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在Windows系统中搭建本地Blast序列比对环境

局部序列比对即我们常用的NCBI上的Blast工具。在生物信息数据分析中，也经常要进行Blast比对，从而进行序列注释。

孤雪傲寒·2020-02-08 19:24

干货 | PCR引物设计，3款在线软件就能搞定！

No.1：NCBI的Primer-Blast推荐指数：五颗星理由：这个工具整合了目前流行的Primer3软件，且加上NCBI的Blast进行引物特异性的验证；可以针对某一特定剪接变异体基因来设计引物。

华联科生物·2020-02-08 18:51

给学徒的ATAC-seq数据实战

Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30;534(7609):652-7.PMID:27309802查看文章发现数据上传到了GEO，是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov

生信技能树·2020-02-07 19:50

NCBI

NCBINCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation，美国国立生物技术信息中心）于1988年11月4日建立，是NIH（美国国立卫生研究院）的NLM（国立医学图书馆）的一个分支。目的是通过提供在线生物学数据和生物信息学分析工具来帮助人类更好的认知生物学问题。目前有将近40个在线的文库和分子生物学数据库，包括：PubMed,PubMedCentral,a

oddxix·2020-02-07 08:29

没错，我还在用MEGA7

小白不会使用各大软件，只知道①NCBI上可以批量下载序列，批量下载下来的序

嗒嘀嗒嗒嘀嗒嘀嘀·2020-02-06 14:00

一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、引物设计、BLAST 序列比对等

分以下几个部分说一下NCBI的使用：Partone如何查找基因序列、mRNA、PromoterParttwo如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列Partthree运用STS查找已经公布的引物序列Partfour

weixinsuoxian·2020-02-06 09:50

SRA Toolkit的使用和安装

从NCBI上下载SRA原始数据，使用SRATOOLKIT进行下载和转化。

PriscillaBai·2020-02-06 03:21

数据库汇总

故本章首先介绍常用的参考基因组和注释文件，然后介绍生物信息常用的数据库资源如：NCBI，Ensembl，UCSC，ENCODE，GENCODE，TCGA，1000GENOME。

oddxix·2020-02-05 10:50

解读GEO数据存放规律及下载，一文就够-转自生信技能树

imagehttps://www.ncbi.n

天涯清水·2020-02-05 08:41

ATAC-seq分析实操生信技能树健明教程

Thelandscapeofaccessiblechromatininmammalianpreimplantationembryos.Nature2016Jun30;534(7609):652-7.PMID:27309802image.png数据的GEO号：GSE66581链接：https://www.ncbi

二货潜·2020-02-05 06:27

抗癌药物研发各阶段要花多少钱？——药物研发早期必读（二）

本文下各个决策点也有相应的图表，涵盖各个决策点下各个阶段涉及的时间和花销，如需要，请至原文链接（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK92005/）查看，为行文方便

三叶草的成长·2020-02-05 01:48

使用aspera下载.fastq.gz和.sra数据

asperaSRA数据库:SequenceReadArchive：隶属NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)，它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据

Chipcui·2020-02-02 18:11

2020-01-17 【转录组】一、下载SRA、安装并使用fasterq-dump（SRA to fastq）

my_derek·2020-01-27 23:15

测序数据比对和变异检测

重测序数据分析流程重测序数据分析流程一、参考基因组的下载进入NCBI下载ASM1252v1的参考基因组wgetftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000

李则果·2020-01-07 23:09

人类癌症数据库TCGA-差异表达基因挖掘课程

1.目前公开的数据非常之多之前我们介绍了NCBI的SRA数据库(SequenceReadArchive用于存储二代测序的原始数据)中数据在快速的增长，目前已经积累了14P的数据，大量的数据等待着被进一步的挖掘

组学大讲堂·2020-01-06 23:27

best reciprocal hit

在NCBI上分为多种，常用的有N-BLAST（核苷酸序列比对检索）和P-BLAST（蛋白比对检索）。此外还有primerBlast等。BLAST的作用顾名思义，就是用于各种核苷酸序列，蛋白质序列

