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Linux
linux+基因组字符替换
通过VCF文件制作定制化的参考
基因组
前言最近做的项目要对referencegenome基于突变进行一些modify,制作personalizedgenome或者说是psuedo-genome伪
基因组
。
dulunar
·
2024-01-20 01:58
大师学SwiftUI第6章 - 声明式用户界面 Part 3
这一视图会把用户输入的
字符替换
成点以及隐藏敏感信息,比如密码。SecureField(String,text:Binding):该初始化方法创建一个安全输入框。
Alan Hou
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2024-01-20 00:37
swiftui
ui
算法
input文本框只能输入数字
onkeyup事件会在键盘按键被松开时发生,onafterpaste是粘贴触发replace()方法用于在字符串中用一些
字符替换
另一些字符,或替换一个与正则表达式匹配的子串\D:类似[^0-9]非数字g
每天都进步一点点
·
2024-01-19 21:01
js
input-输入数字
bedtools intersect用法 (intersectBed)
bedtoolsintersect可以对两个
基因组
特征(genomicfeatures)进行overlap,找到两者重合的区域。
生信编程日常
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2024-01-19 17:20
基因组
拼接中常见的名词解释
readsrawdatacleandatascaffoldcontigcontig50scaffold50N50L50pseudomolecules:pseudomoleculesaresuperscaffoldspseudochromosomes
基因组
拼接中常见的名词解释
灵动的小猪
·
2024-01-19 07:25
《基因的名义》读书笔记
这本书比较适合我这类入行不久的人来看,里面介绍了很多
基因组
学方面的应用和相关原理,内容涉及
基因组
学的发展历程、基因学和测序技术的应用(寻祖,亲人鉴定,性状预测,癌症检测和用药,出生缺陷预防,消费级基因检测等等
TOP生物信息
·
2024-01-19 07:26
linux+
挂载xfs文件,CentOS系统创建和挂载XFS文件系统
XFS文件系统在很多方面确实做的比Ext4好,Ext4受限制于磁盘结构和兼容问题,可扩展性和scalability确实不如XFS,另外XFS经过很多年发展,各种限制锁的细化做的也比较好。由于Ext4单个分区超过16T,格式化时就会提示报错,索性就用XFS文件系统代替EXT4。[root@localhost/]#mkfs.ext4/dev/sdb1mke2fs1.41.12(17-May-2010)
老杨的诗和远方
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2024-01-19 05:33
linux+挂载xfs文件
linux+
挂载xfs文件,xfs文件系统:格式化以及挂载
引言情景:linux:3.14.56xfsprogs:3.2.0mkfs.xfs-f/dev/[sdx];mount/dev/[sdx];umount/dev/[sdx]如情景所示,来分析分析,mkfs.xfsmount以及umount操作都做了些什么事情。下述内容均为本人随意跟踪,看到那说到哪!仅作参考。MKFS.XFS本例格式化xfs文件系统,有关xfs文件系统就不介绍了。倒是首先要分析mkf
weixin_39943750
·
2024-01-19 05:33
linux+挂载xfs文件
PharmGKB数据库
最近在研发安全用药相关产品,查找了很多的数据库,PharmGKB是史上唯一一个收集最完整的与药物
基因组
相关的基因型和表型信息,并将这些信息系统地归类的数据库。
轻枫柳曳1208
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2024-01-19 03:20
代码随想录-Day54~58-动态规划|编辑距离-
你可以对一个单词进行如下三种操作:插入一个字符删除一个
字符替换
一个字符核心思路:还是一道经典的动态规划问题,需要明确的是dp数组含义以i-1字符为结尾的word1和以j-1结尾的字符word2替换成功所使用的最小操作数为
小元祖
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2024-01-18 21:42
动态规划
算法
纯生信分析套路 甲基转移酶相关因子的预后分析
本文主要是基于TCGA数据和中国胶质瘤
基因组
图谱RNA测序数据集,通过一
音十千寻
·
2024-01-18 13:04
谷子功能
基因组
学数据库
谷子功能
基因组
学数据库谷子(Setariaitalica)最早在8700多年前在我国北方由野生物种驯化而来,在全球的自然和农业生态系统中,它被作为人类食物和饲料。
天明豆豆
·
2024-01-18 12:02
非肿瘤组织中的
基因组
也会对癌症预后产生影响吗?
