ncbi

如何下载一个物种的全部EST序列 | NCBI | 表达序列标签

常见下载方式有两种：1.NCBIWeb下载https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/打开，搜索你要的物
lyuharvey·2020-07-30 03:28

NCBI生物分类数据库（Taxonomy）

测序数据，相关文献等）Taxonomy的相关数据下载1.gi_taxid标识的数据2.taxcat标识的数据以尼安德特人（taxid：63221）为例3.taxdump标识的数据介绍Taxonomy:NCBI
白墨石·2020-07-30 01:20

生物信息学分析常用网站

1.BLAST（核酸蛋白序列比对）：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi2.miRBase（miRNA数据库网站）：http://www.mirbase.org
ZJayHan·2020-07-29 22:36

快速从NCBI下载sra数据

推荐两个软件ascp和prefetchASCP1.下载并安装：wgethttp://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.2/aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.shshaspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.sh把一些输入文件放到主目录：cp~/.aspera/con
hzau_yang·2020-07-29 19:53

可以下载genome数据的几个网站

Ensembl-plantftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/Ensembl-animalftp://ftp.ensembl.org/pub/NCBI:ftp://ftp.ncbi.nih.gov
xflee0608·2020-07-29 19:02

NGS小技能（2）：如何进行SRA到fastq格式的快速转换

前言生物信息分析人员一般会接触到从NCBI等网站下载的SRA数据，之前也介绍了下载SRA数据的几种方式。下面，我就简单介绍一下如何将下载的sra格式数据转换成为常用的fastq等格式。
魚晨光·2020-07-29 19:01

NCBI SRA格式转换

最近NCBI的数据格式由于空间缘故都转换成了*.sra格式，不再支持*.fastq.gz，因此需要一个特别的转化工具来转换下载的*.sra数据文件。
doudou8486·2020-07-29 18:18

ncbi和ensembl上的序列下载

根据已有的基因ID，需要从ncbi和ensembl上下载对应序列。
Vic_Hall·2020-07-29 16:36

shell并行下载数据

版本一：无并行foriin{1..12}do{echostart`date`wgetftp://ftp.ncbi.nih.gov/snp/organisms/rice_4530/VCF/vcf_chr_
sober01·2020-07-29 16:18

分子生物学数据库和软件

GenBank美国国家生物技术情报中心（NCBI，NationalCent
weixin_34061042·2020-07-29 13:34

linux下登陆FTP

一.登陆ftp命令：lftp（loadftp之意）例：NCBI的genome数据，登陆命令为lftpftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/如果设有用户名和密码，命令如下：lftp
VcookieV·2020-07-29 02:58

序列比对算法

一．生物数据库1.文献数据库：PubMed（主要是生物医学文献）2.一级核酸数据库：NCBI，ENA，DDBJINSDC：由GenBank（美国）、ENA（欧洲）、DDBJ（日本）三大核苷酸数据库组成的联合核苷酸数据库
wanpeng029·2020-07-28 21:32

零代码构建系统发生树-冠状病毒系统发生树

数据来源申明：数据来源于ncbi中18种冠状病毒的基因序列，包括新型冠状病毒ncov-2019，SARS，中东呼吸症，蝙蝠的冠状病毒等等，以fasta格式
寂静前行·2020-07-28 03:52

BLAST Command Line Applications User Manual

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1763/BLASTCommandLineApplicationsUserManualChristiamCamacho,ThomasMadden
iteye_12837·2020-07-28 00:14

kraken建库错误

standard--threads24--dbMY_KRAKEN_DATABASE，返回错误：Foundjellyfishv1.1.12--2019-04-2616:43:23--ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov
常玉俊bioinfo·2020-07-27 20:32

使用Python+selenium+BeautifulSoup抓取动态网页的关键信息

程序目的：根据特定的SNPlist，在千人基因组数据库中爬取CHB人群的等位基因频率信息，如https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes
vincentluo91·2020-07-27 17:51

NCBI下载SRA数据的4种方法

  作为生命科学的从事者，不论是老师或者学生都应该用过NCBI((NationalCenterforBiotechnologyInformationSearchdatabase，一个综合性的生命科学资源网站
生信店小二·2020-07-26 11:58

