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Linux
linux+基因组字符替换
bismark 识别甲基化位点-比对篇
bismark软件根据序列的比对情况就可以识别甲基化位点,首先需要对
基因组
建立索引,建好索引之后,就可以开始比对了。
生信修炼手册
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2024-01-13 04:11
基因组
编码区的注释
一、注释策略进行注释的三种策略:从头注释(denovoprediction):通过已有的概率模型来预测基因结构,在预测剪切位点和UTR区准确性较低同源预测(homology-basedprediction):有一些基因蛋白在相近物种间的保守型搞,所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序列联配的方式确定外显子边界和剪切位点基于转录组预测(transcriptome-basedpredictio
loooop
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2024-01-13 03:18
基因组
与群体进化,解析物种进化历程-02
有性繁殖的物种在驯化过程中经历了数百至数千代的同源重组选择,并在
基因组
中留下了明显的特征。
百迈客生物
·
2024-01-12 17:58
全
基因组
关联分析(GWAS)protocol
全
基因组
关联分析(Genome-wideassociationstudy,GWAS)是应用
基因组
中数以百万级别的单核苷酸多样性(SingleNucleotidePloymorphism,SNP)作为分子遗传标记
只看不写_nathan
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2024-01-12 17:06
创业与人体-06 用表观遗传学重新认识进化
1.表观遗传学在2000年的时候六国的科学家合作完成了人类
基因组
测序,在这之后科学家们逐渐发现原来的基因遗传理论并不能很好人类遗传中出现的种种现象,于是沃丁顿的获得性遗传
零翼彼方
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2024-01-12 16:15
合成生物学之逆天改命:合成
基因组
如果
基因组
代表了你的所有遗传信息,那么一旦你的
基因组
发生改变,你的命运,甚至你的整个人都会发生彻底改变。逆天改命,听起来像某些周易大师做的事情。不过,我今天说得是,如何科学的逆天改命。
83844babf581
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2024-01-12 12:52
重复一篇文献的GWAS(二):用GEMMA跑GWAS
软件使用参考:使用GEMMA进行复杂性状全
基因组
关联分析(GWAS)https://www.jianshu.com/p/d31404620c9bgithubhttps://github.com/genetics-statistics
TOP生物信息
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2024-01-12 01:41
噬菌体
噬菌体的宿主预测:利用细菌的spacers和自己宏
基因组
测序得到的序列,细菌的spacers建立blast索引,然后使用blastn参数:blastn-short-e1e-5进行比对。
宏病毒组
·
2024-01-11 18:00
基因组
变异文件VCF格式详解
这期介绍一下
基因组
变异结果常见的文件格式VCF。
90066456ace6
·
2024-01-11 14:43
遗传算法总结(迭代版本2:附带MATLAB例题代码)
它是由一系列
基因组
成的,每个基因对应着解决方案的一个组成部分。基因(Gene):基因是染色体中的一个元素,它对应着解决方案的一个特定部分。基因可以是二进制、整数或实数等不同的
CTGU-Yoghurt
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2024-01-11 12:31
算法
【现代遗传学原理-基因和
基因组
学】
一、基本概念
基因组
学:研究
基因组
结构、功能及表达产物的学科,包括测序、
基因组
作图、
基因组
分析。蛋白质组学:研究各种
基因组
在细胞中全部蛋白质的组成、结构、功能及表达模式的学科。
HuangXinyue1017
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2024-01-11 01:46
生物信息学
如何从干血斑中提取高质量的
基因组
DNA?
操作步骤1.请自行准备:无水乙醇、1.5ml离心管。2.取出洗涤液A和洗涤液B,按以下操作:a)洗涤液A:7mL加入3mL无水乙醇;14mL加入6mL无水乙醇,混匀。b)洗涤液B:3mL加入7mL无水乙醇;6mL加入14mL无水乙醇,混匀。3.取1.5ml灭菌离心管1支,加入200μL裂解液和20μL消化液,振荡混匀,再加入3-6片直径6mm干血斑,300rpm振荡8-12分钟,至干血斑滤纸片变白
清风拂面vv
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2024-01-10 22:26
生物信息学软件:两种风格
基因组
浏览器:NCBI,UCSC,Ensembl。GUI软件:MEGA,Rstudio,BioMart,IGV。生物信息学领域非常依赖于互联网来获取序列
简说基因-专业生信合作伙伴
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2024-01-10 16:52
【OSG案例详细分析与讲解】之二:【着色文件转换为字符数组】
文章目录一、【着色文件转换为字符数组】前言二、【着色文件转换为字符数组】Shader转换三、【着色文件转换为字符数组】转换函数1.转换函数2.