HCCsubtypesbasedontheactivitychangesofimmunologicandhallmarkgenesetsintumorandnontumortissues基于肿瘤和非肿瘤组织中免疫学和标志
基因组
的活性变化的
生信学霸
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2024-01-18 10:29
Microbiome揭示中国人群宿主遗传、肠道菌群与复杂疾病的关系
|本文转载自“宏
基因组
”公众号2020年10月,西湖大学、中山大学、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室等单位的研究团队在《Microbiome》发表题为“Theinterplaybetweenhostgeneticsandthegutmicrobiomerevealscommonanddistinctmicrobiomefeaturesforcomplexhumandiseases
尐尐呅
·
2024-01-18 09:20
文献翻译--ASpedia:人类选择性剪切的综合百科全书
摘要:选择性剪接通过增加表达的mRNAs的多样性赋予人类
基因组
复杂性。通过高通量数据集的差异选择性剪接分析,已经鉴定出数百或数千个剪接区域。然而,很难解释每个拼接事件的功能影响。
ECHO1216
·
2024-01-18 03:06
斯坦福大学机器学习中文笔记被公开,让无数自学党留下了感动泪水
是使计算机具有智能的根本途径,其应用遍及人工智能的各个领域,它主要使用归纳、综合而不是演译,所有内容均为全彩在过去的十年中,机器学习帮助我们自动驾驶汽车,有效的语音识别,有效的网络搜索,并极大地提高了人类
基因组
的认识
渔_7aec
·
2024-01-17 22:35
C语言学习:C语言编译流程
本质上两个操作系统下的编译过程都是一样的,都是经过预处理、编译、汇编和链接四个流程,如下图所示:Linux系统下:使用gcc编译器进行1、预处理catmain.i文件后发现进行预处理工作不会自动生成文件去掉了注释内容
字符替换
把带
与你的距离无穷小
·
2024-01-17 19:25
c语言
开发语言
后端
“特定基因”驱动人类大脑发育和衰老。
现在,来自184个不同机构的360多名科学家--包括联合国大学教堂山--第一次在全球范围内努力寻找200多个
基因组
区域和300多个特定的基因变异,这些
浙江云皓
·
2024-01-17 13:23
20240112-补 制作两个字符串字谜的最少步骤数
在一个步骤中,你可以选择t中的任意一个字符并用另一个
字符替换
它。返回将t变为s的变位所需的最少步数。字符串的"字谜"是指字符串中的相同字符具有不同(或相同)的排列顺序。
fuxxu
·
2024-01-17 10:32
算法
数据结构
leetcode
什么是CNV?
CNV(拷贝数变异)是
基因组
遗传学中的一个术语,指的是在个体的DNA序列中与参考
基因组
相比存在的基因或DNA片段的拷贝数增加或减少。这些变异可以涉及很小的DNA片段,也可能涉及数百个基因。
生信分析笔记
·
2024-01-17 08:55
后端
帕金森氏症是一种遗传性疾病吗?
事实上,根据国家人类
基因组
研究所的数据,大多数患有帕金森病的人并不知道有任何其他家庭成员患有这种
怕得金森
·
2024-01-17 03:37
如何从Hi-C数据中快速分析影响疾病的DNA结构?
Hi-C,一种衍生于染色体构象捕获技术(3C)的高通量技术,实现了全
基因组
范围内染色体片段间相互作用的捕获检测,可得到染色体三个层级的三维结构:A/Bcompartment、拓扑相关结构域(TAD)、染色质环
尐尐呅
·
2024-01-17 00:25
第一章 细胞和有机体的生物学和遗传学特性
1.1孟德尔建立了遗传学基本规律更高等的生命体的
基因组
又被称为二倍体等位基因:同一基因不同拷贝一个等位基因的支配地位不是由自身决定的,而是由与该基因其他等位基因的相互作用决定的。
白鸽坐飞机
·
2024-01-16 22:06
HDMAC-不会R语言也可以用Lasso筛选高维数据了
摘要高通量
基因组
技术的最新进展培育了对统计工具的日益增长的需求,以方便分子识别作为潜在的预后生物标志物或个性化精准医学的可药用靶标的鉴定。在这项研究中,研究人员开发了一个
医科研
·
2024-01-16 22:18
难治性结直肠癌的新疗法希望针对基因突变进行治疗
这是全面调查癌症相关基因变异,寻找适合患者的药物的“癌症
基因组
医疗”的成果,有望成为难治性大肠癌的新治疗方法。东部医院是一个癌症
基因组
医学的中心设施。
d691a545f139
·
2024-01-16 18:33
易基因:精子表观
基因组
异常与男性不育(DNA甲基化+组蛋白修饰+ncRNA)|新研究方向
越来越多的证据表明了精子表观
基因组
在胚胎发育早期调控中所起的作用,以至于研究人员将重点放在研究精子表观
基因组
的表观遗传机制上,以寻找男性不育的新分子标记。
易基因科技
·
2024-01-16 13:52
高分文献
文献科普
生物学
生物信息学
经验分享
数据挖掘
人工智能
易基因|全
基因组
DNA甲基化测序(WGBS)揭示衰老对肝再生的表观
基因组
调控机制
肝脏体积、血流量和代谢等肝脏生理参数,以及损伤后的再生能力在人类和模型系统中均在老年时表现出下降,其中涉及许多分子机制,包括DNA甲基化依赖性
