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Linux
linux+基因组字符替换
NC发布迄今最大规模猪肠道微生物基因集!
因此,迫切需要完整的微生物基因集和参考
基因组
序列信息来研究肠道微生物组与猪重要经济性状和疾病的因果关系。近日,江西农业大学科研团队在国际顶级学术期刊NatureCommunications发表大规模
尐尐呅
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2024-02-06 09:45
基因组
学(课程笔记)-- 基因型与表型关联分析
遗传学中具体使用的基因型往往是指某一性状的基因型表型(Phenotype):具有特定基因型的个体,在一定环境条件下,所表现出来的性状特征(形态、结构、生理、生化、行为等)或疾病状态表型=基因型+环境GWAS基本概念全
基因组
关联分析
懒猪曼达
·
2024-02-06 08:30
Paper_7: Natural killer/T cell淋巴瘤的
基因组
、转录组特征
HighlightsIntegratedanalysisprovidesinsightintothemolecularclassificationinNKTCLEBVlyticgenesplayanimportantroleonNKTCLpathogenesisGenomicalteration-basedmolecularsubtypesassociatewithclinicaloutcomes
TOP生物信息
·
2024-02-05 23:47
利用Geneious对叶绿体
基因组
进行注释及查看
使用软件:Geneious目的:对组装好的叶绿体
基因组
进行注释,注释好后进行查看,无误后绘制圈图【注释部分】1.首先从NCBI上下载一段与要注释的物种(目标序列)同源的物种的叶绿体
基因组
序列(参考序列)
恭弥家的凤梨君
·
2024-02-05 15:15
2.QTL定位:Rqtl —— Two-QTL scans
有些位点之间可能存在连锁,即加性效应或上位性效应,本篇文章将介绍如何通过二维双QTL
基因组
扫描,对复杂数量性状多位点之间的QTL连锁或相互作用进行分析。
Wei_Sun
·
2024-02-05 14:53
2021-10-19
这种基于“功能精准医学”方法的诊断测试可以将患者与最有效的可用疗法相匹配,对缺乏
基因组
生物标志物的癌症和药物特别有帮助。“功能精准医学背后的理念是,对于癌症,你可以在给患者用
图灵基因
·
2024-02-05 09:32
修改bam文件的染色体信息
背景在运行wes的数据流程的时候,生成marked.bam文件之后的染色体是12这样的,但是下载的gatk的人的
基因组
的fa文件的染色体是chr1chr2这样的信息,所以进行后续的recal和bqsr的时候会报错
jiarf
·
2024-02-05 09:11
一文读懂环状RNA
与病毒不同的是,类病毒没有蛋白质外壳包被,
基因组
是单链、闭合、RNA分子。1979年洛克菲勒大学的Hs
Seurat_Satija
·
2024-02-05 09:01
比对软件索引构建与效率比较
最近接触下组学的rawdata分析,慢慢学咯~下载参考
基因组
【直播】我的
基因组
(五):测试数据及参考
基因组
的准备比对原创10000+生信教程大神给你的RNA实战视频演练比对效率5款流行比对工具大比拼
王诗翔
·
2024-02-05 08:18
2022-01-19
医学上还存在着一种还原论的观点,这在“人类
基因组
计划”中得到了充分的体现。它的前提假设是:理解
基因组
的变异能够告知每个人患病和治疗的风险。
冬之物语
·
2024-02-05 02:23
2021-10-14
这些研究揭示了神经胶质瘤异质性和细胞可塑性的表观
基因组
基础,提供了对细胞进行状态转换和应对环境或治疗压力的机制的深入了解
图灵基因
·
2024-02-05 01:12
2023-04-07
•软件:GATK•文件准备:
基因组
文件:genome.fasta比对结果文件:S1.sort.markdup.bam•参考脚本:第一步:创建tmp目录创建临时文件目录$mkdi
小谷头
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2024-02-05 00:49
每日paper - 20211111 - 哺乳动物基因表达调控的全局定量分析
虽然基因表达是生命最为基础的过程之一,但是整体的级联过程还从未在
基因组
层面被定量研究过(当时,2011年)。研究者们通过对哺乳动物细胞的超过5
阿芃
·
2024-02-04 21:49
小麦
基因组
测序研究进展
3/15本期作者:大胖丫最近几年,麦类作物
基因组
学发展迅速,物理图谱的相继完成将大大加速麦类作物遗传学、比较
基因组
学以及进化等方面的研究,同时也将大大加速重要农艺性状基因的分离和鉴定。
Neal_Bio
·
2024-02-04 20:11
探秘海洋生物,来看看海洋生物公开
基因组
数据集吧!