Redshape·2020-01-04 20:56

RNASEQ分析入门笔记7- HTSeq定量基因表达水平

语法：htseq-count[options]mkdir-pncbi/matrix/在ncbi目录下创建matrix文件夹，用于存放HTseq生成的.count文件。

括囊无誉·2020-01-03 15:50

从NCBI-SRA和EBI-ENA数据库下载数据

NCBI-SRA和EBI-ENA数据库SRA数据库:SequenceReadArchive：隶属NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)，它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据

dulunar·2020-01-02 04:47

生信入门：使用shell脚本批量修改fasta文件中序列名字

从NCBI上下载Escherichiacolistr.K-12substr.MG1655的所有的基因序列image.png点击CreateFile就能下到序列如下：image.png如果序列的名字太长，

基因的生物信息学分析·2019-12-31 11:06

实用人类肠道微生物菌群数据库分享！

近年来人类肠道宏基因组数据（包括16S和宏基因组测序数据）的数量快速增长，大多数原始测序数据已存放在几个通用数据库中，如NCBISequenceReadArchive(SRA，https://www.ncbi.nlm.nih.gov

华联科生物·2019-12-30 18:33

【2019-01-16】每日生信--用RSS订阅NCBI-PubMed文献

文献跟踪是少不了的，无论是某检索式的跟踪、某篇文章引文的跟踪，还是某个主题的跟踪等等。以往进行文献跟踪大多为邮件订阅，然而，利用RSS订阅会更加及时方便。RSS需要有阅读器才能使用，这样的阅读器很多，有在线阅读器（打开一个网址就可以），离线阅读器（安装软件），还有些浏览器中也有RSS阅读器的插件，目前来看，在线阅读器还是更好一些，我这里推荐googlereader.这里，我就医学专业常用的免费文摘

oddxix·2019-12-29 02:09

使用cBioPortal查看TCGA肿瘤数据

针对该网站的使用，官方专门发布了对应的文章，链接如下https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4160307/该网站的网址如下http:/

生信修炼手册·2019-12-27 09:26

生物信息中的Python 01 | 从零开始处理基因序列

其中一个知名的网站就是NCBI（NationalCenterforBiotechnologyInformation）美国国立生物技术信息中心。

白墨石·2019-12-26 10:42

生物信息学数据库及在线工具汇总（更新）

核酸数据库NCBI[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/]NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation）是指美国国立生物技术信息中心

白墨石·2019-12-25 16:22

2019-07-14

不建议爬取NCBI容易被封，而且NCBI有开放的API接口，允许自由下载。只研究了pubmed中下载的方法，如果是其他数

树懒吃糖_·2019-12-25 09:50

如何从NCBI下载基因组序列和注释文件并统计基因个数

从NCBI下载一个物种的基因组文件。假设我们要下载一个叫做Tetranychusurticae的物种，首先在NCBI上genome中搜索Tetranychusurticae。

秦城听雪·2019-12-24 07:26

RNA-seq

数据来源https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?

媛媛_生信·2019-12-23 22:07

【2019-01-14】每日生信--CGAP:NCBI癌症基因组剖析计划

欢迎关注公众号：oddxixCGAP，TheCancerGenomeAnatomyProjectCGAP简介ThegoaloftheNCI’sCancerGenomeAnatomyProjectistodeterminethegeneexpressionprofilesofnormal,precancer,andcancercells,leadingeventuallytoimproveddete

oddxix·2019-12-23 14:34

测序数据的获取

一、数据库简单介绍1、SRA数据库：NCBI的SRA数据库是美国国立卫生研究院（NIH）存储高通量测序数据的主要数据库，也是高通量测序数据存储的代表。

草野py·2019-12-23 01:24

芯片数据的标准化方法（2002年文献）

读完后有豁然开朗的感觉，原来最初的标准化原理不过如此文章地址为：https://www.stat.berkeley.edu/~terry/zarray/Html/normspie.htmlhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov

x2yline·2019-12-22 05:29

GEO 数据介绍及在线下载

GEO数据库全称GeneExpressionOmnibusdatabase，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。

