linux+基因组字符替换

非模式物种GO/KEGG富集分析

本文主要针对非模式物种，但是有参考基因组可用1.R包安装及database下载#non-model,buthavethegenome>source("https://bioconductor.org/biocLite.R
谢俊飞·2024-01-30 20:23

用Modules优雅地管理你的环境变量

我管理的基因组学群里，今天有人提出了这样一个问题，如果有多个版本的BLAST，并且都是用conda安装，应该如何调用不同版本的BLAST提问截图对于这个问题，其实存在多种解决方案：用绝对路径进行调用使用
xuzhougeng·2024-01-30 14:54

基因组联合代谢组与转录组锁定关键通路--01

基因组结合转录组及代谢组，将系统的锁定关键通路中的基因和代谢物。技术路线适用范围案例一研究背景榕树是热带和亚热带植物，他们的气生根沿着寄主树木的树干
百迈客生物·2024-01-30 13:58

人类基因组计划发现的8大真相

人类基因组计划是科学史上重要的里程碑事情。该计划的成功，不仅开启了人类了解自身的旅程，而且成为了国际科技合作的典范。对于人类基因组，发现了以下8个事实。1.人类基因组约有20300个蛋白质编码基因。
简说基因-专业生信合作伙伴·2024-01-30 10:46

Shell脚本中sed编辑器

目录一.shell简介二.sed编辑器的工作流程三.sed的命令格式四.对指定行操作寻址五.删除指定行六.替换6.1字符串6.2替换整行内容6.3字符替换七.增加（插入）内容一.shell简介sed是一种流编辑器
行业--小白·2024-01-30 09:18

生物信息学 编程零基础学习 Python

我本科是农学，研究生专业是生物学，方向是植物基因组。编程方面真是零基础，仅仅在大一接触C语言。整个课题组基本都是用Python作为主要的编程语言。目前是研一下学期，我也想总结一下编程的学习之路。
球果假水晶蓝·2024-01-30 09:14

计算机检索高级教程,indesign搜索工具之GREP实用技巧案例教程

在indesign中，软件可以自动帮助用户将难记的元字符替换为文字命令，大大提升工作效率，设计师不加班的梦想更近了。
装逼一板砖·2024-01-30 06:21

盘点结构变异在医学研究中的应用

据统计，每个人类基因组大约有20,000个结构变异（Structuralvariations，SVs），跨越1,000万个碱基对，是受SNVs影响
生信师姐·2024-01-30 05:35

Redis面试题36

药物研发和治疗方案优化：人工智能可以帮助加速药物研发过程，通过分析大量的医学文献和基因组数据，找到潜在的药物靶点和治疗方法。此外，人工智能还可以
CrazyMax_zh·2024-01-30 01:08

干货分享| 多组学助力中国科学家发表多篇CNS

多组学联合研究从多分子层次出发，通过整合生物系统中基因组、转录组、蛋白质组、
ee00dc6faab7·2024-01-30 00:10

基因组文章 | 南美白对虾《Nature communications》2019

今天跟大家分享一下最近刊登在NatureCommunications的南美白对虾基因组文章，信息如下（https://doi.org/10.1038/s41467-018-08197-4）：从基因水平揭示南美白对虾与视觉和运动有关的基因的扩展可能是其底栖生物适应的核心
生信师姐·2024-01-29 16:11

[基因组学]使用GAMP根据已知CDS序列来进行未知基因组序列的功能注释

GMAP最早用于讲EST/cDNA序列比对到参考基因组上，可以用于基因组结构注释。后来高通量测序时代，又开发了GSNAP支持高通量数据比对。软件安装我采用的是利用源代码且在无root权限下进行安装。
巩翔宇Ibrahimovic·2024-01-29 14:11

windows10中安装和使用ROS2+python

作为懒人，实在懒得折腾linux+
zhangzq02·2024-01-29 13:31

Genome-wide association studies in R

全基因组关联（GWA）研究扫描整个物种基因组，寻找多达数百万个SNPs与特定感兴趣特征之间的关联。
m1chiru·2024-01-29 09:21

GWAS——Genome-Wide Association Study

全基因组关联研究（Genome-WideAssociationStudy，GWAS）是一种广泛用于寻找复杂遗传疾病关联基因的重要手段。
m1chiru·2024-01-29 09:51

