microbiome

2022-01-14

Tree_microbiome的博客_CSDN博客-微生物组测序数据可视化,微生物组测序分析领域博主（一）不同分类水平注释结果相对丰富度转化在微生物组测序中我们会从taxa_bar.qvz文件中下载到不同水平
Tree_microbiome·2024-09-03 21:24

Gut Microbes+ Microbiome | 揭示太空环境对微生物的影响

从神话故事“嫦娥奔月”，到现在的载人航天、空间站的建立，我们从未停止对宇宙的探索。在不断拓展太空图谱的同时，太空中的辐射、微重力、高真空等极端环境，会对小鼠/宇航员体内微生物产生哪些影响，而暴露于太空的微生物，又可以为航天任务提供哪些信息呢？借助16S扩增子、宏基因组、转录组等生物学技术，我们一起来探究在太空环境下，微生物所发生的变化。航天飞行期间，小鼠肠道微生物和宿主代谢的变化[1]肠道微生物通
ee00dc6faab7·2024-02-08 05:16

跟着Microbiome学作图：R语言ggplot2画堆积柱形图展示微生物门水平的相对丰度

论文Reduceddiversityandalteredcompositionofthegutmicrobiomeinindividualswithmyalgicencephalomyelitis/chronicfatiguesyndrome本地文件Giloteaux2016_Article_ReducedDiversityAndAlteredComp.pdfimage.png今天的推文我们来重复
小明的数据分析笔记本·2024-01-26 04:46

Microbiome揭示中国人群宿主遗传、肠道菌群与复杂疾病的关系

|本文转载自“宏基因组”公众号2020年10月，西湖大学、中山大学、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室等单位的研究团队在《Microbiome》发表题为“Theinterplaybetweenhostgeneticsandthegutmicrobiomerevealscommonanddistinctmicrobiomefeaturesforcomplexhumandiseases
尐尐呅·2024-01-18 09:20

会议 | 宏基因组和生物信息学进行病原检测的进展和未来

Currentprogressandfutureopportunitiesinapplicationsofbioinformaticsforbiodefenseandpathogendetection:reportfromtheWinterMid-AtlanticMicrobiomeMeet-up,CollegePark,MD,January10,2018杂志：Microbiome
胡童远·2024-01-16 07:41

蜜蜂遗传学在社会传播中塑造肠道微生物群的菌株结构

文章标题：Honeybeegeneticsshapethestrain-levelstructureofgutmicrobiotainsocialtransmission发表期刊：Microbiome发表时间
09eb862dd2cf·2024-01-10 09:30

20171119_Economist Day42(Enhanced understanding of the microbiome is helping medicine - Health care)_

第二部分后半部分大意：另一些公司通过只选择和交付那些他们相信有益的细菌从而致力于目标更加明确的领域。有一种方法叫作“细菌即解药”，SeresTherapeutics这家公司认为某些细菌的组合能够加速细菌生态系统的转变，特别是将那些有助于疾病的细菌转变为有益于健康的细菌。除了增加好的细菌之外，把坏的细菌除去也是一另外一种办法。另外，通过噬菌体来杀死特定的细菌也是一种办法。除此之外，编辑细菌的基因的方
fantasyrex3·2023-12-05 07:55

植物发育过程中，如何驱动共生微生物组的动态变化？

期刊《Microbiome》影响因子14.65近期，派森诺与中国科学院生态环境研究中心、中国科学院大学合作，又双叒在《Microbiome》发表论文，通过扩增子测序和宏基因组测序等方法，研究了植物发育过程中微生物群落与气候
felix108·2023-12-01 07:01

跟着Nature学作图：R语言ggridges包绘制山脊图

EnvironmentalfactorsshapingthegutmicrobiomeinaDutchpopulation数据和代码的github主页链接https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE
小明的数据分析笔记本·2023-11-22 17:50

跟着Nature Communications学作图：R语言pheatmap做热图展示不同软件做差异丰度分析的差异

Microbiomedifferentialabundancemethodsproducedifferentresultsacross38datasets数据链接https://figshare.com/articles/dataset/16S_rRNA_Microbiome_Datasets
小明的数据分析笔记本·2023-11-02 07:52

跟着Nature学数据分析：R语言vegan包做主坐标分析（PCoA）并使用ggplot2可视化结果

EnvironmentalfactorsshapingthegutmicrobiomeinaDutchpopulation数据和代码的github主页链接https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE
小明的数据分析笔记本·2023-11-01 23:47

