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Linux
linux+基因组字符替换
TBtools | 全
基因组
- 基因密度统计,充实你的图片
摘要两张图总结本文,以方便大家确定是否还有看下去的兴趣写在前面Emmm...今天开放一个旧功能,全
基因组
基因密度统计。虽然是早前就写好的,但我一直没开放,主要是考虑到这个功能感兴趣或者用得上的人不多。
生信石头
·
2024-01-07 04:40
体内内源基因调控之CRISPRi与CRISPRa
众所周知,CRISPR/Cas9系统可以用来操纵
基因组
:规律成簇的间隔短回文重复CRISPR与内切酶Cas9的组合,可以在引导RNA(gRNA)的指引下,靶向
基因组
中的特定区域并切割DNA,产生DNA双链断裂
Seurat_Satija
·
2024-01-06 13:35
真核微生物基因序列鉴定工具EukRep工具的安装和详细使用方法
EukRep从宏
基因组
数据集中分类真核和原核序列安装要求Python3推荐使用conda安装:$condacreate-y-neukrep-env-cbiocondascikit-learn==0.19.2eukrep
小果运维
·
2024-01-06 09:31
生信分析-bioinfo
python
EukRep
真核
鉴定
序列
宏
基因组
序列分析工具EukRep
文章:Genome-reconstructionforeukaryotesfromcomplexnaturalmicrobialcommunities|bioRxiv仓库:patrickwest/EukRep:ClassificationofEukaryoticandProkaryoticsequencesfrommetagenomicdatasets(github.com)推荐使用conda进行
小果运维
·
2024-01-06 09:00
生信分析-bioinfo
python
开发语言
EukRep
快速、准确地检测和分类病毒序列分析工具 ViralCC的介绍和详细使用方法, 附带应用脚本
介绍viralcc是一个
基因组
病毒分析工具,可以用于快速、准确地检测和分类病毒序列。
小果运维
·
2024-01-06 09:25
生信分析-bioinfo
ViralCC
病毒
分析
NGS基础概念
组学研究包括对
基因组
及基因产物(转录子组和蛋白质组)的系统生物学研究,随后必然要上升到细胞机制、分子机制和系统生物学的水平。
基因组
学相关概念
基因组
即指生物所具有的携带遗传信
问菊22
·
2024-01-05 22:30
跟着PNAS学作图:R语言ggplot2绘制面积图
Sensitivealignmentofgenomeswithhighsequencediversity,extensivestructuralpolymorphism,andwhole-genomeduplication这个是做植物
基因组
比对的一个工具
小明的数据分析笔记本
·
2024-01-05 16:10
剑指offer_替换空格
思路:1、新存一个字符串,遍历原字符串,遇到空格就把"%20"加进去,没有遇到就把旧的字符串中的字符加进入2、但是如果面试要求我们在原字符串上进行操作可以先遍历原字符串,找出空格字符的个数,每个空格
字符替换
掉就相当于增加了两个字符的长度
彼得朱
·
2024-01-05 15:25
【动植物研究动态】20220522文献解读
Nature|瑞典隆德食品科学组织:燕麦
基因组
为健康谷物提供新见解Themosaicoatgenomegivesinsightsintoauniquelyhealthycerealcrop栽培燕麦(AvenasativaL
生物信息与育种
·
2024-01-05 14:49
【比较
基因组
】共线性分析(JCVI)
比较
基因组
学中,共线性的分析的图无疑是很漂亮的。共线性分析可以很好地解释进化关系和多倍化事件。
jjjscuedu
·
2024-01-05 13:36
2022-07-08
CancerCell丨全
基因组
筛选发现T细胞耗竭调节因子(2)原创珍奇图灵基因2022-07-0809:56发表于江苏收录于合集#前沿分子生物学机制撰文:珍奇IF:31.743推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:在本研究中
图灵基因
·
2024-01-05 11:45
物种-样本关系的circos图
经常在
基因组
或其他组学文章中见到circos图,但是并不知如何解读?以及circos图适用于哪类数据分析结果的展示?这里借助一篇推文,总结一下个人理解。
新欣enjoy
·
