摘要两张图总结本文，以方便大家确定是否还有看下去的兴趣写在前面Emmm...今天开放一个旧功能，全基因组基因密度统计。虽然是早前就写好的，但我一直没开放，主要是考虑到这个功能感兴趣或者用得上的人不多。

众所周知，CRISPR/Cas9系统可以用来操纵基因组：规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合，可以在引导RNA（gRNA）的指引下，靶向基因组中的特定区域并切割DNA，产生DNA双链断裂

EukRep从宏基因组数据集中分类真核和原核序列安装要求Python3推荐使用conda安装：$condacreate-y-neukrep-env-cbiocondascikit-learn==0.19.2eukrep

文章：Genome-reconstructionforeukaryotesfromcomplexnaturalmicrobialcommunities|bioRxiv仓库：patrickwest/EukRep:ClassificationofEukaryoticandProkaryoticsequencesfrommetagenomicdatasets(github.com)推荐使用conda进行

介绍viralcc是一个基因组病毒分析工具，可以用于快速、准确地检测和分类病毒序列。

组学研究包括对基因组及基因产物（转录子组和蛋白质组）的系统生物学研究，随后必然要上升到细胞机制、分子机制和系统生物学的水平。基因组学相关概念基因组即指生物所具有的携带遗传信

Sensitivealignmentofgenomeswithhighsequencediversity,extensivestructuralpolymorphism,andwhole-genomeduplication这个是做植物基因组比对的一个工具

思路：1、新存一个字符串，遍历原字符串，遇到空格就把"%20"加进去，没有遇到就把旧的字符串中的字符加进入2、但是如果面试要求我们在原字符串上进行操作可以先遍历原字符串，找出空格字符的个数，每个空格字符替换掉就相当于增加了两个字符的长度

Nature|瑞典隆德食品科学组织：燕麦基因组为健康谷物提供新见解Themosaicoatgenomegivesinsightsintoauniquelyhealthycerealcrop栽培燕麦(AvenasativaL

比较基因组学中，共线性的分析的图无疑是很漂亮的。共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。

CancerCell丨全基因组筛选发现T细胞耗竭调节因子（2）原创珍奇图灵基因2022-07-0809:56发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制撰文：珍奇IF：31.743推荐度：⭐⭐⭐⭐⭐亮点：在本研究中

经常在基因组或其他组学文章中见到circos图，但是并不知如何解读？以及circos图适用于哪类数据分析结果的展示？这里借助一篇推文，总结一下个人理解。

九圣源医疗科技科普知识：大豆异黄酮九圣源（九圣源医疗科技）新型药膳是在传统中医药膳的基础上，结合现代生理学、病理学、营养学、微生物学、基因组学、食品分子化学等学科的前沿成果而形成的医学处方食品。

2020年12月，华大海洋联合中国水产科学研究院长江水产研究所，首次成功破译了鲟形目、匙吻鲟科、现存唯一物种匙吻鲟（Polyodonspathula）的全基因组序列，构建了首个匙吻鲟高质量染色体图谱，揭示了鲟鱼特有的全基因组复制事件

然而，全基因组测序工作还未

文章题目Chloroplot:AnOnlineProgramfortheversatileplottingoforganellegenomes期刊frontiersinGenetics25September2020UniversityofHelsinki这个工具是一个shiny应用链接是https://irscope.shinyapps.io/chloroplot/应该是和IRscope同一拨人开

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我们更无法分裂原子、破解人类基因组或者将宇航员送上月球，甚至有可能无缘于《独立宣言》。有一种罕见而有趣的历史观点认为，世界被一个神秘的数学分支彻底改变了。一个最初与形状相关的

