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转录组入门（4）：了解参考基因组及基因注释

还可以下载ENSEMBL，NCBI的gtf，也导入IGV看看，截图基因结构。了解IGV常识准备工作参考基因组测序得到的是几百bp的短read，相当于把
徐洲更hoptop·2019-11-06 09:45

NCBI下载SRA数据

NCBI有Aspera接口，速度很快。安装AsperaConnect后，prefetch优先使用ascp方式下载。
砖头机的灵感·2019-11-03 11:00

转录组分析笔记（3）数据下载

AKAP95regulatessplicingthroughscaffoldingRNAsandRNAprocessingfactors.NatCommun2016Nov8;7:13347.PMID:27824034网址：https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov
韦巍_e3f3·2019-11-01 15:27

本地blast使用技巧之repeat mask

我们在使用NCBI的网页版blast进行检索时，会发现blast的速度很快。但在自己本地使用的时候，有时却会慢得出奇。
银色麦穗·2019-10-31 06:05

生物信息之多序列比对，进化树分析，保守位点分析

序列下载与整理网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene下载fasta格式序列输入你想查找的序列，比如Syp基因可以点击图片来查看高清图进入基因详细信息页面点击Genbank
白墨石·2019-10-28 22:35

根据基因组fa文件和gff文件提取cds并翻译成pep

cds文件：注释信息里的蛋白编码序列pep文件：cds对应序列翻译成的氨基酸序列从NCBI上下载基因组时，有的并没有上传cds文件和pep文件，此时该怎么办呢？
pomela·2019-10-20 19:02

用viroblast搭建本地blast网站

写在前面由于我们实验室的主要研究对象是荔枝，而在ncbi上的blast中还没收录荔枝基因组信息，所以使用起来不是那么方便。
老饕_Ljw·2019-09-27 21:46

在R语言中将多个同样的行列式文件合并起来

学习果子老师的操作，目的是掌握循环和dplyr的应用(ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE48nnn/GSE48213/suppl/GSE48213_RAW.tar
鱼啸九天·2019-08-11 14:12

如何批量下载同源基因序列

第一步查找下载同源基因NC号NCBI查找同源基因然后点击sendto下载下来，如图所示下载序列号第二步查找下载同源基因序列登录BatchEntrezhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov
单大众·2019-08-09 17:03

aspera 使用（简版）

condainstall-chccaspera-cli下载数据：通过SSH连接：ascp-v-k1-T-l200m-i~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.opensshanonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov
mitoheng·2019-08-02 15:32

上传测序数据到NCBI的SRA数据库

参考链接1aspera的使用1.注册NCBI账户2.https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/选择SRA.3.新建提交。需要经过多个表格填写。
wo_monic·2019-07-21 11:32

Clone Manager：RT-PCR/qPCR引物设计

NCBI下载所需基因的转录本序列（NM或NR开头）如GADPH基因，https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000012.12?
佳名·2019-07-10 10:50

网页工具大全

1.TCGA网页分析工具文章WebsitenoteLastupdatedR-indextutorialGEOhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoGEOdatasetandsimpleanalysisc-Bioportalhttp
xmu_zhang_lab·2019-07-04 08:54

WGCNA模块——文献解读

文献：Twogeneco-expressionmodulesdifferentiatepsychoticsandcontrols网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
装在瓶子里的阳光_2a70·2019-06-19 10:30

傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列

第一步，在NCBI上Nucleotide条目下搜索到拟南芥1号染色体，点开进入下一步。image第二步，在右边的Changeregionshown中，
天涯清水·2019-05-31 21:23

Biopython根据关键词在NCBI上查找文献

在NCBI中，
爱笑的小牙·2019-05-29 09:19

python解析gff文件中的转录本

1.下载基因组注释文件，选择对应的版本：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARCHIVE/BUILD.37.3/GFF/2.GTF为GeneralTransferFormat
爱笑的小牙·2019-05-27 13:10

GEO数据库：GEO2R的简单使用

今天听了一节关于GEO数据库的课，GEO是什么，又是一头雾水，强迫基因受环境影响出现短暂的表达，赶紧搜索了解下，GEO（GeneExpressionOmnibusdatabase）是由NCBI负责维护的一个数据库
Ashu·2019-05-18 14:32