近日,由青岛华大基因研究院规划的海洋生物公开
基因组
数据集(PublicMarineGenomeResources,PMGR)系列在国家基因库生命大数据平台(CNGBdb)正式上线。
尐尐呅
·
2024-02-04 18:57
Jellyfish进行Kmer评估
基因组
大小
我们对一个新物种进行
基因组
denovo测序时,一般需要先对该物种进行
基因组
survey,估计
基因组
大小、杂合率、重复序列比例、GC含量和倍性等信息,这些结果会直接影响我们后续测序的数据量及估计组装难度。
吕强强学生信
·
2024-02-04 18:45
使用3D-DNA流程,结果不升反降怎么破?
之前我写过一篇利用3D-DNA流程基于Hi-C提升
基因组
组装,那个时候我做的项目并不多,也没有遇到坑,直到最近我用3D-DNA流程进行
基因组
组装,发现结果出乎意料Fig1在上图中,蓝色框表示组装出来的scaffold
xuzhougeng
·
2024-02-04 12:26
GWAS:网页版的基因型填充(genotype imputation)
在全
基因组
关联分析中,处理芯片数据时,必须走的一个流程就是基因型数据填充(imputation)。当然,如果你拿到的是全测序的数据,请忽略这一步。下面直奔主题,怎么在网页版进行基因型填充。
橙子牛奶糖
·
2024-02-04 10:33
BioTech - 小分子药物设计与优化 概述
小分子药物设计与优化的过程包括以下步骤:靶点识别和验证:通过分子生物学、结构生物学、
基因组
学等方
SpikeKing
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2024-02-03 22:12
AI
for
Biotech
BioTech
药物设计
药物优化
亲和力
分子对接
虚拟筛选
药效团
如何用
基因组
绘制代谢通路?
只有
基因组
,想画一个代谢图,折腾了好几天,最后发现仔细看官网文档是最快的,网页搜到的很少有详细讲解的,大多都是只讲一个部分,所以老老实实看官网是最快的。
python明
·
2024-02-03 22:50
随笔49-url的编码与解码
返回值:URIstring的副本,其中的十六进制转义序列将被它们表示的
字符替换
。实例:代码如下:vart
是青水啊
·
2024-02-03 19:26
200826 Circ之旅3-构建人类
基因组
索引
注:后面可能还会构建鼠源的x参考:RNA-seq(5):序列比对:Hisat2人类
基因组
hg19、hg38构建bwa索引生物信息学习——bowtie2使用手册bwabowtie2salmonsubreadhisat2
dicklim
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2024-02-03 15:13
细胞器
基因组
(叶绿体、线粒体)组装神器GetOrganelle介绍
GetOrganelle是中国科学院昆明植物研究所金建军和郁文彬两位老师共同开发的质体组装软件,论文发表在GenomeBiology,十分简单易用,对没有计算机基础的使用者十分友好。1、安装软件可以直接使用conda进行安装condacreate-nchloroplast#创建一个虚拟环境condainstall-nchloroplastgetorganelle#将getorganelle安装在虚
惊鸿影
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2024-02-03 12:12
scATAC文献:人类大脑皮质单细胞水平染色质和基因调控的动态发育图谱---方法
Chromatinandgene-regulatorydynamicsofthedevelopinghumancerebralcortexatsingle-cellresolutionsingularvalue:一scATACprocessing使用“cellrangeratacmkfastq”(10x
基因组
学
科研菜鸟
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2024-02-03 05:20
一、二、三、四代测序技术原理详解
测序技术是
基因组
学的核心技术,上期的推送【LAI:
基因组
组装质量评估新标准】简单介绍了测序技术的发展进程。其实,测序技术的发展主要基于两个非常具有里程碑意义的理念:“生命是序列的”和“生命是数据的”。
生信空间
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2024-02-02 22:24
【R语言】如何利用SNP的rs号提取坐标信息
前面给大家介绍了【R语言】获取
基因组
上某个区域内的SNP信息我们经常会从一些文献或者数据库里得到一些与疾病相关的SNP信息。
生信交流平台
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2024-02-02 21:26
ATAC-seq发篇测序文章就结束了吗?看如何利用ATAC-seq数据为后续关键基因的转录调控研究提供重要依据
转座酶可及染色质测序分析(ATAC-seq)是常见的研究染色质可及性的方法,ATAC-seq联合RNA-seq是一种新的研究思路,为阐述
基因组
和特定生物过程中的基因差异表达提供见解。