字符替换
函数四、【着色文件转换为字符数组】示例1.GLSL2Cpp.cpp
翰墨之道
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2024-01-10 15:38
OSG案例详细分析与讲解
osg
osg案例
osg案例详讲
osg案例介绍
着色文件转换为字符数组
shader
HEK-293细胞培养特性及注意事项
早期报道中指出该细胞
基因组
中含有腺病毒5(Ad5)
基因组
的左侧端和右侧端的DNA,但是现在明确了只存在其左侧端的DNA。经过
cas9x细胞基因敲除
·
2024-01-10 10:25
Treehouse-一个10000+肿瘤sample的数据库
难道还是image.pngTreehouse儿童肿瘤研究是UCSC
基因组
学研究所的研究机构的一个研究目标,希望通过这些大规模的数据集来确定哪些药物可以更
医科研
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2024-01-10 07:02
重测序获取基因编辑植物T-DNA插入位点
早在本科学习比较
基因组
学期间就有意做一些知识分享,毕竟目前学得的七成生信知识是源自最早做知识分享的前辈们。计划一直夭折,一方面是自觉实力有限,怕误人子弟,一方面是有点空闲时间就想偷个懒。
CallumZhao
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2024-01-10 05:50
基因组
数据拼接软件:shovill简单的使用方法
shovill--R11_pair.fq.gz--R22_pair.fq.gz--outdirmydir--minlen200shovill:这是你要运行的软件。–R11_pair.fq.gz:指定包含第一对端读取的输入文件,格式为压缩的FASTQ文件(1_pair.fq.gz)。–R22_pair.fq.gz:指定包含第二对端读取的输入文件,格式为压缩的FASTQ文件(2_pair.fq.gz)
橄榄熊
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2024-01-10 03:39
shovill
如何快速查找物种间对应的同源基因
1.基于NCBIHomoloGene数据库查找物种间对应的同源基因NCBIHomoloGene数据库收集了部分已经完成
基因组
测序物种的同源基因数据。数据库现包含21个物种,共44233组同源基
JeremyL
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2024-01-09 19:29
基因家族分析(5):基因家族基因结构可视化
需要的原始文件是
基因组
注释gff3文件,我们想要的信息只有SBT家族基因长度,基因id,exon的长度,在基因上的起始和终止
逐鸿
·
2024-01-09 15:59
读《教学勇气》04
我说的自身认同是一种发展的联系,在这种联系中,自我生命中所有力量汇聚,这样形成神秘的自我:我的
基因组
成,赋予我生命的父母的性格,我成长的文化环境,支持过我的人,伤害过我的人;我对别人和对我自己做过的有益的或无益的事情
生活_遇见美好
·
2024-01-09 13:06
【泛
基因组
】进展学习(1)
随着越来越多的植物
基因组
的组装,人们发现一个单一的参考组装并不能反映一个物种的基因多样性,这导致了泛
基因组
概念的产生。
jjjscuedu
·
2024-01-09 10:50
2022-04-16
Science|完整人类
基因组
中的片段重复及其变异原创风不止步图灵基因2022-04-1610:15收录于话题#前沿分子生物学机制撰文:风不止步IF=47.728推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:文章比较了人类(
图灵基因
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2024-01-09 09:19
JavaScript中replace与replaceall方法
replace:replace()方法用于在字符串中用一些
字符替换
另一些字符,或替换一个与正则表达式匹配的子串。
雷欧奥特曼±
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2024-01-08 20:55
JavaScript
replaceAll
替代所有
replace
2022-12-06
重测序SNP分析------二代测序数据检测;SNPcalling;SNP过滤;遗传多样性分析;PCA分析;群体遗传结构分析;系统进化分析;QTL连锁不平衡分析;GWAS全
基因组
关联分析(关键基因挖掘)
王钦_ce33
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2024-01-08 16:01
circRNA测序及机制全面讨论
纪伟讲测序,每周一讲,讨论组学,包括
基因组
,转录组,蛋白组,代谢组等相关实验数据分析及分子机制挖掘思路。
纪伟讲测序
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2024-01-08 16:46
RNA_seq:将修剪后的序列比对到参考
基因组
比对参考
基因组
的2种软件:hisat2、subjunchisat2软件1、构建索引:官网下载:https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtmlhisat2
javen_spring
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2024-01-08 15:16
【文献分享】第一个水稻稻瘟病基因图谱绘制
写在前面这是第一篇系统讲述稻瘟病的文献,包括它的
基因组
、生活史、侵染变化以及对应植物的防卫反应,引用量高达到1030次,基本上发表和稻瘟病相关的文章都会引用这篇文献,就像做植物免疫的都会引用zig-zagmodel
巩翔宇Ibrahimovic
·
2024-01-08 06:44
SCI 文章中
基因组
的突变信号(maftools)
并做了相关的定义:细胞在成长过程中,
基因组
不断受到内源性和外源性DNA损伤的威胁,正是由于这些威胁,使得细胞
基因组
不断发生变化,并最终发生一些突变的积累。
90066456ace6
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2024-01-08 03:38
全
基因组
CNV分析3. 深入CNVkit分析管道
