ncbi

NCBI学习笔记

NCBI就是这些数据之一。要
weizhongxing6·2013-06-09 22:00

下载和使用NCBI的SRA数据

下载和使用NCBI的SRA数据首先，对于加密的数据（dbGaP受限制数据）需要申请，申请后需要设置项目密码，下载数据，然后对下载后的数据进行dump，相当于解压缩，解压时用到NCBI的sratools，
以致宏大，以致高远·2013-05-18 14:00

使用aspera从NCBI下载大数据

使用aspera从NCBI下载大数据ascp-hUsage:ascp[OPTION]SRC...DEST     SRCtoDEST,ormultipleSRCtoDESTdir     SRC,DESTformat
以致宏大，以致高远·2013-05-17 10:00

服务器共享软件安装

TableofContents1软件下载2软件安装2.1解压2.2设置环境变量1 软件下载blast：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/release
gaorongchao1990626·2013-05-15 13:00

转载：教程：在NCBI批量Blast

我尝试了一下NCBI的批量Blast，感觉非常不错。写个教程分享一下。拿水稻的序列Blast做个例子。BatchentrezBatchent
gaorongchao1990626·2013-02-23 18:00

使用Aspera从EBI或NCBI下载基因组数据modified

转自：http://www.plob.org/2012/07/31/3013.html做基因组数据分析，可能经常从NCBI的GEO/SRA或者EBI的ENA数据库下载高通量的数据，动辄几十G的数据用wget
likelet·2012-11-26 16:00

perl应用：从NCBI提供的信息中获取需要的序列（下）use Scalar

usestrict; usewarnings; my$annotation=''; my$dna=''; my$record=''; my$save_input_separator=$/; open(DNAFILENAME,'f:\\perl\\strawberry.gb')||die("cannotopenthefile!"); $/="//\n"; $record=; ($annotati
gaorongchao1990626·2012-11-10 14:00

perl应用：从NCBI提供的信息中获取需要的序列（上）use Arrays

我们首先来看一下GenBank中序列的格式，我从http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JX118024.1中复制了这个信息到strawberry.gb中LOCUSJX118024460bpDNAlinearPLN25
gaorongchao1990626·2012-11-07 17:00

perl应用：从NCBI提供的信息中获取需要的序列（上）

我们首先来看一下GenBank中序列的格式，我从http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JX118024.1中复制了这个信息到strawberry.gb中LOCUSJX118024460bpDNAlinearPLN25
gaorongchao1990626·2012-11-03 09:00

perl应用：六框阅读翻译DNA序列

生物学知识：1.六框翻译       因为DNA为双链,平时从NCBI等里面得到的只是其中的一条链,还有一个互补链没有结出.先从一条链讲起,如此链为ACGATGCCG....则现在有以下三种读法：第一种
gaorongchao1990626·2012-10-24 16:00

access NCBI database programitically-a snp case

accessNCBIdatabaseprogramitically-asnpcase有时候，我们需要大批量的查询ncbi数据库，这时，我们很可能需要用到ncbi为我门提供的程序化接口:Eutils。
以致宏大，以致高远·2012-09-03 16:00

BLAST Command Line Applications User Manual

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1763/BLASTCommandLineApplicationsUserManualChristiamCamacho,ThomasMadden
OpenHero·2012-08-15 00:00

BLAST how to use blastn

page=BLASTBLASTBLASTTodownloadfindthelatestfileshere: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast
OpenHero·2012-08-15 00:00

【Linux】：Linux下网络蜘蛛wget使用

原文地址：Linux下网络蜘蛛wget使用作者：CharlesKWwget-c-t0-x-r-np ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/geo/DATA/ -ogeo.log wget
visayafan·2012-06-10 20:00

NCBI accession number, GI and GeneID

Accessionnumber:AnAccessionnumberisauniqueidentifiergiventoasequencewhenitissubmittedtooneoftheDNArepositories(GenBank,EMBL,DDBJ).Theinitialdepositionofasequencerecordisreferredtoasversion1.Iftheseque
aldenphy·2012-04-26 12:00

核酸序列分析

核酸序列分析核酸序列分析1、核酸序列检索可通过NCBI使用Entrez系统进行检索，也可用EBI的SRS服务器进行检索。在同时检索多条序列时，可通过罗逻辑关系式按照GenBank接受号进行批量检索。
SHMILYRINGPULL·2012-04-12 19:00

核酸序列分析

转载一个很全面的核酸序列分析的文章核酸序列分析核酸序列分析1、核酸序列检索可通过NCBI使用Entrez系统进行检索，也可用EBI的SRS服务器进行检索。
likelet·2012-04-06 15:00

生物信息学软件-1

生物信息学资料1，常用软件，酶切位点分析2010-04-028:27一、生物信息学软件简介（一）分类•单机分析软件，如：winplas•在线分析软件，如：webcutter•生物学数据库，如：NCBI,
SHMILYRINGPULL·2012-03-11 16:00

