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linux+基因组字符替换
js(javascript)中关于查找与替换常用的实用方法
中关于查找与替换常用的实用方法判断有无判断某字符串内是否含有某个字符或者字符串判断某数组内是否含有某个字符串查找通过某值查找某值在数组对象中寻找某个item的value等于某值的item替换替换某个字符串中的某些字符为其他
字符替换
某个数组对象中的某些键名为指定的键名判断有无判断某字符串内是否含有某个字符或
我是李大福
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2024-01-01 11:48
js工具函数
javascript
前端
开发语言
获取染色体上指定位置的序列
其他物种的话,也很简单,下载一个参考
基因组
,写脚本就能解决。
TOP生物信息
·
2024-01-01 05:12
【
基因组
预测】braker2基因结构注释要点记录
流程使用braker2有很多流程,根据你的数据:组装的
基因组
、转录组、蛋白(同源,包括近缘或远缘)选择不同流程,官网有说明:https://github.com/Gaius-Augustus/BRAKER
生物信息与育种
·
2024-01-01 01:00
外泌体多组学14-血浆外泌体不同建库试剂盒和比对方法和稳定性测试
我们使用血浆RNA评估了六种长RNA测序方法在两个不同位点的性能,并报告了它们在
基因组
/转录组的reads(%)、检测到的基因数量、长RNA转录本多样性和可重复性方面的差异。使用最佳的方法
_十三
·
2023-12-31 20:13
宏定义#define和常量const
有两种简单的定义常量的方式:1使用#define预处理器#defineLENGTH10;2使用const关键字constintLENGTH=10;宏定义#define和常量const的区别1类型和安全检查不同宏定义是
字符替换
o言笑晏晏o
·
2023-12-31 19:44
本周最新文献速递2021-03-28
Assessingtheroleofgenome-wideDNAmethylationbetweensmokingandriskoflungcancerusingrepeatedmeasurements:theHUNTstudy不想看英文题目:通过重复测量评估全
基因组
橙子牛奶糖
·
2023-12-31 18:49
测序深度和测序覆盖度,怎么估算?
下面就给大家解释下这两个概念:(图片来源于知乎余功旺)测序深度(depths)测序深度(depths)指测序得到的总碱基数与待测
基因组
大小的比值,简单的说就是测序的数据量大小比上参考
基因组
/转录组的大小
朱渠成
·
2023-12-31 17:09
DNA 9. 揭秘肿瘤异质性与TMB, MSI之间的相关性
基于
基因组
变异数据生信分析教程并配有视频在线教程,目前整理出来的教程目录如下:DNA1.GermlineMutationVs.SomaticMutation傻傻分不清楚DNA2.SCI文章中
基因组
变异分析神器之
90066456ace6
·
2023-12-31 15:00
【阅读记录】20190723-Gibson assembly
GibsonAssembly这个方法是在一个反应体系里面,一步合成多个片段的
基因组
装技术。
琐云
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2023-12-31 15:33
Rosalind 025 Introduction to Random Strings
背景知识:我们知道
基因组
不仅仅是A、T、C和G的随机集合,而且整个
基因组
中存在大量不同的基序,其中一些基序在许多不同物种中是相似的。
Kyookk
·
2023-12-31 10:27
生物信息
算法
癌症
基因组
重测序第一讲
一、基本组学结构A,T,C,G所构成的人类
基因组
信息可经过修饰,由一套DNA遗传
基因组
延伸至带有甲基化、乙酰化等修饰的表观遗传组,同时
基因组
也可以按照中心法则衍生出RNA和protein,即分别为转录组和蛋白组
不想透明的小透明
·
2023-12-31 08:25