力扣算法-Day21

替换数字给定一个字符串s，它包含小写字母和数字字符，请编写一个函数，将字符串中的字母字符保持不变，而将每个数字字符替换为number。
小羊没烦恼～·2024-01-29 05:37

基因组-生物分类

（1）现代的分类系统通常包括七个主要级别：界、门、纲、目、科、属、种。（2）种是基本单元，近缘的种归合为属，近缘的属归合为科，科隶于目，目隶于纲，纲隶于门，门隶于界。（3）当前最流行的分类是一种五界系统，分别为原核生物界、原生生物界、菌物界、植物界以及动物界。五界系统反映了生物进化的三个阶段和多细胞阶段的三个分支，是有纵有横的分类。（4）五界系统没有包括非细胞形态的病毒在内，也许是因为病毒系统地位
Zhigang_Han·2024-01-28 18:14

QTL定位：MapQTL6

通过QTL分析，可以检测基因组上负责所研究数量性状表型变异的区域，估计相关的基因型效应，并以表格和(可调的)图表的形式呈现分析结果。
Wei_Sun·2024-01-28 17:11

讲解：JavaDNAProgramming AssignmentJava

分配涉及处理来自基因组文件的数据。你的程序应该与两个给定的输入文件一起工作。如果你很好奇（这不是必需的），国家生物技术信息中心出版了许多其他细菌基因组文件。最后一页告诉你如何使用你的程序来处理其他
rbqdgy0·2024-01-28 13:26

【算法题】72. 编辑距离

你可以对一个单词进行如下三种操作：插入一个字符删除一个字符替换一个字符示例1：输入：word1="horse",word2="ros"输出：3解释：horse->rorse(将'h'替换为'r')rorse
YifengGuo233·2024-01-28 13:07

【R画图学习11.1】圈图学习1---circlize

圈图非常适合表示复杂信息，我们在展示基因组项目中最常用，我自己主要是用的Circos。
jjjscuedu·2024-01-28 00:02

NGS 数据mapping 算法简介

简介取得测序序列信息后，在有参考基因的情况下我们通过Mapping到参考基因组进行后续分析；没有则重头拼接序列。一般而言，基因组的组装将比readalignment消耗更多的计算资源。
茄子_0937·2024-01-27 20:06

基因家族分析（保姆级教程二------鉴定）

太久没有更新了，最近忙着组装好几个基因组，后面我也会吧基因组组装的一些东西分享出来哦~那就步入正题吧，我们在前面准备好了数据之后，就可以开始鉴定所需要的基因家族成员了，这样才能开始后续的分析先从，最最最最基础的
GenomeStudy·2024-01-27 08:22

10-【BPGA】的安装和使用

安装时间：2021.2.171.简介BPGA是一款快速的泛基因组分析软件。似乎好像在windows上安装较为方便。在Linux下没有conda安装版本，只能手动进行安装。
lkj666·2024-01-27 05:07

文献分享-循环血浆 DNA 的全基因组拷贝数改变筛选：检测早期肿瘤的潜力

图片.png今天分享的是19年GenomewidecopynumberalterationscreeningofcirculatingplasmaDNA:potentialforthedetectionofincipienttumors发表杂志：annalsofoncology2021年影响因子：32.976中科院分区：1区数据通过老年协会（76%的参与者）或鲁汶大学医院（内科或麻醉科，24%的参
lqbzc·2024-01-27 03:11

算法训练营Day47

你可以对一个单词进行如下三种操作：插入一个字符删除一个字符替换一个字符示例1：输入：word1="horse",word2="ros"输出：3解释：horse->rorse(将'h'替换为'r')rorse
momolinshaomo·2024-01-26 21:44