基因组
重塑。
易基因科技
·
2024-01-16 13:52
精准医学
科普
文献科普
生物学
生物信息学
经验分享
数据挖掘
国自然热点|超级增强子“super”在哪?cell重磅发现:新型DNA调控元件——促进子
1981年,增强子首次被描述为猿猴病毒40(SV40)
基因组
中一个72bp的重复序列,可以使报告基因的异位表达增加约200倍。1983年,在哺乳动物的小鼠免疫球蛋白重链基因中发现了增强子。
爱基百客
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2024-01-16 12:42
学习
The Plant Journal | DAP-seq助力揭示乌龙茶树杂种优势形成的分子机制
期刊:ThePlantJournal影响因子:7.1发表日期:2022年10月11日单位:中国农业科学院深圳农业
基因组
研究所2022年10月11日中国农业科学院深圳农业
基因组
研究所合成生物学研究中心张兴坦研究员课题组在
爱基百客
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2024-01-16 12:11
DAP-seq
其他
经验分享
会议 | 宏
基因组
和生物信息学进行病原检测的进展和未来
文献信息文章:Currentprogressandfutureopportunitiesinapplicationsofbioinformaticsforbiodefenseandpathogendetection:reportfromtheWinterMid-AtlanticMicrobiomeMeet-up,CollegePark,MD,January10,2018杂志:Microbiome时
胡童远
·
2024-01-16 07:41
高性能计算环境大规模DNA测序数据集柱状工具HipMer的介绍,安装和使用方法
HipMer介绍HipMer是一个
基因组
组装软件,它特别为高性能计算环境设计,旨在处理大规模的DNA测序数据集。
小果运维
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2024-01-16 06:54
高性能
大型
组装
序列
HipMer
生物信息学及其研究方向与应用
在《生物信息学与基因功能组学》中,其作者将生物信息学定义为使用计算机数据库和计算机算法来分析蛋白质、基因和组成生命体的DNA的完整集合(
基因组
)的学科。美国国立卫生
AIzealot无
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2024-01-16 02:32
生物信息学
计算生物学
生物
生物信息学之序列比对
蛋白质和基因相关性分析可以通过基因比对来完成,当完成对多个物种的
基因组
测序后,一个重要的工作是找到特定物种内和物种之间的蛋白质或核酸在进化中的相关性。蛋白质序列比对和DNA的有何差异,如何选择呢?
AIzealot无
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2024-01-16 02:02
程序猿的基本素养
生物信息学
序列比对
同源序列
使用Diamond比对NR数据库获取物种注释
之前用Kraken2注释宏
基因组
的contig,发现只有30%左右可以被Kraken2注释Kraken2+Bracken:宏
基因组
物种注释-CSDN博客不信邪,再用NR库试试参考:将NR数据库diamond
CAAS_IFR_zp
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2024-01-15 22:56
数据库
FastANI:安装与使用
zipunzipfastANI-linux64-v1.34.zip(完整路径)/FastANI/fastANI-h#{ref_assembly_txt}和{quary_assembly_txt}是包含
基因组
路径的文件
CAAS_IFR_zp
·
2024-01-15 22:25
数据分析
生信步骤|kmc+genomescope进行
基因组
调查
在组装未知
基因组
时,往往需要利用重测序数据提前进行
基因组
调查,以获取其
基因组
规模,杂合率,重复序列比例,GC含量等信息。从而更好地拟定后继测序策略。
基因组
调查可以采用kmers方法。
学术程稻属
·
2024-01-15 20:04
生信步骤
linux
生信步骤|原核生物
基因组
注释--Prokka
全
基因组
注释是鉴定生物
基因组
特征的过程。Prokka是一个适用于原核生物
基因组
注释工具,可以注释细菌,古菌和病毒
基因组
。
学术程稻属
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2024-01-15 20:04
生信步骤
linux
生信步骤|转录组测序上游分析:hisat2+samtools+stringtie
转录组分析在当下研究功能
基因组
领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富,本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。
学术程稻属
·