作为一名Linux管理员，知道如何获取当前可用的和已经使用的资源情况，比如内存、CPU、磁盘等，是相当重要的。--MageshMaruthamuthuLinux并不像Windows，你经常不会有图形界面可供使用，特别是在服务器环境中。作为一名Linux管理员，知道如何获取当前可用的和已经使用的资源情况，比如内存、CPU、磁盘等，是相当重要的。如果某一应用在你的系统上占用了太多的资源，导致你的系统无

importsys,getopt#import语句用来导入其他python文件（称为模块module），使用该模块里定义的类、方法或者变量，从而达到代码复用的目的#importmodule_name。即import后直接接模块名。在这种情况下，Python会在两个地方寻找这个模块，第一是sys.path,（通过运行代码importsys;print(sys.path)查看）.一般安装的Python

国家地理的“基因组计划”就是一个应用此类技术的例子，它允许个人通过基因型检测了解自己的遗传背景。在数学和计算生物学中，集合是一种基本概念，

许可的编辑操作包括：（1）任意位置插入一个字符（2）任意位置删除一个字符（3）任意未知修改一个字符将一个字符替换成另一个字符，插入一个字符，删除一个字符。一般来说，编辑距离越小，两个串的相似度越大。

生信在基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等方面有广泛应用，可以帮助科学家们理解生物体内的基本生物过程和疾病发生机制，为疾病的诊断和治疗提供新的思路和方法。生信领域中常见的数据类型包括：基因组学

旨在成为一种以下格式：足够灵活，可以存储各种比对程序生成的所有比对信息；足够简单，可以通过对齐程序轻松生成或从现有对齐格式转换；文件大小紧凑；允许对齐上的大部分操作在流上进行，而无需将整个对齐加载到内存中；允许按基因组位置对文件进行索引

蝙蝠已经演化出独特的免疫系统来应对病毒感染，能够无症状地携带多种哺乳动物烈性病毒，包括尼帕病毒、亨德拉病毒、埃博拉病毒、马尔堡病毒、MERS病毒、SARS病毒以及最近引起COVID-19的SARS-CoV-2病毒，是这些人畜共患病毒的天然宿主。狐蝠科蝙蝠（旧大陆果蝠）被认为是引起国际公共卫生组织关注的多次病毒大流行事件中高致病性病毒的天然宿主。因此，研究狐蝠科蝙蝠免疫系统演化遗传机制对人类制定病毒

直接给我惊呆了，从点开开始到出结果一共32秒ಥ_ಥ，想当年光blastp就得跑大半天，更不要说编译MCScanX，各种奇葩问题...先看下什么是共线性：Syntenic*=asetoflociintwodifferentspecieswhichislocatedonthesamechromosomeineach(notnecessarilyinthesameorder).Collinear=ase

Linnarson实验室开发的基于hdf5的数据结构loom，可以方便地存储单细胞基因组数据集和元数据。

蛋白质组知识背景蛋白质组(proteome)：由一个细胞、一个组织或一个机体的基因组所表达的全部相应的蛋白质，是一个整体的概念。

今天给同学们分享一篇实验文章“Geneticassociationanalysisof77,539genomesrevealsrarediseaseetiologies”，这篇文章发表在NatMed期刊上，影响因子为82.9。结果解读：稀有水库关系型数据库（RDB）提供了一个统一的、集中的结构，用于存储、查询和修改多种底层类型的数据。原则上，RDB可以为基因型、变异、基因、参与者和统计结果的分析提

由于缺乏对免疫反应基因组特征的认知，这导致无法开发一种新的、有效的治疗乳腺癌的方式。

近来在进行染色体级别基因组的分析。使用pindel软件对染色体的结构变异进行检测。

种数据类型是远远不够的，随着高通量测序和多组学的快速发展，生物医学研究开始采取多组学技术结合的方法，传统的信息数据处理算法不能满足大数据的处理要求，机器学习作为从数据中进行学习的算法，可以对不同组学来源（如基因组学

网络生物安全威胁因素1、合成生物学可及性的增强2、全球高生物安全等级设施的扩增3、生物目标的广泛性4、攻击途径的多样化5、自动化的快速发展三、美国网络生物安全的主要漏洞四、美国出现的典型安全漏洞1、恶意基因组工程