怎样高效的阅读文献

重要的如ISI，Medline,Ncbi等了。因人而异添加数据库到你的收藏夹。了解与自己研究方向有关的机构,密切关注在该研究领域和方向的顶尖group所发表的论文并认真研读。
起点站·2012-02-24 20:19

Blast本地化：window平台下blast软件的安装

1.对于windows2000/xp用户，下载blast-2.2.18-ia32-win32.exe安装文件ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST
likelet·2012-02-09 14:00

shell 中的ftp-ftp批处理

shell中的ftp-ftp批处理最近在用ftp从ncbi倒腾东西，东西很多，自动化好一些。
以致宏大，以致高远·2012-01-12 11:00

FASTA序列格式说明

下面是一个来源于NCBI的fasta格式序列：>gi|187608668|ref|NM_001043364.2|Bombyxmorimoricin(Mor),mRNA AAACCGCGCAGTTATTTAAAATATGAATATTTTAAAA
SHMILYRINGPULL·2011-12-26 10:00

肿瘤也卖萌

来看看最萌的病理学家之友吧：复活节小兔子：图片来自：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15335247。病理学家说：这是一位46岁妇女的乳房切除活检结果，非增
(author unknown) UO·2011-09-19 20:00

肿瘤也卖萌

来看看最萌的病理学家之友吧：复活节小兔子：图片来自：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15335247。病理学家说：这是一位46岁妇女的乳房切除活检结果，非增
(author unknown) UO·2011-09-19 12:00

mpiBlast安装详解以及使用说明

 wgethttp://www.mpiblast.org/downloads/files/mpiBLAST-1.6.0-pio.tgz 解压包文件： tarxvzfmpiBLAST*.tgz 然后下载ncbi
pbymw8iwm·2011-09-07 15:00

wwwblast apache彻底解决方案

本地搭建自己的NCBI胺基酸序列BLAST比对网站 1、到ncbi下载wwwblast， http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/download.shtml 然后解压到
阿浊I·2011-04-30 08:00

wwwblast apache彻底解决方案

阅读更多本地搭建自己的NCBI胺基酸序列BLAST比对网站1、到ncbi下载wwwblast，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/download.shtml然后解压到apachewww
阿浊I·2011-04-30 08:00

How To: Download a large, custom set of records from NCBI (pls see http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide

Startingwith...ATEXTQUERYTHATRETRIEVESTHEDESIREDRECORDS,ANDIPREFERTODOWNLOADTHEMUSINGAWEBBROWSERUsethetextquerytoretrievetherecordsfromtheappropriateEntrezdatabase.ForguidanceoncreatinganEntreztextque
aldenphy·2011-04-15 22:00

EFetch for Sequence and other Molecular Biology Databases (please see http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov

Lastupdated:$Date:2009-03-2318:22:05-0400(Mon,23Mar2009)$EFetchdocumenationisalsoavailablefortheLiterature,andTaxonomydatabases.EFetch:Retrievesrecordsintherequestedformatfromalistofoneormoreuniqueide
aldenphy·2011-04-15 22:00

几个免费的英文文献网站

（以下网站，均是由我亲自访问过的，并附有一些提示） ①：学术英文资料 NCBI（美国国家生物技术中心） 网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 简介：生物、医学、药学等 友情提示
南通ori·2011-04-11 14:00

Windows Azure上的NCBI BLAST

NCBI把BLAST描述为一种工具，它能够找到序列之间类似的部分。程序会把核
Jonathan Allen·2010-12-18 00:00

Perl probeDB的提取

第一步，是要将包含probeDB的31815个网页下载下来，这些网页保存在http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects /genome/probe/reports/probereport.cgi
NeoBilly·2010-12-13 17:00

[zz]用邮箱和Google Reader追踪最新科研进展

有人习惯每天早晨打开电脑就登陆NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)，在PubMed搜索框里输
杰·2010-11-15 22:00

生物信息学网站

通用的生物信息学门户 www.ncbi.nlm.nih.gov 美国国家生物技术信息中心主页。
bio·2010-06-07 06:00

NCBI参考序列RefSeq

@#￥%……&*】 http://liucheng.name/381/ http://www.biosino.org/pages/ncbi-10.htm 官方版本：http://www.ncbi.nlm.nih.gov
bbsunchen·2010-05-01 19:00

用邮箱和Google Reader追踪最新科研进展

有人习惯每天早晨打开电脑就登陆NCBI，在PubMed搜索框里输入关键词，看返回的结果里有没有新的文章，这当然是一个好习惯。不过，我觉得它有点麻烦，比方说
chl033·2010-04-04 11:00

请教一道Perl的笔试题

1.从下列网址拷贝一小段大肠杆菌0157菌株的FASTA格式DNA序列作为测试数据：（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/56384585?
zxd06407·2010-03-18 13:00
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