microbiome

Nature综述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清

进入微生物组领域也这么久了，每天阅读的文献，总会碰到microbiota,metagenome,microbiome这三个关键字，估计很多朋友不太清楚它们的具体意思什么。
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:48

Microbiome：扩增子检测环境样本单细胞真核生物和寄生虫的新方法

高通量测序全面检测生物或环境样本的单细胞真核生物和寄生虫Ahigh-throughputsequencingassaytocomprehensivelydetectandcharacterizeunicellulareukaryotesandhelminthsfrombiologicalandenvironmentalsamplesMicrobiome,[9.133]DOI:https://mic
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:12

为何新刊物Microbiome影响因子这么高？主编Jacques Ravel教授来告诉你

本文转载自"微生物组创新创业者"这周我们发布马里兰大学医学院基因科学中心副主任、美国国立卫生研究院性传播疾病研究中心副主任、《Microbiome》主编JacquesRavel教授的访谈录，看看Jacques
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:12

Microbiome：粪菌移植改善自闭症

文章目录粪菌移植改善自闭症热心肠日报摘要背景结果结论结果图1.研究设计时间表图2.18例ASD患儿的GI和ASD相关症状图3.粪便微生物群随粪便微生物群移植而变化图4.粪便病毒组改变与粪菌移植Reference猜你喜欢写在后面[外链图片转存失败(img-wXGZbMHj-1567041759810)(http://210.75.224.110/Note/LiuYongXin/170123Micro
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:39

Paper intensive reading (三十三)：Use of Metatranscriptomics in Microbiome Research

Title:UseofMetatranscriptomicsinMicrobiomeResearchBioinformaticsandBiologyInsights,20Apr2016stavrosBashiardes,giliZilberman-schapiraandEranElinavDepartmentofImmunology,WeizmannInstituteofScience,Rehov
wxw060709·2020-08-04 08:13

Microbiome：鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)

中国科学家完成鸡肠道微生物宏基因集的构建近日，湖南农业大学曾建国教授研究团队在鸡肠道参考宏基因集构建和抗生素与植物来源的天然促生长剂的促生长机制方面的研究取得了突破性进展。其研究成果以“Thechickengutmetagenomeandthemodulatoryeffectsofplant-derivedbenzylisoquinolinealkaloids”为题于2018年11月27日以长篇幅
刘永鑫Adam·2020-08-01 07:53

Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？

Microbiome杂志2018年12月26日在线发表山东大学海洋学院杜宗军组关于“未培养微生物可培养机制”的文章，在此向杜宗军团队表示祝贺，同时很高兴邀请到第一作者穆大帅副教授亲自为大家带来最原汁原味的解读
刘永鑫Adam·2020-08-01 07:53

姐姐 9.15.16

图片发自App图片发自App然后回实验室准备小microbiome的实验汇报，把自己的实验结果都给老板和组员
最佳姐妹·2020-07-14 15:26

Microbiome：揩老鼠皮毛揩来高分文章——野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物群对环境污染做出的反应

文章目录野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物群对环境污染做出的反应划重点热心肠日报摘要背景结果结论关键词前言方法堤岸田鼠诱捕与研究设计放射量测定拭子样本采集DNA提取和16SrRNA基因测序数据处理统计分析结果堤岸田鼠皮肤微生物组成SK菌群组成的alpha和beta多样性基于SK菌群组成预测田鼠的来源比较SK与GI菌群的差异讨论环境对SK菌群的影响寄主对SK菌群的特有影响暴露于放射性核素污染的影响SK和
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:47

MiBioGen联盟倡议：综合分析人类基因组与菌群关系研究

Meta-analysisofhumangenome-microbiomeassociationstudies:theMiBioGenconsortiuminitiativeDOI:10.1186/s40168-018-0479-3Microbiome
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:15

Microbiome：40年施肥处理后固氮菌及氮固定受抑制

文章目录40年施肥处理后固氮菌及氮固定的抑制新闻稿摘要背景结果结论背景结果长期施肥条件下氮素的固定与固氮微生物在长期施肥情况下将固氮微生物与N素的固定率连接起来讨论Discussion结论Conclusions方法实验设计和样品采集土壤理化分析测定固氮率高通量测序和生物信息学分析共现网络分析统计分析系统发育分析结构方程建模分析随机森林模型分析猜你喜欢写在后面40年施肥处理后固氮菌及氮固定的抑制Su
刘永鑫Adam·2020-07-12 15:10