2024-01-05 10:22
2022-12-05
九圣源医疗科技科普知识:大豆异黄酮九圣源(九圣源医疗科技)新型药膳是在传统中医药膳的基础上,结合现代生理学、病理学、营养学、微生物学、
基因组
学、食品分子化学等学科的前沿成果而形成的医学处方食品。
manbingguanli
·
2024-01-05 10:30
Molecular Biology and Evolution发布匙吻鲟
基因组
染色体图谱
2020年12月,华大海洋联合中国水产科学研究院长江水产研究所,首次成功破译了鲟形目、匙吻鲟科、现存唯一物种匙吻鲟(Polyodonspathula)的全
基因组
序列,构建了首个匙吻鲟高质量染色体图谱,揭示了鲟鱼特有的全
基因组
复制事件
尐尐呅
·
2024-01-05 08:01
基因组
联合代谢组与转录组锁定关键通路--03
然而,全
基因组
测序工作还未
百迈客生物
·
2024-01-04 20:37
文献笔记七十二:Chloroplot~叶绿体
基因组
圈图可视化的新工具
文章题目Chloroplot:AnOnlineProgramfortheversatileplottingoforganellegenomes期刊frontiersinGenetics25September2020UniversityofHelsinki这个工具是一个shiny应用链接是https://irscope.shinyapps.io/chloroplot/应该是和IRscope同一拨人开
小明的数据分析笔记本
·
2024-01-04 20:36
费曼:微积分是上帝的语言 | 书摘
我们更无法分裂原子、破解人类
基因组
或者将宇航员送上月球,甚至有可能无缘于《独立宣言》。有一种罕见而有
人工智能学家
·
2024-01-04 20:14
dns服务器
微软
nltk
etag
color
万物皆“数”:你最好学学微积分,它是上帝的语言
我们更无法分裂原子、破解人类
基因组
或者将宇航员送上月球,甚至有可能无缘于《独立宣言》。有一种罕见而有趣的历史观点认为,世界被一个神秘的数学分支彻底改变了。一个最初与形状相关的
Sim1480
·
2024-01-04 20:14
linux+
查内存数量,检查 Linux 中内存使用情况的 8 条命令 | Linux 中国
作为一名Linux管理员,知道如何获取当前可用的和已经使用的资源情况,比如内存、CPU、磁盘等,是相当重要的。--MageshMaruthamuthuLinux并不像Windows,你经常不会有图形界面可供使用,特别是在服务器环境中。作为一名Linux管理员,知道如何获取当前可用的和已经使用的资源情况,比如内存、CPU、磁盘等,是相当重要的。如果某一应用在你的系统上占用了太多的资源,导致你的系统无
庸常反复的梦
·
2024-01-04 14:07
linux+查内存数量
2021-05-21--Python脚本之对
基因组
cds去冗余
importsys,getopt#import语句用来导入其他python文件(称为模块module),使用该模块里定义的类、方法或者变量,从而达到代码复用的目的#importmodule_name。即import后直接接模块名。在这种情况下,Python会在两个地方寻找这个模块,第一是sys.path,(通过运行代码importsys;print(sys.path)查看).一般安装的Python
Amant_8bb4
·
2024-01-04 13:44
Rosalind 037 Counting Subsets
国家地理的“
基因组
计划”就是一个应用此类技术的例子,它允许个人通过基因型检测了解自己的遗传背景。在数学和计算生物学中,集合是一种基本概念,
Kyookk
·
2024-01-04 07:34
生物信息
python
最小编辑距离(Edit Distance)
许可的编辑操作包括:(1)任意位置插入一个字符(2)任意位置删除一个字符(3)任意未知修改一个字符将一个
字符替换
成另一个字符,插入一个字符,删除一个字符。一般来说,编辑距离越小,两个串的相似度越大。
小幸运Q
·
2024-01-04 01:22
生信数据类型
生信在
基因组
学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学等方面有广泛应用,可以帮助科学家们理解生物体内的基本生物过程和疾病发生机制,为疾病的诊断和治疗提供新的思路和方法。生信领域中常见的数据类型包括:
基因组
学
m1chiru
·
2024-01-03 23:39
数据库
samtools
旨在成为一种以下格式:足够灵活,可以存储各种比对程序生成的所有比对信息;足够简单,可以通过对齐程序轻松生成或从现有对齐格式转换;文件大小紧凑;允许对齐上的大部分操作在流上进行,而无需将整个对齐加载到内存中;允许按
