质组表达的改变更可能反映肿瘤病理生理学的变化。过去,临床诊断依赖于基于抗体的检测策略,但这些方法有一定的局限性。
尐尐呅
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2024-01-22 04:38
OrthoFinder 进行直系同源基因分析教程
介绍OrthoFinder是一个快速、准确和全面的比较
基因组
学平台。
lixingze
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2024-01-22 01:57
181010
唯一可说的是在万象城方所看了《基因传》的一小部分,主要看了基因治疗以及基因未来发展的段落,一开始被各种专业词汇以及我的空白冲昏了,冷静下来对于作者写得内容有一部分是迷惑的,利用病毒携带改写的基因写进人类
基因组
洛言1900
·
2024-01-22 01:45
北大公开课-2 生物信息学历史
在分子水平研究演化L.pauling1965sangerDNAsequencing19771988人类
基因组
计划2001年人类
基因组
计划2005二代测序1991年Linux系统系统特点由目的单一的小程序组成
番番番茄小姐
·
2024-01-21 18:24
在线作图|如何绘制一个好看的堆叠柱状图
比如,在微生物组成谱和宏
基因组
测序中,堆叠柱形图常常用来展示微生物物种的组成情况。Question2:如何不
维凡生物
·
2024-01-21 10:05
基因组
联合代谢组与转录组锁定关键通路--02
香蕉栽培种(Musassp.)是二倍体、三倍体和四倍体的杂交种,源自于Musaacuminata(A
基因组
)和Musabalbisiana(B
基因组
)。
百迈客生物
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2024-01-21 08:08
算法练习-替换数字(思路+流程图+代码)
题目给定一个字符串S,它包含小写字母和数字字符,请编写一个函数,将字符串中的字母字符保持不变,而将每个数字
字符替换
为number.示例1:输入:s="a5b"输出:"anumberb"解释:将数字5替换成
Yamai Yuzuru
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2024-01-21 06:53
算法编程笔记
算法
对待自己温柔一点,你只不过是宇宙的孩子,与植物、星辰没什么两样(4.25)
3互联网时代的标志是人人连接、物联网是万物互联、人工智能是人机合一、生命科学是
基因组
学、太空科学是星球殖民。今
胡同学的读书笔记
·
2024-01-21 01:24
php的字符串替换函数,php字符串替换函数
在php中
字符替换
函数有几个如有:str_replace、substr_replace、preg_replace、preg_split、str_split等函数:1,Str_replace()函数:使用一个字符串替换字符串中的另一些字符
莫博之
·
2024-01-20 20:33
php的字符串替换函数
第1篇:人类的卷曲乳杆菌分离物的比较
基因组
学揭示了糖基化和糖原降解的基因:阴道微生物群的体内优势
VM:阴道微生物群LVM:乳酸菌为主的阴道微生物群DVM:阴道微生物菌群失调的阴道微生物群Comparativegenomics:比较
基因组
学EPS:胞外多糖contig:拼接软件基于reads之间的overlap
不愧是你_a
·
2024-01-20 17:28
WisecondorX 拷贝数变异检测 NGS NIPT
背景低深度全
基因组
测序(sWGS),主要通过覆盖深度的方法(DOC)检测CNV。
茄子_0937
·
2024-01-20 16:45
MetaHipMer2 - MHM2超算系统宏
基因组
短读长序列组装神器的介绍和使用
Downloads—Bitbucket文章:Terabase-scalemetagenomecoassemblywithMetaHipMer|ScientificReportsMetaHipMer(MHM)是一种从头开始的宏
基因组
短读组装器
小果运维
·
2024-01-20 08:26
生信分析-bioinfo
mhm2
MetaHipMer2
遗传统计|MSMC推断群体历史动态
能够通过输入
基因组
序列推断群体分歧时间,预测有效群体大小。此算法下常用的软件包括PSMC,SMC++和MSMC。
学术程稻属
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2024-01-20 01:08
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