爱基百客
·
2024-02-02 15:16
学习
ATAC
转录调控
国自然热点:如何从表观遗传学方向入手进行炎症机制研究
表观遗传学则是研究
基因组
中不涉及DNA序列改变的遗传变化,包括DNA甲基化、组蛋白修饰以及非编码RNA等。近年来,越来越多的研究表明炎症与表观遗传之间存在密切的关联。
爱基百客
·
2024-02-02 15:16
国自然热点
学习
国自然
表观遗传学
炎症
FeatureExtract--extracts sequences and feature annotation from genbank format file
最近一直在看和植物叶绿体
基因组
有关的知识,其中有一项内容是分析叶绿体
基因组
的密码子偏向性,这就要求我们首先要拿到基因的CDS序列,在NCBI的organellegenome数据库中我们通常可以下载到叶绿体全
基因组
的
小明的数据分析笔记本
·
2024-02-02 11:45
全身治疗后转移性透明细胞肾细胞癌的
基因组
图谱(IF7+)
Thegenomiclandscapeofmetastaticclearcellrenalcellcarcinomaaftersystemictherapy系统治疗后转移性透明细胞肾细胞癌的
基因组
图谱发表期刊
生信学霸
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2024-02-02 08:18
全
基因组
关联分析流程 ( 二 )
最佳线性无偏预测(BLUP)BLUP(BestLinearUnbiasedPrediction),在线性混合模型中可以用来评估随机效应。随机效应的最佳线性无偏预测(BLUP)等同于固定效应的最佳线性无偏估计(bestlinearunbiasedestimates,BLUE).BLUP法具有估计值无偏、估计值方差最小、可消除因选择和淘汰等原因造成的偏差等特性,获得的个体育种值具有最佳线性无偏性,是当
正踪大米饭儿
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2024-02-02 01:25
从表观遗传分析入手,揭示癌症免疫景观
Identificationofepigeneticdysregulationgenemarkersandimmunelandscapeinkidneyrenalclearcellcarcinomabycomprehensivegenomicanalysis通过综合
基因组
分析识别肾脏透明细胞癌的表观遗传失调基因标志物和免疫景观发表期刊
生信学霸
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2024-02-02 00:06
2022-07-08
ageloc的由来及其背后的尖端科技:2003年,科学家们终于能够建立人类
基因组
图谱,这项发现为曾润海博士提供深入探究人体老化过程的基础。
基因组
图谱:提供了那篇关键的拼图让科学家们得以了解
雅静种小草
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2024-02-01 20:04
《
基因组
学》课程-学习笔记之一
写在前面分子生物学相关知识的学习,可能一直停留在大三阶段。那会看完了几本书,自我认为目前为止,可以满足与多数人的日常交流。然而,一方面当时是囫囵吞枣,不甚了解;另一方面,时间过去太久,年龄也不小了,一直用不上的部分,早已忘却(多数知识点,在讨论学术问题时,完全用不上)。约莫是那个时候,我发现了很多优质的网络公开课,上研究生之后,就也基本没看。往往是时间问题,所以我对高铁这个过程,又爱又恨。漫长的车
生信石头
·
2024-02-01 18:27
使用MAKER进行基因注释(高级篇之GeneMark-ET模型训练)
真核生物
基因组
预测主要会用到GeneMark-ES/ET,其中GeneMark-ES可用于无监督自训练,也就是只要提供一个
基因组
序列即可,而GeneMark-ET则是在GeneMark-ES的基础上整合了高通量的
xuzhougeng
·
2024-02-01 17:40
2020-02-25 Day30 利用生物信息学分析鉴定乳腺癌的潜在关键基因和关键通路
方法:使用来自基因表达综合(GEO)和癌症
基因组
图谱(TCGA)的四个数据集(GSE21422,GSE29431,GSE42568和GSE61304)进行生物信
卅衣
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2024-02-01 15:13
【el-input】限制只能输入两位小数,并且自定义位数,(举例8位)
/g,匹配所有非数字和非小数点的字符,用空
字符替换
。/.{2,}/g,匹配两个及以上的连续小数点,用一个小数点替换。/./g,匹配所有小数点,替换为特殊占位
王世诣
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2024-02-01 14:04
前端
VUE
前端
前端
Linux+
服务器后台运行程序
在Linux服务器直接运行程序,程序运行的时间较长,程序经常会因为网络连接问题异常终止,一直盯着程序运行又费时费力,这时后台运行程序是更好的解决方式。But,如果服务器重启了,那所有进程都断掉了,只能重新跑代码。screen假如遇到一些比较费时间的程序,但是又不能一直开着电脑观察,这时可以使用screen。1、如果在screenCRT中开启窗口,然后运行一个程序,当注销时,程序会自动毁掉。2、使用