2024-01-15 20:34
生信步骤
linux
181. 同构字符串
所有出现的字符都必须用另一个
字符替换
,同时保留字符的顺序。两个字符不能映射到同一个字符上,但字符可以映射自己本身。
vbuer
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2024-01-15 20:37
MTHFR突变相关的症状和饮食指南-非正式
我们每个人都有相同的
基因组
,不过每个人都会因
基因组
微小的变化而表现出差异,不仅会影响到外表或行为,还会影响到身体对外部因素的反应方式,特别是在食物和生活方式方面。
万健康品
·
2024-01-15 06:00
深度学习与药物发现在健康衰老中的应用
深度学习可以通过分析大量的
基因组
、表型和临床数据,揭示这些因素之间的相互作用关系,从而为抗衰老研究提供新的视角。其次,深度学习可以帮助科学家们更好地理解和预测疾病的进展和风险。通
道亦无名
·
2024-01-15 05:04
人工智能
深度学习
人工智能
这篇12分只有2张图的文章思路值得借鉴
作者对致命性前列腺癌的未治疗初级样本以及去势抵抗后的样本进行了
基因组
测序,分析了前列腺癌原发肿瘤活检中的基因改变,评估相同
科研菌
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2024-01-15 00:02
计算叶绿体
基因组
LSC/IR/SSC的GC含量
https://www.bilibili.com/video/BV1sA411x7xmhttps://www.bilibili.com/video/BV1GV411Y7ihimage.png输入文件就是叶绿体
基因组
的
小明的数据分析笔记本
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2024-01-14 23:48
2016《Cell Research》全
基因组
重测序研究狗的驯化起源
然而,我们依然可以从它们的
基因组
DNA中找到其驯化迁徙的痕迹,探究物种群体的命运和奋斗历程。在生物体的世代交替过程中,
基因组
DNA一代一代地传递下来,它保存了调控生物体生长发育的几乎所有信息。
iBioinformatics
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2024-01-14 21:26
组装细菌
基因组
1.首先上GenomeAnnouncements网站找一篇细菌
基因组
文章,找到文章记载的SRA号,这里随便找一篇,找到的SRA号为SRR9678926;2.用prefetch下载该文件;prefetchSRR9678926
Orphans_2333
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2024-01-14 19:19
同性恋基因已被找到,同性恋者不会再被误解了
英国《每日电讯报》报道,研究人员观察了1000多名同性恋男子的完整
基因组
,发现同性恋和异性恋男子在SLITRK5和SLITRK6两种基因上存在差异,而SLITRK6是一种促进大脑发育的重要基因,在包括下丘脑的大脑区域尤为活跃
茧破
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2024-01-14 10:58
胶质瘤文献1:脑干胶质瘤的整合
基因组
和表观
基因组
图谱
本文作者对一大组脑干胶质瘤(包括弥漫性固有脑桥胶质瘤)进行了综合研究,包括表观遗传学和
基因组
分
努力爱学习的JUN
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2024-01-14 04:02
【网络安全】【密码学】【北京航空航天大学】实验四、古典密码(上)【C语言实现】
置换密码重新排列明文中字符的顺序,不改变字符本身;代替密码不改变明文中的字符顺序,而是将
字符替换
成其他字符。置换密码通常主要包括列置换和周期置换2种,代替密码则主要包括单表代替密码和多表代替密
不是AI
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2024-01-13 14:06
密码学
C语言
算法
web安全
密码学
c语言
TCGA数据库与数据下载
RNAseq,miRNAseq,DNA甲基化,CNV,SNP等信息,是目前为止可以获得的公开数据库里面数据相对全面的一个,33种癌症类型,在各个领域得到了广泛的应用,为肿瘤基础医学和转化医学研究者提供了海量的
基因组
数据和与其关联的临床数据
吴小玥
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2024-01-13 10:00
2022-03-07
NatComm|胃癌4种分子亚型32基因特征的开发和验证原创图灵基因图灵基因收录于话题#前沿分子生物学机制佛罗里达州梅奥诊所癌症中心的科学家们表示,最近的一项研究正在验证使用
基因组
测序来预测胃癌患者从化疗或免疫治疗中获益的可能性
图灵基因
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2024-01-13 07:16
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