ncbi

11.1 RNA-seq数据分析-下载软件和数据

e8cd62ba14fe1、首先安装需要使用的软件：sratoolkit,fastqc,hisats,samtools,htseq-count,R,Rstudio2、数据下载：https://www.ncbi.nlm.nih.gov
KK_f2d5·2020-07-07 21:07

生物信息学数据库大全

http://www.ebi.ac.uk/embl.html★GenBank，美国国家生物技术信息中心（NCBI）所维护的供公众自由读取的、
qiuxue198598·2020-07-07 19:58

python爬虫pubmed论文标题

importrequestsimportrecontent=input('请输入内容：')url1='https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?
姜小白不白·2020-07-06 23:18

在线pubmed

ESearch（文本搜索）eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgihttp://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/
weixin_34211761·2020-07-06 19:19

NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因

分析实例实例解读分析方法探索(顺藤摸瓜)dbCAN2——碳水化合物在线分析服务器dbCAN2简介在线分析本地软件和数据库下载Reference猜你喜欢写在后面宏基因组数据分析中，经常会使用多种多样的数据库，如综述型的有NCBI
刘永鑫Adam·2020-07-06 07:27

R语言批量爬取NCBI基因注释数据

本期使用R语言批量爬取NCBI基因注释信息，主
生信杂谈·2020-07-05 18:22

核酸序列分析

转载一个很全面的核酸序列分析的文章核酸序列分析核酸序列分析1、核酸序列检索可通过NCBI使用Entrez系统进行检索，也可用EBI的SRS服务器进行检索。
likelet·2020-07-04 21:25

从ncbi下载sra数据的几种种方式

为了加快速度先下载aspera并添加环境变量，具体看以前的内容下载sratoolkit加环境变量下载EDirect用yeast的几个数据说明1.直接用runidprefetchSRR15536102.写入文件下载echoSRR1553608>sra.idsechoSRR1553605>>sra.idsprefetch--option-filesra.ids3利用sed和bashcatsra.ids
Y大宽·2020-07-01 17:21

五秒-预测序列完整的ORF（开放阅读框），可能这是最快最简的解法

是否有完整的可靠的开放阅读框我从NCBI上查到了某个基因，拿到了他的mRNA/cDNA序列，那
生信札记·2020-07-01 14:04

生信菜鸟团——专题学习目录

数据库专题一文看懂NCBI的refseq浅谈EntrezID带你认识GEO数据库NCBI数据库专题之Taxonomy基础数据库之dbSNPpubmedOM
王诗翔·2020-07-01 06:47

RNA-seq流程学习笔记（1）-Ubuntu系统安装SRA数据下载软件Aspera connect和SRT-Toolkit

有关生物信息学数据库，参考：“生物信息学数据库资源”的文章，里面介绍了几个重要的数据库：NCBI、EBI、UCSC等，知道了需要分析的数据。SRA数据主要使用两种工具下载Asperaco
垚垚爸爱学习·2020-06-30 00:11

怎样高效地阅读文献

重要的如ISI，Medline,Ncbi等了。因人而异添加数据库到你的收藏夹。做一个课题首先是要看专利的！！这是我的经验之谈。
weixin_34275734·2020-06-28 15:58

VCF （Variant Call Format）格式详解

fileDate=20090805##source=myImputationProgramV3.1##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36
weixin_34268610·2020-06-28 15:40

如何往ncbi上上传数据

往NCBI上上传数据：1.注册并登陆NCBI，点击主页的submit选项2.创建bioproject，以及biosample号（Bioproject:Bioproject是一个项目的编号，在文章发表的时候
weixin_30438813·2020-06-27 19:43

用Modules优雅地管理你的环境变量

应该如何调用不同版本的BLAST提问截图对于这个问题，其实存在多种解决方案：用绝对路径进行调用使用conda创建多个环节，用sourceactivatexxx启动该环境使用export/path/to/ncbi-blast-x.x
徐洲更hoptop·2020-06-27 02:07

生物信息之多序列比对，进化树分析，保守位点分析

序列下载与整理网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene下载fasta格式序列输入你想查找的序列，比如Syp基因可以点击图片来查看高清图进入基因详细信息页面点击Genbank
白墨石·2020-06-27 00:15

四个GEO分析的万能R包来自大神Jimmy

一种是从NCBI里面下载文件来解析好！尝试第三种方法，发现下载速度真的是......无解。虽然前面分享了生信技能树良心佳作-Jimmy的四个GEO分析的万能R包内容如
天涯清水·2020-06-26 20:20

RNA-seq练习 第二部分（基因组序列下载，注释文件下载，索引下载，比对，比对质控,HTseq-count计数，输出count矩阵文件）

参考基因组下载有三大全文网站提供参考基因组下载，它们分别是：1.NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC(http://hgdownload.soe.ucsc.edu
生信start_site·2020-06-25 15:40