基因组
位置对文件进行索引
m1chiru
·
2024-01-03 23:09
学习方法
IF:14.957|组装新策略完成犬蝠
基因组
精细图谱并揭示食果蝙蝠免疫基因演化新机制
蝙蝠已经演化出独特的免疫系统来应对病毒感染,能够无症状地携带多种哺乳动物烈性病毒,包括尼帕病毒、亨德拉病毒、埃博拉病毒、马尔堡病毒、MERS病毒、SARS病毒以及最近引起COVID-19的SARS-CoV-2病毒,是这些人畜共患病毒的天然宿主。狐蝠科蝙蝠(旧大陆果蝠)被认为是引起国际公共卫生组织关注的多次病毒大流行事件中高致病性病毒的天然宿主。因此,研究狐蝠科蝙蝠免疫系统演化遗传机制对人类制定病毒
ee00dc6faab7
·
2024-01-03 23:44
『比较
基因组
学』TBtools 30秒解决
基因组
共线性。
直接给我惊呆了,从点开开始到出结果一共32秒ಥ_ಥ,想当年光blastp就得跑大半天,更不要说编译MCScanX,各种奇葩问题...先看下什么是共线性:Syntenic*=asetoflociintwodifferentspecieswhichislocatedonthesamechromosomeineach(notnecessarilyinthesameorder).Collinear=ase
ShawnMagic
·
2024-01-03 22:29
【单细胞测序】数据格式转换loomR
Linnarson实验室开发的基于hdf5的数据结构loom,可以方便地存储单细胞
基因组
数据集和元数据。
森尼啊
·
2024-01-03 20:18
蛋白质组学知识背景及分析流程
蛋白质组知识背景蛋白质组(proteome):由一个细胞、一个组织或一个机体的
基因组
所表达的全部相应的蛋白质,是一个整体的概念。
Seurat_Satija
·
2024-01-03 16:56
对77,539个
基因组
进行的遗传关联分析揭示了罕见疾病的病因
今天给同学们分享一篇实验文章“Geneticassociationanalysisof77,539genomesrevealsrarediseaseetiologies”,这篇文章发表在NatMed期刊上,影响因子为82.9。结果解读:稀有水库关系型数据库(RDB)提供了一个统一的、集中的结构,用于存储、查询和修改多种底层类型的数据。原则上,RDB可以为基因型、变异、基因、参与者和统计结果的分析提
生信风暴
·
2024-01-03 15:01
论文阅读
20-基于全
基因组
分析探索MAPK失调与免疫应答的关系
由于缺乏对免疫反应
基因组
特征的认知,这导致无法开发一种新的、有效的治疗乳腺癌的方式。
AAA肿瘤信息学王协
·
2024-01-03 15:28
samtools index failed
近来在进行染色体级别
基因组
的分析。使用pindel软件对染色体的结构变异进行检测。
薄皮儿核桃
·
2024-01-03 12:50
“集成多组学数据的机器学习在生物医学中的应用”
种数据类型是远远不够的,随着高通量测序和多组学的快速发展,生物医学研究开始采取多组学技术结合的方法,传统的信息数据处理算法不能满足大数据的处理要求,机器学习作为从数据中进行学习的算法,可以对不同组学来源(如
基因组
学
20220705
·
2024-01-03 12:07
人工智能
python
基于美国应对网络生物安全风险的报告的思考
网络生物安全威胁因素1、合成生物学可及性的增强2、全球高生物安全等级设施的扩增3、生物目标的广泛性4、攻击途径的多样化5、自动化的快速发展三、美国网络生物安全的主要漏洞四、美国出现的典型安全漏洞1、恶意
基因组
工程
岛屿旅人
·
2024-01-03 06:50
网络安全
网络
安全
web安全
网络安全
人工智能
长染色体bam索引创建及变异检测
在变异检测的所有阶段,都需要对文件进行索引,不管是输入的
基因组
文件,还是输出的比对结果和变异结果文件。不同的软件处理会生成不同的索引,供后续不同的软件使用,但不可避免的会出现特殊情况。
xiaoji_hb
·
2024-01-03 00:47
String 常用的几种方法
length():求字符串的长度indexOf():求某个字符在字符串中的位置charAt():求一个字符串中某个位置的值equals():比较两个字符串是否相同replace():将字符串中的某些字符用别的
字符替换
掉
Harry小哥哥
·
2024-01-02 23:11
【SubPhaser-多倍体亚
基因组
分型流程解读】
写本篇文章,主要目的是从tmp文件和软件运行信息解读亚
基因组
分型分析。进入tmp文件夹之后,其实就可以看到对应的文件:如何查看什么步骤产生了怎么样的结果文件?