100篇泛癌研究文献解读之原位癌症和转移癌症的区别

参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）发表于普通杂志
生信技能树·2019-05-10 17:52

linux批量下载SRA数据并完成数据转换

最近在收集NCBI中的相关数据，进行meta分析，探讨石油污染对土壤微生物群落在系统发育层面的影响。
Oodelay·2019-05-05 13:05

Chip-seq 数据分析流程

从GEO下载数据下载地址https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?
上校的猫·2019-05-04 16:19

R语言挖掘GEO数据库实战之-GEO库的概念及检索界面

基因表达数据库（geneexpressionomnibus,GEO）GEO是由美国国立生物技术信息中心（nationalcenterforbiotechnologyinformation,NCBI）开发和维护的公共数据库
青盐_qingyan·2019-04-27 08:40

R语言挖掘GEO数据库实战之-GEO库的概念及检索界面

基因表达数据库（geneexpressionomnibus,GEO）GEO是由美国国立生物技术信息中心（nationalcenterforbiotechnologyinformation,NCBI）开发和维护的公共数据库
青盐_qingyan·2019-04-27 08:40

python 提取NCBI上的CDS

#sequence.gb文件https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000006.12?
爱笑的小牙·2019-04-19 12:08

linux服务器上的blast比对（my version：ncbi-blast-2.8.1+）

一：安装blast1.下载blast:$wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.9.0+-
多啦A梦的时光机_648d·2019-04-12 11:10

NCBI NR文件下载和批量md5检验

【1】Aspera下载NCBI数据单个文件下载命令：ascp-i"C:\Users\Administrator\AppData\Local\Programs\Aspera\AsperaConnect\etc
nmkiby·2019-03-29 20:20

windows平台本地化blast2.8.0（构建NR本地数据库，批量生成pssm打分矩阵）

3、修改环境变量并本地化blast程序4、将自己的序列与数据库文件对比，生成pssm矩阵5、通过python程序批量生成pssm矩阵一、下载blast+程序(#mark1)从ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov
Bruce chen·2019-03-28 22:33

ncbi下载sra数据

避免再次出现下载SRA数据找不到下载链接，记录一下1，下载sra工具，去官网上下载sratoolkit最新版本https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi
爱笑的小牙·2019-03-22 13:50

ATAC-seq分析实操生信技能树健明教程

Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30;534(7609):652-7.PMID:27309802image.png数据的GEO号：GSE66581链接：https://www.ncbi
热衷组培的二货潜·2019-03-15 16:32

NCBI Genbank核苷酸序列数据库检索基因序列解读

Nucleotide数据库（一）基因序列注释内容解析以dut基因编码的大肠杆菌酶dutpase为例；在Nucleotide数据库searchX01714或者dutpase，检索链接https://www.ncbi.nlm.nih.gov
HerinaYang·2019-03-09 11:43

CRISPR-Cas9基因敲除sgRNA设计

大佬说，我只说一次，你自己要记住以最火热的p53为例Step1先找p53基因序列1.NCBI--输入p53并选择物种human：tumorproteinp53[Homosapiens(human)]https
春卷00·2019-02-22 15:17

Ensembl和NCBI基因组下载，基因序列下载查看

如今大量物种参考基因组数据已被公布，对于科研工作者，可以说是一笔巨大“财富”。那么该如何获取这笔“财富”呢？本期将介绍几个相关的数据库，并举例演示如何查找和下载到想要的参考基因组及参考基因组得注释信息。查找参考基因组得常用数据库1.Ensembl是由EuropeanBioinformaticsInstitute（EBI）与WellcomeTrustSangerInstitute（WTSI）共同合作
组学大讲堂·2019-02-22 10:20

英文抗生素药物医学知识图谱IASO1.0版发布 线上试用正式启动

IASO知识图谱基于DO，IDO，NCBI，HPO和DrugBank等数据库，以及在线百科，权威医学文献等高质量医学数据资源构建而成的。涵盖507种传
猪杂汤饭·2019-02-18 17:59

转录组数据库的基本使用（一）-GO数据库

目前在对转录组数据进行分析的时候，很多测序公司通常使用以下数据库：GOhttp://www.geneontology.orgKEGGhttp://www.genome.jp/kegg/NRftp://ftp.ncbi.nih.gov
Agarose·2019-02-18 17:18