全基因组关联分析GWAS专题2——连锁不平衡

连锁不平衡（linkagedisequilibrium,LD）分析是群体遗传学研究中常见的分析内容，也是关联分析的基础，在很多的GWAS文章中都会出现LD衰减图及单倍型block图，接下来一起连锁不平衡（linkagedisequilibrium,LD）初探。图1水稻自然群体连锁不平衡衰减与桃果糖含量位点相关单倍型区块1、LD的概念当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率
felix108·2024-01-26 15:14

LTR组装指数（LAI）评估基因组

基因组组装完成后，可通过查看contig的N50或者BUSCO，以及LAI评估组装质量。本文就LAI方法做一简单介绍。
斩毛毛·2024-01-26 11:06

抗性基因数据库(1)

抗性基因数据库（1）宏基因组：检测细菌、病毒等序列耐药基因：检测检出非人序列中的已知耐药基因，找到对应耐药基因的抗生素耐药/抗性基因数据库ARDB（AntibioticResistanceGenesDatabase
Zoeyer·2024-01-26 10:44

2023-07-11 crossMap不同版本基因组位点坐标转换

CrossMapinstallationpip3installCrossMapdownloadchainfilesAchainfiledescribesapairwisealignmentbetweentworeferenceassemblies.UCSCandEnsemblchainfilesareavailable:UCSCchainfilesChainfilesfromhs1(T2T-CHM
xiaoguolaile·2024-01-26 02:05

Y叔谈clusterProfiler 4.0 前沿应用

image.png分析方法ORA，FCS进行打分（GSEA，通路上下调），PT（拓扑结构，不普遍）image.pngORA将所有能测到的基因（或全基因组）作为背景，超几何分布GSEA不筛选差异基因，去查看通路的基因方向
Hello育种·2024-01-25 23:43

WGVD：小麦基因组变异与选择信号数据库 | CNGBdb收录数据库推荐

随着完整的小麦参考基因组的发布以及下一代测序技术的发展，来自面包小麦及其祖先的大量基因组数据已经产生，并为小麦遗传学研究提供了基因组资源。
尐尐呅·2024-01-25 21:50

【Single Cell Genomics】Part1 单细胞基因组学

文章目录1SingleCellGenomics1.1Whysinglecells1.2传统singlecell分析1.3scRNA-seq2ScalingupscRNA-seqtechnology2.1分析单细胞技术进化2.2basicpipeline3BeyondRNA:scATAC-seq,Multi-Omics4Dealingwithnoiseanddoubletsinsingle-cell
丸丸丸子w·2024-01-25 20:24

宏基因组CAG、MGS、MLG、MAG傻傻分不清？

在之前的Binning文章中（文章链接：《如何打破瓶颈，提升宏基因组研究level》、《宏基因组高分文章里的小技巧》），主要针对Contig进行聚类，旨在得到潜在的单菌基因组信息。
斗战胜佛oh·2024-01-25 11:54

C#-正则表达式

替换和修改：正则表达式使我们能够快速地找到并替换文本中的某些部分，例如将字符串中的某些字符替换为其他内容，或者根据一定规则修改文本。分割字符串：使用
@Crazy Snail·2024-01-25 08:17

240124学习记录：查看/提取bam文件的reads

以下是BAM文件的主要结构和组成部分：文件头（Header）：BAM文件的开头包含一个文件头，其中包含有关该文件的元信息，如测序平台信息、参考基因组信息、测序参数等。
丁优雅ya·2024-01-25 05:22

Nat.Biotechnol|能靶向冠状病毒RNA的新型CRISPR工具问世

图片来源：纽约基因组中心基于CRISPR的遗传筛选已帮助科学家鉴定了镰状细胞贫血，癌症免疫疗法，肺癌转移以及许多其他疾病的关键基因。但是，这些基因筛选的范围有限：它们只能编辑或靶向DNA。
PaperRSS·2024-01-25 01:09

基因组与转录组，深入挖掘基因表达信息--02

本研究对在中国广泛种植的杂合猕猴桃“Hongyang”（A.chinensis）的基因组进行测序分析。该基因组序列的可用性不仅为了解猕猴桃及其野生近缘种的特定农学重要性状的潜在分子基础提供了见解
百迈客生物·2024-01-24 23:12