NCBI：UniGene数据库

UniGene参考了转录组、基因组的信息，通过多次循环聚类，整合尽可能多的数据，NCBI对UniGene按物种进行定期的更新，发布新的版本。UniGene的数据可以通过FTP按物种进行下载
海骆驼·2020-07-15 01:33

RNA-seq，生信技能树

sra文件地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/下载测序数据#循环下载sra文件1，for((i=677;i1ls*
bettermaan·2020-07-15 00:59

【数据库-4】clinvar

pdf食用更佳哦~https://www.clinicalgenome.org/site/assets/files/1594/landrum_clinvar.pdf1.简介网址https://www.ncbi.nlm.nih
Doris_xixi·2020-07-14 04:41

【数据库-3】dbSNP数据库

欢迎关注公众号：oddxix1.dbSNP简介网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/单核苷酸多态性数据库dbSNP(dbSNP,TheSingleNucleotidePolymorphismDatabase
Doris_xixi·2020-07-14 04:41

11月9日本地blast(三）

1创建数据库的文件夹其实这一步很简单，为了方便，就在自己的主目录下创建一个db的文件夹,像这样/public/home/yourname/db2从NCBI上下载数据文件1.点击这个链接：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov
小郑的学习笔记·2020-07-14 03:32

下载SRA数据技巧

假如你要下载PRJNA310071的所有SRA数据，你可以通过下面命令获取全部的SRRid前提是你得安装entrezdirect工具包command：wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov
sober01·2020-07-13 23:55

常用参考基因组—下载站点

http://www.ensembl.org/index.htmlimg2、NCBI是NationalCenterf
weixinsuoxian·2020-07-12 12:40

Bio::SearchIO分析ncbi-blast+生成的xml的一个问题

2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>>工作环境LMDE2Betsy大概是因为今天教研室网络超烂（似乎并不是这个原因），在自己搭建的简陋web版blast（基于ncbi-blast+）上比对个序列
weixin_33724059·2020-07-12 07:49

生物信息中的Python 04 | 批量下载基因与文献

比如，老板让你比对自己测定序列与NCBI库中序列，并构建相应的进化树，而这个序列需要大于100条。
白墨石·2020-07-12 02:16

高速下载 EBI NCBI 测序数据（SRA，Fastq等）

安装及配置1.解压2.安装3.配置许可4.配置程序环境变量5.配置秘钥四、测试1.一个例子2.常用参数介绍3.下载地址的构建4.EBI查询整个项目的资源文件6.查看下载链接五、为什么这里要建议选EBI，而不用NCBI
白墨石·2020-07-12 02:15

生物信息中的Python 01 | 从零开始处理基因序列

其中一个知名的网站就是NCBI（NationalCenterforBiotechnologyInformation）美国国立生物技术信息中心。
白墨石·2020-07-12 02:15

生物信息中的Python 03 | 自动化操作NCBI

比如，老板让你比对自己测定序列与NCBI库中序列，并构建相应的进化树，而这个序列需要大于100条。
白墨石·2020-07-12 02:15

生物信息中的Python 05 | 从 Genbank 文件中提取 CDS 等其他特征序列

而NCBI的基因库中已经包含有这些的信息，但是只有一部分是整理可下载的。而剩下的一部分可以通过genbank给出的位点信息来提取，个人能力有限，这里只做抛转之用。
白墨石·2020-07-12 02:15

Biopython 分析序列

数据下载https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000006.12?
wangchuang2017·2020-07-12 01:39

根据氨基酸变化，从NCBI - ClinVar数据库抓取信息（基于python - BeautifulSoup）

写在前面NCBI网址中提供有各种数据库，这里使用’ClinVar’数据库。从ClinVar数据库搜索氨基酸变化信息后，获取搜索结果的相关信息。
喵小媛·2020-07-11 23:45

宏基因组分箱后续

宏基因组分箱后续1.分箱流程2.代谢潜能分析2.1代谢通路构建2.2基因簇分析3.进化树构建3.1物种选择3.1.1如何从NCBI批量下载genome数据3.2进化树构建3.2.1序列选择用16SrRNA
ruby912·2020-07-11 22:36