陈有朴
·
2024-01-02 22:28
2024合成生物学及发酵前沿技术与智能装备论坛暨答谢晚宴
合成生物被称为是继分子生物学革命、“人类
基因组
计划”之后的“第三次生物技术革命”,无论医疗、消费、食品、新材料、甚至农业、美妆领域合成生物学都有广泛的用途。
yule0206
·
2024-01-02 16:24
人工智能
大数据
生信数据库12-药物敏感性
基因组
学项目(GDSC)
小盐准备介绍那些小众又好用的生信数据库你想要的R语言学习资料都在这里,快来收藏关注【科研私家菜】**今天R小盐介绍的数据库是GenomicsofDrugSensitivityinCancer**01数据库介绍癌症相关药物敏感性
基因组
学
科研私家菜
·
2024-01-02 13:53
《Bioinformatics Data Skills》之实战:获取
基因组
基因间区域与内含子区域
今天我们通过2个实战来掌握函数gaps,setdiff与reduce在GenomicRanges中的使用:获取基因间区域;获取基因的内含子区域。Gaps函数了解首先了解一下提取基因间区域需要用到的gaps函数,此函数用于返回范围间的空白区域,之前在IRanges包中介绍过。但GRanges对象增加了strand信息,结果有所不同,通过一个简单的例子说明:首先创建一个GRanges对象gr2:>li
DataScience
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2024-01-02 10:10
【C Primer Plus第六版 学习笔记】 第十六章 C预处理器和C库
此处需要注意的是,编译器将用一个空格
字符替换
每一条注释,如int/*注释*/f
Jun-llj
·
2024-01-02 09:49
C语言
c语言
学习
笔记
GEOquery 下载 GEO 数据
前言NCBIGeneExpressionOmnibus(基因表达综合数据库,GEO)公开了很多高通量
基因组
学数据集。尽管名字很好听,但这个数据库并不是专门针对基因表达数据的。
名本无名
·
2024-01-02 01:39
全
基因组
测序揭示家族性乳腺癌病因的临床相关见解
PMID:31090900PMCID:PMC6637375DOI:10.1093/annonc/mdz132ANNALSOFONCOLOGYIF:32.976(2021年6月30日公布)摘要背景:全
基因组
测序
亦是旅人呐
·
2024-01-02 00:47
微卫星不稳定性与肿瘤的诊断和治疗
微卫星不稳定性与错配修复缺陷微卫星(microsatellite)又称简单重复序列,是存在于
基因组
中的一些小片段核苷酸的重复序列,重复单位一般由16个核苷酸组成,15-65个这些序列在
基因组
上重复分布就构成了一段微卫星微卫星序列
Seurat_Satija
·
2024-01-01 19:26
跟着NC学cfDNA全
基因组
片段化丰度谱分析
继续我们的跟着NC学系列,前面分享的是关于16S扩增子测序和宏
基因组
数据分析的。
zd200572
·
2024-01-01 19:54
机器学习
人工智能
深度学习
千人
基因组
计划基因分型数据下载
最近需要下载千人
基因组
计划中的中国人数据作为参考,于是学习了下几个下载方法。发现还是有几个小技巧值得分享的,就记录分享一下!
zd200572
·
2024-01-01 19:23
生物信息
千人基因组计划
Leetcode的AC指南 —— 字符串/卡码网:54. 替换数字
题目介绍:给定一个字符串s,它包含小写字母和数字字符,请编写一个函数,将字符串中的字母字符保持不变,而将每个数字
字符替换
为number。
知之_知之
·
2024-01-01 18:28
leetcode的AC指南
leetcode
算法
叶绿体
基因组
组装
getorganelle组装叶绿体
基因组
安装condainstall-cbiocondagetorganelle安装叶绿体
基因组
databasesget_organelle_config.py--addembplant_ptNCBI
就叫啵啵吧
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2024-01-01 16:17
2019.3-4月读书分享
《自私的基因》-【英】理查德·道金斯任何一个个体只不过是寿命不长的
基因组
合体的临时运载工具。我们是作为基因机器而被建造的,是作为觅母机器而被培养的,但我们具备足够的力量去反对我们的缔造者。
G小姐的自由世界
·
2024-01-01 16:00
基因组
survey——K-mer频谱
Kmer是从测序数据中滑窗提取出的长度为k的寡聚核苷酸序列,可以评估
基因组
大小、杂合度、重复序列比例等。
徐诗芬
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2024-01-01 16:52
Python进行批量
字符替换
的3种方法
一、问题的提出之前,我写过一篇如何在word中计算数学算式:如何用Python批量计算Word中的算式-CSDN博客为了计算算式,就需要对算式进行格式化,把不规则的算式转换成规则的算式,这时就会涉及到一些字符的批量替换。如我们把算式:1.3×14×2×[1+(76-50)/120]转换成下面的规则算式,这样才能让Python中的eval()函数进行计算。1.3*14*2*(1+(76-50)/12
PythonFun
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2024-01-01 16:04
基础操作
python
python
c#
开发语言
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