洛谷 字符替换（计蒜客-T1109）

#include#includeusingnamespacestd;intmain(){chara[100];charchange;charchange_to;cin>>a>>change>>change_to;for(inti=0;i
Sonaldo7·2024-01-24 20:31

MirusBio RevIT™AAVEnhancer，助力于AAV病毒大规模生产

-2023年7月底Mirus上市RevIT™AAVEnhancer，在不同AAV血清型别中，可提高AAV病毒基因组滴度1.2-4.9倍，并且在一定程度改善了实心率。
Neobioscience·2024-01-24 12:17

基因组评估软件gaep

基因组组装评估指标基因组评估软件geap，overviewoftheGAEPpipelinemainworkflowoftheGAEPmisassemblydetectionmoduleGAEP是一款能够基于二代
花生学生信·2024-01-24 08:17

细菌基因组基本概念(一)

进化(Evolution)"生命之树(TreeofLife)"以原核生物界(Monera)开始，并通过原生生物(Protists)延伸。细胞、细胞器(如线粒体和叶绿体)，以及所有主要的代谢途径(Metabolicpathways)都是从早期原核(Prokaryotic)细胞进化而来的。"生命之树"进化谱系(Evolutionarylineage)的五界系统(5种背景色)Monera,原核生物界；C
生信宝典·2024-01-24 07:19

肿瘤分析数据挖掘及信息解读

癌症基因组研究趋势：小样本WES——大样本mul
生物信息与育种·2024-01-24 04:27

基因组时代-1

《基因传》是普利策奖得主悉达多·穆克吉继医学普及畅销书《众病之王：癌症传》后的又一医学科普专著，讲述了基因理论的起源、发展与未来，对科学史上最具挑战与危险的概念进行了诠释。《基因传》可以看作一部反映基因发展史的传记，全书按照时间顺序展开故事情节，没有医学或生物学背景的读者不妨将其内容分为两个部分看，前一部分是基因的发现史，后一部分是基因技术的应用史。
中信书院·2024-01-24 03:22

张启发院士的肺腑之言，值得每一位硕士/博士细细品读

转载来源：宏基因组公众号原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/WzXmLVf4VXjC4_2_a-lzvQ最近我拜读了各位送交的年度工作计划，仔细推敲后，仍感到有三个方面的问题十分严重
M_321·2024-01-24 02:03

《生命密码》：人类基因组计划、阿波罗登月计划、曼哈顿原子弹计划并称自然科学史上的“三大计划”

本书最精彩的是最后的生命周期表，向读者展示了不同生物的基因组大小，感觉真
书摘迷·2024-01-24 00:00

ChIP-seq数据质控

日常瞎掰  ChIP-seq可以用来研究某种转录因子或者组蛋白(后面统称为蛋白因子吧)在基因组上的结合位置，从而来确定蛋白因子可能调控的靶基因，继而推测出在生物过程中的相关调控功能。
生信云笔记·2024-01-23 17:36

石蜡包埋组织RNA提取步骤

产品特点◎裂解液、消化液经专门优化，无需过夜温育即可从福尔马林固定的、石蜡包埋组织中高效纯化基因组RNA；◎提取的RNA纯度高，A260/A280为1.8-2.0；◎产率高，同样的样本量提取的RNA更多
清风拂面vv·2024-01-23 17:03

凝血块DNA提取操作步骤

产品特点◎独有裂解液配方，凝血块消解快速，可在30分钟内获得基因组DNA；◎改性离子膜技术，提取DNA纯度高，无抑制剂，A260/A280为1.7-1.9；◎DNA提取得率高，可在相当于200μl全血的凝血块中提取
清风拂面vv·2024-01-23 15:46

StringTie在注释基因组时的注意事项

在利用RNA-seq注释基因组时，有一个问题就是，我将不同组织来源的转录组数据和参考基因组比对之后，那下一步是1）先将这三个比对结果进行合并，然后用StringTie进行预测，还是2）用StringTie
xuzhougeng·2024-01-23 14:16
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