缺乏标注语料下如何实体识别

无监督实体识别https://www.ncbi.nlm.nih.gov
KODGV·2020-06-25 08:53

Chip-seq流程报告

通过模仿文献《Targetingsuperenhancerassociatedoncogenesinoesophagealsquamouscellcarcinoma》的流程，学会利用NCBI和EBI数据库下载数据
wangyunpeng_bio·2020-06-25 04:51

如何从NCBI下载SRA数据

经常需要在GEO中下载测序数据原始文件，得到sra编号之后，有两种方法下载：一、可以通过在ebi（http://www.ebi.ac.uk/）中搜索SRA编号，然后用aspera直接下载fastq文件，详情参考本博客《Chip-seq流程报告》二、然而有的数据在ebi上并没有提供fastq文件，这个时候就只能下载SRA文件，然后用sratoolkit中的fastq-dump进行转换后文将详细介绍第
wangyunpeng_bio·2020-06-25 04:20

NGS基础：测序原始数据下载

NCBI的SRA(SequenceReadArchive)数据库(http://
生信宝典·2020-06-24 21:53

对一篇单细胞RNA综述的评述：细胞和基因质控参数的选择

原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6072887摘要单细胞RNA测序技术的发展加深了我们对于细胞作为功能单元的理解，不仅能基于成百到成千上万个单细胞的基因表达谱得到新的结论
生信宝典·2020-06-24 21:49

如何从ncbi上下载sra数据

如何从ncbi上下载sra数据我参考了网上的一个贴子http://www.plob.org/2014/02/16/7338.html，里面描述了如何用aspera来进行下载，在使用它下载单个数据的时候成功了
会口遁的naruto·2020-06-24 08:33

“为物联网提供分散的隐私保护医疗区块链”外文翻译——2019年5月份

原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6359727/翻译人：FJTCM区块链开发学习小组时间：2019/05/31为物联网提供分散的隐私保护医疗区块链原文链接
charlottehe·2020-06-22 21:13

“使用区块链进行安全可信的电子医疗记录共享”外文翻译——2019年4月份

原文链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5977675/翻译人：FJTCM区块链开发学习小组时间：2019/04/24SecureandTrustableElectronicMedicalRecordsSharingusingBlockchain
charlottehe·2020-06-22 21:41

Endnote向word中插入参考文献总结

Endnote不但可以帮助我们管理参考文献，在我们写论文的时候，Endnote还可以智能的帮我们插入需要的参考文献下面具体介绍一下用Endnote向word中插入参考文献的方法1.将你要插入的文献在网站上找到，已NCBI
XIUXIU179·2020-06-22 08:16

2018-6-23转录组学习2 测序数据质量检查

格式为了进行测序数据质量检查我们需要将下载好的sra数据转换为fastq格式：使用Sratoolkits中的fastq-dump命令进行格式转换Sratoolkits的官方文档中有fastq-dump命令的介绍(https://trace.ncbi.nlm.nih.gov
L_yivs·2020-06-22 00:06

2018-6-25转录组学习3 参考基因组和基因注释

1.参考基因组下载目前常用的国际通用的人类参考基因组在NCBI，UCSC和ENSEMBL的版本和对应情况如下：NCBIUCSCENSEMBLGRCH36hg18ENSEMBLrelease_52GRCH37hg19ENSEMBLrelease
L_yivs·2020-06-22 00:06

2018-6-15转录组学习1 文献阅读与数据下载

AKAP95regulatessplicingthroughscaffoldingRNAsandRNAprocessingfactors.NatCommun2016Nov8;7:13347.PMID:27824034从文献中可以得到RNA-seq数据存放在GSE81916中，在NCBI
L_yivs·2020-06-22 00:06

建立本地的可视化blast页面

我们实验室主要是研究拟南芥的，因此要经常进tair网站，但是有时进的比较慢或者完全打不开，而NCBI也比较慢，所以我想建立一个本地的可视化的blast网站，以viroBlast为基础运行的。
灵动的小猪·2020-06-20 12:46

【文献助手06】写论文必备数据库

PubMed：网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmedPubMed网页PubMed是一个免费的搜寻引擎，提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要的数据库，其数据库来源为MEDLINE
小不点Grace·2020-05-07 20:49

GEO数据库学习总结（二）关于网页下载

代码下载其实挺好的，但是网络狗是一件每个探索GEO小伙伴们都要经历的，有时候我们选择更换镜像，想避开蜗牛一般的的网速，但是也是不行，大家就可以去官网下载这个数据集（GSE）网站连接官网连接https://www.ncbi.nlm.nih.gov
每天都在进步的FFOO·2020-05-06 00:30