知识在于积累
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2024-02-01 13:16
Python语言专栏
Software专栏
服务器
linux
运维
BWT比对算法
序列比对对于两个序列进行比对,即pairwisealignment,我们可以按比对方式分为全局比对(NW算法)和局部比对(SW算法):当然对于两条短序列,可采用上述算法进行比较,但是如果其中一条序列换成了较长的参考
基因组
序列
小潤澤
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2024-02-01 10:11
单细胞转录组测序技术及各类数据分析方法总结
在过去的十年里,单细胞转录组测序技术得到了蓬勃的发展,从而使得可在单细胞水平揭示全
基因组
范围内所有基因的表达情况,可以更精准的开展细胞间的表达异质性研究、鉴定新的细胞亚型、解析早期胚胎的发育等。
AIPuFu
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2024-02-01 09:22
单细胞测序
生物学
医学
生物信息学
单细胞测序
生物学
医学
发现拖延症的性别差异基因
拖延症普遍存在于人群中,从前对拖延症的分析主要基于心理层面,但现在有研究团队终于不再忍受各种陈词滥调,试图到人类的
基因组
的汪yang大海中去寻找到拖延症的线索,结果他们还可能真找到了一点东西,一个基因,
Oliver_G
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2024-02-01 09:00
2021-09-19
2、本研究利用巨噬细胞中的全
基因组
反筛选,发现G蛋白偶联受体GPR84介导APMAP缺陷癌细胞的增强的吞噬作用。3、这项工作
图灵基因
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2024-02-01 03:49
【mysql】字符前几位
字符替换
如果要将字符串的前几位
字符替换
为其他内容,则需要先提取原始字符串的后面部分,然后再与新的字符进行连接。
掘金者说
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2024-02-01 00:26
通用表单
mysql
2021-12-27
NatRev丨癌症
基因组
测序数据的计算分析原创珍奇图灵基因2021-12-2707:03收录于话题#前沿生物大数据分析撰文:珍奇IF:60.716推荐度:⭐⭐⭐⭐⭐亮点:本文描述了癌症
基因组
生物信息学分析中涉及的主要步骤
图灵基因
·
2024-01-31 23:49
血液DNA提取注意事项
本试剂盒采用独特的裂解液配方,可直接从新鲜、冷冻或陈旧的全血中提取高质量的
基因组
DNA,也可以直接提取得到血液
清风拂面vv
·
2024-01-31 18:16
Jenkins任意文件读取漏洞(CVE-2024-23897)复现
此命令解析器具有一个功能,可以将@参数中后跟文件路径的
字符替换
为文件内容(expandAtFiles)。具有Overall/Read权限的攻击者可以读取整个文件,未授权的攻击者仅能读取文件前几行内容。
fly夏天
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2024-01-31 17:33
漏洞复现
jenkins
web安全
任意文件读取
基因投错票,肿瘤来报道
—理查德·道金斯《自私的基因》人类
基因组
计划英语:(HumanGenomeProject,HGP)是一项规模高,跨国跨学科的科学探索巨型工程。
uhuh拒绝吸烟
·
2024-01-31 04:53
精选推文 | 基于三代转录组的基因注释踩坑经历以及GSAman使用
相信这份推文可以为一些做功能
基因组
方面工作的朋友,提供实用参考。--CJ-陈程杰前言随着测序技术的进步和普及,现如今已经步入到“功能
基因组
学”(functionalgenomics)的时代。
生信石头
·
2024-01-31 04:39
双CpG位点DNA甲基化特征为LGG患者提供准确的生存风险分层(IF5+)
Genome-widemethylomicanalysesidentifyprognosticepigeneticsignatureinlowergradeglioma全
基因组
甲基组学分析确定低级别胶质瘤的预后表观遗传特征发表期刊
生信学霸
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2024-01-31 01:39
TCGA的ID转换可以一步到位了
0.背景知识TCGA或TCGA+GTEx的表达矩阵,行名都是ensambleid,因为TCGA数据的参考
基因组
版本是genecodeV22,xena重新分析的TCGA+GTEx数据参考
基因组
版本则是genecodeV23
小洁忘了怎么分身
·
2024-01-30 22:58
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