Microbiome：国内科研团队揭示中国汉族人群皮肤微生物组特征

2021年2月，来自复旦大学、清华大学深圳国际研究生院、深圳华大生命科学研究院等多机构科研团队共同在《Microbiome》杂志上发表文章“Characterizationofthehumanskinresistomeandidentificationoftwomicrobiotacutotypes
尐尐呅·2023-10-12 22:44

Microbiome|长江惊现抗生素耐药性的超级人类致病菌！

发表期刊：Microbiome发表时间：2022影响因子：15.5DOI:10.1186/s40168-022-01294-z研究背景由于全世界各地广泛使用抗生素从而加速了抗生素耐药基因（ARGs）及其宿主的传播
SHANGHAILINGEN·2023-09-26 18:29

微生物组学数据分析和可视化工具汇总

微生物组学数据分析和可视化工具汇总网站的网址是https://microsud.github.io/Tools-Microbiome-Analysis/网站按照工具名称的首字母进行了排序
生信交流平台·2023-09-23 17:09

跟着Nature学作图：R语言ggplot2画误差线展示广义线型模型的比值比（odds ratio）

EnvironmentalfactorsshapingthegutmicrobiomeinaDutchpopulation数据和代码的github主页链接https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE
小明的数据分析笔记本·2023-09-14 11:23

跟着Nature Communications学数据分析：R语言DESeq2包做otu差异丰度分析及火山图展示结果

Microbiomedifferentialabundancemethodsproducedifferentresultsacross38datasets数据链接https://figshare.com/articles/dataset/16S_rRNA_Microbiome_Datasets
小明的数据分析笔记本·2023-09-08 02:07

项目文章 | IF=16+，微生物研究再出Microbiome佳作！

四川大学生命科学学院李静、范振鑫老师及其团队今年在Microbiome上发表题为“Thegutmicrobiomeandantibioticresistomeofchronicdiarrhearhesusmacaques
诺禾致源·2023-09-01 10:22

跟着Nature学作图：R语言ggplot2箱线图、小提琴图、抖动散点图

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小明的数据分析笔记本·2023-07-20 13:05

跟着Nature学作图：R语言pheatmap包做热图

EnvironmentalfactorsshapingthegutmicrobiomeinaDutchpopulation数据和代码的github主页链接https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE
小明的数据分析笔记本·2023-07-19 22:30

VirSorter2识别病毒序列

amulti-classifier,expert-guidedapproachtodetectdiverseDNAandRNAviruses中文：一种含多分类器且有专家指导的DNA/RNA病毒检测方法杂志：Microbiome
小白菜学生信·2023-06-16 17:51

宏病毒组研究大放异彩！| 凌恩生物1-5月高分宏病毒组文章大盘点！

凌恩生物现已在宏组学、基因组、表观遗传以及蛋白代谢等多组学及联合分析领域积累了深厚经验，打造出成熟的科研服务平台，以优质售前方案和优秀售后服务助力客户在Nature、Science、PNAS、ISME和MIcrobiome
SHANGHAILINGEN·2023-06-15 13:23

phyloseq: Explore microbiome profiles using R

最近看了关于介绍phyloseq包的这篇文章，在帮助文档界面上有从数据导入到各种分析的代码，对其代码进行重复、学习，从而更加熟练其代码，以期将来实战分析更得心应手。1.数据的导入(Dataimport)在加载library("phyloseq")后利用?import来获取导入数据的帮助文档1.1Loadingincludeddata利用R语言中的data命令加载包中包含的预导入数据集data(Gl
超人快飞·2023-06-12 03:34

易基因｜多组学关联研究怎么做？ DNA甲基化组+转录组+宏基因组+16S研究思路

2022年02月24日，南京农业大学沈振国和蒋建东教授团队合作在期刊《Microbiome》（IF:14.65/1区）发表了题为“Long-termeffe
易基因科技·2023-04-18 07:16

跟着Nature学作图：R语言corrplot包画热图展示相关系数

EnvironmentalfactorsshapingthegutmicrobiomeinaDutchpopulation数据和代码的github主页链接https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE
小明的数据分析笔记本·2023-04-08 14:44

跟着Nature学作图：R语言ggplot2分组折线图添加误差线

EnvironmentalfactorsshapingthegutmicrobiomeinaDutchpopulation数据和代码的github主页链接https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE
小明的数据分析笔记本·2023-04-08 02:56

Microbiome Dynamics in a Shrimp Grow-out Pond with Possible Outbreak of Acute Hepatopancreatic Ne...