值得一提的是CNVkit设计的出发点是可以针对hybridization原理的NGS数据进行分析,把on-target和off-target区域分开来考虑。但是我们的目标是WGS数据,不存在什么off-target,所以分析主线就是一条直线(无视左上角的Targetregions和Anti-targetregions)。就和前文快速上手所介绍的流程一样,bam-cnn(Bincoverages)-
Jason数据分析生信教室
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2024-01-07 23:31
跟着Briefings in Bioinformatics学数据分析:植物线粒体
基因组
组装流程GSAT初步尝试
论文Mastergraph:anessentialintegratedassemblymodelfortheplantmitogenomebasedonagraph-basedframeworkhttps://academic.oup.com/bib/article-abstract/24/1/bbac522/6854450?redirectedFrom=fulltext&login=falseb
小明的数据分析笔记本
·
2024-01-07 22:52
利用
基因组
信息改善牲畜 -综述(2019)
这边综述从家畜物种(即牛、绵羊、山羊、猪、家禽和鲑鱼)的可用
基因组
资源的状况,以及如何使用这些资源来加速缺陷致病基因的发现和管理,以提高准确性并扩展GS的范围,确定
基因组
编辑策略的方向,并开发利用日益广泛可用的
基因组
信息的新应用
Hello育种
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2024-01-07 20:56
【动植物研究动态】20220918文献解读
s/5NPyf7CQvvu0tRmjxye5LwInternationalJournalofMolecularSciences(IF=6.208)|中科院植物研究所孙小芹:“常香粳1813“染色体水平
基因组
揭示香粳和非香粳稻间的
基因组
变异
iBioinformatics
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2024-01-07 19:25
微生物
基因组
产品常见问题解答
“…………今天我们就大家提出的微生物
基因组
问题做十问十答,解决你的燃眉之急。Q1:GC-depth图是怎么做出来的?有什么意义?
ee00dc6faab7
·
2024-01-07 14:41
真核微生物
基因组
质量评估工具EukCC的安装和详细使用方法
介绍:GitHub-EBI-Metagenomics/EukCC:Tooltoestimategenomequalityofmicrobialeukaryotes安装:docker:dockerpullmicrobiomeinformatics/eukcc推荐conda环境:condainstall-cconda-forge-cbioconda"eukcc>=2"#mamba更快mambainst
小果运维
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2024-01-07 12:18
生信分析-bioinfo
EukCC
评估
真核微生物
序列
Megahit, metaSPAdes, metabat2, GTDB-tk, checkM
参考https://zhuanlan.zhihu.com/p/470457258、德布鲁因图和OLC组装
基因组
-简书(jianshu.com)、[算法学习1]
基因组
组装算法DeBruijnGraph-知乎
苦中作乐613
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2024-01-07 12:48
其他
一文详解宏
基因组
组装工具Megahit安装及应用
要点Megahit简介Megahit的基本组装原理Megahit的安装和使用Megahit实战hello,大家好,今天为大家带来关于宏
基因组
组装工具Megahit的超详细安装及应用教程。
JaneMarple️
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2024-01-07 12:47
生物医疗健康数据分析
生物信息学
数据分析
数据挖掘
linux
linux+
基因组
字符替换
,IDBA-UD组装
基因组
简单用法
之前组装
基因组
一直用另外一个软件:SPAdes,组装效果还不错,但是IDBA的大名早就听说过,所以趁着这次刚那个两个菌的数据,分别用这两个软件组装一下,对比一下效果,在SPAdes的网站上面看到过几个组装软件的对比图
changlei chen
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2024-01-07 12:17
linux+基因组字符替换
宏
基因组
组装神器-MEGAHIT使用及常见问题
文章目录简介安装和使用常见报错和解决方法输出结果对内存需求样本实际组装时间参考简介宏
基因组
测序获得海量短片段测序数据,这些数据混合着环境中各种各样的微生物
基因组
序列,如何恢复出这些微生物
基因组
序列,
基因组
组装成为至关重要的一步
Neptuneyut
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2024-01-07 12:15
Bioinformatics
linux
运维
服务器
纯二代测序从头组装
基因组
(基础版)
基因组
组装
基因组
组装一般分为三个层次,contig,scaffold和chromosomes.contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。
wangchuang2017
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2024-01-07 12:15
宏
基因组
:MEGAHIT组装拼接及quast评估
Megahit组装软件很多下面介绍三款组装软件:MEGAHIT下载地址https://github.com/voutcn/megahitgitclonehttps://github.com/voutcn/megahit.gitcdmegahitmake其他两款组装软件下载地址SOAPdenovo下载地址http://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/file
狗蛋儿张
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2024-01-07 12:15
宏基因组
组装软件
宏基因组
组装评估
megahit
soapdenovo
iMeta | 青岛华大范广益组基于共标签测序数据的高质量宏
基因组
组装工具MetaTrass...