在变异检测的所有阶段，都需要对文件进行索引，不管是输入的基因组文件，还是输出的比对结果和变异结果文件。不同的软件处理会生成不同的索引，供后续不同的软件使用，但不可避免的会出现特殊情况。

length（）：求字符串的长度indexOf（）：求某个字符在字符串中的位置charAt（）：求一个字符串中某个位置的值equals（）：比较两个字符串是否相同replace（）：将字符串中的某些字符用别的字符替换掉

写本篇文章，主要目的是从tmp文件和软件运行信息解读亚基因组分型分析。进入tmp文件夹之后，其实就可以看到对应的文件：如何查看什么步骤产生了怎么样的结果文件？

合成生物被称为是继分子生物学革命、“人类基因组计划”之后的“第三次生物技术革命”，无论医疗、消费、食品、新材料、甚至农业、美妆领域合成生物学都有广泛的用途。

小盐准备介绍那些小众又好用的生信数据库你想要的R语言学习资料都在这里，快来收藏关注【科研私家菜】**今天R小盐介绍的数据库是GenomicsofDrugSensitivityinCancer**01数据库介绍癌症相关药物敏感性基因组学

今天我们通过2个实战来掌握函数gaps，setdiff与reduce在GenomicRanges中的使用：获取基因间区域；获取基因的内含子区域。Gaps函数了解首先了解一下提取基因间区域需要用到的gaps函数，此函数用于返回范围间的空白区域，之前在IRanges包中介绍过。但GRanges对象增加了strand信息，结果有所不同，通过一个简单的例子说明：首先创建一个GRanges对象gr2：>li

此处需要注意的是，编译器将用一个空格字符替换每一条注释，如int/*注释*/f

前言NCBIGeneExpressionOmnibus（基因表达综合数据库，GEO）公开了很多高通量基因组学数据集。尽管名字很好听，但这个数据库并不是专门针对基因表达数据的。

PMID:31090900PMCID:PMC6637375DOI:10.1093/annonc/mdz132ANNALSOFONCOLOGYIF:32.976（2021年6月30日公布）摘要背景：全基因组测序

微卫星不稳定性与错配修复缺陷微卫星（microsatellite）又称简单重复序列，是存在于基因组中的一些小片段核苷酸的重复序列，重复单位一般由16个核苷酸组成，15-65个这些序列在基因组上重复分布就构成了一段微卫星微卫星序列

继续我们的跟着NC学系列，前面分享的是关于16S扩增子测序和宏基因组数据分析的。

最近需要下载千人基因组计划中的中国人数据作为参考，于是学习了下几个下载方法。发现还是有几个小技巧值得分享的，就记录分享一下！

题目介绍：给定一个字符串s，它包含小写字母和数字字符，请编写一个函数，将字符串中的字母字符保持不变，而将每个数字字符替换为number。

getorganelle组装叶绿体基因组安装condainstall-cbiocondagetorganelle安装叶绿体基因组databasesget_organelle_config.py--addembplant_ptNCBI

《自私的基因》-【英】理查德·道金斯任何一个个体只不过是寿命不长的基因组合体的临时运载工具。我们是作为基因机器而被建造的，是作为觅母机器而被培养的，但我们具备足够的力量去反对我们的缔造者。

Kmer是从测序数据中滑窗提取出的长度为k的寡聚核苷酸序列，可以评估基因组大小、杂合度、重复序列比例等。

一、问题的提出之前，我写过一篇如何在word中计算数学算式：如何用Python批量计算Word中的算式-CSDN博客为了计算算式，就需要对算式进行格式化，把不规则的算式转换成规则的算式，这时就会涉及到一些字符的批量替换。如我们把算式：1.3×14×2×[1+(76-50)/120]转换成下面的规则算式，这样才能让Python中的eval()函数进行计算。1.3*14*2*(1+(76-50)/12