AlthoughAHPNDisknowntobecausedbypathogenicVibrioparahaemolyticushostingtheplasmid-relatedPirABvptoxingene,theeffectsofdisturbancesinmicrobiomehavenotyetbeenstudied.虽然已知AHPND是由携带与质粒相关的PirABvp毒素基因的致病性副溶
Larrylu007·2023-03-21 10:06

凌恩客户文章|《Microbiome》：宏基因组构建反刍动物全消化道超1万个MAGs新进展

Anintegratedgenecatalogandover10,000metagenome-assembledgenomesfromthegastrointestinalmicrobiomeofruminant”（DOI:10.1186/s40168-021-01078-x）发表在微生物学权威1区期刊Microbiome
SHANGHAILINGEN·2023-03-14 22:24

偷个懒---一句话调研microbiome

案列：你想知道某个微生物在既往研究中丰度情况吗？你筛出来的差异微生物是否和其他研究相矛盾？你研究的是肥胖，这个和肥胖相关的细菌是否也和癌症相关呢？我也有这些疑惑，所以给我自己写的一句话~~方便自己方便大家：函数命名为【microbiomeAnalysor】想看看健康人，CRC，和IBD患者，属水平的Fusobacterium菌在肠道中的丰度：查询关键词：image.png计算运行过程（没有报错）：
ZXia413·2023-01-27 15:22

Microbiome | 基于全球人类肠道微生物组的细菌胆盐水解酶 (BSH) 基因的分类特征和种群模式

基于全球人类肠道微生物组的细菌胆盐水解酶(BSH)基因的分类特征和种群模式文献导读BA（胆汁酸）由肝细胞中的胆固醇合成，之后进一步与氨基酸甘氨酸或牛磺酸结合形成胆盐并转移至肠道。此外，去结合的胆汁酸充当信号分子促进GLP-1的分泌，激活多种受体和影响不同的代谢物过程导致各种疾病。鉴于肠道微生物群在胆汁酸代谢中的重要作用，且胆盐水解酶（BSH）在胆汁酸介导的信号通路中也发挥重要作用，如调节脂质吸收、
Deepgener·2022-12-30 04:48

DeepARG——一种基于深度学习更加准确预测ARG的方法

DeepARG——一种基于深度学习更加准确预测ARG的方法本文介绍的是发表于Microbiome名为DeepARG:adeeplearningapproachforpredictingantibioticresistancegenesfrommetagenomicdata
生信指南·2022-12-28 15:47

蜜蜂遗传学在社会传播中塑造肠道微生物群的菌株结构

文章标题：Honeybeegeneticsshapethestrain-levelstructureofgutmicrobiotainsocialtransmission发表期刊：Microbiome发表时间
代谢组学相关资讯分享·2022-12-18 11:14

Paper reading (六十三）：Gut Microbiome Function Predicts to Anti-integrin Biologic Therapy in IBD

论文题目：GutMicrobiomeFunctionPredictsResponsetoAnti-integrinBiologicTherapyinInflammatoryBowelDiseasesscholar引用：68页数：12发表时间：2017.05发表刊物：CellHost&Microbe作者：AshwinN.Ananthakrishnan,...,RamnikJ.Xavier摘要：The
wxw060709·2022-11-26 02:41

分不清：Microbiota, metagenome, microbiome 来看看Nature综述怎么说？

阅读文献的过程中，总会碰到microbiota,metagenome,microbiome这三个关键字，不太清楚它们的具体意思什么，以及它们之间的区别，估计很多朋友也有此疑问。
笺牒九州的怪咖·2022-10-09 17:04

R：phyloseq分析Core Microbiota

rdrr:https://rdrr.io/github/microbiome/microbiome/man/core.htmlphyloseq:https://bioconductor.org/packages
小白菜学生信·2022-09-12 15:40

用R分析微生物组群落数据（1） 软件安装、数据集下载和导入

参考：https://grunwaldlab.github.io/analysis_of_microbiome_community_data_in_r/index.html1.下载需要的软件和数据1.1
jialonghao·2022-03-01 07:21

微生物群、宏基因组和微生物组的区别2021.7.31

近义词Microbiome微生物组即包括微生物，又包括其基因组。二、宏基因组  宏基因组（Metagenom
R语言_茶味先生·2021-10-30 10:23

病毒序列识别工具

分析工具特点发表杂志发表时间被引(2021)VirSorter组装，PERLPeerJ2015585VirSorter2组装Microbiome202127vConTACT2组装pythonNBT2019173VirFinder
小白菜学生信·2021-10-08 09:02