使用Biopython访问NCBI's Entrez数据库

Biopython使用的是https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov这个网址，并不是标准的NCBI网址。
穿着凉鞋走天下·2020-07-11 17:01

python 处理xml文件

NCBI上每个蛋白有关的登录号下会有文献的题目。根据序列比对结果，然后调取对应的文献。
msw521sg·2020-07-11 13:51

ncib网站爬虫源代码（上一篇博客内容）

frombs4importBeautifulSoupimportrequestsfromlxmlimporthtmlstart_url='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
带鱼工作室·2020-07-11 10:58

shinyGEO:零编程基础分析GEO表达数据

GEO（GeneExpressionOmnibus），即基因表达数据库，美国国立卫生研究院NCBI于2000年创建的公共数据库，具有强大的灵活性和开放性，用户可以提交、储存、检索和下载多种形式的数据。
生信family·2020-07-10 23:02

NCBI SRA数据预处理

SRA数据的的处理流程大概如下一、SRA数据下载、NCBI上存储的数据现在大都存储为SRA格式。下载以后就是以SRA为后缀名。这里可以通过三种方式下载SRA格式的数据。
OpenHero·2020-07-10 23:01

Biopython常用功能模块

它包含表示生物序列和序列注释的类，并且能够读取和写入各种文件格式（FASTA，FASTQ，GenBank和Clustal等），支持以程序化方式访问生物信息的在线数据库（例如，NCBI）。
weixin_30721899·2020-07-10 19:49

Biopython从NCBI搜索和取回数据库记录

Entrez模块Entrez提供了链向在NCBI服务器的esearch和efetch工具的连接列出Entrez模块的方法和属性#!
sunchengquan·2020-07-10 18:01

转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构。了解IGV常识准备工作参考基因组测序得到的是几百bp的短read，相当于把
weixin_34221112·2020-07-10 08:08

怎么批量从NCBI上下载基因序列

下载序列简单不过，无非就是联网NCBI主页，选择数据库后输入AC号或GI号后直接下载。但是如何大批量下载，而且下载的序列是指定的AC或GI的呢？
小迪的博客·2020-07-10 05:06

基因组注释文件(GFF,GTF)下载的四种方法

文章目录NCBIEnsemblUCSCGeneCodeNCBINcbi里包含现在最全的参考基因组数据，可以进入FTP站点查看：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/这里的文件夹名为物种的拉丁名
白墨石·2020-07-10 04:11

如何下载人类的参考基因组和注释文件

参考基因组概况参考基因组下载的网站主要有3个NCBI,Ensembl,UCSC，一般参考基因组的.gz压缩文件文件大小为900M以上不超过950M，解压后大于等于3G.基因组的主要版本对应关系参考基因组下载过程
刘兴义·2020-07-10 01:52

单细胞转录组数据校正批次效应实战（中）

和花花毕业流浪，武汉完事转向成都继续进行剩下两个数据集第二个数据--CEL-seq2,GSE85241Muraroetal.(2016)利用CEL-seq2技术并结合UMI、ERCC得到的https://www.ncbi.nlm.nih.gov
刘小泽·2020-07-09 21:19

人类参考基因组

人类参考基因组一、人类参考基因组的来源1、人类基因组计划1）2001年草图，绘制人类基因组图谱2、数据库的名称1）UCSC：hg19，hg382）NCBI：GRCH19，GRCH38二、如何下载参考基因组在
m0_46651844·2020-07-09 20:32

基因组生物信息学实验（三）：基因组模拟测序（1）

基因组模拟测序（1）：主线的内容step1：方法通过NCBI的子库Genome获得YJM1386菌株的基因组测序数据。
楚鸿·2020-07-09 19:51

0079-【生信软件】-人类基因组hg19、hg38构建bwa索引

hg19索引构建进入UCSC的官网，hg19的ftp网址http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/参考基因组版本说明，与NCBI的对应版本
leadingsci·2020-07-09 19:11

如何从NCBI下载基因组数据

本文关于如何在NCBI的FTP里下载需要的基因组数据。已知信息例如：我从文献里看到作者测了EscherichiacoliATCC25922的基因组，想从NCBI下载。
dej0257·2020-07-09 15:14

EDirect在linux和mac下的安装

是非常有用的工具其使用要用来perl，mac都预先安装了perl安装的时候最好按下面进行打开终端cd~/bin/bashperl-MNet::FTP-e\'$ftp=newNet::FTP("ftp.ncbi.nlm.nih.gov
Y大宽·2020-07-09 04:04
上一页 9 10 11 12 13 14 15 16 下一页
按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他