From 16S rDNA测序 To 宏
基因组
学研究—应用的策略和主要流程
良好结果的前提)4.测序平台的选择5.数据的存储、分析、发布——————————————————————————————————1.实验设计和研究目的定制策略1.1一切始于实验设计在某些方面实验设计需要谨慎:宏
基因组
研究中使用方法特点不同
JarySun
·
2023-12-31 05:19
R-loop及两种测序技术的介绍
R-loop广泛存在于细菌、真菌、植物与动物的
基因组
中,在基因转录、DNA复制、表观遗传修饰以及DNA损伤修复等过程中都具有重要作用,并与许多重大疾病的发生和发展密切相关,是近年来分子生物学的一个新研究热点
许我少年
·
2023-12-31 02:15
2019-10-14-周末班-表观调控(续)
昨天上完课没有整理完,今天继续9.之前用的参考
基因组
不是文章中所用的需要进一步优化进行
基因组
的坐标转换,这一步真的有点难,转换的方式比较多可以参考生信菜鸟团的博文https://cloud.tencent.com
程凉皮儿
·
2023-12-30 21:45
点成分享丨冷冻保存技术对生物样本库的重要性
生物样本库有组织库、器官库、细胞株(系)库以及各种人种和疾病的
基因组
库等多种类型,库中储存的生物样本可以用于了解疾病的遗传基础、药物开发和生物标志物发现等研究。
点成生物科技
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2023-12-30 19:17
生物科技
生物科学
生物样本冻存
既想学生物学,又想学计算机?——生物信息学了解一下
在这里,您将学习到3大板块的课程内容——生命科学、信息技术及生物信息学,让您轻松玩转职场,把同龄人按在地上使劲摩擦,
基因组
、转录组、蛋白组、代谢组等等各种复杂数据可以
Yolanda_44ad
·
2023-12-30 09:59
Luna Nanotech—核酸提取纯化试剂
公司基于快速高效的二氧化硅吸附柱和二氧化硅涂层磁珠提取技术,研发出完整的核酸纯化试剂盒产品线,简化并大大加快了核酸纯化过程,为从细菌、酵母、动物细胞、组织、生理体液、琼脂糖凝胶和酶促反应中提取和纯化质粒以及
基因组
Neobioscience
·
2023-12-30 08:31
知识图谱
深度优先
大数据
微生物群落多样性测序与功能分析
对微生物群落进行测序包括两类,一类是通过16srDNA,18srDNA,ITS区域进行扩增测序分析微生物的群体构成和多样性;还有一类是宏
基因组
测序,是不经过分离
Seurat_Satija
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2023-12-30 05:53
基因组
与群体进化,解析物种进化历程-01
技术介绍动植物特定群体的个体
基因组
之间往往会存在大量变异,如单核甘酸变异(SNP)、插入缺失变异(InDel)、结构变异(SV)等。
百迈客生物
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2023-12-30 04:06
Python 脚本之统计
基因组
文件中染色体长度及N碱基数目
模块介绍re模块re模块是Python中的正则表达式调用模块,在python中,通过将正则表达式内嵌集成re模块,程序员们可以直接调用来实现正则匹配。正则表达式是对字符串操作的一种逻辑公式,就是用事先定义好的一些特定字符、及这些特定字符的组合,组成一个“规则字符串”,这个“规则字符串”用来表达对字符串的一种过滤逻辑。正则表达式的大致匹配过程是:依次拿出表达式和文本中的字符比较,如果每一个字符都能匹
中午打个盹
·
2023-12-30 04:48
[文献分享]稻瘟病中的几丁质酶参与水稻免疫
paperAMagnaportheChitinaseInteractswithaRiceJacalin-RelatedLectintoPromoteHostColonizationAbstract水稻稻瘟病的
基因组
编码
巩翔宇Ibrahimovic
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2023-12-30 02:30
最少6小时,你达标了吗?