Microbiome||终于可以把对照组与实验组分开了！(附代码）

WhatistheoppositewordforOutlier个体的微生物组在高维空间中随时间变化以形成其个体微生物组云（personalmicrobiomecloud,Humansdifferintheirpersonalmicrobialcloud）。无论是在平均微生物组概况（一致性）还是云的直径（稳定性）方面，这种云可能与其他人的相似或不相似。然而，目前还没有强大的非参数测试来确定患者与健康
周运来就是我·2021-04-26 07:44

微生物组数据学习笔记

Microbiome微生物组：研究微生物、基因组及与宿主互作的全部。Microbiota微生物群：与微生物组同义，仅指16S扩增子研究细菌组。
曲凉不见·2020-12-10 14:38

Microbiome：微生物组研究中优化方法和规避误区

本网对Markdown排版支持差，请跳转至“宏基因组”公众号阅读；微生物组研究中优化方法和规避误区2017年五月发表在Microbiome上的综述，对于老司机会有很多共鸣，对于新人更要必读，少走弯路。
刘永鑫Adam·2020-09-14 16:16

Microbiome：高通量测序全面检测生物或环境样本的单细胞真核生物和寄生虫

文章目录高通量测序全面检测生物或环境样本的单细胞真核生物和寄生虫导读摘要主要结果表1.引物的特征和特异性图1.方法流程图表2.生物或环境样本中单细胞真核和寄生虫鉴定的示例图2.重建扩增序列与NCBI中序列的进化树方法PCR引物设计电子评估总结猜你喜欢写在后面高通量测序全面检测生物或环境样本的单细胞真核生物和寄生虫Ahigh-throughputsequencingassaytocomprehens
刘永鑫Adam·2020-09-14 16:16

Microbiome：韦中组揭示根际原生动物群落是决定植物健康的关键因素

3月3日，LorMe实验室在根际微生态与植物健康研究取得进展，成果以“Rhizosphereprotistsarekeydeterminantsofplanthealth”为题发表在国际著名学术期刊《Microbiome
刘永鑫Adam·2020-09-14 16:43

Microbime：微生物组学领域的标准制定

简介标题：Developingstandardsforthemicrobiomefield微生物组学领域的标准制定杂志：《Microbiome》影响因子：11.607发表时间：2020年6月26日解读：
刘永鑫Adam·2020-08-25 09:40

[译]如何理解你的肠道微生物检测报告和数据

https://www.vitamodularis.org/articles/how_to_interpret_your_microbiome_data.shtml内容来自这篇文章，只是摘抄翻译了部分内容
zd200572·2020-08-08 01:43

价值130欧元的《微生物组分析Microbiome Analysis》2018版电子书

文章目录本书作者目录导读实战代码示例猜你喜欢写在后面https://doi.org/10.1007/978-1-4939-8728-3《微生物组分析》第二版于2018年末更新啦！电子书价格130.89欧元。订阅Springer的用户可直接访问DOI下载电子版。单位没有订阅的小伙伴，下载方法见文末。https://link.springer.com/book/10.1007/978-1-4939-8
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:05

Microbiome：微生物组名词定义

文章目录微生物组相关词汇定义作者摘要Microbiota微生物群Metataxonomics宏分类组Metagenome宏基因组Microbiome微生物组Metabolomics代谢组学Metabonomics
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:04

Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响

16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响Quantificationofvariationandtheimpactofbiomassintargeted16SrRNAgenesequencingstudiesMicrobiome,[9.133]原文链接:https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-018-
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:32

Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP分析实战和结果解读

文章目录MetaWRAP—aflexiblepipelineforgenome-resolvedmetagenomicdataanalysis分析实战0.下载肠道宏基因组数据1.read_qc质控和去宿主2.组装3.kraken物种注释(可选)4.三种方法Bin5.Bin提纯6.Blobology可视化bin7.Bin定量8.重组装9.bin物种注释10.Bin功能注释我们还能做什么常见错误bin
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:31

微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程

Github项目主页：https://github.com/LangilleLab/microbiome_helpermicrobiomehelp结合不同组的生物信息方法，整理
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:59

Microbiome：揩老鼠皮毛揩来高分文章——野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物对核污染的反应...

野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物群对环境污染做出的反应Skinandgutmicrobiomesofawildmammalrespondtodifferentenvironmentalcues译者：葛德燕中科院动物所责编：刘永鑫中科院遗传发育所Microbiome
刘永鑫Adam·2020-08-08 01:20
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