点击蓝字关注我们MetaTrass:基于共标签测序数据的人类肠道微生物高质量宏
基因组
组装工具https://doi.org/10.1002/imt2.46RESEARCHARTICLE●2022年8月15
生信宝典
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2024-01-07 12:45
大数据
编程语言
python
机器学习
人工智能
Vamb宏
基因组
分箱:安装与使用
mkdir~/Software/VambcdVambgitclonehttps://github.com/RasmussenLab/vamb-bmastercdvambpipinstall-e.vamb-hGitHub-RasmussenLab/vamb:Variationalautoencoderformetagenomicbinning使用参考上述官方文档
CAAS_IFR_zp
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2024-01-07 12:15
数据分析
链读测序技术在宏
基因组
组装研究中的应用
链读测序(Linked-readsequencing)通过将相同的barcode与长DNA片段(10-100kb)的序列连接在一起,能够消除其中的一些错读,从而改进宏
基因组
组装。
谷禾牛博
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2024-01-07 12:44
原创||宏
基因组
干货分享专题———组装
拿到宏
基因组
序列之后,首先要进行质控分析,这步的主要目的是去掉接头和低质量序列。质控结束之后,拿到了干净的数据。就要对基因序列进行组装,组装是一个繁琐且耗时久的一个过程。
bioDeep
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2024-01-07 12:44
宏基因组
大数据
宏
基因组
序列无参考
基因组
装工具idba-ud的介绍及详细使用方法
介绍idba-ud工具是一种用于组装无参考
基因组
的工具,它可以将高通量测序数据转化为
基因组
序列。它是idba工具的升级版本,专门用于组装多样性的无参考
基因组
。
小果运维
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2024-01-07 12:14
生信分析-bioinfo
idba_ud
基因组装
gene
assembly
metaSPAdes,megahit,IDBA-UB:宏
基因组
装软件安装与使用
metaSPAdes,megahit,IDBA-UB是目前比较主流的宏
基因组
组装软件metaSPAdes安装GitHub-ablab/spades:SPAdesGenomeAssembler#3.15.5
CAAS_IFR_zp
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2024-01-07 12:43
数据分析
Guideseq分析流程
Guideseq是一种检测体内基因编辑脱靶的测序方法,基本原理是CRISPR系统剪切
基因组
后,在进行
基因组
修复时可能会将一段设计好的双链DNA,即tag,插入到
基因组
中,通过tag设计引物可将
基因组
断裂位点两侧的序列扩增出来建库
WuYankang
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2024-01-07 10:44
利用aTRAM定向组装目标序列
在系统发育中,我们往往只需要目标基因来进行系统发育重建,一些数据量大的
基因组
组装起来非常耗时耗资源,可以使用定向组装的方法来组装我们需要基因。
惊鸿影
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2024-01-07 07:19
2022-07-17
发表于江苏收录于合集#前沿生物大数据分析撰文:huacishuIF=68.164推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:1、作者开发了VASA-seq程序,这是一种能够对单细胞的全长转录组进行测序的新技术,其在可扩展性、敏感性、
基因组
覆盖率检测方面具有明显的优势
图灵基因
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2024-01-07 07:25
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