Microbiome：使用16S rRNA基因数据集实现种水平的分类

编译：A国民少女，编辑：小菌菌、江舜尧。导读16SrRNA基因测序的低成本促进了人口规模的分子流行病学研究。现有的计算算法可以将16SrRNA基因序列解析为高分辨率扩增子序列变体（ASV），这代表了可用于不同研究的一致标签。将这些ASV分配给物种级别的分类，可增强基于16SrRNA基因的微生物群研究的生态和/或临床相关性，并进一步促进跨研究的数据比较。论文ID原名：Constructionofha
刘永鑫Adam·2020-07-09 00:49

价值1143元的《R语言统计分析微生物组数据(Statistical Analysis of Microbiome Data with R)》系列图书

文章目录《R语言统计分析微生物组数据》本书简介作者简介章节简介猜你喜欢写在后面《R语言统计分析微生物组数据》StatisticalAnalysisofMicrobiomeDatawithR京东上原版图书售价1143元https://item.jd.com/35082777085.htmlhttps://link.springer.com/book/10.1007/978-981-13-1534-3
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:27

Microbiome杂志和主编简介

文章目录**Microbiome**办刊宗旨开放获取文章处理费用(APC)索引/收录情况同行评审政策引用Microbiome中的文章上诉和投诉为什么要在Microbiome中发表您的文章JacquesRavel
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:27

Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP简介

文章目录MetaWRAP—aflexiblepipelineforgenome-resolvedmetagenomicdataanalysis热心肠日报导读摘要背景结果结论主要结果点评参考文献猜你喜欢写在后面MetaWRAP—aflexiblepipelineforgenome-resolvedmetagenomicdataanalysis题目：MetaWRAP——灵活的宏基因组数据挖掘单菌基因组
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:27

植物MWAS研究—小米产量与微生物组关联分析

MWAS简介微生物组关联分析(Microbiome/Metagenome-wideassociationstudies,MWAS)是指捕获多维尺度上的互作作用，从而提供捕获复杂作用关系的方法，该方法切实可行的预测微生物组和疾病状态的关系
刘永鑫Adam·2020-07-01 06:09

扩增子和宏基因组分析流程Microbiome Helper

今天发现了一个扩增子分析的流程Comeauetal.,2017MicrobiomeHelper:aCustomandStreamlinedWorkflowforMicrobiomeResearch.mSystems.MicrobiomeHelper相当于一个资源库，整和了很多软件，脚本和教程。主要有以下特点：1.一系列的可用于处理和自动化操作各种微生物组和宏基因组的脚本构成的生物信息工具。2.可用
你猜我菜不菜·2020-06-29 21:11

Microbiome：根际微生物影响植物开花时间

根际微生物影响植物开花时间，文章的完成单位，浙江工业大学，中科院城市环境研究所。文章的通讯作者是朱永官研究员朱永官成功组建了中国科学院与澳大利亚首个联合实验室，并任首届主任（现任室主任为贺纪正研究员）。首次揭示了土壤—水稻体系中砷—磷—铁膜三者交互作用的机理，论文发表在著名国际刊物NewPhytologist上，被国际专家称为水稻砷污染控制的新希望。在帝国理工学院的博士论文系统研究土壤—植物系统中
刘永鑫Adam·2020-06-29 20:22

Alterations of the human gut microbiome in liver cirrhosis

1.研究背景有研究报道，对酒精性肝病小鼠模型以及肝硬化患者的研究揭示了肠道微生物的实质性改变。但是这些变化的功能变不清楚。作者对123例肝硬化患者和114例汉族健康人的菌群进行了分析2.实验方法1、实验对象：123个肝硬化患者：其中46名（37.4%）通过“活检”诊断；剩余的77名（62.6%）通过其他方式综合诊断。114名健康个体：于中国浙江大学第一附属医院进行体检（排除有高血压、糖尿病、肥胖等
thinkando·2020-06-29 11:40

经典综述告诉你，微生物组研究你要避开哪些误区？

中文题目：微生物组研究中优化方法与规避误区发表期刊：Microbiome发表时间：2017年影响因子：10.465摘要：本文提出了微生物组优化实验设计和规避误区的建议，综述了实验设计的最佳方法；介绍了动物研究中常见的影响因素
欧易生物·2020-06-26 10:36

phyloseq: Explore microbiome profiles using R(8)