哺乳动物精子发生过程的单细胞转录组——从精原干细胞到精细胞

etal.TheMammalianSpermatogenesisSingle-CellTranscriptome,fromSpermatogonialStemCellstoSpermatids.CellRep.2018;25(6):1650-1667.e8https://www.ncbi.nlm.nih.gov
Jarning·2019-01-18 22:45

NCBI

NCBIBlogNCBIInsightsChangesUpcomingChangestoESTandGSSDatabasesBioGPS-yourGenePortalSystem
浩瀚之宇·2019-01-09 17:27

NCBI

1.NCBI资源https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/human/（GRCh38，GRCh37）ReferenceGenomeSequence(Fasta)
浩瀚之宇·2019-01-03 22:32

生信分析工具-收录（不定时去除熟悉的软件）

质控相关软件fastp序列操作软件seqkitNCBI的SRAtoolkitshttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft/https://github.com
生信石头·2018-10-31 15:24

生信数据库ID大总结-想踏入生信大门的你值得拥有

花了差不多一周写了这个总结希望对一些小伙伴有帮助目录各大生信资源的使用流行程度生信数据库的霸主-NCBI以及Entrez检索系统Gene查找好帮手-EntrezGene数据库人类基因命名委员会-HGNCEnsembl
Candlelight_yujia·2018-10-16 22:44

使用salmon和sleuth进行小麦RNA-seq差异表达分析

下图红色箭头处是NCBI上的设置选项。根据NCBI的官方文件，这个选项是返回前N个最匹配的结果。如果我们设定为1，则表示返回数据库中最匹配的那个。
Neal_Bio·2018-10-11 09:16

SRA 数据下载自救指南

SRAToolkit网址：https://trace.ncbi.nl
思考问题的熊·2018-09-05 22:55

mac上可用的破解SnapGene（v4.1.8）

好几千刀，如果不破解，很多分子生物专业的同学是用不起的，所以只能稍微那啥一下..)网络上流传比较广的是v2.3.2版本，楼主也是用了很久，新版本更新了好多功能，楼主还在探索，可以直接导入蛋白序列，也可以从NCBI
huohuo143·2018-07-25 17:17

在NCBI根据影响因子筛选文章

在NCBI检索文章时，利用影响因子筛选文章；1）首先，你在NCBI得有个账号；NCBI没有的话，可以先注册一个账号，NCBI账号注册界面；RegisterforanNCBIAccount3）账号有了，就可以登陆了
JeremyL·2018-07-04 18:44

0046-【宏基因组】-qiime2官方教程实践1-Moving pictures of the human microbiome

1.数据文章——Movingpicturesofthehumanmicrobiome文章下载：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21624126样本选取：2个生物个体
leadingsci·2018-06-21 10:05

GEO数据库简介（2018-06-03）

GEO数据库全称GENEEXPRESSIONOMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它创建于2000年，收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表
简单点lili·2018-06-03 16:20

转录组数据上传到SRA

注册帐号上传之前首先要注册一个NCBI帐号
石博士·2018-05-10 17:45

RNASEQ分析入门笔记2-下载原始数据

AKAP95regulatessplicingthroughscaffoldingRNAsandRNAprocessingfactors.NatCommun2016Nov8;7:13347.PMID:27824034根据文献，原始数据下载地址如下：ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov
括囊无誉·2018-03-22 05:31

【生信课程】02生物数据库-山东大学-生物信息学

生物数据库一级核酸数据库NCBIhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/EBIDDBJinsdchttp://www.insdc.org/由三大数据库集合资源，共同维护。
leadingsci·2018-01-01 22:15

biostar handbook(四)|生物数据及其下载和基本操作

第一版：生物数据库，基本数据类型（genbank，fasta/fastq），数据上传站点2017/11/12第二版：如何利用esearch,efecth快速获取SRR序列号生物数据库目前绝大部分数据由NCBI
徐洲更hoptop·2017-11-09 09:08

下载基因组注释gtf文件和下载参考基因组序列

下载GTF注释文件对NCBI：wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/GFF/ref_GRCh38.p7_top_level.gff3.gz
高锦-生信·2017-10-20 10:57
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