组学大讲堂·2019-12-21 14:42

GEO数据下载分析（SRA、SRR、GEM、SRX、SAMN、SRS、SRP、PRJNA全面解析）

很多时候我们需要从GEO（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）下载RNA-seq数据，一个典型的下载页面是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo

生信义博·2019-12-21 03:59

NCBI数据库与工具

文献类：PubMed：Biomedicalliteraturecitationsandabstracts生物医学文献引文和摘要PubMedCentral：Free,fulltextlifesciencesarticles完整的文献OMIM：OnlineMendelianInheritanceinManarticlesonhumangenesandphenotypes人类孟德尔遗传Books：Onl

quan575·2019-12-19 10:28

NGS基础：测序原始数据下载

NCBI的SRA(SequenceReadArchive)数据库(http://

生信宝典·2019-12-18 09:11

lncRNA项目的实战-第二步

jimmy的笔记，首发于：https://www.jianshu.com/p/56074633b629step2:下载原始数据首先下载sra的原始测序数据样本量稍微有点大，https://trace.ncbi.nlm.nih.gov

生信技能树·2019-12-17 20:21

11月10日本地blast （四）

本地blast用法最好的办法就是看NCBI官网的介绍：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279690/摘录一些如下：哈哈，我找到了昨天没有弄好的PATH,ncbirc

小郑的学习笔记·2019-12-16 13:22

批量导入NCBI下载到本地的引文到Endnote

Endnote可以批量导入pdf格式文件。但对下载到本地的引文无法批量导入。如果本地有很多这种引文，那一个个导入很麻烦。可以用以下批处理命令实现一次导入@echooffcopy*.nbiball_input.nbibcopy*.risall_input.risall_input.nbiball_input.rispausedelall_input.nbibdelall_input.ris存为.ba

Y大宽·2019-12-16 08:23

GEO数据库的搜索下载数据技巧

GEO数据库全称GENEEXPRESSIONOMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。

组学大讲堂·2019-12-16 04:47

【数据库-3】dbSNP数据库

欢迎关注公众号：oddxix1.dbSNP简介网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/单核苷酸多态性数据库dbSNP(dbSNP,TheSingleNucleotidePolymorphismDatabase

oddxix·2019-12-15 09:39

NCBI SRA数据库使用详解

本文转自生信人https://www.shengxin.ren/article/161、简介SRA（SequenceReadArchive）数据库是用于存储二代测序的原始数据，包括454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos和CompleteGenomics。除了原始序列数据外，SRA现在也存在rawreads在参考基因的比对信息。根据SRA数据产生的特点，将SRA数

井底蛙蛙呱呱呱·2019-12-14 20:12

GEO数据挖掘生物信息文章解读（直肠癌）

GEO数据库全称GENEEXPRESSIONOMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。

组学大讲堂·2019-12-14 02:32

物种数据库构建

目前包括NCBI在内的生物数据库中拥有基因组数据超过2000套，转录组数据超过59万套，数据总量达到2PB以上。

haifeng1924·2019-12-13 04:18

100篇泛癌研究文献解读之使用EXPANDS和PyClone量化肿瘤内部异质性

参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）发表在NatMed

生信技能树·2019-12-07 16:49

生物信息学GEO数据库下载数据

1、打开NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）2、搜索框输入需要查找得数据GSExxxxx3、找到需要下载得数据4、点击SRA5、选择sendto：createfile6

不吃醋的佳伟杜·2019-12-07 00:04

【SV分析】01怎么下载物种的contig数据

首先我们需要从NCBI的AssemblyDatabase搜索物种信息，chimp的网址是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/GCF_002880755.1如下图所示

群体遗传学分析杂谈·2019-12-06 20:49

NCBI教程（一）获取基因（gene）或基因产物（gene product）的功能

原文地址：NCBIFindthefunctionofageneorgeneproduct下面开始哦，我花了很长时间想，到底应该从哪个地方开始介绍NCBI资源的具体使用教程，每次想要开始，却总是被担心掉坑里

御用程序员任皓·2019-12-06 15:24

生物信息常用工具和网站

思考问题的熊·2019-12-02 03:08

利用SRA号从NCBI下载测序原始数据