本节主要是在PhyloseqTutorials学习Powerfultreegraphicswithggplot2的功能这个页面演示了通过plot_tree函数在phyloseq包中创建的系统发生树的示例，而该函数又使用了强大的图形包ggplot2。Loadthepackageanddatasetslibrary("phyloseq")data("esophagus")data("GlobalPat
超人快飞·2020-04-18 18:09

Taxonomic structure and functional association of foxtail millet root microbiome

微生物与植物表型(产量等其它性状)的关联分析1.Abstract对根微生物与寄主植物生长之间的功能联系了解甚少本研究调查了谷子的根细菌群落及其对寄主植物的生产力潜在的作用通过16SrRNA基因扩增子测序，对2个地理位置分离良好的小米Rhizoplane、根际和相应Bulksoil的2882份样品进行了细菌组成测定我们确定了16109个操作分类单元(OTUs)，并将187个OTUs定义为共享rhiz
超人快飞·2020-04-01 15:55

IGC 数据库

https://db.cngb.org/microbiome/genecatalog/genecatalog_human/人肠道参考基因集2010年，人体肠道菌群宏基因组参考基因集的构建工作发表于Nature
thinkando·2020-04-01 02:36

20171116_Economist Day40(Enhanced understanding of the microbiome is helping medicine - Health care)_

第三部分大意：最后一个研发微生物相关的药物的方法是精确识别那些影响人的健康的微生物产生的物质，不论产生的是好的影响还是坏的影响。这和制药公司的兴趣相关。他们希望这些知识能够指向那些他们擅长的产品。然而，公众的注意力却转向了癌症领域。不过，肠道的菌群能够影响癌症的发展，这个想法既超乎寻常，又值得探寻。Thelastmicrobiome-relatedapproachtomedicineistoide
fantasyrex3·2020-03-21 13:53

20171115_Economist Day39(Enhanced understanding of the microbiome is helping medicine - Health care)_

第一部份大意：除了人的基因之外，人的肠道中包含大量微生物，并且这些微生物对人的荷尔蒙，酶，以及另一些调节健康的细菌起到很大作用。这些微生物是人类的伙伴，并且一旦出错其结果是惨痛的。这个发现提供了一个重要的观点：通过改变人的基因来改善人的健康很难，但是通过改变人体内的微生物的基因来做到这一点却相对容易得多。Exceptthegenomesofhuman,there'relotsofmicrobesi
fantasyrex3·2020-02-21 13:27

利用深度学习从宏基因组数据中预测抗生素抗性基因——DeepARG

一句话评价利用深度学习从宏基因组数据中预测抗生素抗性基因文章信息题目：DeepARG:adeeplearningapproachforpredictingantibioticresistancegenesfrommetagenomicdata杂志：Microbiome
六六_ryx·2019-12-17 19:46

20170825 周五 今日计划+反思

没有完成，推迟到08/26最终成果：概念库增加InductionandRecursion学业任务：Colloquium:DataMining预计成果：纸质笔记预计时间：1.5h实际时间：1h执行情况：了解Microbiome
RicciWoo·2019-11-07 04:47

粪菌移植新玩法：「吃屎治病」治疗抑郁？

近期，当粪菌移植（FMT）或可治疗抑郁的研究经《Microbiome》发表后，「屎」的
丁香园·2019-10-15 00:00

0054-【linux系统】-shell的并行运行工具——Parallel

1.教程-QuickIntroductiontoGNUParallelhttps://github.com/LangilleLab/microbiome_helper/wiki/Quick-Introduction-to-GNU-ParallelGNU
leadingsci·2018-06-23 22:06

0046-【宏基因组】-qiime2官方教程实践1-Moving pictures of the human microbiome

1.数据文章——Movingpicturesofthehumanmicrobiome文章下载：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21624126样本选取：2个生物个体，4个部分，396个时间点文库构建：Meta16SV4区文库测序策略：illunima、454不同区域，选择不同的二代测序平台信息分析：qiime2-2018.4软件，及测试代码集注：与中文的帮助
leadingsci·2018-06-21 10:05

一文读懂微生物组

图中展示了微生物组在人类生活的方方面面(图片链接见文末)常见的英文词汇有microbiota,metagenome,microbiome这三个。
刘永鑫Adam·2017-10-07 00:00
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