来自:网络该项研究由西班牙马德里国家心血管研究中心的首席研究员、波士顿塔夫茨大学吉恩梅耶乌斯达人类衰老营养研究中心的营养和
基因组
学主任JoseOrdovas领导的团队完成。
zhaiyz
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2023-12-30 02:07
2020.9.15丨Chip-seq结果可视化之peak检测(上)
macs2callpeak-tK1_ChIPed_S1_L007_R1.bam-cK1_Input_S5_L007_R1.bam-fBAM-gmm-nK1-B-q0.01-t-c实验组和对照组结果-f输入文件格式-g参考
基因组
有效大小
穆易青
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2023-12-29 19:43
生物信息
R语言
Chip-seq
ChIP-seq 数据分析
1ChIP-Seq技术1.1概念1.2ChIP-seq技术原理2ChIP-Seq数据分析2.1数据下载2.2质量控制(data_assess)2.3比对到参考
基因组
(mapping_analysis)2.4
fengzhibifang
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2023-12-29 19:13
ChIP-seq笔记
文章目录ChIP-seq学习1数据下载1.1数据主要分为三个部分1.2从NCBI上下载数据2质量控制2.1软件安装2.2转化数据格式sra-----fastq2.3下载小鼠参考
基因组
的index2.4质量检测
sunyu_03
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2023-12-29 19:43
ChIP-seq学习笔记
ChIP-seq 数据分析1 ChIP-Seq技术2 ChIP-Seq数据分析
1ChIP-Seq技术1.1概念1.2ChIP-seq技术原理2ChIP-Seq数据分析2.1数据下载2.2质量控制(data_assess)2.3比对到参考
基因组
(mapping_analysis)2.4
wx1871428
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2023-12-29 19:43
数据分析
数据原理——1、ChIP-seq
文章目录1、背景介绍2、测序对象:三种类型组蛋白(组蛋白、转录因子、转录调控子)3、测序原理4、检测蛋白质与DNA序列的结合峰(1)测序片段匹配到参考
基因组
(2)检测峰(2)提高峰质量5、影响ChIPseq
很酷的女超人
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2023-12-29 19:12
数据原理
CHIP-Seq数据分析流程
文章目录CHIP-Seq数据分析流程相关软件安装数据下载将SRA转化为fastq文件数据质控,过滤数据质控然后进行质控,过滤低质量reads,去接头比对下载小鼠参考
基因组
的索引和注释文件比对sam文件转
美丽的lemon
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2023-12-29 19:41
生信学习
数据分析
linux
生物信息学
易基因|ChIP-seq分析方法:实用的工作流程和高级应用
以下为原文总结分享:一、介绍(Introduction)染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)是表观
基因组
学研究中的一种主要方法。全
基因组
的组蛋白修饰分析(如增强子分析和全
易基因科技
·
2023-12-29 19:40
技术解读
生物信息学
生物学
经验分享
BED 文件格式 chip-seq m6a数据可视化会用到
bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/general-usage.htmlBED格式(BrowserExtensibleDataformat)是一种在生物信息学中广泛使用的文本文件格式,用于描述
基因组
上的特征和区域
生信小博士
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2023-12-29 19:10
信息可视化
【
基因组
组装】HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错?
1.常用HiC挂载软件ALLHiC张兴坦老师专为多倍体和高杂合度物种
基因组
挂载开发。如果是复杂
基因组
,肯定是首选。对于简单
基因组
,我跑了下,结果不佳。
生物信息与育种
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2023-12-29 08:42
第二章 癌症的本质
在多细胞生物中,绝大多数的细胞内都含有完整的生物体
基因组
,其所包含的信息量大大超过了任何一个细胞本身的存活所需。
白鸽坐飞机
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2023-12-29 05:05
[BUG]Datax写入数据到psql报不能序列化特殊字符
org.postgresql.util.PSQLException:ERROR:invalidbytesequenceforencoding"UTF8":0x002.原因分析此为psql独有的错误,不能对特殊字符’/u0000’,进行序列化,需要将此特殊
字符替换
掉
tuoluzhe8521
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2023-12-29 00:30
数据同步
bug
psql
datax
postgresql
【文献速度】综述-空间组学分析:平台、应用及分析工具
基因组
测序、蛋白质组学等分子图谱技术已经改变了生物医学研究,但这些技术大多需要组织分离,导致组织形态和空间信息的丢失。
六博说
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2023-12-28 14:50
物质与意识的连接 二
但人类
基因组
研究发现,颠覆了这一概念。科学上普遍认
时光波
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2023-12-28 14:45
人工智能的积极意义