GEO数据库学习总结（一）数据下载

，以防网络狗的时候，用不了的时候（-_-|），害.....rm(list=ls())#清空控制台options(stringsAsFactors=F)#关掉选择更新R包的函数#https://www.ncbi.nlm.nih
每天都在进步的FFOO·2020-05-06 00:25

sra-toolkit新版本和fasterq-dump命令笔记

下载版本选择：NCBI-SRA下载页最开始下载了2.10.5最新版本，发现使用以前的参数会报错识别不了参数应该是因为新版本参数有改变，另一个原因是新版本对linux版本及环境有要求，我用的是ubuntu
海岛眠·2020-04-17 09:14

NCBI中SRA文件的下载

参考：Aspera工具安装与使用NCBI下载sra数据FTP下载Windows环境在Windows环境下直接进入NCBI的FTP下载界面，按照需要下载的SRA文件ID找到储存位置即可如需要下载SRR5483089
coldlandkuma·2020-04-14 14:11

生信-记一次NCBI-R语言-淋巴癌突变与未突变基因的差异分析

关键词：基因芯片、R、筛选、预处理、差异分析NCBI-淋巴癌突变与未突变基因的差异分析PS：好久没分享生信了，这是一年前做的一次生信task（准确来说是2018年11月了），这里分享一下给大家，有助于一些小伙伴们想通过常规的
lietobrain·2020-04-12 23:28

biostar 学习笔记（4-1）--- 认识数据和数据的获取

biostar学习笔记（4-1）---认识数据和数据的获取一常用数据库NCBIensemblUCSC用的最频繁的还是NCBI，下面以NCBI为例，整理数据类型和数据获取。
绮梦云飞·2020-04-10 11:55

NCBI数据、获取使用

一、NCBI各类数据储存库1、SequenceReadArchive(SRA)：rawsequencedataandalignmentinformationfromhighthroughputsequencingplatformsincluding454
pearlp·2020-04-10 07:56

refseqID转换为geneID（2018-06-05）

1refseqID转换成geneID下载gene2refseq.gzwget-cftp://ftp.ncbi.nih.gov/gene/DATA/gene2refseq.gz2提取相似物种的基因gene2refseq.csv
简单点lili·2020-04-09 04:46

转录组入门二（mac版）：读文献下数据

转录组入门二，读文献下数据在NCBI查文章：AKAP95regulatessplicingthroughscaffoldingRNAsandRNAprocessingfactors.NatCommun2016Nov8
thinkando·2020-04-08 00:22

对转录组测序数据进行分析以及注释

人们获得了大量的转录组数据序列如何从数据中挖掘具有生物意义的信息已经成为很多研究的关键，对未知基因的功能进行预测和注释就是一个重要问题这篇文章主要是跟着刘粉香，杨文国，孙勤红，三位老师的文献对测序数据进行分析以及GO注释，旨在学习测序数据分析的方法以及GO注释的方法数据来源于NCBI
孤独巡礼_435a·2020-04-07 00:06

RNA-seq练习 第一部分（原始数据下载，提取fastq文件，fastqc质控）

原始数据来源于这篇文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?
生信start_site·2020-04-06 18:29

RNA-seq的比对tutorial

2020.3.17#鉴于liftover转坐标不给力，我用了ncbi的Remap，使用方面看这篇参考https://www.jianshu.com/p/41e5280f59c3还可以选BED转GTF，但是没结果
姜子铭·2020-04-04 21:24

NCBI的强大

NCBI资源包括Entrez、Entrez编程组件、MyNCBI、PubMed、PudMedCentral、PubReader、Gene、theNCBITaxonomyBrowser、BL
又是一只小菜鸟·2020-04-02 19:39

ChIP随记

拟南芥根据NCBI显示是119,667,750，那么实际能比对大概也就是1.0e8.NBT有一篇文章"PeakSeqenablessy
caokai001·2020-04-02 09:01

SRA Toolkit 的下载和使用

第一次写博客，必须mark一下：2018.07.27sratoolkit是ncbi上将.sra文件转换为.fastq.gz文件的工具。
guguaihezi·2020-03-31 22:02

生物信息中的Python 03 | 自动化操作NCBI

比如，老板让你比对自己测定序列与NCBI库中序列，并构建相应的进化树，而这个序列需要大于100条。
白墨石·2020-03-31 11:38

2019-08-28 基因注释

以前做基因注释总用R包：TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，但是今天做发现１个问题，就是有的基因特别长，与ncbi中检索出来的不一样，查找原因，在生物技能树上也看到了相关的问题
smile_lucky爱上阳光·2020-03-31 05:49

脑卒中研究资料

http://www.chinacdc.cn/mtdx/mxfcrxjbxx/201403/t20140327_94842.htm医疗的杂志搜索网站https://www.ncbi.nlm.nih.gov
美环花子若野·2020-03-29 20:21
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