通过分析大量的医学图像、病例数据和
基因组
数据,人工智能
人工智能卡贝
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2023-12-28 11:47
人工智能
集成学习
机器学习
深度学习
自动驾驶
文献阅读1
我们认为,TEs的固有遗传特性及其与宿主的相互冲突的关系促进了其在不同
基因组
中调节功能的补充。我
黑森林深处的小星星
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2023-12-28 11:43
NCBI线下blastn-short比对
ncbi的BLAST比我想象中的要强大,用普通blastn貌似不能将basepire数小于50的序列比对到
基因组
。像我,想将一些15bp的序列比对到
基因组
上做统计。
嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀
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2023-12-28 03:33
NGS010 测序数据质控
Depth:测序深度Mappingratio:比对率,有两种计算方式,及reads/baseGCbias:GC含量分布,正常人
基因组
GC含量约为40%-60%Insertsize:插入片段大小
caoqiansheng
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2023-12-28 02:24
SCAU课堂 | 「比较
基因组
分析」专用 Docker 镜像
具体覆盖了比较
基因组
分析的大部分内容。基因家族聚类和物种树获取物种分歧时间基因家族扩展与收缩分析WGD分析(基于Ks
生信石头
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2023-12-28 01:32
高通量测序的数据处理与分析指北(二)--宏
基因组
3
博客原文宏
基因组
宿主去污染在上一篇文章中,详细的介绍了宏
基因组
如何下载以及如何使用fastp进行质控,本篇文章主要聚焦于如何对宿主污染进行去除。
lantary
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2023-12-27 23:49
mybatis在XML中小于号转义字符
在mybatis在编写sql时不能在XML里直接使用‘’在这里需要使用转义
字符替换
下面列举常用的xml转义对应:1、<大于号3、&&和4、''单引号5、""双引号6、&
青年vs阳光
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2023-12-27 22:16
工作总结
转基因泛滥会使人体内出现有害基因吗?(崔永元真的是对的吗?)
@:凉天佳月文章表示,一家英国科学期刊“雪莱遗传学通讯”发表的论文称“在对中国平民阶层进行
基因组
学研究时发现了在转基因作物中用来促进生长的
凉天佳月
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2023-12-27 20:00
HaploMerger2: 从高杂合二倍体
基因组
组装中重建单倍型
本文只是按照自己的需求翻译了HaploMerger2提供的手册部分内容。HaploMerger2的帮助文档写的非常好,一定要花点时间去读啊!HaploMerger2的分析流程如下重建单倍体组装中的等位基因关系检测并纠正二倍体组装中的错连(mis-join)重建2个单倍型组装进一步对单倍型组装进行桥接检测并移除串联错配补洞图片流程:HaploMerger2的流程图对于如何使用HaploMerger2
xuzhougeng
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2023-12-27 17:46
听达尔文有感
进化论是一个一直在发展的科学理论,从达尔文、华莱士、赫胥黎、赖尔、约瑟夫•胡克那个时代开始,后来又经历了动物学、植物学的研究,细胞的研究,遗传现象的发现,DNA分子生物学的发现,
基因组
、微生物组的研究,
沧海止水
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2023-12-27 10:50
【SystemVerilog】SV 数据操作及数制转换(atohex)
putc()taskputc(inti,strings)taskputc(inti,bytec)str.putc(i,c)将str中的第i个
字符替换
成指定的integral值
小邦是名小ICer
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2023-12-27 07:56
SV
开发语言
2021-12-28
Science|泛
基因组
分析优化结构变异识别原创图灵基因图灵基因2021-12-2807:03收录于话题#前沿生物大数据分析Giraffe,由加州大学(UC)SantaCruz分校
基因组
学研究所的科学家开发的一种新的制图算法
图灵基因
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2023-12-27 04:32
LeetCodeDay13----同构字符串
所有出现的字符都必须用另一个
字符替换
,同时保留字符的顺序。两个字符不能映射到同一个字符上,但字符可以映射自己本身。示例1:输入:s="egg",t="add"。
墨殇染泪
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2023-12-26 18:11
ChIP实验原理精讲
真核生物的
基因组
DNA以染色质的形式存在。CHIP不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用,还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的
斗战胜佛oh
·
2023-12-26 13:03
Pilon |
基因组
纠错
本次介绍使用Pilon通过引入二代测序数据来对三代
基因组
进行纠错。
生信百宝箱
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2023-12-26 09:11
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